والواقع أن منتظري، الذي أعطته مكانته بوصفة آية الله العظمى (أعلى مرتبة بين علماء الدين الشيعة) سلطة دينية أعظم من تلك التي تمتع بها خامنئي، طعن في مؤهلات خامنئي لإصدار الفتاوى أو لخلافة الخميني كمرشد أعلى. وقد وضع منتظري تحت الإقامة الجبرية لمدة ست سنوات؛ وتم قمع المظاهرات التي خرجت لتأييده؛ كما سُجِن العديد من تلامذته وأصدقائه المقربين، أو عذبوا، أو قتلوا، أو أرغموا على الفرار من البلاد.
Montazeri, cujo estatuto como Grande Aiatola (o mais importante dos teólogos Muçulmanos Xiitas) lhe conferia mais autoridade religiosa que a Khamenei, desafiou as qualificações de Khamenei para emitir fatwas (decretos religiosos Islâmicos) ou para suceder a Khomeini como Líder Supremo. Montazeri foi colocado em prisão domiciliária durante seis anos; manifestações em seu apoio foram suprimidas; e muitos dos seus discípulos e amigos próximos foram aprisionados, torturados, mortos, ou forçados a abandonar o país.