Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Helaas is er echter bij het leeuwendeel van de organisaties - en dan met name de Europese agentschappen - telkens opnieuw sprake van onvolkomenheden ten aanzien van bijvoorbeeld de aanname van nieuw personeel, de uitschrijving van openbare aanbestedingen, de transparantie of het intern toezicht.