يتلخص أهم التحديات التي تواجه الهيئة في فشلها في التغلب على مقاومة إتمام العديد من الاتفاقيات الشاملة. فبعض الدول تعارض تطبيق شروط معاهدة منع انتشار السلاح النووي على الكميات الصغيرة من المواد النووية. والحقيقة أن رفض ما يزيد على نصف أعضاء معاهدة منع الانتشار النووي لتطبيق هذا البروتوكول الإضافي، الذي يمنح الهيئة قدراً أكبر من المرونة في الكشف عن الأنشطة النووية السرية، من شأنه أن يقوض الأمن العالمي.
Certains pays s’opposent à l’application des dispositions du TNP pour de petites quantités de matières nucléaires. Par ailleurs, plus de la moitié des Etats parties refusent d’appliquer le protocole additionnel au traité – qui donnerait à l’AIEA plus de flexibilité pour traquer les activités nucléaires clandestines – au préjudice de la sécurité internationale.