كانت علاقة مبارك بإسرائيل متوترة، وكان حريصاً على إبقاء الحليف الأول لأميركا في الشرق الأوسط على مبعدة منه طيلة فترة رئاسته. فعلى مدى عشرة أعوام تقريباً من سنواته الثلاثين التي أمضاها في منصبه، لم يكن لمصر سفير في تل أبيب. ولم يقم مبارك بأي زيارة رسمية لدولة إسرائيل، وكثيراً ما كان يرفض طلبات رؤساء الوزراء الإسرائيليين لزيارة القاهرة. وعندما سعت الولايات المتحدة إلى توسيع نطاق معاهدة منع انتشار الأسلحة النووية في عام 1994، سارع مبارك إلى حشد العالم العربي ضد المبادرة، لأن إسرائيل رفضت التوقيع على معاهدة منع الانتشار.
Mubarak nunca realizó una visita de estado oficial a Israel, y con frecuencia rechazó peticiones de primeros ministros israelíes de visitar El Cairo. Cuando EE.UU. trató de ampliar el Tratado de No Proliferación Nuclear en 1994, Mubarak movilizó al mundo árabe en contra de la iniciativa porque Israel se negó a firmar el TNP.