يثير هذا الكشف أسئلة جديدة مثيرة للاهتمام، لأن د. خان كان بعيداً عن العمل الفعلي المرتبط بتصنيع الأسلحة. فالمؤسسة النووية في باكستان تنقسم إلى قسمين أساسيين. أحد هذين القسمين، والذي تولى د. خان رئاسته ذات يوم، مسئول عن إنتاج غاز اليورانيوم المستخدم في القنابل والذي يوفر الوقود اللازم لإحداث التفجير النووي حين يتم تحويله إلى معدن. أما القسم الآخر والذي يخضع لوكالة الطاقة النووية ومجمع التنمية الوطنية بباكستان فهو يتحمل نطاقاً أكثر اتساعاً من المسئوليات ـ تحويل غاز اليورانيوم إلى معدن وتصميم الأسلحة وتصنيعها وإجراء الاختبارات النووية.
Una, encabezada alguna vez por el Dr. Khan, es la responsable de producir gas de uranio enriquecido que, cuando se convierte en metal, genera el combustible crucial para una explosión nuclear. La otra división, que depende de la Comisión de Energía Atómica de Pakistán y del Complejo Nacional de Desarrollo (CND), tiene una gama mucho más amplia de responsabilidades (conversión del gas de uranio a metal, diseño y manufactura de armas, y ensayos nucleares).