ومن المفارقات هنا أن نظرية حكم رجال الدين في إيران قد أدت إلى بروز تيار مناهض لحكم رجال الدين. فبعد تسييس المعاهد الدينية وتضاؤل استقلالها إلى حد كبير، لم تعد المؤسسة الدينية في موقف يسمح لها بإضفاء الشرعية السياسية على النظام. كما أصبحت غير قادرة على ممارسة وظائفها التقليدية على الصعيد الديني بهدف توفير الدعم للمجتمع المدني في البلاد.
具有讽刺意味的是，似乎正是伊朗的神权理论导致了神权政治的衰微。随着神学院的政治化及其独立能力日益减弱，这些宗教组织已经不能在政治上赋予政府合法的地位。同时，神学院也已经无法在宗教领域履行自己的传统职能，为国内的民间团体提供支持。