ولم تقتصر المشاكل على أفغانستان، فالخسائر المدنية الناجمة عن هجمات الولايات المتحدة كانت مصدراً رئيسياً للصعوبات في العلاقات الأميركية الباكستانية. ففي سبتمبر/أيلول، أصدر بين إيمرسون، المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بحقوق الإنسان ومكافحة الإرهاب تقريراً مفاده أن الولايات المتحدة تسببت في 400 وفاة على الأقل بين المدنيين في باكستان، فضلاً عن 200 وفاة أخرى من أولئك الذين قتلوا بوصفهم "غير مقاتلين محتملين". (بعيداً عن مشكلة معرفة من الذي قُتِل، هناك المسألة المنفصلة حول كيف في حرب بلا جيوش يستطيع المرء أن يحدد من ينطبق عليه وصف مقاتل. فهل يجعلك طهي الطعام للمقاتلين هدفاً للقتل؟).
这一问题也不只局限于阿富汗。美国造成的平民伤亡同样也是美国-巴基斯坦关系困难的主要原因。9月，联合国人权和反恐特别书记员埃莫森（Ben Emmerson）报告说美国在巴基斯坦造成了至少400平民死亡，另有200名被杀者“可能并非战斗人员”。（除了了解是谁被杀这一问题外，还有另外一个问题，即，在没有军队参与的战争中，怎样定义战斗人员。为军人埋灶做饭也应该被杀吗？）