دوري السوبر السلوفاكي 1999-00  هو الموسم 7 من  دوري السوبر السلوفاكي. أشرف على تنظيمه اتحاد سلوفاكيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  16، وفاز فيه إنتر براتيسلافا.

نتائج الموسم
دوري السوبر السلوفاكي 1999–2000