Les institutions musulmanes en général, voir Vande Mataram sous un jour négatif. Bien qu'un certain nombre d'organisations et de personnes musulmanes se soient opposées à ce que Vande Mataram soit utilisée comme "chanson nationale" de l'Inde, invoquant de nombreuses raisons religieuses, certaines personnalités musulmanes ont admiré et même vanté Vande Mataram comme "" Chanson nationale de l'Inde "".
Jana Gana Mana a été choisie sur Vande Mataram comme hymne national de l'Inde indépendante en janvier 1950, bien qu'avant cette date, Vande Mataram ait été traitée comme telle.