بيد أن هذا الاستخدام لا يخلو من أوجه قصور خطيرة. فلأن المؤشر يُحسَب استناداً إلى قياسين بيولوجيين (الوزن والطول)، فإن النتيجة الناجمة عنه لا تحمل قيمة بيولوجية في حد ذاتها. وبالتالي فإن دراسات البدانة من الناحية الوراثية والتي تستند إلى العلاقة بين علامات وراثية بعينها ومؤشر كتلة الجسم تصبح أيضاً بلا قيمة.
Como el índice se calcula a partir de dos mediciones biológicas (peso y altura), el resultado que se obtiene no tiene ningún significado biológico en sí mismo. En consecuencia, los estudios de la genética de la obesidad que se basan en una relación entre ciertos marcadores genéticos y el IMC tampoco tienen sentido.