ولعل الأمر الأكثر إثارة للقلق يكمن في فقرات تسوية المنازعات بين المستثمرين والدول في الاتفاقيتين. ذلك أن هذه الفقرات تنشئ مساراً قضائياً مستقلا، خارج النظام القانوني للبلاد، يسمح للشركات بمقاضاة الحكومات عن انتهاكات واضحة بموجب المعاهدات التجارية. ويدافع الأنصار عن فقرات تسوية المنازعات بين المستثمرين والدول بزعم أنها لن تخلف أثراً كبيراً على البلدان، مثل الولايات المتحدة، حيث الغلبة لسيادة القانون، وأنها سوف تشجع الاستثمار في البلدان، مثل فيتنام، حيث الغلبة ليست لسيادة القانون. وفي هذه الحالة، فإنه من غير الواضح لماذا تنشأ الحاجة إلى إضافة فقرات تسوية المنازعات بين المستثمرين والدول إلى اتفاقية شراكة التجارة والاستثمار عبر الأطلسي، وال��ي تغطي الاقتصادات المتقدمة في أميركا الشمالية وأوروبا.
Quizá lo más preocupante sean las cláusulas sobre arbitraje de diferencias entre inversores y Estados (cláusulas ISDS) de ambos acuerdos, que establecen un circuito judicial aparte (fuera del sistema legal de cada país) en el que las empresas podrán demandar a los gobiernos por presuntas infracciones a los tratados de comercio. Los partidarios defienden las cláusulas ISDS con el argumento de que no suponen un gran cambio para países como Estados Unidos donde hay un buen funcionamiento del Estado de Derecho, al tiempo que promoverán inversiones en otros donde no es así, como Vietnam.