Агенцията в момента координира няколко съвместни операции и пилотни проекти по морските, сухопътните и въздушните граници с оглед на борбата с нелегалната имиграция, и по-конкретно по отношение на определени високорискови области, като например южните морски граници на ЕС, макар че северните и източните граници също са обхванати.
Agencija trenutno usklajuje številne skupne operacije in pilotne projekte na morskih, kopenskih in zračnih mejah z namenom boja proti nezakonitemu priseljevanju s posebnim poudarkom na določenih zelo tveganih območjih kot so južne morske meje EU, čeprav so zajete tudi severne in vzhodne meje.