وفي مجال السياسة الدينية، فإن خامنئي كان يستخدم راديكالية أحمدي نجاد وتطرفه بحرص. ومن المعتقد على نطاق واسع أن الرئيس يتمنى لو يتمكن من الحد من نفوذ رجال الدين وزيادة السلطات التي يتمتع بها الحرس الثوري، الذي يشكل المصدر الرئيسي الذي يستمد منه الدعم المؤسسي. وعلى هذا فإن خامنئي يستطيع أن يقدم نفسه بوصفه المدافع عن رجال الدين، الذين يعملون على تعزيز موقفه، في ضوء التشكيك الواسع النطاق في مؤهلاته الدينية منذ تولى السلطة قبل 21 عاما.
Muchos creen que al presidente le gustaría reducir la influencia del clero y aumentar el poder de las Guardias Revolucionarias, su principal fuente de respaldo institucional. Por ende, Khamenei puede presentarse a sí mismo como un defensor del clero, lo cual, dadas las dudas generalizadas sobre sus credenciales clericales desde que asumió el poder hace 21 años, mejora su posición.