Nach nur sieben Jahren im Gefängnis wurde er vom schottischen Justizminister Kenny MacAskill aus humanitären Gründen begnadigt, basierend auf medizinischen Untersuchungen, die Megrahi eine unheilbare Krebserkrankung mit einer Lebenserwartung von nur drei Monaten attestieren.
Apenas había cumplido siete años de esa condena cuando el Ministro de Justicia escocés, Kenny MacAskill, lo liberó por motivos humanitarios, basándose en un informe médico según el cual Megrahi tiene cáncer terminal y sólo le quedan tres meses de vida.