داستان کتاب شب های طاعون در جزیره های خیالی به نام مینگر که بیست و نهمین ایالت امپراتوری عثمانی می باشد رخ می دهد این جزیره در شرق مدیترانه و بین کرت و قبرس قرار دارد نیمی از جمعیت این جزیره را مسلمان و نیمی دیگر را ارتدوکس های مسیحیان یونانی تشکیل می دهد درگیری و تنش بین این دو بالا گرفته هنگامی که طاعون به جزیره می آید که یا توسط مسلمانانی که از مکه برگشته اند آمده یا توسط کشتی های تجاری که از آلکساندریا به آنجا آمده بودند وارد جزیره شده جزیره تحت تدابیر امنیتی شدید قرار می گیرد برای توقف پاندمی سلطان عبدالحمید دوم پادشاه عثمانی ماهرترین متخصص قرنطینه خود که از قضا یک مسیحی ارتدوکس می باشد را به جزیره می   فرستد در این حین عده ای از مسلمانان که شامل دنبال کنندگان فرقه ای معروف به همراه رهبرشان شیخ حمدالله از پذیرش قرنطینه و رعایت دستورالعمل ها سر باز می زنند در این حال قتلی رخ می دهد همینطور که طاعون با سرعت به پخش شدن ادامه می دهد سلطان برای دومین بار دکتریکه این بار یک مسلمان استرا به جزیره می فرستند و دوباره قوانین سختگیرانه قرنطینه وضع می شود؛ اما بی کفایتی دولت جزیره و حکومت محلی و از طرفی عدم قبولی از طرف مردم قرنطینه را محکوم به شکست می کند و آمار کشته شدگان روند صعودی خود را ادامه می دهد حالا که سلطان با خطر احتمال شیوع طاعون به غرب و استانبول رو به رو شده مجبور به فرود آوردن سر تعظیم در برابر فشارهای بین المللی می شود و به کشتی های جنگی خارجی و عثمانی اجازه می دهد تا جزیره را احاطه کنند حالا دیگر مردم جزیره تنها هستند و خودشان باید راهی برای شکست طاعون بیابند