Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между ЕС и Съюза Коморски острови, като се разшири рамката за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови в интерес и на двете страни.
Uuden pöytäkirjan päätavoitteena on määritellä EU:n aluksille tarjottavat kalastusmahdollisuudet pääsyoikeuksia ja alakohtaista tukea varten ja jatkaa EU:n ja Komorien liiton välistä yhteistyötä laajentamalla kumppanuuskehystä, jossa kehitetään kestävää kalastuspolitiikkaa ja kalavarojen vastuullista hyödyntämistä Komorien kalastusvyöhykkeellä molempien osapuolten etujen mukaisesti.