Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между Европейския съюз и Съюза Коморски острови, като се насърчи създаването на рамка за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови.
Uuden pöytäkirjan päätavoitteena on määritellä EU:n aluksille tarjottavat kalastusmahdollisuudet pääsyoikeuksia ja alakohtaista tukea varten ja jatkaa EU:n ja Komorien liiton välistä yhteistyötä, jotta kannustettaisiin sellaisen kumppanuuskehyksen perustamista, jossa kehitetään kestävää kalastuspolitiikkaa ja kalavarojen vastuullista hyödyntämistä Komorien kalastusvyöhykkeellä.