أما منظمة الجهاد المصرية، التي أفرزت أيمن الظواهري، القائد الأعلى لتنظيم القاعدة الآن، فقد بدأت عملية تحول ناجحة جزئيا. صحيح أن العديد من فصائلها لا تزال تتمسك بالتكتيكات المسلحة، بما في ذلك الإرهاب. ولكن الكثير من فصائلها أيضاً تنتقد تنظيم القاعدة بشدة، وتحاول الآن تشكيل أحزاب سياسية تقليدية في مصر.
La organización egipcia Yihad Islámica, de la que salió Ayman al Zawahiri, actual líder supremo de Al Qaeda, también inició un proceso de transformación, parcialmente exitoso. Aunque varias de sus facciones todavía defienden las tácticas armadas, incluido el terrorismo, otras son sumamente críticas de Al Qaeda y están intentando crear partidos políticos convencionales en Egipto.