والواقع أن جوناثان كان المرشح الأبعد ترجيحاً للفوز بلعبة القوة الرئاسية الشرسة في نيجيريا. فهو ينتمي إلى قبيلة الإيجوا، وهي أقلية عرقية في الإقليم الجنوبي الشرقي، وهو واحد من أقاليم نيجيريا السياسية الستة، في حين كان الحكم في الدولة خاضعاً لهيمنة المجموعات الثلاث الأضخم عرقيا ـ الهاوسا فولاني، التي يتركز المنتمون إليها في الشمال الغربي والشمال الشرقي، والإيجوا في الجنوب الشرقي، ويوروبا في الجنوب الغربي. وكانت المساومات العرقية المعقدة سبباً في جعل جوناثان رفيقاً ضابطاً لخطوات يارادوا في انتخابات 2007 المزورة.
Pertenece a la minoría étnica ijaw del Sur-Sur, una de las seis regiones políticas de Nigeria, mientras que, históricamente, el país ha estado gobernado por los tres grupos étnicos mayores –los hausa-fulani, pertenecientes principalmente al Noroeste y al Nordeste, los igbos del Sudeste y los yorubas del Sudoeste. Unas complejas negociaciones étnicas habían hecho de Jonathan el compañero de candidatura de Yar’Adua en las fraudulentas elecciones de 2007.