ويشكل إصلاح القضاء قضية أخرى ملحة. فالنظام القضائي في الوقت الحالي عاجز عن نظر قضية سرقة بسيطة، فما بالك بتأمين حقوق الإنسان. فقد تولت محكمة عليا تسيطر عليها الطوائف المحافظة اختيار القضاة وممثلي الادعاء، ولا يملك الأفغانيون إلا قدراً ضئيلاً من التعويض القضائي في نظام يسمح للقادة المحليين، الذين يفرضون سيطرتهم على النظام القضائي، بالعمل في ظل حصانة تعفيهم من العقاب.
En la actualidad, el poder judicial es incapaz de juzgar un caso de robo menor y menos aún de garantizar el respeto a los derechos humanos. Una Corte Suprema dominada por facciones conservadoras ha estado a cargo de seleccionar a los jueces y fiscales, y los afganos tienen pocas garantías legales en un sistema que permite que los caudillos locales -que tienen gran influencia sobre los jueces- actúen con impunidad.