وتفرض التسلسلات الجينية غير المعرفة مشكلة أخرى، لأنه من غير المعروف ما إذا كانت مركبات أخرى غير الفيروسات، والبكتريا، والعتيقات، وحقيقيات النوى لها وجود حقا. بل إننا على العكس من ذلك نعلم أن جينات جديدة، يطلق عليها وصف (الجينات اليتيمة)، تنشأ عادة عن طريق استنساخ أو اندماج الجينات أو آليات أخرى غير معلومة. ولكن على الرغم من هذا، فإن هذه الظاهرة مستحيلة وفقاً لمفهوم شجرة الحياة الذي أتى به دارون.
As sequências genéticas não identificadas representam um problema, porque não se sabe se existem outros veículos além dos vírus, das bactérias, das arque bactérias e das eucariotas. Por outro lado, sabemos que novos genes, designados de ORFans (“genes órfãos”), são geralmente criados por duplicação de genes, fusão ou outros mecanismos desconhecidos.