وتشكل إعادة البناء السريعة والتلقائية لأحجام ضخمة من الأنسجة، والتي باتت ممكنة بفضل التطورات الأخيرة في تقنيات المجهر الإلكتروني الآلي، الأسلوب المفضل في التعرف على منظومة المشابك العصبية. ولكن حتى باستخدام هذه التكنولوجيا، فإن إعادة البناء الكاملة لدماغ بالكامل أمر غير ممكن إلا في الأجهزة العصبية البسيطة نسبيا. والواقع أنه حتى بالنسبة لحيوان ثديي صغير من الفأر، من المستحيل إعادة بناء الدماغ بالكامل على المستوى التركيبي الدقيق، لأن التكبير اللازم لرؤية المشابك العصبية ينتج صوراً صغيرة نسبيا.
自动电子显微镜技术的最新发展让我们得以实现快速而自动的大组织体积的序列重建，这是定义突触连接体的选择方法。尽管如此，即使使用了这一技术，完全重建整个大脑也只能在相对简单的神经系统上实现。事实上，即使对于老鼠这样的小型哺乳动物，在超微结构水平上完全重建大脑也是不可能的，因为突触需要的放大倍数决定了产生的图像较小。