Als Mitbegründer von Ärzte ohne Grenzen erklärte er: „Wir haben das moralische Recht begründet, in anderen Ländern einzugreifen.“ Den Krieg im Irak hat Kouchner wegen des Massenmords an irakischen Bürgern durch Saddam Hussein unterstützt.
En qualité de cofondateur de Médecins sans frontières, il a déclaré que « nous établissions le droit moral d’ingérence dans un pays étranger ». La terreur exercée par Saddam Hussein contre la population irakienne est la raison pour laquelle il était favorable à une intervention en Irak.