في نهاية ثمانينيات القرن الماضي، ومع انسحاب السوفييت من أفغانستان، تحولت بعض عناصر المجاهدين إلى ما يسمى تنظيم "القاعدة"، وهو المصطلح الذي أشار إلى المنشآت العسكرية ومعسكرات التدريب التي أنشأها بن لادن ووكالة الاستخبارات المركزية للمجاهدين في أفغانستان. وبعد اكتمال انسحاب القوات السوفييتية، لم يعد المصطلح يشير إلى القاعدة العسكرية المادية، بل القاعدة التنظيمية للأنشطة الجهادية.
20世纪80年代末，随着苏联从阿富汗撤军，圣战部队的某些单位演变成为基地组织（阿拉伯语意为“基地”），指的是由本·拉登和中情局在阿富汗建造的训练场地和军事设施。苏联撤军后，基地一词从代指某个具体军事基地转而代指组织圣战活动的大本营。