وتمتد هذه الرعاية إلى المؤسسة العسكرية ذاتها. ويُقال إن رئيس الأركان يوسف المنقوش يفضل ميليشيات برقة على الوحدات العسكرية تحت قيادته، في حين يشكو مسؤولون حكوميون بشأن الافتقار إلى سلسلة قيادة فعّالة. على سبيل المثال، في يونيو/حزيران، هاجم وزير الدفاع أسامة الجويلي المجلس الوطني الانتقالي بسبب تقاعسه عن التشاور مع المسؤولين المناسبين في قراراته، مشيراً إلى أن دوره تقلص إلى "التوقيع على خطط رئيس الأركان".
这样的庇护也牵涉到军事编制本身。Yousef al-Manqous参谋长据传偏向手下昔兰尼加民兵更胜于军队，而政府官员则抱怨缺乏有效的指挥体系。比方说六月，国防部长朱瓦利即攻击全国过渡委员会决策时并未与有关官员商议，并称他的作用仅仅是在“参谋长的计划书上签字”。