وتتقاطع بعض المشاكل مع فجوة الفقر المدقع. فالتقزم بين الأطفال في ارتفاع في كل مكان، فيؤثر على 42% من أطفال المنطقة دون سن الخامسة الذين يبلغ عددهم 24 مليون طفل. وقد حققت كل بلدان شرق أفريقيا معدل التحاق بالمدارس الابتدائية بلغ 100%، ولكن 28% فقط من تلاميذ المدارس الابتدائية في أوغندا و49% في كينيا يلتحقون بالمدارس الثانوية. وفي رواندا وأوغندا يجتاز 88% من طلاب المدارس الثانوية امتحاناتهم الوطنية؛ وفي تنزانيا وكينيا تنخفض النسبة إلى أقل من 30%.
有些问题甚至跨越了极端贫困的分界线。儿童发育迟缓现象普遍上升，影响了该地区2400万5岁以下儿童中的42%。所有东非国家均已实现了100％的小学入学率，但乌干达小学生中只有28%、肯尼亚只有49%继续接受中学教育。卢旺达和乌干达中学生通过国家考试的比率为88%；而坦桑尼亚和肯尼亚只有不到30%。