كما تخشى مصر اندلاع حرب أهلية بين حماس وفتح. وعلى الرغم من أن حماس قد استبعدت هذا الاحتمال، إلا أنها لم تبد أي تردد في استخدام القوة الصارمة ضد معارضيها. وعلى نحو مماثل يقول محمود الزهار وزير خارجية حكومة حماس إن أي محاولة لحل الحكومة الحالية أو الدعوة إلى إجراء انتخابات مبكرة من جانب عباس من شأنه أن يؤدي إلى اندلاع حرب أهلية. ولقد كان الخوف من وقوع معارك ساخنة سبباً في دفع العديد من الفلسطينيين إلى محاولة الدخول إلى مصر، فاضطرت الحكومة المصرية بالتالي إلى نشر قواتها على الحدود بهدف السيطرة على أي خروج جماعي.
D’après Mahmoud Al-Zahar, ministre palestinien des Affaires étrangères, toute dissolution du gouvernement ou toute anticipation des élections par Abbas mènerait droit à la guerre civile. La crainte d’un combat majeur a déjà poussé de nombreux Palestiniens à s’exiler en Egypte, ce qui a entraîné le déploiement de troupes égyptiennes à la frontière pour contrôler tout exode massif.