وعلى الرغم من انتخابه لعضوية المجلس التشريعي الفلسطيني في عام 1996، إلا أن صيت البرغوثي ذاع وانتشر على نطاق واسع منذ بدأت الانتفاضة الحالية في سبتمبر عام 2000. ولقد كان تأييده للهجمات التي تستهدف الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في المناطق المحتلة، والتي اعتبرها مشروعة وفقاً للقانون الدولي، سبباً في اكتسابه لشعبية هائلة بين الفلسطينيين، لكنها أيضاً كانت السبب في خمسة أحكام صدرت ضده بالسجن مدى الحياة علاوة على حكم بالسجن لمدة أربعين عاماً في سجن إسرائيلي.
Aunque fue elegido como miembro del Consejo Legislativo Palestino en 1996, la reputación de Barghouti aumentó notablemente cuando comenzó la actual Intifada, en septiembre de 2000. Su apoyo a los ataques contra soldados y colonos israelíes en los territorios ocupados, que califica como legítimos según la ley internacional, le ha significado una inmensa popularidad entre los palestinos, pero también una sentencia de cinco cadenas perpetuas más 40 años en una prisión israelí.