Les relations entre les deux États ont été établies lorsque la République d'Ouzbékistan est devenue indépendante à la suite de l'effondrement de l'URSS, les relations entre les deux pays ont d'abord été tendues par la situation en Afghanistan, qui est à la frontière des deux pays, car ils soutiennent des factions afghanes de factions différentes.
Toutefois, les relations se sont améliorées après la chute des Taliban, les deux pays cherchant à améliorer leurs relations dans l'intérêt du commerce, le Pakistan souhaitant accéder aux marchés d'Asie centrale et l'Ouzbékistan enclavé pour accéder aux ports de l'océan Indien.