وقد يؤدي الانقلاب في مصر إلى عواقب إقليمية خطيرة أيضا. فسوريا لا تزال غارقة في حرب أهلية دامية حصدت حتى الآن أرواح أكثر من مائة ألف إنسان. وقد احتفل نظام الرئيس السوري بشار الأسد بسقوط حكومة الإخوان المسلمين في مصر، وهو يسعى الآن إلى استخدام فشل مرسي وإزاحته كمبرر لممارساته القمعية في الداخل، الأمر الذي يزيد من صعوبة إيجاد حل سياسي ينهي القتال في سوريا.
埃及政变还可能造成严重的地区后果。叙利亚仍陷于血腥内战之中，已有10万多人因此丧命。叙利亚总统巴沙尔·阿萨德政权对穆斯林兄弟会政府的倒台弹冠相庆，并在寻求利用穆尔西的失败和下台作为国内镇压的依据，从而让寻求结束战争的政治方案更加难以形成了。