بدأت عمليات القتل في أكتوبر/تشرين الأول من عام 1965 في أعقاب انقلاب فاشل زعمت التقارير أن الحزب الشيوعي الإندونيسي خطط له. وردت المؤسسة العسكرية بتصور الحزب وأنصاره باعتبارهم قوة إلحادية شريرة ولابد من سحقها ومحوها. وكانت المذبحة الناتجة عن ذلك متعمدة ومنهجية وممتدة إلى مختلف أنحاء البلاد، مع تركز أفظع وأشد أعمال العنف في وسط وشرق جاوة وبالي وشمال سومطرة.
El ejército reaccionó calificando al partido y a sus partidarios de fuerza atea del mal que se debía aniquilar. La matanza resultante fue deliberada, sistemática y en todo el país, si bien la violencia más intensa y espantosa se dio en la Java central y oriental, Bali y Sumatra septentrional.