От една страна, тя е изправена пред военни и стратегически предизвикателства, активизирането на прояви на насилие сред бивши военни ръководители от движението за отделяне, намеса от страна на някои милиции, приватизация на вътрешната сигурност, гранични инциденти със суданци мюсюлмани, както и проблема за подялбата на приходите от петрола с ислямския Север.
Yhtäältä sillä on edessään sotilaallisia ja strategisia haasteita, väkivallan uusi nousu separatistiliikkeen entisten sotilasjohtajien keskuudessa, joidenkin puolisotilaallisten joukkojen häirintä, sisäisen turvallisuuden yksityistäminen, rajaselkkaukset muslimijohtoisen Sudanin kanssa ja öljytulojen jakaminen viimeksi mainitun kanssa.