Както и при други предприятия в началния етап от съществуването си, в SESAR все още не са въведени и не работят изцяло системите за вътрешен контрол и финансова информация.
Kuten muutkin käynnistysvaiheessa olevat yritykset, SESAR-yhteisyritys ei vielä ole saanut sisäisen valvonnan järjestelmiään eikä varainhoidon tietojärjestelmiään täysin toimintakuntoon.