وعلى الفور تقريبا، أصبحت هارفارد هدفاً للهجوم لكونها نخبوية، وخاصة، ومكلفة بدرجة أكبر مما ينبغي. وحتى مناهجها لم تسلم من الطعن. وعلى مدى العقدين التاليين، عملت الولاية على نحو متزايد على عرقلة عمل جامعة هارفارد من خلال رفض صرف الأموال وإعاقة تعيين الأساتذة على سبيل المثال. وبلغ هذا السلوك ذروته في عام 1862، عندما منعت السلطة التشريعية تعيين رئيس للجامعة.
Durante as duas décadas seguintes, o estado impediu cada vez mais o funcionamento de Harvard, recusando, por exemplo, a libertação de fundos e obstruindo a nomeação de professores. Este comportamento culminou em 1862, quando a legislatura obstruiu a nomeação do presidente da universidade.