وتمتد هذه الرعاية إلى المؤسسة العسكرية ذاتها. ويُقال إن رئيس الأركان يوسف المنقوش يفضل ميليشيات برقة على الوحدات العسكرية تحت قيادته، في حين يشكو مسؤولون حكوميون بشأن الافتقار إلى سلسلة قيادة فعّالة. على سبيل المثال، في يونيو/حزيران، هاجم وزير الدفاع أسامة الجويلي المجلس الوطني الانتقالي بسبب تقاعسه عن التشاور مع المسؤولين المناسبين في قراراته، مشيراً إلى أن دوره تقلص إلى "التوقيع على خطط رئيس الأركان".
Se dice que el jefe del Estado Mayor, Yousef Al Manqous, prefiere las milicias cirenaicas a las unidades militares bajo su mando; al mismo tiempo, los funcionarios de gobierno se quejan de la falta de una cadena de mando efectiva. Por ejemplo, el pasado junio, el ministro de defensa Osama Al Juwali cuestionó al CNT por no consultar sus decisiones con los funcionarios pertinentes y agregó que su tarea como ministro había quedado reducida a “poner la firma en los planes del jefe del Estado Mayor”.