Druhý způsob porovnávání se zaměřoval na takzvané paralogní bílkoviny, které pocházejí ze společného předka v rámci určitého tvora jako výsledek genových duplikací.
Второй тип сопоставления фокусировался на так называемых паралогусных белках, который произошли от общего предка в рамках одного существа в результате дубликации генов.