وعلى الرغم من انتخابه لعضوية المجلس التشريعي الفلسطيني في عام 1996، إلا أن صيت البرغوثي ذاع وانتشر على نطاق واسع منذ بدأت الانتفاضة الحالية في سبتمبر عام 2000. ولقد كان تأييده للهجمات التي تستهدف الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في المناطق المحتلة، والتي اعتبرها مشروعة وفقاً للقانون الدولي، سبباً في اكتسابه لشعبية هائلة بين الفلسطينيين، لكنها أيضاً كانت السبب في خمسة أحكام صدرت ضده بالسجن مدى الحياة علاوة على حكم بالسجن لمدة أربعين عاماً في سجن إسرائيلي.
虽然他在1996年就当选巴勒斯坦立法委员会，但是他声名大振还是在2000年9月开始的因提法达起义中。他主张暴力袭击在巴被占领土上的以色列士兵和定居者，且认为这在国际法框架内属合法行为。他的这一立场另他在许多巴勒斯坦人中享有威望，但他也因此被以色列判了5次终身监禁另加40年监禁。