كما نجحت هيئة الطاقة الذرية أيضاً بفضل مثابرتها وعنادها في فضح القدر الأعظم من برنامج إيران النووي، ولو أن ذلك لم يحدث إلا بعد أن كشفت مجموعة من الإيرانيين المنشقين عن وجود بعض المنشآت السرية التابعة للنظام الحاكم في إيران. وفي أوائل العام 2003، كان بوسع الهيئة أن تثبت بفضل تواجدها على الأرض في العراق أن صدّام لم يكن لديه أي برنامج لتصنيع الأسلحة النووية، وذلك في تناقض واضح مع مزاعم إدارة بوش . وفي العام 2004 كشفت الهيئة عن التجارب غير الشرعية التي كانت كوريا الشمالية تجريها على البلوتونيوم وتخصيب اليورانيوم.
La tenacidad de la AIEA también ha revelado gran parte del programa nuclear de Irán, aunque sólo después de que un grupo disidente iraní divulgara la existencia de algunos de los centros nucleares secretos del régimen. A principios de 2003, su presencia in situ en Irak determinó que Saddam no tenía un programa de armas nucleares, contrariamente a lo que afirmaba el gobierno de Bush.