وتمتد هذه الرعاية إلى المؤسسة العسكرية ذاتها. ويُقال إن رئيس الأركان يوسف المنقوش يفضل ميليشيات برقة على الوحدات العسكرية تحت قيادته، في حين يشكو مسؤولون حكوميون بشأن الافتقار إلى سلسلة قيادة فعّالة. على سبيل المثال، في يونيو/حزيران، هاجم وزير الدفاع أسامة الجويلي المجلس الوطني الانتقالي بسبب تقاعسه عن التشاور مع المسؤولين المناسبين في قراراته، مشيراً إلى أن دوره تقلص إلى "التوقيع على خطط رئيس الأركان".
Le chef d'état-major Yousef al-Manqous est censé privilégier les milices de Cyrénaïque par rapport aux unités militaires placées sous son commandement, alors que des fonctionnaires se plaignent de l'absence d'une chaîne de commandement efficace. Par exemple, en juin, ministre de la Défense Osama al-Juwali a attaqué le CNT pour avoir omis de consulter des responsables sur ses décisions, en précisant que son rôle avait été réduit à «&#160;signer les plans du chef d'état-major.&#160;»