دوري السوبر السلوفاكي 1998-99  هو الموسم 6 من  دوري السوبر السلوفاكي. أشرف على تنظيمه اتحاد سلوفاكيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  16، وفاز فيه نادي سلوفان براتيسلافا.

نتائج الموسم
دوري السوبر السلوفاكي 1998–99