لكن الفئة الثانية من المفجرين الانتحاريين تشكل تحدياً أعظم، ذلك أنها تشتمل على منظمات مثل حماس والجهاد الإسلامي تناضل من أجل أهداف وطنية معلن عنها ومعترف بها. وعلى الرغم من أن الإرهاب يُـنْـظَر إليه عن حق باعتباره وسيلة غير مشروعة، إلا أن الوطنية تعبر عن هدف معقول، ومشروع في كثير من الأحيان، وتعكس شعوراً يتقاسمه العديد من الناس الذين لا شأن لهم بالإرهاب من قريب أو بعيد. وعلى النقيض من الإرهابيين من أمثال تنظيم القاعدة، الذين يعلنون أهدافاً قومية تفتقر إلى أية هيئة واضحة، فإن أفراد الفئة الثانية يتبنون أهدافاً أكثر واقعية، وهذا من شأنه أن يجعل من الممكن التعامل معهم وتحييدهم من خلال معالجة القضايا الأساسية التي تحركهم (على سبيل المثال، إنشاء دولة فلسطينية قابلة للاستمرار والبقاء).
Si bien se considera con razón que el terrorismo es un medio ilegítimo, el nacionalismo es una meta racional y a menudo legítima, y muchas personas que no son terroristas la comparten. A diferencia del caso de los terroristas milenarios como Al Qaeda, para quienes el objetivo es amorfo, los fines más realistas de los extremistas nacionalistas hacen que sea posible neutralizarlos si se aborda el problema que les da origen (por ejemplo, la creación de un Estado palestino viable).