وهناك مشكلات أخرى تواجه المجلس الوطني الانتقالي. ففي شهر يوليو/تموز، قُتِل قائده العسكري عبد الفتاح يونس في ظروف غامضة بعد أن أصدر المجلس أمراً باعتقاله. ولقد طالبت قبيلته بإجابات لم يتمكن المجلس الوطني من تقديمها. ويقول أشخاص قريبون من القضية إن عدداً من كبار المسؤولين في المجلس الوطني الانتقالي ضالعون في مقتل يونس.
En julio, su jefe militar de Estado Mayor, Abdul Fattah Younis, fue muerto en circunstancias obscuras después de que el Consejo hiciera pública una orden de detención contra él. Su tribu pidió explicaciones que el CNT no tiene.