وتفرض التسلسلات الجينية غير المعرفة مشكلة أخرى، لأنه من غير المعروف ما إذا كانت مركبات أخرى غير الفيروسات، والبكتريا، والعتيقات، وحقيقيات النوى لها وجود حقا. بل إننا على العكس من ذلك نعلم أن جينات جديدة، يطلق عليها وصف (الجينات اليتيمة)، تنشأ عادة عن طريق استنساخ أو اندماج الجينات أو آليات أخرى غير معلومة. ولكن على الرغم من هذا، فإن هذه الظاهرة مستحيلة وفقاً لمفهوم شجرة الحياة الذي أتى به دارون.
Las secuencias genéticas no identificadas plantean un problema porque no se sabe si existen vehículos distintos a los virus, bacterias, archaea y eucariotes. Por el contrario, sabemos que los genes nuevos denominados ORFans (“genes huérfanos”) se crean comúnmente por duplicación genética, fusión u otros mecanismos desconocidos.