По силата на мандата, предвиден в нейния процедурен правилник, Frontex отговаря за извършване на анализ на риска въз основа на информацията, събрана от компетентните органи в държавите-членки, улесняване на оперативното сътрудничество между държавите-членки и трети страни, също така за сътрудничеството с компетентните органи на трети страни или с международни организации, например чрез обмяна на опит по въпросите на граничния контрол, обучението на национални граничари, обмена на оперативна информация и съвместните операции.
Työjärjestyksensä mukaisen toimivaltansa nojalla Frontexin tehtävänä on toteuttaa riskianalyysejä jäsenvaltioiden toimivaltaisten viranomaisten sille toimittamien tietojen pohjalta, helpottaa jäsenvaltioiden ja kolmansien maiden välistä operatiivista yhteistyötä sekä tehdä yhteistyötä kolmansien maiden toimivaltaisten viranomaisten ja kansainvälisten järjestöjen kanssa esimerkiksi seuraavilla aloilla: rajavalvontakysymyksiä koskevien kokemusten vaihtaminen, rajavartijoiden kouluttaminen, operatiivisten tietojen vaihtaminen ja yhteisten operaatioiden toteuttaminen.