وإذا كانت معضلة الكنيسة الأولى تتعلق بأسس السلطة البابوية ومدى فعاليتها، فإن المعضلة الثانية جنسية. والمعضلتان مرتبطتان. فالواقع أن فرانسيس ينفر من الخطاب الرجعي الذي استخدمه أسلافه في إطلاق الإنذارات حول دور المرأة، وهو لم يخرج عن طريقه في متابعة "الزيارة" التي قامت بها راهبات أميركيات متغطرسات إلى الفاتيكان (اقرأ "محاكم التفتيش"). ولكنه أبقى ذلك الحدث الأخير على دفاتره، وهو لا يزال مستمراً في الحديث التقليدي عن المثلية الجنسية.
如果说教会的第一个困境与教皇权威有效性的基础有关的话，那么第二个困境在于性。两者之间互相关联。方济各的前任用倒退的论调警告女性的作用，方济各对此敬而远之；并且他也没有追随梵蒂冈对傲慢的美国修女的“访问”（实际上是“宗教裁判”）。但对于后者，他将之记于书中，并且在同性恋问题上相当传统。