دوري إستونيا الممتاز 1999  هو الموسم 9 من  دوري إستونيا الممتاز. أقيم خلال الفترة 14 أبريل 1999 وحتى 14 نوفمبر 1999، وأشرف على تنظيمه اتحاد إستونيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  8، وفاز فيه ليفاديا تالين.

نتائج الموسم
دوري إستونيا الممتاز 1999