وحتى يومنا هذا، التزمت اليابان الصمت بشأن الآثار المترتبة على معاهدة سان فرانسيسكو في ما يتصل بمطالباتها في بحر الصين الجنوبي. وقد يعكس هذا ببساطة قلة الخبرة القانونية الدولية في هذا المجال. ولكنه قد ينبع أيضاً من المخاوف من أن يكون استخدام التعليل القانوني الوارد في المعاهدة، والذي يتعارض مع موقف الصين بشأن تايوان، لحل المنازعات الحدودية اليوم، سبباً في تقويض مصداقيتها وإضعاف موقفها.
迄今为止，中国一直对旧金山条约对其南中国海主权的影响沉默不语。这或许只是反映出该领域国际法知识的缺失，或者中国条块分割的政策现状。但也有可能出于这样一种担忧，即运用条约与中国台湾立场相矛盾的法律推理解决当前领土争端将削弱中国的地位和公信力。