في نفس الوقت، يُـذَكِرنا التسلسل القيادي المعقد المفترض في قوة السلام المشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة، ببعض أسوأ مظاهر العمليات المشتركة التي قام بها حلف شمال الأطلنطي والأمم المتحدة في يوغوسلافيا السابقة في فترة التسعينيات. حيث من المفترض أن يتولى قادة قوة الاتحاد الأفريقي على الأرض السيطرة التكتيكية، بينما تتولى قيادة مشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة الإشراف على العمليات، أما الأمم المتحدة فتتولى تحديد الأهداف الإستراتيجية الكلية للقوة المشتركة. إن هذا النظام القيادي المعقد الملتف من شأنه أن يزيد من صعوبة التفاعل السريع مع أي أزمة أو تهديد.
Parallèlement, la chaîne complexe de commandement prévue pour la force UA-ONU rappelle certains des pires aspects des opérations de l’OTAN-ONU dans l’ancienne Yougoslavie dans les années 90. Il est prévu que les officiers de l’UA sur le terrain gardent le contrôle tactique des opérations, qu’un commandement conjoint UA-ONU exerce une supervision opérationnelle et que les Nations unies définissent les objectifs stratégiques d’ensemble de la force conjointe.