كما نجحت هيئة الطاقة الذرية أيضاً بفضل مثابرتها وعنادها في فضح القدر الأعظم من برنامج إيران النووي، ولو أن ذلك لم يحدث إلا بعد أن كشفت مجموعة من الإيرانيين المنشقين عن وجود بعض المنشآت السرية التابعة للنظام الحاكم في إيران. وفي أوائل العام 2003، كان بوسع الهيئة أن تثبت بفضل تواجدها على الأرض في العراق أن صدّام لم يكن لديه أي برنامج لتصنيع الأسلحة النووية، وذلك في تناقض واضح مع مزاعم إدارة بوش . وفي العام 2004 كشفت الهيئة عن التجارب غير الشرعية التي كانت كوريا الشمالية تجريها على البلوتونيوم وتخصيب اليورانيوم.
该机构坚持不懈，还发现了伊朗的核子项目，尽管这是伊朗的异议团体揭发伊朗政权的某些秘密设施之后才发现的。在2003年早些时候，与布什当局的说法相反的是，其在伊拉克的现场检查员确认萨达姆并没有核子武器项目。在2004年，该机构揭发了南韩没有防护的钸和浓缩试验。