كما ذهبت وزارة الأوقاف، التي تؤثر على المؤسسة الإسلامية الرئيسية في البلاد - الأزهر الشريف - إلى د. طلعت عفيفي، نائب رئيس الهيئة الشرعية للحقوق والإصلاح، و هي الهيئة التي تضم أكثر من مائة من العلماء والناشطين الإسلاميين البارزين في مصر. وأخيرا، سوف يتولى المستشار أحمد مكي، نائب رئيس محكمة النقض السابق، وهي أعلى محكمة استئناف في مصر، وزارة العدل، التي تحتاج إلى تغيير حقيقي. والواقع أن مكي مؤيد قوي لاستقلال القضاء، ولقد أطلِق عليه لقب "ممثل الثورة" في حكومة قنديل.
El ministerio de Atributos Religiosos, que influye en la principal institución islámica del país, al-Azhar, quedó en manos de otro de los aliados de los Hermanos, Talaat Afifi, vicejefe del Organismo Legal Islámico para Derechos y Reforma, que encuadra a más de cien prominentes académicos y activistas islamistas de Egipto. Finalmente, Ahmed Mekki, ex director adjunto de la Corte de Casación, el más alto tribunal de apelaciones de Egipto, dirigirá el Ministerio de Justicia, que necesita un verdadero cambio.