في نفس الوقت، يُـذَكِرنا التسلسل القيادي المعقد المفترض في قوة السلام المشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة، ببعض أسوأ مظاهر العمليات المشتركة التي قام بها حلف شمال الأطلنطي والأمم المتحدة في يوغوسلافيا السابقة في فترة التسعينيات. حيث من المفترض أن يتولى قادة قوة الاتحاد الأفريقي على الأرض السيطرة التكتيكية، بينما تتولى قيادة مشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة الإشراف على العمليات، أما الأمم المتحدة فتتولى تحديد الأهداف الإستراتيجية الكلية للقوة المشتركة. إن هذا النظام القيادي المعقد الملتف من شأنه أن يزيد من صعوبة التفاعل السريع مع أي أزمة أو تهديد.
Al mismo tiempo, la compleja cadena de mando concebida para una fuerza de la UA y la ONU rememora algunas de las peores características de las operaciones de la OTAN y la ONU en la ex Yugoslavia durante los años 1990. Los comandantes en tierra de la UA conservarían el control táctico, un mando conjunto de la UA y la ONU ejercería una supervisión operativa y la ONU establecería los objetivos estratégicos generales de la fuerza.