ان الحساسيات السياسية في الشمال الذي يغلب عليه المسلمون قد اجبرت جوناثان وهو مسيحي من الجنوب على ان يكون حذرا فيما يتعلق بجهوده لاحتواء بوكو حرام . ان العديد من الشماليين يكرهون حقيقة ان الرئاسة عادت الى جنوبي بعد فترة رئاسة واحدة فقط لشمالي (هناك اتفاق غير رسمي بإن يتعاقب على الرئاسة الشمال والجنوب كل دورتين رئاسيتين ).
以穆斯林为多数人口的北方的政治敏感型迫使作为南方基督徒的乔纳森不得不小心翼翼地试图遏制博科圣地。许多北方人怨恨总统宝座在仅仅一个任期之后又回到了南方人手中（一项不成文的约定规定总统应该每隔两届由南方和北方轮流坐庄）。