ولكن خامنئي سوف يواجه تحديين رئيسيين مرتبطين بالسياسة النووية في السنوات الأربع المقبلة. فأولا، حرم انتصار روحاني سياسة المقاومة التي روج لها جليلي من شرعيتها. فلم يعد بوسع حكومة إيران أن تزعم أن البرنامج النووي قضية وطنية فتحظى بدعم واسع النطاق. كما يريد أنصار روحاني اقتصاداً أفضل والاندماج في المجتمع الدولي أكثر من رغبتهم في الحصول على المجد النووي.
但哈梅内伊将在未来四年中面临与核政策有关的两大主要挑战。首先，鲁哈尼的胜利打消了贾里里所支持的抵制政策的合法性。伊朗政府不再能够宣称核计划是有广大群众支持的国家行为。与核光荣相比，鲁哈尼的支持者更希望经济好转和融入国际社会。