ومع ذلك فإن التعاون داخل منظمة شنغهاي للتعاون ما زال مركَزاً على أهداف وطنية وليس على أهداف جماعية، وذلك لأن مصالح أعضائها تتفاوت إلى حد كبير. فالصين على سبيل المثال، تسعى إلى إيجاد أسواق لمنتجاتها وتوسيع مواردها من الطاقة، بينما تسعى روسيا إلى استغلال منظمة شنغهاي للتعاون للترويج لأجندتها المعادية للغرب. كما ترغب بقية الدول الأعضاء في المنظمة ـ وعلى رأسها الصين وكازاخستان ـ في تعزيز مستويات التعاون الاقتصادي مع الغرب. ولهذا السبب لم تتمكن روسيا، أثناء القمة التي عقدتها منظمة شنغهاي للتعاون في أغسطس/آب، من الحصول على دعم بقية الدول الأعضاء لها فيما يتصل بالنزاع في جورجيا.
No obstante, la cooperación en la OCS continúa más enfocada en los objetivos nacionales que en los colectivos ya que los intereses de sus miembros divergen ampliamente. China, por ejemplo, requiere mercados para sus productos y más recursos energéticos, mientras que Rusia pretende utilizar a la OCS para promover su agenda antioccidental.