كانت فترة ولاياتها الثانية (1993-1996) أطول وأفضل، إلا أن حكومتها سقطت مبكراً مرة أخرى، بسبب اتهامات بسوء الإدارة والفساد. ولقد لعبت الدسائس من جانب أجهزة الاستخبارات دوراً في ذلك السقوط. كما كانت المؤسسة العسكرية تحمل تجاهها شعوراً عميقاً بعدم الثقة، نظراً لوضعها كزعيمة شعبية مؤيدة للغرب، فضلاً عن رغبتها في إحلال السلام بين باكستان والهند.
她的第二个任期(1993-96)稍长，局面也更好，但其政府却因为治理不善和腐败的指控而再次夭亡。实际上，情报部门的阴谋在其中也插了一脚。鉴于她是一位受到民众支持的亲西方领导人，又想和印度修好，所以军方对她的不信任由来已久。