Nabuwag ang Maphilindo, isang buwan matapos itong naitatag sa Maynila, dahil ini-adopt ni Presidente ng Indonesia na si Sukarno ang polisiya na Konfrontasi na naka direkta sa Malaysia, isa sa mga kasaping miyembro ng Maphilindo. Ang Konfrontasi ay isang polisiya ng Indonesia na nagbabawal sa Malaysia na makamit ang kanilang sovereignty, isang bagay na ikinagagalit ng mga Malaysians sa mga Indonesia. Ayon kasi sa pananaw ni Sukarno at nga PKI (ang Communist Party of Indonesia), ang Malaysia ay isang banta sa katatagan at stabilidad ng Indonesia.