تولى مُـشَرَّف ، باعتباره رئيساً لأركان الجيش الباكستاني، توجيه الغزو المأساوي لإقليم كارغيل في العام 1999، حين أرسلت باكستان جنودها سراً عبر خطوط وقف إطلاق النار للاستيلاء على المرتفعات ذات الأهمية الإستراتيجية والتي تطل على ممر حيوي في الهند. ولقد نجحت الاستخبارات الهندية في تسجيل محادثة هاتفية تباهى فيها مُـشَرَّف بذلك التحرك أثناء زيارة قام بها إلى بكين. ولأن الغزو كان مخالفاً للقانون واستفزازياً بوضوح، فقد أنكرت باكستان تورط أي مسئولين عسكريين رسميين فيها، حتى أن مُـشَرَّف رفض تسلم رفات جنوده بعد أن تمكنت الهند من صد القوات الباكستانية، بتكاليف فادحة على الجانبين. وكانت هذه نقطة سوداء في العلاقات الهندية الباكستانية، ومنذ ذلك الوقت لم يبد أي من الزعماء في دلهي أي استعداد للثقة في مُـشَرَّف .
Como Jefe del Alto Mando del Ejército, Musharraf dirigió la desastrosa invasión a Kargil de 1999, cuando Pakistán envió soldados subrepticiamente para que atravesaran las líneas de alto al fuego y capturaran puntos altos del terreno, vitales para tener control visual de un camino indio estratégico. La inteligencia india grabó a Musharraf jactándose en una línea telefónica abierta acerca de la acción durante una visita a Beijing.