إن نظام مقايضة الانبعاثات من شأنه أن يفرض مخاطر شديدة على التجارة الدولية. وحتى لو كان لدى كل دولة نظام لمقايضة الانبعاثات وكانت كل هذه الأنظمة تهدف إلى الحد من انبعاث ثاني أكسيد الكربون بنفس النسبة على المستويات الوطنية، فإن أسعار التراخيص الناتجة سوف تتفاوت بسبب الاختلافات الوطنية في المستويات الأولية من انبعاثات ثاني أكسيد الكربون وفي خصائص الإنتاج المحلي. ولأن سعر تراخيص ثاني أكسيد الكربون في دولة ما ينعكس في أسعار المنتجات، فهذا يعني أن نظام مقايضة الانبعاثات يؤثر على قدرة هذه الدولة على المنافسة على المستوى الدولي.
“总量管制和排放交易”系统对国际贸易中有着非常严重的危害。即使为了减少本国的碳排放量，世界上每个国家都有采取“总量管制和排放交易”系统。但由于各个国家的不同的二氧化碳水平排放水平以及国内产品上的差异性，每个国家的碳排放的执照价格就会不同， 由此影响到相对应产品的价格，从而影响到该产品在国际上的竞争力。