След влизането в сила на регламента беше създадена Европейската агенция за управление на оперативното сътрудничество по външните граници на държавите-членки на Европейския съюз (Frontex), чиито основни задачи са да координира оперативното сътрудничество между държави-членки в областта на управлението на външните граници; да подкрепя държавите-членки за обучението на националните граничари; да извършва анализи на риска; да следи за напредъка в изследванията в областта на контрола и наблюдението на външните граници; да подкрепя държавите-членки при обстоятелства, които изискват засилена техническа и оперативна помощ по външните граници и да им предоставя необходимата подкрепа за организирането на съвместни операции по екстрадиция.
Po uveljavitvi uredbe je bila ustanovljena agencija Frontex, katere poslanstvo je, da usklajuje operativno sodelovanje med državami članicami na področju upravljanja zunanjih meja; pomaga državam članicam pri usposabljanju obmejne straže; izvaja ocene tveganja; spremlja potek razvoja nadzora zunanjih meja; pomaga državam članicam v okoliščinah, ko na zunanjih mejah potrebujejo tehnično in operativno pomoč in jim zagotavlja potrebno pomoč pri organizaciji skupnih operacij vračanja oseb.