Les Phéniciens ont colonisé Malte à partir d'environ 1 000 avant J.-C., apportant leur langue et leur culture sémitiques et devenant les ancêtres masculins directs d'environ la moitié de la population moderne de Malte.
Une importante culture néolithique préhistorique marquée par des structures mégalithiques se trouve sur les îles, qui ont été faites 1000 ans avant les Pyramides de Giza, ce qui signifie qu'elles étaient très vieilles.