Патентната система на ЕС обаче страда от много слабости, препятстващи установяването на единна патентна защита, но също и развитието на вътрешния пазар, намалявайки с това правната сигурност за инвеститорите и фирмите, извършващи иновации.
Patentna ureditev EU pa ima vrsto pomanjkljivosti, ki ovirajo uvedbo enotnega patentnega varstva, pa tudi razvoj notranjega trga, s tem pa meglijo pravno gotovost izumiteljem in inovativnim podjetjem.