إن أفغانستان تُـعَد منطقة ذات أهمية حيوية بالنسبة لمنظمة شنغهاي للتعاون. والحقيقة أن أعضاء المنظمة يتطلعون إلى مساعدة الحكومة الأفغانية في التصدي لتجارة المخدرات الإقليمية والإرهاب. وكان الرئيس الأفغاني
El presidente Hamid Karzai ha sido un invitado regular a las cumbres de la SCO desde 2004, y la ha llamado a hacer del combate al tráfico de drogas una prioridad. Sus miembros han creado un Grupo de Trabajo afgano-SCO para proveer un mecanismo de coordinación para la gran cantidad de iniciativas de la SCO relacionadas con Afganistán.