كانت وفاة آية الله خوميني ـ ووفاة مراجع دينية أخرى، مثل آية الله أبو القاسم خوي في النجف بالعراق ـ بمثابة الإشارة إلى نهاية نموذج الحاكم القادر على تولي المسئولية الدينية والمسئولية السياسية في ذات الوقت. ولم يتول المرجع الأعلى الحالي في إيران سيد علي خامنئي ـ الذي كانت درجته الدينية عبارة عن تركيز للشكوك في المعاهد الدينية والذي كان من بين صفوة رجال الدين ـ منصب الفقيه الوالي بسبب جدارته. وعلى ذلك فقد سمح افتقار خامنئي الواضح إلى الشرعية الدينية للحكومة بفرض سيطرتها الكاملة على المؤسسة الدينية، وحرمان المعاهد الدينية من استقلالها التاريخي.
La muerte del Ayatola Khomeini –y la de otras autoridades religiosas ( marjas) como el Ayatola Abul Qassem Khoi en Najaf, Iraq –marcó el final del ideal de un dirigente que había dominado el manejo tanto de la religión como de la política. Al dirigente supremo actual de Irán, Seyyed Ali Khamenei, cuyo grado religioso fue objeto de dudas en el seminario y entre la élite clerical, no se le consideraba un jurista por mérito.