وتتعلق القضية الرئيسية الثانية التي سيتناولها فرانسيس بالصراع الإسرائيلي الفلسطيني ــ الموضوع الملغم بالنسبة للولايات المتحدة، الحليفة الأكثر أهمية لإسرائيل. فقد أعلن الفاتيكان عن عزمه التوقيع على معاهدة تتضمن الاعتراف بالدولة الفلسطينية. ونظراً لسجل فرانسيس الطويل من الصداقة مع اليهود، وفهمه لديانتهم وثقافتهم، فمن غير الممكن أن يدينه أي سياسي إسرائيلي باعتباره معادياً للسامية.
方济各将解决的第二个关键问题是以色列-巴勒斯坦冲突——对于以色列最重要的盟友美国来说，这是个棘手的问题。梵蒂冈宣布希望签署一份承认巴勒斯坦国的条约。方济各与犹太人关系向来友好，并且十分理解 犹太人的宗教和文化，因此没有以色列政客可以指责他反犹。