जेनेटिक इंजीनियरिंग (जीई) फसल की अन्य किस्मों, उदाहरण के लिए जो रोग-प्रतिरोधी और कीट-प्रतिरोधी होती हैं, से परोक्ष रूप से पानी के उपयोग की कुशलता में सुधार होता है। क्योंकि रोगों और कीटों के कारण होनेवाला नुकसान ज्यादातर पौधों के पूरी तरह से बड़े हो जाने के बाद – अर्थात उनके विकास के लिए आवश्यक पानी की अधिकतर आपूर्ति कर दिए जाने के बाद होता है – इसलिए उनके प्रतिरोध का अर्थ प्रति इकाई निवेश किए गए पानी की दृष्टि से अधिक कृषि उत्पादन है। संक्षेप में, किसान हर बूंद से अधिक फसल प्राप्त कर सकते हैं।
Outros tipos de espécies EG de cultivo, tais como as que resistem às doenças e às pragas, melhoram indirectamente a eficiência do uso da água. Como uma grande parte da perda para doenças e pragas ocorre após o completo crescimento das plantas – isto é, depois de já ter sido fornecida a maior parte da água necessária ao seu crescimento – a resistência às mesmas significa mais produção agrícola por unidade investida de água.