ففي عام 1989، حين انتهت الحرب الباردة، كان الجيش الأحمر قد انسحب بالفعل من البلاد، معترفاً بهزيمته. وبعد انسحاب الاتحاد السوفييتي، انسحبت الولايات المتحدة أيضاً من الصراع، وفي تلك اللحظة اندلعت الحرب الأفغانية الثانية ـ والتي كانت حرباً بالوكالة بين جيران إقليميين على السلطة في منطقة هندوكوش، ولكنها تنكرت في هيئة حرب أهلية.
1989年，冷战告终，苏联从阿富汗撤军，实质上承认在苏阿战争中失败。美国也随即撤出。于是阿富汗内战再度爆发——说是内战，其实是一场代理人战争，是盘踞在兴都库什山区和武装力量和邻近的各部武装之间的一场混战。