كأس روسيا لكرة القدم 1998–99  هو الموسم 7 من كأس روسيا لكرة القدم. أقيم خلال الفترة 8 مايو 1998 وحتى 26 مايو 1999، وأشرف على تنظيمه اتحاد روسيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه 157، وفاز فيه زينيت سانت بطرسبرغ.

نتائج الموسم
كأس روسيا لكرة القدم 1998–99