ومرة أخرى، رفض مبارك الرضوخ لخطط الولايات المتحدة الرامية إلى عزل ليبيا في التسعينيات بسبب تورطها في إسقاط طائرة بان آم 103 فوق لوكيربي باسكتلندا. وبدلاً من نبذ الزعيم الليبي معمر القذافي، رحب به مبارك في القاهرة. وبعد القرار الذي اتخذته الولايات المتحدة بفرض حظر دولي للطيران ضد ليبيا في عام 1992، أثبتت معابرها البرية مع مصر أهميتها الحاسمة بالنسبة للاقتصاد الليبي (بل وربما بالنسبة لبقاء القذافي سياسيا). والواقع أن ليبيا صمدت في وجه العقوبات جزئياً باستيراد المواد الغذائية ولوازم البنية الأساسية النفطية عن طريق مصر، وتصدير البترول والفولاذ بمساعدة مبارك.
在1990年代穆巴拉克拒绝加入美国因利比亚参与泛美航空公司洛克比空难而对其执行的孤立政策，同时不但没有排斥利比亚领导人卡扎菲，甚至还邀请他到开罗访问。在联合国在1992年禁止一切国际航班进出利比亚后，该国与埃及的陆地边界就成为了利比亚的经济命脉（或许也是卡扎菲没有倒台的原因），利比亚在某种程度上通过从埃及进口食品和石油生产设施挺过了制裁，并在穆巴拉克的帮助下出口汽油和钢材。