في الفترة ما بين عامي 1993 و1996، كان أنان مساعداً للأمين العام لعمليات حفظ السلام التابعة للأمم المتحدة، ثم أصبح وكيلاً للأمين العام. ولقد كانت إحدى الكارثتين العظميين اللتين يتحمل عنهما أنان قدراً هائلاً من المسئولية، المذبحة التي قتل فيها الصرب سبعة آلاف إنسان في مدينة سربرينتشا البوسنية، والتي ربما كانت أسوأ مذبحة تشهدها أوروبا فيما بعد الحرب العالمية.
Entre 1993 y 1996, Annan fue Asistente del Secretario General para las Operaciones de la ONU de Mantenimiento de la Paz, y posteriormente fue Subsecretario General. Uno de los grandes desastres de los que es responsable en gran parte es el genocidio por parte de los Serbios de 7.000 personas en la ciudad bosnia de Srebrenica, quizás la peor masacre de posguerra en Europa.