Aux deuxième et troisième niveaux de la partie, le chef-maître et le Cortana rassemblent des survivants et secourent le capitaine Keyes, qui est emprisonné sur le navire du Pacte Truth and Reconciliation.
Le Cortana découvre que le capitaine Keyes est toujours en vie. Le chef-maître va le secourir d'un navire du Pacte.