Dans l'exercice de son rôle, le Service des douanes et de la protection des frontières travaille en étroite collaboration avec d'autres organismes gouvernementaux tels que la Police fédérale australienne, le Service australien de quarantaine et d'inspection, le Département de l'immigration et de la citoyenneté, le Département de la défense, la Force de défense australienne et l'Autorité australienne de gestion des pêches.
Dans le cadre de son travail, les douanes travaillent avec d'autres organismes gouvernementaux comme la police fédérale australienne, le service australien de quarantaine et d'inspection, le ministère de l'Immigration et de la Citoyenneté, le ministère de la Défense et l'Australian Fisheries Management Authority.