يثير هذا الكشف أسئلة جديدة مثيرة للاهتمام، لأن د. خان كان بعيداً عن العمل الفعلي المرتبط بتصنيع الأسلحة. فالمؤسسة النووية في باكستان تنقسم إلى قسمين أساسيين. أحد هذين القسمين، والذي تولى د. خان رئاسته ذات يوم، مسئول عن إنتاج غاز اليورانيوم المستخدم في القنابل والذي يوفر الوقود اللازم لإحداث التفجير النووي حين يتم تحويله إلى معدن. أما القسم الآخر والذي يخضع لوكالة الطاقة النووية ومجمع التنمية الوطنية بباكستان فهو يتحمل نطاقاً أكثر اتساعاً من المسئوليات ـ تحويل غاز اليورانيوم إلى معدن وتصميم الأسلحة وتصنيعها وإجراء الاختبارات النووية.
L'une, dirigée par le Dr Khan, est responsable de la production d'uranium gazeux qui, converti en métal, apporte le combustible nécessaire à l'explosion nucléaire. L'autre division, qui tombe sous la responsabilité de la Commission à l'énergie atomique du Pakistan et du Complexe de développement national (NDC), possède un plus large éventail de responsabilités : depuis la conversion de l'uranium gazeux en métal, jusqu'à la conception et la fabrication des armes en passant par les essais nucléaires.