ومع إدراكه للتهديد المحتمل من داخل صفوفهم، فقد بادر مشرف إلى شغل دائرته الداخلية بضباط حديثي السن نسبياً (ومخلصين إلى الحد الذي يجعلهم جديرين بالثقة). إلا أن أي ترتيب يجعل من بوتو رئيسة لوزراء باكستان من شأنه أن يقوض النفوذ الذي تتمتع به المؤسسة العسكرية ـ وبالتالي دعم هذه المؤسسة لحكم مشرف . فباعتبارها رئيسة للوزراء، تستطيع بوتو في النهاية أن تستأنف اتفاقها مع مشرف من موقع قوة. ويدرك قادة المؤسسة العسكرية هذه الحقيقة تمام الإدراك، وتهديدهم بتنحية مشرف في النهاية من شأنه أن يعكر صفو رئاسته حتى العام القادم.
认识到来自军队的潜在威胁，穆沙拉夫把他身边的核心成员换成了相对低级别（同时也是更忠心）的军官。但是与贝布托达成的让她担任总理的协议会削弱军队的影响力，从而也会最终削弱它对穆沙拉夫担任总统的支持。在担任总理取得实权后，她最终可能会重新审视她与穆沙拉夫的协议。