دوري إستونيا الممتاز 2006  هو الموسم 16 من  دوري إستونيا الممتاز. أقيم خلال الفترة 12 مارس 2006 وحتى 12 نوفمبر 2006، وأشرف على تنظيمه اتحاد إستونيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  10، وفاز فيه ليفاديا تالين.

نتائج الموسم
دوري إستونيا الممتاز 2006