ثم جاءت عملية إعادة الضبط الثالثة بمبادرة من الرئيس الروسي فلاديمير بوتن، عندما عرض المساعدة الروسية في حملة أفغانستان بعد الهجمات الإرهابية في الحادي عشر من سبتمبر/أيلول 2001. ولكن توقعات جورج دبليو بوش كانت مختلفة تماماً عن توقعات بوتن. فقد سعت روسيا إلى إقامة "شراكة متساوية بين طرفين غير متساويين"، وبشكل خاص اعتراف الولايات المتحدة بمجال نفوذ روسيا في مجالها.
第三次重启来自俄罗斯总统普京，2001年9·11恐怖袭击后，俄罗斯协助了美国在阿富汗的行动。但小布什政府的期望与普京大不相同。俄罗斯寻求的是“不平等双方之间的平等合作伙伴关系”，特别是美国承认俄罗斯对周边地区的影响范围。