1593an, Austriako gobernadore izendatu zuen bere anaia Rodolfo II.a enperadoreak. 1605ean, Matiasek Hungariako protestante matxinatuekin tratatzea eskatu zion enperadoreari. Horren emaitza 1606ko Vienako Ituna izan zen. Honen arabera, Hungariak erlijio-askatasuna izango zuen, eta transilvaniarrek etorkizunean beren printze independentea aukeratzeko eskubidea izango zuten. Urte horretan bertan, Matias Habsburgo etxearen buru eta —Rodolforen gaixotasuna zela medio— Inperio Santuko enperadore izateko onartua izan zen. Hungaria, Austria eta Moraviarekin aliatu ondoren, lurralde hauetan zuen agintea emateko eskatu zion anaiari 1608an; geroxeago, 1611an, Bohemia ere laga zion Matiasi.