ولكن في حين حافظ تنظيم القاعدة على إيديولوجيته بعد الحادي عشر من سبتمبر، فإن قاعدته التنظيمية تغيرت بشكل كبير. فمن منظمة مركزية هرمية تحول التنظيم إلى بنية غير مركزية إلى حد كبير، وتحولت الفروع الإقليمية إلى كيانات فاعلة مهيمنة.
Pero aunque después del 11-S Al Qaeda mantuvo su ideología, su modo de organización cambió en forma radical. De ser una organización centralizada y jerárquica pasó a adoptar una estructura sumamente descentralizada, en la que el protagonismo se trasladó a las ramas regionales.