تولى مُـشَرَّف ، باعتباره رئيساً لأركان الجيش الباكستاني، توجيه الغزو المأساوي لإقليم كارغيل في العام 1999، حين أرسلت باكستان جنودها سراً عبر خطوط وقف إطلاق النار للاستيلاء على المرتفعات ذات الأهمية الإستراتيجية والتي تطل على ممر حيوي في الهند. ولقد نجحت الاستخبارات الهندية في تسجيل محادثة هاتفية تباهى فيها مُـشَرَّف بذلك التحرك أثناء زيارة قام بها إلى بكين. ولأن الغزو كان مخالفاً للقانون واستفزازياً بوضوح، فقد أنكرت باكستان تورط أي مسئولين عسكريين رسميين فيها، حتى أن مُـشَرَّف رفض تسلم رفات جنوده بعد أن تمكنت الهند من صد القوات الباكستانية، بتكاليف فادحة على الجانبين. وكانت هذه نقطة سوداء في العلاقات الهندية الباكستانية، ومنذ ذلك الوقت لم يبد أي من الزعماء في دلهي أي استعداد للثقة في مُـشَرَّف .
作为军队参谋长，穆沙拉夫在1999年指挥了入侵卡吉尔，结果一败涂地。当时，巴基斯坦派遣军队秘密穿越停火线，夺取了俯瞰印度一条交通要道的战略至高点。穆沙拉夫访问北京的时候在没有加密的电话线上吹嘘这次军事行动，而印度情报机构则录下了他的电话。由于这次入侵完全是非法和挑衅性的，因此巴基斯坦否认正规军参与其中。结果，当双方损失惨重、巴基斯坦被击退的时候，穆沙拉夫拒绝认领自己士兵的尸体。这是印巴关系史上的最低潮，而且，印度没有人愿意再次信任穆沙拉夫了。