وكانت عملية إعادة ضبط العلاقات الثانية في عهد الرئيس بِل كلينتون أكثر طموحا: حيث تضمنت جهوداً متكاملة لإنشاء الشراكة التي مشاركة الولايات المتحدة بشكل كبير في اقتصاد روسيا ونظامها السياسي المتطور. وتضمنت أيضاً إقناع روسيا الممتنعة بدعم تدخلين قادهما حلف شمال الأطلسي في البلقان. ولكن الحرب الثانية التي دارت حول كوسوفو في عام 1999 أدت إلى انهيار تلك العملية.
第二次重启发生在克林顿执政期间，其目标更大：建设全面的合作伙伴关系，促进美国大面积参与俄罗斯经济和变化中的政治制度。期间还说服不太情愿的俄罗斯支持北约对巴尔干地区的两次干预。但1999年的第二次科索沃战争导致了此次重启的失败。