كان التزام حكومة السودان باتفاقية السلام الشامل غير قاطع دائماً. فمنذ نهاية الحرب الأهلية في عام 2005 كان جيش التحرير الشعبي في جنوب السودان يضطر على نحو متكرر إلى الاشتباك مع الميليشيات التي تعمل بوكالة من الحكومة. فضلاً عن ذلك فما زالت قوات الأمن السودانية مستمرة في تسليح القبائل العربية المحيطة بجانبي الحدود بين الشمال والجنوب، بهدف زعزعة استقرار الجنوب الذي تقطنه أغلبية مسيحية.
De hecho, desde el fin de la guerra civil en 2005 el Ejército Popular de Liberación del Sudán (EPLS) en el Sur ha tenido que enfrentarse con frecuencia a milicias que están al servicio del gobierno. Además, las fuerzas sudanesas de seguridad siguen armando a tribus árabes que cruzan la frontera entre el Norte y el Sur con el fin de desestabilizar este último, mayoritariamente cristiano.