وتعمل أنواع أخرى من المحاصيل المهندسة وراثيا، كتلك المقاوِمة للأمراض والآفات على تحسين كفاءة استخدام المياه بشكل غير مباشر. ولأن قسماً كبيراً من الفاقد في المحاصيل بسبب الأمراض والآفات يحدث بعد نضوج النباتات بالكامل ــ أي بعد حصولها على أغلب المياه اللازمة لنموها ــ فإن مقاومة الأمراض والآفات تعني زيادة الناتج الزراعي عن كل وحدة من المياه المستثمرة. وباختصار، بات بوسع المزارعين أن يزيدوا من إنتاجية محاصيلهم في مقابل كل قطرة مياه.
具有抗病及抗虫特性的其他种类的转基因作物品种可以间接提高水资源利用的质量。因为病虫害造成的损失多发于作物充分生长之后——也就是在多数生长所需的水资源已经消耗完毕之后——抗御病虫害意味着提高单位水资源投入的农业产量。总之，在降水量不变的前提下农民可以实现更多产量。