حين بدأت محاكمته حاول الادعاء إقصاء حمدان عن قاعة المحكمة أثناء إدلاء أحد الشهود بشهادته ضده. وكانت الحكومة بذلك ترغب في حماية مصادرها. لكن هذا الإجراء الغريب الذي تسمح به اللجان العسكرية، يخالف معايير القانون الفيدرالي، والدستوري، والدولي. وعلى هذا فقد سارع الدفاع إلى المطالبة بأمر قضائي من محكمة فيدرالية يقضي بمنع الاستمرار في هذه المحاكمة.
Au début du procès, la partie plaignante tenta de faire sortir Hamdan de la salle d’audience, lorsqu’un témoin fut appelé à la barre contre lui : le gouvernement tenait à protéger ses sources.