Darüber hinaus lassen sich lediglich 15 Prozent der in metagenomischen Studien an Proben aus der Umwelt und aus Fäzes untersuchten Gensequenzen den drei Domänen von Mikroben zuordnen, die das derzeit anerkannte System des „Baum des Lebens“ kennt – Bakterien, Archaeen und Eukaryoten.
Além disso, apenas 15% das sequências genéticas encontradas nas amostras do ambiente e de fezes analisadas em estudos com abordagem metagenómica, pertencem aos três domínios de micróbios actualmente reconhecidos na estrutura da árvore-da-vida - bactérias, arque bactérias e eucariotas.