ولا يقل الوضع خطورة في الأقاليم الجنوبية، حيث كانت إحدى الحركات الانفصالية نشطة منذ عام 2007. والواقع أن الجنوبيين غاضبون لأن التمرد الحوثي أوقف الخطط الرامية إلى تبني النظام الفيدرالي، والذي كان ليعطي المنطقة قدراً أعظم من الاستقلال. وفي الرد على ذلك، استولت مجموعات مسلحة على نقاط التفتيش وأغلبت ميناء عدن. وأصبح خطر الانفصال حقيق للغاية.
南部省份的情况尤其恶劣。也门南部的分裂运动在2007年便已十分活跃。南方人之所以武装起来，是因为胡塞叛军中止了采取联邦制的计划，而联邦制将带给南部更大的自治权。结果，武装集团占领了检查站，关闭了亚丁港。分裂的风险是实实在在的。