ولا يوجد شك أيضاً في شرعية المخاوف بشأن عناصر المعارضة السورية. فقد أثبتت الجماعات السلفية المتطرفة والتي يقودها تنظيم القاعدة بين قوات المتمردين، مثل جبهة النُصرة"، أنها لا تقل شراسة وخبثاً عن الحكومة وحلفائها مثل الوكيل الإيراني حزب الله والحرس الثوري الإيراني. ولكن الرأي الموحد للأجهزة الاستخباراتية الغربية هو أنه لا يوجد دليل على أن هذه الجماعات المتمردة شنت الهجوم بالأسلحة النووية.
Os grupos liderados pela Al-Qaeda e por grupos extremistas salafistas nas forças rebeldes, tal como o Al-Nusra, provaram ser tão cruéis como o governo e os seus aliados, o representante iraniano Hezbollah e a Guarda Revolucionária do Irão. Mas a visão conjunta dos serviços de informação ocidentais é que não há provas de que estes grupos rebeldes tenham iniciado o ataque com armas químicas.