Въпреки това предложението на Комисията има определени недостатъци, например липсва оценка за въздействието на предлаганите мерки, сроковете за усвояване, спорното широко използване на резервите на ЕС или продължаващият проблем с недостатъчното финансиране на функция 4, които Комисията правилно посочи в доклада си за оценка на функционирането на междуинституционалното споразумение.
Vseeno pa ima predlog Komisije nekatere pomanjkljivosti, kot so odsotnost ocene vpliva predlaganih ukrepov, časovna razporeditev črpanja sredstev, vprašljiva široka uporaba rezerv EU ali nenehen problem z nezadostnim financiranjem razdelka 4, ki jih je Komisija pravilno navedla v svojem poročilu o oceni delovanja medinstitucionalnega sporazuma.