Правителството на Куба излезе с официалната история, че смъртта му е вследствие на панкреатит, но според дисиденти в Куба, смъртта на Juan Soto е била причинена от нанесен побой от страна на полицейските сили на комунистическия режим на Кастро.
Kuuban hallituksen virallisen ilmoituksen mukaan hänen kuolinsyynsä oli haimatulehdus, mutta Kuubassa olevien toisinajattelijoiden mukaan Juan Soto kuoli Castron kommunistihallinnon poliisivoimien pahoinpitelemänä.