لقد اكتسبت رغبة الجنوب في الاستقلال زخماً كبيراً بسبب فشل الشمال في جعل الوحدة أمراً جذاباً من خلال الإصلاح وعقد الانتخابات الحرة، وفقاً لما نصت عليه اتفاقية السلام الشامل. ويرجع العامل الثاني وراء دفع عملية الانفصال إلى افتقار جيش التحرير الشعبي في السودان إلى الالتزام بإيديولوجية السودان الجديد التي أقرها مؤسس الجيش جون قرنق ، الذي دخل في مفاوضات اتفاقية السلام الشامل، ثم توفي في حادث سقوط طائرة في عام 2005.
La volonté d’indépendance du Sud s’est amplifiée, parce que le Nord, faute de procéder aux réformes et aux élections préconisées par le CPA, n’est pas parvenu à susciter l’unité. L’autre facteur qui amène la sécession à gagner du terrain, c’est le manque d’implication de l’ALS vis-à-vis de l’idéologie du Nouveau Soudan, portée par John Garang, son fondateur, qui avait négocié le CPA, avant de mourir en 2005 à la suite d’un accident d’avion.