كما تنجح معاهدة لشبونة في معالجة نقطة ضعف أخرى رئيسية تعيب الاتحاد الأوروبي ـ والتي تتمثل في افتقاره إلى الكفاءة. فمن خلال تطبيق إصلاحات مركزة لبنية مؤسسات الاتحاد الأوروبي وأسلوب عملها واتخاذها للقرارات، تعمل المعاهدة على تعزيز وتحسين فعالية هذه المؤسسات وتمكنها من اكتساب قدر أعظم من الطاقة والنشاط.
《里斯本条约》也成功解决了欧盟的另一个重要弱点——那就是办事效率低下。通过彻底改革欧盟机构的构造、运行和决策程序，《条约》提高了它们的办事效率，从而使欧盟机构更加生机勃勃。