كأس الاتحاد الأوروبي 1998–99  هو الموسم الثامن والعشرون من بطولة كأس الاتحاد الأوروبي.

حقق بارما الإيطالي لقب البطولة للمرة الثانية في تاريخه بعد فوزه في النهائي على أولمبيك مارسيليا الفرنسي بنتيجة 3-0.
كأس الاتحاد الأوروبي 1998–99