ان اليابان مثل البلدان الاخرى قد واجهت نزاعات تتعلق بالاختصاصات بين الوكالات المختصة بالسياسة الخارجية والدفاع والشرطة والتي اعاقت تجميع المعلومات الاستخبارية وتحليلها ولكن مع انشاء مجلس الأمن الوطني فإن كل وزارة ووكالة سوف ترسل معلومات الامن الوطني المهمة الى الامانة العامة الجديدة والتي ستقوم بدورها باجراء تحليل متكامل واصدار تقارير لرئيس الوزراء واخرين .
与其他国家一样，日本也面临着外交政策、防务和政策机构之间的管辖权限范围之争，妨碍了情报的汇总和分析。但是，随着NSC的组建，各省和各机构将向新的秘书处报告重要国家安全情报，由后者进行综合分析，写成报告呈送首相和各部门。