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2000年代に入ると、バブル崩壊後の平成不況による百貨店業界の不振が深刻化した。こうした状況を乗り切るため老舗百貨店の合併が相次ぎ、2003年には三越と伊勢丹が合併して三越伊勢丹となった。伊勢丹吉祥寺店でも、吉祥寺地区の商業施設集積により周辺地域の競争がさらに激化したこともあり収益が悪化、経営削減にも取り組んだものの収益性の確保が困難となった。なお、同店の2009年（平成21年）3月期の売り上げは174億3,200万円だった。