في أواخر عام 2011 وأوائل عام 2012، عقدت مصر انتخابات برلمانية. ونجح حزب الحرية والعدالة الذي أنشأته جماعة الإخوان المسلمين في تأمين الأغلبية، وحصلت الكتلتان الإسلاميتان الرئيسيتان الأخريان معاً على نحو ثلثي الأصوات. وفي يونيو/حزيران 2012، فاز مرسي على منافسه أحمد شفيق، آخر رئيس وزراء في عهد مبارك، بهامش 52% إلى 48%، لكي يفوز بمنصب الرئاسة. وفي استفتاء شعبي جرى في ديسمبر/كانون الأول 2012، وافقت أغلبية بلغت 64% من المصوتين على مشروع الدستور الذي دعمته جماعة الإخوان المسلمين (ولو أن الإقبال على التصويت كان منخفضا).
2011年末、2012年初，埃及举行了议会选举。穆尔西的正义和公正党（Freedom and Justice Party，由穆斯林兄弟会创立）赢得多数，伊斯兰两大阵营加起来获得了约三分之二的选票。2012年6月，穆尔西击以52%对48%的优势败对手、穆巴拉克的最后一任总理沙菲克（Ahmed Shafik）赢得总统选举。在2012年12月的全民公投中，64%多数投票赞成穆斯林兄弟会支持的宪法草案（尽管投票率并不高）。