Kuigi ülestõus oli sellega maha surutud, jäid olud Lääne- ja Harjumaal siiski ka järgnevatel aastatel rahututeks; talupoegade vastuhaku kordumise pärast muretses kõige enam hertsog Magnus. 1560. aasta ülestõusu peetakse viimaseks keskaegseks eesti talupoegade ülestõusuks; järgmised tõsisemad talupoegade rahutused puhkesid Eestis alles 18. sajandil.