يجري الآن تقسيم اتفاقية الشراكة عبر الأطلسية للتجارة والاستثمار إلى 15 مجموعة عمل محددة. وبرغم أن المفاوضات جديدة، فإن القضايا التي تفصل بين الجانبين قائمة منذ فترة طويلة ومعروفة على نطاق واسع. ومن بين أكثر هذه القضايا صعوبة تلك القيود التي يفرضها الاتحاد الأوروبي على الواردات من الأغذية المعدلة وراثيا، والتي ت��ثل مشكلة كبرى بالنسبة لقطاع الزراعة في الولايات المتحدة. ويشكل التنظيم المالي قضية أخرى صعبة، حيث تفضل البنوك الأميركية القواعد المعمول بها في الاتحاد الأوروبي على الإطار الأكثر صرامة الناشئ في الولايات المتحدة (مثل فرض معايير رأسمالية أعلى كثيراً على البنوك الكبيرة، وهي المعايير التي اقترحتها الهيئات التنظيمية المالية في أميركا مؤخرا).
TTIP分成了15个具体的工作组。谈判是新的，但双方存在分歧的问题是长期存在且广为人知的。最困难之处之一是欧盟限制转基因食品进口，而这对美国农业来说构成了一个大问题。另一个是金融监管，美国银行偏好欧盟规则，而本国的框架更加严格（比如，最近美国金融监管者提出显著提高大银行的资本标准）。