دوري أندورا الممتاز 1999–2000 هو الموسم 5 من  دوري أندورا الممتاز. أقيم خلال الفترة 19 سبتمبر 1999 وحتى 29 مايو 2000، والذي يشرف على تنظيمه اتحاد أندورا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  8، وفاز فيه .

نتائج الموسم
دوري أندورا الممتاز 1999–2000