إلا أن الهيئة الدولية للطاقة الذرية، في الممارسة الفعلية، تحمل سجلاً غير منتظم فيما يتصل بملاحقة المحتالين النوويين. ففي العام 1981، وفي أعقاب قصف إسرائيل لمفاعل أوزيراق (تموز1) النووي في العراق، شرح المفتش روجر ريختر التابع للهيئة الدولية للطاقة الذرية أمام كونغرس الولايات المتحدة كيف كان صدّام يمنع الهيئة من الوصول إلى مواقع المنشآت النووية. وبعد حرب الخليج في العام 1991، أحرجت العراق هيئة الطاقة الذرية مرى أخرى، حين كشف المفتشون عن برنامج نووي سري ضخم. وفي العام 2003، كشف تخلي ليبيا عن برنامجها السري لإنتاج السلاح النووي النقاب عن دولة أخرى تمكنت من مخادعة الهيئة. ومؤخراً فقط اكتشفت هيئة الطاقة الذرية أن مصر كانت قد أجرت تجارب نووية منذ عقود من الزمان.
但是在实践上，该机构在发现核子欺骗上的记录还是喜忧参半。1981年，以色列摧毁了伊拉克的奥西拉克核反应堆后，该机构的检查员瑞彻就告诉美国国会萨达姆如何阻拦该机构进入核子设施地点。1991年的海湾战争以后，当检查员发现了一个大型秘密核武器项目后，伊拉克再一次让该机构难堪。2003年，利比亚宣布放弃其秘密武器表明另一个国家是如何欺骗该机构的。只是在最近，该机构才发现埃及在几十年前就进行了没有进行防护的核子实验。