أما فيما يتصل بطموحات إيران النووية، فإن موقف الحكومة الإيرانية الملتبس يشكل أيضاً مصدراً للقلق المتزايد. ويخشى العديد من المشرعين الأوروبيين احتمال ظهور إيران المسلحة نووياً على أعتاب أوروبا، وهم غير مقتنعين بزعم النظام بأنه لا يسعى إلا إلى توليد الطاقة النووية.
而在伊朗的核野心问题上，伊朗政府模棱两可的立场也引发了越来越多的忧虑。许多欧洲议会议员都对在家门口出现一个核武伊朗的可能性感到忧虑，也无法相信伊朗政府只是寻求发展核能的辩解之词。