في الفترة ما بين عامي 1993 و1996، كان أنان مساعداً للأمين العام لعمليات حفظ السلام التابعة للأمم المتحدة، ثم أصبح وكيلاً للأمين العام. ولقد كانت إحدى الكارثتين العظميين اللتين يتحمل عنهما أنان قدراً هائلاً من المسئولية، المذبحة التي قتل فيها الصرب سبعة آلاف إنسان في مدينة سربرينتشا البوسنية، والتي ربما كانت أسوأ مذبحة تشهدها أوروبا فيما بعد الحرب العالمية.
Entre 1993 et 1996, Annan fut Sous-Secrétaire général adjoint aux opérations de maintien de la paix puis Sous-Secrétaire général. Le massacre serbe de 7 000 personnes dans la ville bosniaque de Srebrenica est l'une des deux grandes catastrophes où sa responsabilité est largement impliquée, le pire massacre que l'Europe d'après-guerre ait jamais connu.