Prime, Metroid Prime 2 : Echoes, et Prime 3 ont été réunis sur un seul disque en tant que Metroid Prime : Trilogy, sorti en Amérique du Nord le 24 août 2009.
Il a eu deux suites appelées Metroid Prime 2 : Echoes et Metroid Prime 3 : Corruption, un jeu parallèle appelé Metroid Prime Hunters, et un spin-off appelé Metroid Prime Pinball.