وكان صعود الإسلام السياسي في أعقاب حرب الأيام الستة بين العرب وإسرائيل في عام 1967 بمثابة ضربة أخرى موجهة للأقليات الدينية. فمن خلال الترويج للصحوة الإسلامية بوصفها حلاً لعلل المنطقة، أدت النزعة المتأسلمة إلى تهميش غير المسلمين، بما في ذلك المجموعات التي لعبت أدواراً كبرى في الحياة الاقتصادية والثقافية والسياسية في المنطقة لقرون من الزمان. ونتيجة لهذا، واجه المسيحيون في أماكن مثل مصر تمييزاً اجتماعياً قاسياً وأعمال عنف، وأحياناً على يد الدولة العلمانية اسميا.
En favorisant le renouveau islamique comme solution aux maux de la région, l'islamisme a conduit à la marginalisation des non-musulmans, y compris les groupes qui ont pu jouer un rôle considérable dans la vie économique, culturelle et politique de la région pendant des siècles. Ainsi en Égypte, les chrétiens ont fait face à une dure discrimination sociale et à des actes de violence, parfois de la main même de l'État, qui est en théorie laïque.