После две године боравка у Рибници, на интервенцију свог рођеног брата Лазара, наредника у Крагујевачком гарнизону, Мишић је 1867. године премештен у Крагујевац. У Крагујевцу је завршио две школске године за једну и убрзо 1868. године уписао је гимназију. У почетку због свог порекла имао је силне неприлике са варошком децом која га нису прихватала, што га је узбуђивало и вређало. Први и други разред гимназије завршио је у Првој крагујевачкој гимназији у Крагујевцу, трећи, четврти и пети у Београду, у Првој београдској гимназији. У првих пет разреда гимназије није био посебно добар ђак, док је до краја школовања поправио успех.[10]