Прилагането на принципа на междуинституционалната координация също е много важен елемент, който Комисията е оставила на доста заден план в своето предложение - нещо очевидно негативно, тъй като, както вече казаха някои от предходните оратори, всички смятаме, че Договорът от Лисабон скоро ще влезе в сила и би било добре този контекст да бъде включен.
Zelo pomembna je tudi krepitev načela medinstitucionalnega sodelovanja, ki pa jo Komisija v svojem predlogu kar nekako postavlja v ozadje, kar ima očitno negativne posledice, saj kot so povedali že številni prejšnji govorniki, vsi verjamemo, da bo Lizbonska pogodba kmalu začela veljati, in zato bi bilo dobro, če bi lahko vključili ta kontekst.