Il prêchait avec véhémence la corruption morale d'une grande partie du clergé de l'époque, et son principal adversaire était Rodrigo Borgia, qui était le Pape Alexandre VI de 1492, jusqu'à la mort de Savonarola en 1498.
Savonarola était prêtre, mais il prêchait contre la corruption morale du clergé et de l'Église de Rome, dont le principal ennemi était le pape Alexandre VI.