ولكن هناك من العلامات ما يشير إلى الاختلاف بين الحكومة والجيش فيما يتصل بأمور مهمة. فقد منع الجيش مؤخراً التحرك الذي أرادت به الحكومة وضع جهاز الاستخبارات الباكستاني سيئ السمعة تحت سيطرة وزير الداخلية بدلاً من رئيس الوزراء. ولقد دعم مُـشَرَّف معارضة المؤسسة العسكرية لهذا الإصلاح، فاكتسب بذلك قدراً من العرفان بالجميل من جانب القادة العسكريين.
然而，有迹象表明在政府和军队之间在一些重大问题上存在分歧。军队最近阻止了政府将巴基斯坦声名狼藉的情报机构ISI置于内政部长而不是总理控制之下的动议。穆沙拉夫对军队反对这一改革给予支持，从而为他从军队指挥官那里获得了一些感激之情。