يجري الآن تقسيم اتفاقية الشراكة عبر الأطلسية للتجارة والاستثمار إلى 15 مجموعة عمل محددة. وبرغم أن المفاوضات جديدة، فإن القضايا التي تفصل بين الجانبين قائمة منذ فترة طويلة ومعروفة على نطاق واسع. ومن بين أكثر هذه القضايا صعوبة تلك القيود التي يفرضها الاتحاد الأوروبي على الواردات من الأغذية المعدلة وراثيا، والتي ت��ثل مشكلة كبرى بالنسبة لقطاع الزراعة في الولايات المتحدة. ويشكل التنظيم المالي قضية أخرى صعبة، حيث تفضل البنوك الأميركية القواعد المعمول بها في الاتحاد الأوروبي على الإطار الأكثر صرامة الناشئ في الولايات المتحدة (مثل فرض معايير رأسمالية أعلى كثيراً على البنوك الكبيرة، وهي المعايير التي اقترحتها الهيئات التنظيمية المالية في أميركا مؤخرا).
L'une des plus difficiles est la limitation des importations d'aliments génétiquement modifiés par l'UE, qui pose un problème majeur à l'agriculture des Etats-Unis. Une autre est la réglementation du secteur financier, où les banques des Etats-Unis préfèrent les réglementations de l'UE pour leur cadre national émergent plus rigoureux (comme les normes de capitalisation plus exigeantes pour les grandes banques récemment proposées par les organismes de réglementation des Etats-Unis).