Plus fondamentalement, on peut faire valoir que le défi le plus crucial que cette théorie ne permet pas de relever est de savoir comment le bâtiment organique relativement simple bloque la polymérisation et forme des structures plus complexes qui interagissent de façon consistante pour former un protocell.
Le défi sans réponse le plus crucial est de savoir comment les blocs organiques relativement simples forment des structures plus complexes et forment un protocell.