Река Ергене води началото си от югоизточната част на планината Странджа, на 4 km североизточно от село Евренли, вилает Къркларели, в Европейска Турция (По други непотвърдени данни за начало на реката се смята левият ѝ приток Чорлусую, извиращ на 12 km североизточно от град Черкезкьой, вилает Текирдаг). В началото, до левия си приток Чорлусую тече на югозапад, където завива на север, на 5 km южно от Люлебургас – на запад, а при град Узункьопрю – на югозапад. По цялото си протежение тече през хълмисти райони в широка (2 – 3 km в горното, 7 – 10 km в средното и до 20 km в долното течение) долина, с бавно и спокойно течение. В долното си течение е канализирана чрез предпазни, водозащитни диги против наводнения. Влива се отляво в река Марица (от басейна на Егейско море), на 10 m н.в., на 11 km северно от град Ипсала, в южната част на вилаета Едирне.