分岐点移動
分岐点移動の速度は組換え時に存在する二価イオン、具体的にはマグネシウムイオン（Mg）の濃度に依存している。こうしたイオンはホリデイジャンクションがとる構造を決定し、安定化する役割を果たしている。イオンが存在しない場合にはDNA骨格は互いに反発しあい、ジャンクションは"open X"構造をとる。この条件は分岐点移動に最適であり、ジャンクションは鎖を自由に移動する。イオンが存在する場合には、イオンによって負に帯電した骨格が中和されるため、鎖は互いに近づきあい、ジャンクションは"stacked X"構造をとる。この状態はジャンクションの解離に最適であり、ジャンクションへのRuvCの結合が可能となる。