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TAK1は、TNFなど下流のサイトカインの発現を調節することも示されている。このTNF調節機能のため、自己免疫疾患（関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患）などTNFを介した疾患や、慢性疼痛やがんなど他のサイトカインを介した疾患に対する治療の新規標的となっている。TAK1選択的な新規阻害剤の創出とともに、TAK1を標的とした治療の可能性の探索が行われている。デューク大学で開発されたTAK1選択的阻害剤であるTakinibは、ヒトの関節リウマチのマウスモデルである（CIA）モデルにおいて、関節リウマチ様病理を緩和することが示されている。さらに、TAK1の薬理学的阻害によって炎症性サイトカイン、特にTNFが減少することが示されている。