ولكن دخول اتفاقية المجاري المائية حيز التنفيذ يثير العديد من التساؤلات الجديدة التي لا تقل عن تلك التي كانت قائمة قبل التصديق عليها. فماذا قد يعني تنفيذها من الناحية العملية؟ وكيف ستطبق البلدان بنودها داخل حدودها وفي التعامل مع البلدان المجاورة التي تمر بها نفس المجاري المائية التي تمر بأراضيها؟ وكيف قد تكون استجابة البلدان الأميركية والآسيوية التي تجاهلت إلى حد كبير التصديق عليها.
但联合国水道公约生效所引发的新问题不少于生效前。该公约的实施有何实际意义？各国如何在国内以及针对隔河相望的邻国行使其权力？大多对该公约生效视而不见的美洲和亚洲国家会如何应对？