کتاب الاسرار الخفیه فی العلوم العقلیه  علامه حلی الاسرار الخفیه فی العلوم العلقیه تألیف علامه حسن بن یوسف بن مطهر حلی متوفی ۷۲۶ق به اسم هارون بن شمس الدین جوینی ملقب به خواجه شرف الدین متوفی ۶۸۵ق داماد خلیفه عباسی نوشته شده است این اثر از امهات متون فلسفی اسلامی پس از ابن سینا و پیش از مکتب اصفهان به شمار می رود   کتاب در سه بخش فن منطق طبیعیات و الهیات تألیف شده است هر بخش خود مشتمل بر چند مبحث است که مطالب آن تحت عنوان سرّ مطرح شده است  علامه حلی در نگارش این اثر از آثار استادش خواجه نصیرالدین طوسی متوفای ۶۷۲ق که با تعبیر بعض المحققین در کتابش از او یاد کرده تأثیر پذیرفته که مهمترین آن ها شرح الإشارات و التنبیهات و تلخیص المحصل است همچنین از ابن سینا که از او با تعابیر صاحب الاشارات و الشیخ یاد کرده و نیز فخر رازی با تعابیر فاضل الشارح و یا بعض المتأخرین بهره برده است   این کتاب از آثار مهم علامه است که آن را اسرار الخفیّه نامیده است و به مصداق اسمش در آن حرف هایی را که تابه حال کسی نزده مطرح کرده است  از جمله نظریات علامه بحث در مسئله اصالت وجود و اصالت ماهیت است که به صورت مستقل در عصر علامه و پیش از او مطرح نبود؛ اما می بینیم رأی علامه پیرامون این مسئله در یکی از اسرار کتاب ذکر شده است او در یکی از اسرار کتاب می نویسد که بعضی معتقدند وجود صفتی دارد که حصولش را در اعیان اقتضا می کند بدون شک این همان قول به اصالت وجود است او سپس با تعبیر و هو محال از این دیدگاه تعبیر می کند که به صراحت نشان می دهد که او قائل به اصالت ماهیت است  علامه حلی همچنین بر روی این دیدگاه تأکید می کند که حقیقت انـسان هـمان اجزاء اصلی بدن است که بدون تغییر و دگرگونی و کم وزیاد شدن باقی و پایدار است او در کتاب کشف الفوائد بین جـدایی اجـزاء از یـکدیگر و نابودی آن ها مردد است؛ به عبارت دیگر میان این دو نـظریه که آیا اعاده معدوم جایز است یا ممتنع دو دل است به همین دلیل معتقد است که این اجزای اصـلی بـدن کـه مساوی با حقیقت انسان است یا با مرگ نابود می شـود و هـنگام بازگشت به امر خدا دوباره ایجاد می گردد؛ این در حالی است که اعاده معدوم را بپذیریم یـا بـا مـرگ اجزاء اصلی آن از یکدیگر جدا می شوند و هنگام بازگشت این اجزاء اصلی به امـر خـدا بـا یکدیگر ترکیب و تألیف می شوند؛ درصورتی که اعاده معدوم را نپذیریم؛ اما در اسرار الخفیه دو دلی و شک و تردیدی کـه گـفته شـد برطرف می شود و آشکارا حقیقت انسان را همان اجزای اصلی بدن می داند که هنگام مـرگ از یـکدیگر جدا می شوند و فناناپذیرند و اعاده معدوم و بازگشت آنچه نیست و نابود شده است را نیز مـحال و مـمتنع مـی داند