كانت فترة ولاياتها الثانية (1993-1996) أطول وأفضل، إلا أن حكومتها سقطت مبكراً مرة أخرى، بسبب اتهامات بسوء الإدارة والفساد. ولقد لعبت الدسائس من جانب أجهزة الاستخبارات دوراً في ذلك السقوط. كما كانت المؤسسة العسكرية تحمل تجاهها شعوراً عميقاً بعدم الثقة، نظراً لوضعها كزعيمة شعبية مؤيدة للغرب، فضلاً عن رغبتها في إحلال السلام بين باكستان والهند.
En réalité, les machinations des services des renseignements y sont pour quelque chose. L’armée a développé une méfiance vivace à son égard, au vu de sa prise de position pour la paix en Inde et de son rôle de chef de file pro-occidental bénéficiant du soutien populaire.