كان البرغوثي يؤيد عقد انتخابات داخلية في حركة فتح، وكان يحاول تنفيذ ذلك حين اعتقله الإسرائيليون. وباعتباره واحداً من زعماء الشارع الفلسطيني والذي انتخب رئيساً للمجلس الطلابي بجامعة بير زيت ، فقد اكتسب البرغوثي الشرعية من خلال اختياره بواسطة أقرانه. وحين بدأت عملية أوسلو لم يقبل أي منصب داخل السلطة الفلسطينية، واختار عوضاً عن هذا أن يظل قريباً من كوادر فتح المحلية. وإن الشخص الذي سيحل محل عرفات لابد وأنه سيحتاج إلى التأكد من اقتناع هذه الألوية بأنها ستلقى الاحترام الكافي فيما يتصل بوضعها ومطالبها وزعمائها.
以色列人逮捕巴库提时，他正宣扬和全力组织法塔赫的内部选举。作为当选了比尔宰特大学学生会主席的街头领袖，他由于受到同僚的拥戴而拥有了合法性。奥斯陆进程开始后，他拒绝接受巴权力机构内部的任何官方职务，而是选择继续与当地的法塔赫干部保持密切联系。不管接替阿拉法特职务的究竟是谁，他都要满足这些基层组织的要求，对它们的现状、要求和领袖给予足够的尊重。