オオヨドシマドジョウ
特に宮崎県・鹿児島県に流域をもつ大淀川水系に分布するシマドジョウ属については，1951年、皆森が大淀川のシマドジョウ(Cobitis biwae)の特異集団を報告し、1971年には、原色淡水魚類検索図鑑で、同様に大淀川水系にシマドジョウが分布するとしたものの、1995年、赤崎はこれらには触れずにヤマトシマドジョウを記録するなど、大きく混乱していた。2011年、大淀川水系の一支流から採集されたシマドジョウ属がこれらのいずれの種とも異なることを形態的・遺伝的に明らかにし、2015年、新種登録され、オオヨドシマドジョウと命名された。これらの経緯から、大淀川水系に産するシマドジョウ属はヤマトシマドジョウではなく、すべてオオヨドシマドジョウであると認識されるようになったが、その一方で、近年の複数の文献において大淀川水系にヤマトシマドジョウも分布するとの情報が公表されている