Jinnah était un étudiant agité, il a étudié dans plusieurs écoles : à l'école primaire Sindh-Madrasa-tul-Islam à Karachi ; brièvement à l'école primaire Gokal Das Tej de Bombay ; et enfin à l'école secondaire de la Société missionnaire chrétienne de Karachi, où, à l'âge de 16 ans, il a réussi l'examen de fin d'études secondaires de l'Université de Bombay.
Sa dernière école a été nommée l'école secondaire de la Christian Missionary Society à Karachi.