كانت مجموعة جلال الدين حقاني، التي سُمِح لها بالتموضع في ملاذ تابع لباكستان في المنطقة القبلية شمال وزيرستان، من بين الحلفاء الذين تصورت حكومة باكستان أنها قادرة على استخدامهم لتعزيز مصالحها في أفغانستان. ولكن مجموعة الحقاني كانت أيضاً نفس المجموعة التي شكلت أعظم تهديد للأميركيين. ولقد مارست الولايات المتحدة ضغوطها على باكستان لحملها على التحرك ضد هذه المجموعة، فقاومت باكستان تلك الضغوط. وفي أوج الخلاف، أرسلت الولايات المتحدة قوات بحرية خاصة للبحث عن بن لادن في أحد المجمعات في عمق الأراضي الباكستانية، ولم تُخطِر باكستان إلا بعد انتهاء الغارة.
El grupo Jalaluddin Haqqani, al que se le había permitido tener su base en un refugio de la región de la tribu de Waziristan en el norte de Pakistán era uno de esos aliados que el gobierno de Pakistán pensó que podría usar para alcanzar sus intereses en Afganistán. Sin embargo, los Haqqanis fueron también el grupo que más amenazaba a los estadounidenses.