والأسوأ من ذلك أن المؤسسة العسكرية تظل خارج نطاق السيطرة المدنية. فقد تم تمديد ولاية الجنرال أشفق برويز كياني، التي كان من المقرر أن تنتهي في نوفمبر/تشرين الثاني، لثلاثة أعوام أخرى. وبهذا القدر من التمكين فقد أصبح الجنرال قادراً على فرض نفوذه على السياسة الخارجية، وخاصة فيما يتصل بتحديد شكل العلاقات مع الولايات المتحدة والهند وأفغانستان. ورغم أن الولايات المتحدة عرضت تقديم 2 مليار دولار من المساعدات للمؤسسة العسكرية بحيث توزع على فترة من ثلاثة إلى خمسة أعوام، فقد قاوم كياني الضغوط الأميركية للتحرك ضد ملاذ طالبان الآمن في شمال وزيرستان، والذي يستخدم للتخطيط والتجهيز للعمليات ضد قوات الولايات المتحدة وقوات حلف شمال الأطلنطي في جنوب وشرق أفغانستان.
更糟糕的是，军队仍然不接受文人控制。 原定于11月结束的卡亚尼将军的任期更是延长了三年。 得到授权后，将军就有权干预外交政策，特别是影响巴基斯坦与美国、印度和阿富汗的关系。 尽管美国已经在3－5年内提供了20亿美元的军事援助，卡亚尼将军依然抵制了美国攻击塔利班北瓦济里斯坦庇护所的压力，恐怖分子利用当地庇护所在阿富汗东南部对美国和北约部队发起攻击。