يتلخص أهم التحديات التي تواجه الهيئة في فشلها في التغلب على مقاومة إتمام العديد من الاتفاقيات الشاملة. فبعض الدول تعارض تطبيق شروط معاهدة منع انتشار السلاح النووي على الكميات الصغيرة من المواد النووية. والحقيقة أن رفض ما يزيد على نصف أعضاء معاهدة منع الانتشار النووي لتطبيق هذا البروتوكول الإضافي، الذي يمنح الهيئة قدراً أكبر من المرونة في الكشف عن الأنشطة النووية السرية، من شأنه أن يقوض الأمن العالمي.
更为重要的是，国际原子能机构未能克服阻力达成全面的保障协议。某些国家反对对小剂量的核子原料适用核不扩散条约的保障条款。该条约的附加议定书给该机构新的灵活性来发现秘密的核子活动，而核不扩散条约一半以上的成员国不愿意适用该附加议定书，这就破坏了全球安全。