وخلال السنوات الأخيرة من ثمانينيات القرن العشرين كان حتى موقف سوهارتو تجاه الإسلام قد أخذ يتغير. فقد تضمنت الامتيازات التي قدمتها الحكومة لاسترضاء المشاعر الدينية إعلان قانون الأسرة الإسلامي في عام 1989، وتأسيس رابطة المفكرين المسلمين الإندونيسيين في عام 1990، ورفع الحظر على ارتداء بنات المدارس لغطاء الرأس في عام 1991، وتأسيس بنك إسلامي (بنك معاملات) في عام 1992، وإلغاء اليانصيب التابع للدولة. ولقد أقنعت هذه الإجراءات مسلمي إندونيسيا بأنهم يستطيعون الحياة وفقاً لتعاليم الإسلام دون أن تتحول إندونيسيا إلى دولة إسلامية.
到了1980年代末期，苏哈托本人对于伊斯兰教的立场也发生着变化。政府对宗教情绪的妥协包括在1989年颁布伊斯兰家庭法律，在1990年建立“印尼穆斯林知识分子协会”，在1991年解除不许女学生穿吉尔巴布(jilbab，穆斯林传统服装，只露出脸和双手)的禁令，在1992年建立一家伊斯兰银行(Bank Muamalat) 及废除国家彩票抽奖。这些措施使得印尼的穆斯林相信他们可以按照伊斯兰教义生活而又不需将印尼变成一个伊斯兰国家。