وكان الغزو بقيادة وكالة الاستخبارات المركزية، والذي نفذته مجموعة متنافرة من المنفيين الكوبيين في خليج الخنازير، فشلاً عسكرياً وكارثة في السياسة الخارجية، وقد أفضى إلى اندلاع أزمة الصواريخ الكوبية في العام التالي. وأثناء أزمة الصواريخ، كان أغلب كبار المسؤولين الأمنيين الذين تولوا مهمة تقديم المشورة للرئيس راغبين في شن عمل عسكري ضد القوات السوفييتية، وهو المسار الذي كان لينتهي إلى الإبادة النووية. بيد أن كينيدي رفض مشورة دعاة الحرب، وكانت له الغَلَبة في الأزمة من خلال الحلول الدبلوماسية.
CIA领导的入侵行动由一帮古巴流亡者组成的乌合之众在猪湾（Bay of Pigs）实施，是一场军事失败和对外政策灾难，导致了第二年的古巴导弹危机。在导弹危机期间，总统的最高安全官员想发动针对苏联力量的军事行动，这极有可能演变为核灭绝。肯尼迪驳斥了战争贩子的计划，通过外交解决了这场危机。