Необходима е също по-добра координация между управляващите органи и съществуващите трансгранични институции, като еврорегионите, по време на изпълнението на трансграничните програми, за да се гарантира високо равнище на качество, прозрачност и близост до гражданите.
Prav tako je potrebno boljše usklajevanje med upravnimi organi in obstoječimi čezmejnimi institucijami, kot so evroregije, ob izvajanju čezmejnih programov, da bi zagotovili projekte visoke kakovosti, ki bodo pregledni in blizu državljanom.