जेनेटिक इंजीनियरिंग (जीई) फसल की अन्य किस्मों, उदाहरण के लिए जो रोग-प्रतिरोधी और कीट-प्रतिरोधी होती हैं, से परोक्ष रूप से पानी के उपयोग की कुशलता में सुधार होता है। क्योंकि रोगों और कीटों के कारण होनेवाला नुकसान ज्यादातर पौधों के पूरी तरह से बड़े हो जाने के बाद – अर्थात उनके विकास के लिए आवश्यक पानी की अधिकतर आपूर्ति कर दिए जाने के बाद होता है – इसलिए उनके प्रतिरोध का अर्थ प्रति इकाई निवेश किए गए पानी की दृष्टि से अधिक कृषि उत्पादन है। संक्षेप में, किसान हर बूंद से अधिक फसल प्राप्त कर सकते हैं।
Другие типы GE культур, таких, как те, которые не трогают болезни и вредители, косвенно повышают эффективность использования воды. Поскольку большая часть потерь из-за болезней и вредителей происходит после того, как растения отрастут - то есть, после того, как большая часть воды, необходимой для их роста уже поставляется - устойчивость против этих болезней означает, что происходит больше сельскохозяйственной продукции на единицу вложенной воды.