وفي نفس الوقت تفاقمت المصاعب الداخلية. فمع تنامي المشاعر المعادية له داخل باكستان، وبعد أن كلفته الإجراءات القمعية التي اتخذها ضد النظام القضائي والصحافة خسارة المزيد من الدعم بين أهل الفكر في البلاد، بدأ زمام السلطة يفلت من بين يديه. وكانت الجهود التي بذلها لعقد اتفاق مع بينظير بوتو مجرد محاولة أخيرة للتشبث بالمنصب من خلال انتخاب زعيمة مدنية مقبولة بين عامة الناس في باكستان (وفي الغرب). ولكن أتى اغتيالها على يد عناصر إسلامية ليحرمه من ذلك الخيار. ونتيجة لسلطته المنهكة أصبح أقل نفوذاً وتأثيراً، بل وأقل نفعاً: فقد عادت طالبان إلى الظهور بقوة على الحدود الباكستانية الأفغانية، كما تبين أن جهاز استخباراته كان متورطاً في قصف السفارة الهندية في كابول.
A medida que aumentaba el sentimiento anti-Musharraf en Pakistán y las medidas represivas hacia el poder judicial y la prensa le costaban cada vez más apoyos dentro de la intelligentsia, su control del poder comenzó a debilitarse. Su esfuerzo por llegar a un acuerdo con Benazir Bhutto fue un intento final de mantenerse en el cargo a través de la elección de un líder civil aceptable para la ciudadanía (y para Occidente).