دوري أذربيجان الممتاز 1999-00  هو الموسم 9 من  دوري أذربيجان الممتاز. أقيم خلال الفترة أغسطس 1999 وحتى 20 مايو 2000، وأشرف على تنظيمه اتحاد أذربيجان لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  12، وفاز فيه نادي شامكير.

نتائج الموسم
دوري أذربيجان الممتاز 1999-2000