بيد أن افتراضات أخرى أصبحت مهددة. على سبيل المثال، في تمثيل "شجرة الحياة" التقليدي للتطور، تتباعد الفروع دوما، ولا تندمج أبدا، وهو ما يعني ضمناً أن أصل الأنواع يتبع مساراً خطيا، وأن كل التغيرات النشوئية على طول هذا المسار تحدث ضمن النسب الذي يجري تتبعه. ولكن دراسة الجينوم ــ وبخاصة لدى الميكروبات ــ أظهرت أن الجينات المنتقلة بين كائنات حية بعيدة الصلة تشكل محفزاً مهماً للتغير النشوئي.
不过，其他假设则遇到了危机。比如，在代表进化的传统“生命树”上，枝干永远在分叉而不会汇合，这表明物种的血统发展遵循线性路径，所有沿着这条路径发生的进化变化都发生在世系追溯过程中。但对基因组的考察（特别是微生物基因组）表明，关系疏远的生物体之间的基因移动是进化的重要催化剂。