لكن الفئة الثانية من المفجرين الانتحاريين تشكل تحدياً أعظم، ذلك أنها تشتمل على منظمات مثل حماس والجهاد الإسلامي تناضل من أجل أهداف وطنية معلن عنها ومعترف بها. وعلى الرغم من أن الإرهاب يُـنْـظَر إليه عن حق باعتباره وسيلة غير مشروعة، إلا أن الوطنية تعبر عن هدف معقول، ومشروع في كثير من الأحيان، وتعكس شعوراً يتقاسمه العديد من الناس الذين لا شأن لهم بالإرهاب من قريب أو بعيد. وعلى النقيض من الإرهابيين من أمثال تنظيم القاعدة، الذين يعلنون أهدافاً قومية تفتقر إلى أية هيئة واضحة، فإن أفراد الفئة الثانية يتبنون أهدافاً أكثر واقعية، وهذا من شأنه أن يجعل من الممكن التعامل معهم وتحييدهم من خلال معالجة القضايا الأساسية التي تحركهم (على سبيل المثال، إنشاء دولة فلسطينية قابلة للاستمرار والبقاء).
但是第二种类型的人肉炸弹却代表了一个更为巨大的挑战，因为它包括类似哈马斯以及伊斯兰圣战者组织那样公然为民族主义目标而战的组织。尽管恐怖主义被视作非法手段，民族主义却是一个理性的、而且经常是合理合法的目标。许多非恐怖主义者也认同这一目标。基地恐怖分子的目标是漫无边际的，而民族主义极端分子与基地等千禧年恐怖分子不同。他们的目标更为现实，因此可能通过解决其根源问题（例如建立一个可以存活的巴勒斯坦国家）来平息其活动。