Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Yksittäisiä toimielimiä, etenkin Euroopan unionin erillisvirastoja, arvioitaessa tulee kuitenkin jatkuvasti esiin puutteita, jotka liittyvät esimerkiksi palvelukseenottomenettelyihin, julkisiin hankintoihin tai avoimuutta tai sisäistä tarkastusta koskeviin ongelmiin.