В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Het gevolg is dat in de praktijk alleen maar bescherming wordt geregeld in een bepaald deel van de EU, waardoor ernstige problemen ontstaan in termen van vrij verkeer van goederen die in sommige rechtsgebieden octrooibescherming genieten maar in andere vrij kunnen worden geproduceerd.