立体配座選択
分子認識は、ノイズが多く混雑した生物環境下で行われるので、認識系はしばしば、さまざまな類似した競合相手の中から標的を選択するという課題に対処しなければならない。たとえば、リボソームは、構造的に類似した多くのtRNAの中から、mRNAのコドンと一致する正しいtRNAを選択しなくてならない。もし、認識系と標的が鍵と鍵穴のように完全に一致すれば、結合時に変形する必要がないため、結合確率は高くなる。同時に、認識系は類似した構造を持つ競合物質に高い確率で結合してしまう可能性もある。認識系（錠前）と鍵の間に「構造的な不一致」を導入すると、正しい標的に結合する確率は下がるが、類似した誤った標的への結合確率はさらに下がるため、特異性が向上する。しかし、変形を大きくしすぎると、正しい標的への結合確率が著しく低下する。したがって、正しい結合確率の最大化と誤った結合確率の最小化との最適なバランスは、認識系がわずかに「オフターゲット（標的から外れた）」したときに達成される。このことから、分子認識過程における構造的変化が（たとえば誘導適合機構）、認識の特異性を高めるために有利であることが示唆される。