ويشكل إصلاح القضاء قضية أخرى ملحة. فالنظام القضائي في الوقت الحالي عاجز عن نظر قضية سرقة بسيطة، فما بالك بتأمين حقوق الإنسان. فقد تولت محكمة عليا تسيطر عليها الطوائف المحافظة اختيار القضاة وممثلي الادعاء، ولا يملك الأفغانيون إلا قدراً ضئيلاً من التعويض القضائي في نظام يسمح للقادة المحليين، الذين يفرضون سيطرتهم على النظام القضائي، بالعمل في ظل حصانة تعفيهم من العقاب.
À l’heure actuelle, le système judiciaire est incapable de traiter les cas de vol à l’étalage et donc de traiter les cas de violations des Droits de l’homme. Une Cour suprême dominée par des factions conservatrices a sélectionné les juges et les procureurs et les Afghans n’ont que peu de recours légal dans un système qui permet aux commandants locaux, qui ont une grande influence sur l’appareil judiciaire, d’agir en toute impunité.