ولكن المعاهدة تنطبق على جمهورية الصين الشعبية بشكل غير مباشر من خلال معاهدة السلام الثنائية بين جمهورية الصين (تايوان) واليابان في عام 1952، والتي تم التوقيع عليها قبل ساعات فقط من دخول معاهدة سان فرانسيسكو حيز التنفيذ والتأكيد على شروطها ــ وخاصة تنازل اليابان عن تايوان. والواقع أن معاهدة سان فرانسيسكو ألزمت المعاهدة بين جمهورية الصين واليابان بالتوافق معها، وبالتالي منعت اليابان من تعيين أي حقوق إضافية في معاهدتها مع جمهورية الصين أو أي حق قانوني لدى أي دولة أخرى من غير الأطراف الموقعة على معاهدة سان فرانسيسكو. ونتيجة لهذا فإن اليابان لا تستطيع الاعتراف بتايوان كجزء من الأراضي الخاضعة لسيادة جمهورية الصين الشعبية.
但1952年中华民国－日本双边和平条约间接适用于中华人民共和国，该条约于旧金山条约正式生效前几小时签署且重申旧金山条约规定，特别是日本放弃对台湾的主权要求。事实上，旧金山条约要求中华民国－日本条约遵守其相关规定，从而防止日本在与中华民国的条约中将其他任何权利或所有权移交给旧金山条约以外的国家。日本因此不承认台湾是中华人民共和国的领土。