الدوري اليوناني لكرة القدم 1998–99  هو الموسم 40، و63 من  الدوري اليوناني لكرة القدم. الذي يشرف على تنظيمه الاتحاد الإغريقي لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  18، وفاز فيه نادي أولمبياكوس بعد أن لعب 34 مباراة وفاز بـ 27 منها.

نتائج الموسم
الدوري اليوناني 1998–99