يتلخص أهم التحديات التي تواجه الهيئة في فشلها في التغلب على مقاومة إتمام العديد من الاتفاقيات الشاملة. فبعض الدول تعارض تطبيق شروط معاهدة منع انتشار السلاح النووي على الكميات الصغيرة من المواد النووية. والحقيقة أن رفض ما يزيد على نصف أعضاء معاهدة منع الانتشار النووي لتطبيق هذا البروتوكول الإضافي، الذي يمنح الهيئة قدراً أكبر من المرونة في الكشف عن الأنشطة النووية السرية، من شأنه أن يقوض الأمن العالمي.
Algunos países se oponen a la aplicación de mecanismos de vigilancia del TPN a cantidades pequeñas de materiales nucleares. La falta de voluntad de más de la mitad de los firmantes del TPN de aplicar el Protocolo Adicional, que da a la AIEA mayor flexibilidad para descubrir actividades nucleares clandestinas, socava la seguridad global.