كأس كازاخستان 1998–99  هو الموسم 7 من كأس كازاخستان. أقيم خلال الفترة 16 مايو 1998 وحتى 16 يوليو 1999، وأشرف على تنظيمه اتحاد كازاخستان لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه 14، وفاز فيه .

نتائج الموسم
كأس كازاخستان 1998–99