И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Echter, bij de totstandkoming van deze verordening werd vanaf de eerste lezing meteen een aantal meningsverschillen tussen de Raad en het Parlement duidelijk met betrekking tot de volgende punten: het nemen van vingerafdrukken van kinderen vanaf zes jaar met het risico dat voorbij werd gegaan aan de kosten en het ongemak waarmee ouders zouden worden geconfronteerd wanneer vingerafdrukken van hun kinderen veranderen; nieuwe uitdagingen over de manier waarop de verzameling van biometrische gegevens moet worden georganiseerd; en als laatste maar daarom niet minder belangrijk, het gebrek aan ervaring van de lidstaten met betrekking tot het beheren van de opgeslagen persoonsgegevens en technische fouten.