الواقع أن تنظيم القاعدة لم يتحور هيكلياً فحسب، بل إن فكره الإيديولوجي بات مفتوحاً بشكل لا ينقطع للطعن من جانب جهات غير متوقعة على الإطلاق. ففي أعقاب الحادي عشر من سبتمبر، سارع العديد من الحركات، والفصائل، والجهاديين البارزين، والأفراد المتشددين، إلى توجيه الانتقادات الشديدة لسلوك تنظيم القاعدة، ثم بدأت هذه الكيانات في التحرك نحو نبذ العنف، الأمر الذي حرم تنظيم القاعدة من عشرات الآلاف من المؤيدين والأنصار. ولقد أدى هذا إلى تحول منظمات بالكامل في مصر وليبيا والجزائر، فضلاً عن عدد كبير من الأفراد المتشددين في المملكة العربية السعودية واليمن والعراق وأفغانستان وماليزيا وسنغافورة وإندونيسيا، وغير ذلك من البلدان.
Después del 11-S, diversos movimientos, facciones, líderes yihadistas y simples militantes expresaron duras críticas al accionar de Al Qaeda y comenzaron a tomar partido por la no violencia, lo que significó para Al Qaeda la pérdida de decenas de miles de seguidores. Esto condujo a la transformación de organizaciones enteras en Egipto, Libia y Argelia, y de una cantidad considerable de militantes en Arabia Saudita, Yemen, Irak, Afganistán, Malasia, Singapur, Indonesia y otros países.