كان البرغوثي يؤيد عقد انتخابات داخلية في حركة فتح، وكان يحاول تنفيذ ذلك حين اعتقله الإسرائيليون. وباعتباره واحداً من زعماء الشارع الفلسطيني والذي انتخب رئيساً للمجلس الطلابي بجامعة بير زيت ، فقد اكتسب البرغوثي الشرعية من خلال اختياره بواسطة أقرانه. وحين بدأت عملية أوسلو لم يقبل أي منصب داخل السلطة الفلسطينية، واختار عوضاً عن هذا أن يظل قريباً من كوادر فتح المحلية. وإن الشخص الذي سيحل محل عرفات لابد وأنه سيحتاج إلى التأكد من اقتناع هذه الألوية بأنها ستلقى الاحترام الكافي فيما يتصل بوضعها ومطالبها وزعمائها.
En su condición de líder de base electo como cabeza del consejo estudiantil de la Universidad Bir Zeit, ganó legitimidad al ser elegido por sus iguales. Cuando comenzó el proceso de Oslo, se negó a aceptar un cargo oficial dentro de la Autoridad Palestina y escogió, en lugar de ello, permanecer cerca de los grupos de base locales de Al Fatah.