シェナンドー軍 (南軍)
6月中旬、ロバート・パターソンを司令官とする北軍ペンシルバニア軍管区の部隊がハーパーズ・フェリーに向かって南下を開始した。街の周囲の地形から防衛不能と恐れたジョンストンは、橋と街の設備を破壊して、南方のウィンチェスターに後退した。パターソンはジョンストンを追撃せず、ポトマック川沿いに部隊を留めた。その後数週間にわたって両軍のにらみ合いが続いたが、戦闘は7月2日のホークスランの戦い（）があったのみであった。ほぼ2週間ポトマック川付近に留まり、いくらかの増援を受けた後、パターソンはウィンチェスターに向かって前進を開始したが、ジョンストン軍の偵察を務めるスチュアート騎兵連隊に遭遇し、僅か8kmほど前進できただけであった。パターソンは再び部隊を停止させ、今後の方針に関して幕僚に図ったが、注意を払うべきとの意見を得た。このことと、隷下の幾つかの連隊が任期完了のため従軍を拒否したことが重なり、パターソンはそれ以上の前進を中止した。このため、ジョンストンは7月18日に受領したP・G・T・ボーリガードのポトマック軍支援のために、シェナンドー軍をマナサス・ジャンクションに移動させるという命令を実行することができた。移動は18日の夕方に開始され、各旅団はピドモントまで徒歩で行軍し、そこから鉄道を使ってマナサス・ジャンクションへ向かった。鉄道はこの1本であったため、一度に大量の移動はできず。また砲兵と騎兵は自力で移動した。シェナンドー軍の最後の部隊がマナサスに到着したのは、7月21日であった。