إن الخطر المصاحب لهذا المسار الذي تسلكه بنجلاديش لهو خطر حقيقي إلى حد بعيد. ويزعم مسئولون في الاستخبارات الهندية أن زعيم أحد شركاء ائتلاف الحزب الوطني البنجلادشي، المفتي فضل الحاكي أميني، يقيم صلات قوية بالجماعة الإسلامية المسلحة المحظورة "حـركة الـجهاد الإسلامي"، والتي يُـزْعَم أنها بدورها مرتبطة بتنظيم القاعدة. في عام 1999 حاول أعضاء "حركة الجهاد الإسلامي" اغتيال الشاعر المعتدل شمشور رحمان باستخدام فأس. وفي أعقاب تلك المحاولة ألقي القبض على 44 فرداً من أعضاء "حركة الجهاد الإسلامي"، وقيل آنذاك إن اثنين منهم كانا قد أرسلا من جنوب أفريقيا وباكستان بتعليمات من أسامة بن لادن لتوزيع الأموال على المدارس الدينية المتطرفة.
孟加拉国独立事业内在的危险是真实的。印度情报官员宣称BNP某联盟伙伴领导人，Mufti Fazlul Haque Amini与被取缔的伊斯兰武装团体孟加拉伊斯兰圣战运动 （Huji）保持着联系，而该组织又与基地组织关系密切。1999年，Huji成员试图用一把斧子刺杀温和派诗人Shamshur Rahman。44名Huji成员遭到逮捕，其中2名据称是由奥索玛·本·拉登（Osama Bin Laden）从南非和巴基斯坦派来将钱分发给极端主义madrassas的。