وحتى النباتات المزروعة بطريقة الزراعة الصيدلانية البيولوجية والتي خضعت للتجارب الميدانية لم تخل من الإشكاليات. ففي عام 2003، أعلنت وزارة الزراعة في الولايات المتحدة عن قواعد جديدة مرهِقة لاختبار المحاصيل المهندسة لإنتاج المستحضرات الصيدلانية. وكان الهدف الظاهري للقواعد التنظيمية تجنب تلويث المواد الغذائية بالعقاقير، وخاصة عندما تستخدم المحاصيل الصالحة كغذاء للبشر لإنتاجها. ولكن مخاوف الصناعات الغذائية من تلويث النباتات المزروعة بيولوجيا لمنتجاتها مبالغ فيها إلى حد كبير. وفي كل الأحوال، يكمن تخفيف المخاطر بطرق عديدة، وأوضح هذه الطرق استخدام النباتات غير الغذائية مثل التبغ.
En 2003, el Departamento de Agricultura de los EE.UU. anunció nuevas normas onerosas para los ensayos de cultivos creados con miras a producir substancias farmacéuticas. El objetivo manifiesto de la reglamentación es el de evitar la contaminación con medicamentos de los suministros alimentarios, en particular cuando se utilizan cultivos comestibles para producirlos, pero las preocupaciones de las empresas del sector alimentario, en el sentido de que plantas resultantes de la agricultura biofarmacéutica contaminen sus productos, son exageradas y, en cualquier caso, se puede mitigar el riesgo de varias formas, la más evidente de las cuales es la utilización de plantas no comestibles como el tabaco.