وإن الأحوال الداخلية لوزارات السلطة ـ مثل هيئة الأمن الفيدرالي ووزارة الداخلية، اللتين تتحملان المسئولية الأساسية عن عمليات مكافحة الإرهاب ـ بالغة السوء. والآن يرغب الكرملين في دمج هيئة الأمن الفيدرالي ووزارة الداخلية في وزارة واحدة للأمن القومي، وبالتالي يصبح لدى روسيا مركزاً واحداً لمكافحة الإرهاب. ولقد قرر بوتن بالفعل إنشاء مركز عمليات يتألف من 13 مجموعة في منطقة شمال القوقاز ليتولى تنسيق تحركات وزارة الدفاع ووزارات الطوارئ.
在反恐行动中负主要责任的权力机构是国家安全局和内政部，这些机构内部也问题重重。目前，克里姆林宫希望把国家安全局和内政部合并为统一的国家安全部，从而确立统一的反恐中心。普京已经决定在北高加索地区设立由13个机构组成的行动中心，负责协调国防和紧急情况部的行动。