立体配座選択
相同組換えの機構は、「立体配座選択」の体系を用いて、類似したDNA配列を識別している。相同組換えは、相同なDNA分子間で遺伝物質の交換を促進する。この重要なプロセスでは、膨大な数の異なる配列の中から、特定の相同なDNA配列を検出する必要がある。大腸菌ではRecAが、他の生物ではそのスーパーファミリーのメンバーがこの検出を担っている。RecAは、初めに一本鎖DNAに沿って結合し、次にこのタンパク質-DNAフィラメントが二本鎖DNAに沿って相同性を探索する。RecA-DNAフィラメントでは、塩基間の距離が露出した二本鎖の3.4 Åに比べて大幅に広がっている（平均50%）。相同性を調べるためには、二本鎖DNAを同じ大きさだけ引き伸ばさないとならないので、探索には大きなエネルギー的障壁が存在する。DNA認識過程を信号検出問題として定式化することで、実験的に観測されたRecA誘導DNA変形と結合エネルギーが、最適な配列検出を確実にするように微調整されていることが明らかになった。その変化量は、相同なDNA配列への結合ではわずかに減少し、誤った配列への結合では大きく減少するようなものである。これはまさに立体配座選択の機構である。