كأس ألبانيا 1999–2000  هو الموسم 48 من كأس ألبانيا. أقيم خلال الفترة 21 أغسطس 1999 وحتى 6 مايو 2000، وأشرف على تنظيمه اتحاد ألبانيا لكرة القدم، وفاز فيه نادي تيوتا دورس.

نتائج الموسم
كأس ألبانيا 1999–2000