والحقيقة أن الارتباط الوثيق بين المحكمة الخاصة العراقية ومؤسسة النظام الحاكم الوريث التي تلقى الدعم من قِـبَل الولايات المتحدة محفوف بالمخاطر السياسية. ولابد وأن تكون العدالة الجنائية الانتقالية من الاتساع بالدرجة الكافية لتسوية النزاعات والإصلاح بين أطراف العراق المقسم، وعلى هذا فلابد وأن تشمل جرائم الشيعة والأكراد ضد الإنسانية، بينما يتعين عليها أيضاً أن تتجنب إيقاع قادة الولايات المتحدة أو حلفائها في الحرج، وعلى نحو خاص بشأن علاقاتهم المتسعة الوثيقة بنظام صـدّام. لكن ظهور المحكمة في هيئة من يحرص على إقامة عدالة اختيارية أو موجهة، من شأنه أن يطيح بمصداقيتها والغرض الذي أقيمت من أجله.
的确，IST与美国支持下的继任者政权的紧密联系充满了政治缺陷。过渡期的刑事审判必须要足够宽泛，以求在一个分裂的伊拉克达成和解，并进而将什叶派和库尔德人的反人类罪行也纳入其中，当然它还必须避免让美国和盟国难堪，特别是在与萨达姆政权的诸多交易方面。但选择性和受控制的审判的出现，将会使特别法庭的目标无法实现。