जेनेटिक इंजीनियरिंग (जीई) फसल की अन्य किस्मों, उदाहरण के लिए जो रोग-प्रतिरोधी और कीट-प्रतिरोधी होती हैं, से परोक्ष रूप से पानी के उपयोग की कुशलता में सुधार होता है। क्योंकि रोगों और कीटों के कारण होनेवाला नुकसान ज्यादातर पौधों के पूरी तरह से बड़े हो जाने के बाद – अर्थात उनके विकास के लिए आवश्यक पानी की अधिकतर आपूर्ति कर दिए जाने के बाद होता है – इसलिए उनके प्रतिरोध का अर्थ प्रति इकाई निवेश किए गए पानी की दृष्टि से अधिक कृषि उत्पादन है। संक्षेप में, किसान हर बूंद से अधिक फसल प्राप्त कर सकते हैं।
Altri tipi di varietà di colture Ogm, come quelli che sono resistenti a malattie e parassiti, migliorano indirettamente l'efficienza dell'uso dell'acqua. Poiché gran parte delle perdite dovute a malattie e parassiti si verifica dopo che le piante sono completamente cresciute - cioè, dopo che la maggior parte dell'acqua necessaria per la loro crescita è già stata fornita – essere resistenti a loro significa incrementare la produzione agricola per unità di acqua investita.