Obgleich er bereits 1996 in den Palästinensischen Legislativrat gewählt wurde, wuchs Barghoutis Ansehen während der gegenwärtigen Intifada, die im September 2000 begann, deutlich. Seine Unterstützung der seiner Argumentation zufolge völkerrechtlich legitimen Angriffe gegen israelische Soldaten und Siedler in den besetzten Gebieten haben ihm eine immense Popularität unter den Palästinensern eingetragen, aber auch eine Verurteilung zu fünfmal lebenslänglich plus 40 Jahren in einem israelischen Gefängnis.
Bien qu'il ait été élu en 1996 au Conseil législatif palestinien, la réputation de M. Barghouti a pris son envol au commencement de l'actuelle Intifada en semptembre 2000.