1930. aasta 19. jaanuaril abiellus Goeppert Joseph Edward Mayeriga, ühe James Francki assistendiga. Paar kolis Mayeri kodumaale Ameerika Ühendriikidesse, kus mehele oli pakutud keemiadotsendi kohta Johns Hopkinsi Ülikoolis. Nad said kaks last: Maria Anni ja Peter Conradi.