Poutine a joué un rôle personnel actif dans la promotion de l'Acte de communion canonique avec le Patriarcat de Moscou signé le 17 mai 2007 qui a rétabli les relations entre l'Église orthodoxe russe basée à Moscou et l'Église orthodoxe russe hors de Russie après les 80 ans de schisme.
Il est membre de l'Église orthodoxe russe.