أما التحدي الثاني فيكمن في فهم الكيفية التي تتفاعل بها الجينات فيما بينها أو مع عوامل أخرى لإنتاج حالة معينة، وهو ما ينبغي أن يمكننا من التوصل إلى تدابير وقائية جديدة أو علاجات تستند إلى التفاصيل الخاصة بكيفية بداية نشوء الحالة وتطورها. وهذا بطبيعة الحال أكثر إثارة للاهتمام ـ وتنفيذه أشد صعوبة. فهذا يشكل بمعنى من المعاني الفارق بين مطابقة الكلمات المتماثلة في نَصٍ ما وبين فهم النص بالكامل.
Le second défi est de comprendre comment les gènes agissent entre eux et se combinent à d’autres facteurs pour engendrer une condition. Nous pourrions alors élaborer de nouvelles mesures préventives ou des traitements sur la base des détails de la formation et de l’évolution d’une condition.