Druhá sekce, spadající pod Pákistánský výbor pro atomovou energii a Národní rozvojový komplex (NDC), má mnohem větší škálu zodpovědností - přeměnu plynného uranu na kov, projektování zbraní a jejich výrobu a jaderné testy.
Имя доктора Хана было едва упомянуто главой NDC доктором Самаром Мубаракмандом после успешных ядерных испытаний в мае 1998 года.