والواقع أن جوناثان كان المرشح الأبعد ترجيحاً للفوز بلعبة القوة الرئاسية الشرسة في نيجيريا. فهو ينتمي إلى قبيلة الإيجوا، وهي أقلية عرقية في الإقليم الجنوبي الشرقي، وهو واحد من أقاليم نيجيريا السياسية الستة، في حين كان الحكم في الدولة خاضعاً لهيمنة المجموعات الثلاث الأضخم عرقيا ـ الهاوسا فولاني، التي يتركز المنتمون إليها في الشمال الغربي والشمال الشرقي، والإيجوا في الجنوب الشرقي، ويوروبا في الجنوب الغربي. وكانت المساومات العرقية المعقدة سبباً في جعل جوناثان رفيقاً ضابطاً لخطوات يارادوا في انتخابات 2007 المزورة.
Il est un Ijaw, une minorité ethnique du Sud-Sud, une des six régions politiques du Nigéria, alors que la gouvernance du pays a été historiquement dominée par les trois groupes ethniques les plus importants – les Hausa-Fulani, habitant essentiellement le Nord-Ouest et le Nord-Est, les Igbo du Sud-Est, et les Yoruba dans le Sud-Ouest. Mais au terme de négociations ethniques complexes, Jonathan est devenu le compagnon de campagne de Yar’Adua lors des élections frauduleuses de 2007.