В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Samaan aikaan on kyseenalaista, miten voidaan sovittaa yhteen Tonavan strategiassa vahvistetut toisinaan ristiriitaiset tavoitteet, esimerkiksi vedenlaatu, ympäristön tilan parantaminen, liikennöintikelpoisuus, energian hyödyntäminen tai ekomatkailu.