Kaunas se trouve au confluent des deux plus grandes rivières lituaniennes, les Nemunas et les Neris, et près du réservoir Kaunas, le plus grand plan d'eau entièrement lituanien.
Kaunas se trouve à l'endroit où les deux plus grands fleuves lituaniens, les Nemunas et les Neris, se rencontrent, ainsi que près de la lagune de Kaunas, la plus grande étendue d'eau de Lituanie.