ومن جانبها، تعاملت الحكومة مع مسألة إنشاء قوات مسلحة وطنية باعتبارها قضية لاحقة. فأثناء الثورة، سرب زعماء المجلس الوطني الانتقالي الموارد والتمويل إلى الألوية الإسلامية التي تتقاسم معها إيديولوجية مشتركة، بدلاً من تمويل الجيش الوطني الليبي الوليد. وبعد أن قام مقاتلون إسلاميون بقتل عبد الفتاح يونس القائد العام للقوات المسلحة المتمردة في يوليو/تموز 2011، تم تهميش المؤسسة العسكرية.
Pendant la révolution, les dirigeants du CNT ont canalisé les ressources et le financement des brigades islamistes avec lesquelles ils partagent une idéologie commune, plutôt qu'avec la toute nouvelle Armée Nationale Libyenne (ANL). Après que les combattants islamistes aient tué le commandant en chef des forces rebelles Abdoul Fattah Younis en juillet 2011, l'armée a été mise à l'écart.