И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Vendar pa je bilo glede te uredbe že od prvega branja kar nekaj nesoglasij med Svetom in Parlamentom pri naslednjih vidikih: jemanje prstnih odtisov otrokom, starejših od šest let, z nevarnostjo, da bi spregledali stroške in neprijetnosti, s katerimi bi se morali starši soočati vsakič, ko bi se otrokovi prstni odtisi spremenili; novi izzivi glede organizacije zbirke biometričnih podatkov; in nazadnje, čeprav ne najmanj pomembno, pomanjkanje izkušenj, ki jih imajo države članice z upravljanjem hranjenja osebnih podatkov in tehničnimi napakami.