ولكن البرنامج النووي ظل يشكل عقبة . فقد استمر القذافي في استيراد التكنولوجيا النووية سراً، حتى بينما كان دبلوماسيوه يتفاوضون سراً على التوصل إلى اتفاقية للتعايش السلمي مع الولايات المتحدة وبريطانيا. وفي شهر أكتوبر/تشرين الأول من عام 2003، كشف المفتشون الإيطاليون لسفينة ألمانية راسية في تارانتو بإيطاليا عن كمية من أجهزة الطرد المركزي كانت في طريقها إلى ليبيا.
Kadaffi prosiguió con sus importaciones secretas de tecnología nuclear, a pesar de que los diplomáticos negociaban en privado un modus vivendi con Estados Unidos y Gran Bretaña. En octubre de 2003, los inspectores italianos de un barco alemán que había atracado en Tarento, Italia, descubri eron varias centrífugas destinadas a Libia.