وبانتصار مرسي، يخشى البعض الآن أن تسعى جماعة الإخوان المسلمين إلى تنفيذ سياسات راديكالية تهدف إلى أسلمة بلد مسلم محافظ بالفعل، ولكن حكوماته كانت علمانية لعقود من الزمان. وآخرون لا يعتقدون أن الإخوان المسلمين قد يذهبون إلى هذا الحد، ولكنهم يشكون رغم هذا في أن الإخوان قد يدافعون عن نظام علماني ديمقراطيي حقيقي في مفاوضاتهم الجارية مع المجلس الأعلى للقوات المسلحة حول الانتقال إلى الحكم المدني.
穆尔西获胜后，一些人担心穆斯林兄弟会将采取极端政策，寻求将埃及这个几十年来一直由世俗政府治理的保守穆斯林国家伊斯兰化。其他人认为穆斯林兄弟会不会如此极端，但也担心穆斯林兄弟会在与SCAF就向文治转型的谈判过程中不会坚持世俗的真正民主制度。