В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Hkrati se postavlja vprašanje, kako je mogoče uskladiti včasih nasprotujoče si cilje, določene v strategiji za Podonavje, kot so kakovost vode, izboljšanje stanja okolja, plovnost, izraba energije ali ekoturizem.