ドッキングのための配座空間の探索
最も使用されているドッキングプログラムの2つ、GOLDとAutoDockは、このクラスに属している。遺伝的アルゴリズムは、分子ペアの各空間配置を特定のエネルギーを持つ「遺伝子」として表現することにより、基本的にはタンパク質とリガンドが共同している大きな立体配座空間を探索することを可能にしている。このようにして、ゲノム全体が、探索されるべき完全なエネルギー地形を表している。ゲノムの進化のシミュレーションは、生物学的進化と同様に、ランダムな個体 (コンホメーション) のペアを「交配」させ、子孫にランダムな突然変異が起こる可能性を持たせるクロスオーバー技術によって行われる。これらの方法は、実際のプロセスに近い状態を維持しながら、広大な状態空間をサンプリングするのに非常に有用であることが証明されている。