الإرث الاستعماري أيضاً من بين العوامل التي تساعدنا في فهم الطبيعة السلبية نسبياً للمسلمين في جنوب الصحراء الكبرى في أفريقيا. فقد كان ترسيم الحدود على نحو اعتباطي استبدادي من قِـبَل القوى الاستعمارية سبباً في الجمع من غير تمييز بين مجموعات عرقية مختلفة، ربما اشتهرت تاريخياً بالعداوة فيما بينها، في دولة واحدة. كما عمل الاقتصاد السياسي الاستعماري على تركيز عمليات "التنمية" في المناطق الغنية بالموارد الطبيعية، بينما أهمل المناطق التي تفتقر إلى الموارد وأهل تلك المناطق، الذين كانوا من المسلمين في كثير من الأحوال.
La arbitraria demarcación de las fronteras por parte de los poderes coloniales agrupó en un Estado diversos grupos étnicos que pudieron haber sido históricamente antagonistas. La política económica colonial se centró también en el "desarrollo" de las zonas ricas en recursos, mientras que descuidaba las regiones pobres en recursos y a sus poblaciones, que en muchos casos eran musulmanas.