كأس الاتحاد الأوروبي 1999–2000  هو الموسم التاسع والعشرون من كأس الاتحاد الأوروبي. وفاز به غلطة سراي التركي للمرة الأولى في تاريخه، وذلك بعد فوزه في النهائي على أرسنال الإنكليزي بركلات الترجيح بعد انتهاء المباراة بالتعادل 0-0.
كأس الاتحاد الأوروبي 1999–2000