دوري إستونيا الممتاز 2003  هو الموسم 13 من  دوري إستونيا الممتاز. أقيم خلال الفترة 13 مارس 2003 وحتى 22 نوفمبر 2003، وأشرف على تنظيمه اتحاد إستونيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  8، وفاز فيه نادي فلورا.

نتائج الموسم
دوري إستونيا الممتاز 2003