في أوج الحرب السوفييتية الأفغانية في ثمانينيات القرن العشرين، كانت باكستان تخدم كقناة سرية للمقاتلين المسلمين الفلبينيين، يمرون عبرها إلى أفغانستان ثم يعودون إلى جزيرة مينداناو، التي ظلت لمدة طويلة معقلاً للمتمردين المسلمين. ولقد كانت خبراتهم وتجاربهم في حرب العصابات سبباً في ظهور الزعماء بينهم، من أمثال الأخوين عبد الرزاق و خدافي جنجلاني اللذين أسسا جماعة أبو سيف الإرهابية، والتي تعيث فساداً ودماراً في الفلبين الآن.
八十年代苏联在阿富汗战争最猛烈的时候，巴基斯坦是菲律宾穆斯林武装份子来往于阿富汗和棉兰老岛的秘密渠道。棉兰老岛一直是穆斯林反叛者的据点。他们在游击战中德经历产生了像阿布巴卡尔兄弟那样的领导人。这对兄弟建立了阿布萨耶夫恐怖集团，这一集团现在在菲律宾造成巨大危害。