بعد استجواب الإرهابي الوحيد الذي ظل على قيد الحياة، وبناءً على الأدلة التي توفرت من خلال اعتراض المكالمات الهاتفية عن طريق القمر الصناعي، وغير ذلك من المواد الاستخباراتية، نشأ إجماع دولي على أن الهجمات كانت من تخطيط جماعة "عسكر طيبة" (جيش المتقين) ذات الميول الوهابية، وهي الجماعة الإرهابية التي كانت تحظى ذات يوم برعاية وحماية وتدريب أجهزة الاستخبارات الباكستانية باعتبارها أداة مفيدة في حرب بلادها بالوكالة ضد الهند في كشمير. ورغم حظر الجنرال برويز مشرف لجماعة عسكر طيبة استجابة للضغوط التي مورست عليه بعد الهجمات الإرهابية التي شهدتها الولايات المتحدة في الحادي عشر من سبتمبر/أيلول 2001، إلا أن الجماعة (التي تعتبر الولايات المتحدة وإسرائيل والهند من ألد أعداء الإسلام) أعادت تنظيم نفسها ببساطة تحت اسم مختلف، بل وأصبحت أشد قوة من ذي قبل.
El interrogatorio del único terrorista que sobrevivió y las evidencias de la interceptación de teléfonos satelitales y otras fuentes de inteligencia han conducido a un incipiente consenso internacional de que los ataques fueron planeados por el grupo terrorista de inspiración wahabí Lashkar-e-Taiba, que alguna vez fue patrocinado, protegido y entrenado por los servicios de inteligencia pakistaníes (ISI, por sus siglas en inglés) como un instrumento útil en su guerra indirecta contra la India en Cachemira. Si bien el general Pervez Musharraf tuvo que prohibir al grupo ante las presiones a que se vio sujeto después de los ataques terroristas del 11 de septiembre de 2001, el Lashkar (que considera a los Estados Unidos, Israel y la India como “enemigos existenciales del Islam”) simplemente se reagrupó bajo un nombre distinto y ahora es incluso más poderoso que antes.