أما التحدي الثاني فيكمن في فهم الكيفية التي تتفاعل بها الجينات فيما بينها أو مع عوامل أخرى لإنتاج حالة معينة، وهو ما ينبغي أن يمكننا من التوصل إلى تدابير وقائية جديدة أو علاجات تستند إلى التفاصيل الخاصة بكيفية بداية نشوء الحالة وتطورها. وهذا بطبيعة الحال أكثر إثارة للاهتمام ـ وتنفيذه أشد صعوبة. فهذا يشكل بمعنى من المعاني الفارق بين مطابقة الكلمات المتماثلة في نَصٍ ما وبين فهم النص بالكامل.
El segundo desafío consiste en entender de qué manera los genes interactúan entre sí o con otros factores para producir la enfermedad, lo que debería permitir el desarrollo de nuevas medidas preventivas o tratamientos basados en los detalles de cómo empieza el trastorno y cómo progresa. Eso, por supuesto, es mucho más interesante -y más difícil de lograr-.