Baby Mario joue un rôle majeur avec Baby Luigi dans Mario & Luigi : Partners in Time et apparaît dans le DS de l'île de Yoshi.
Plus récemment, il est apparu dans Mario & Luigi : Partners in Time, dans lequel Baby Mario est apparu par le temps voyager avec Baby Luigi, Baby Peach et Baby Bowser, ce qui pourrait expliquer la séparation des deux caractères.