سارع مُـشَـرَّف إلى إحكام قبضته على بعض المقاتلين المنتمين إلى الجماعات الدينية العاملة داخل باكستان، وكذلك التي تحارب القوات الهندية في كشمير. ونتيجة لهذا كوفئت باكستان بالمساعدات المالية والأسلحة الأميركية. وتعزيزاً لهذا التحول في الولاء أرسل مُـشَـرَّف الجيش إلى المناطق القَـبَـلية على تخوم أفغانستان للمرة الأولى منذ استقلال باكستان. وأسفرت العمليات العسكرية ضد طالبان وتنظيم القاعدة عن نتائج مختلطة.
Para confirmar su alineamiento, Musharraf envió al ejército pakistaní a las zonas tribales en la frontera con Afganistán por primera vez desde la independencia del país. Las operaciones que se llevaron a cabo ahí contra los talibanes y las fuerzas de al-Qaeda tuvieron resultados variados.