إن نظام مقايضة الانبعاثات من شأنه أن يفرض مخاطر شديدة على التجارة الدولية. وحتى لو كان لدى كل دولة نظام لمقايضة الانبعاثات وكانت كل هذه الأنظمة تهدف إلى الحد من انبعاث ثاني أكسيد الكربون بنفس النسبة على المستويات الوطنية، فإن أسعار التراخيص الناتجة سوف تتفاوت بسبب الاختلافات الوطنية في المستويات الأولية من انبعاثات ثاني أكسيد الكربون وفي خصائص الإنتاج المحلي. ولأن سعر تراخيص ثاني أكسيد الكربون في دولة ما ينعكس في أسعار المنتجات، فهذا يعني أن نظام مقايضة الانبعاثات يؤثر على قدرة هذه الدولة على المنافسة على المستوى الدولي.
Aún si todos los países tienen un sistema de comercio de derechos de emisión y todos se fijan como objetivo la misma reducción relativa de las emisiones nacionales de CO2, los precios resultantes de los permisos diferirían según las diferencias nacionales en los niveles iniciales de CO2 y en las características internas de producción. Dado que el precio de los permisos de CO2 en un país se refleja en los precios de sus productos, el sistema comercio de derechos de emisión afecta su competitividad internacional.