إن إخفاق مولدوفا في تبني عملية الإصلاح يرجع جزئياً إلى الحركات الانفصالية التي تدعمها روسيا. ولقد كانت محاولاتها بائسة فيما يتصل بالاستقلال، حين أعلن إقليم ترانسدنستريا استقلاله، وهو الإقليم الذي يسكنه ناطقون باللغتين الروسية والأوكرانية، والذين كانوا يخشون أن تقيم الأغلبية من أهل مولدوفا، وهم من أصل روماني، علاقات أكثر قوة مع رومانيا. وفي أعقاب ذلك نشبت الحرب الأهلية، وفي العام 1992 دخلت القوات الروسية إلى ترانسدنستريا ، ولم ترحل منذ ذلك الوقت. ولم يُـعترف باستقلال ترانسدنستريا قط، سواء من جانب مولدوفا أو على المستوى الدولي، حيث يقال إن ذلك الإقليم يعاني من الفساد الشديد وانعدام القانون.
La falta de éxito de Moldavia en materia de reforma fue en parte el resultado de los movimientos secesionistas respaldados por Rusia. Tuvo un comienzo lamentable en la independencia cuando se declaró independiente la región industrial de Transniestria –poblada de oradores rusos y ucranianos que temían que la mayoría de los moldovanos, que son de descendencia rumana, planearan lazos más estrechos con Rumania-.