ويشكل إصلاح القضاء قضية أخرى ملحة. فالنظام القضائي في الوقت الحالي عاجز عن نظر قضية سرقة بسيطة، فما بالك بتأمين حقوق الإنسان. فقد تولت محكمة عليا تسيطر عليها الطوائف المحافظة اختيار القضاة وممثلي الادعاء، ولا يملك الأفغانيون إلا قدراً ضئيلاً من التعويض القضائي في نظام يسمح للقادة المحليين، الذين يفرضون سيطرتهم على النظام القضائي، بالعمل في ظل حصانة تعفيهم من العقاب.
司法改革也是另一项急迫问题。目前，该国司法体系无法审理小额的偷盗案件，更不用提保障人权。由保守派别控制的最高法院挑选法官和检察官。而且，该国的体制允许控制司法的地方指挥官为所欲为，阿富汗人在这一体制中基本得不到法律赔偿。