En 1842, son père rapporta une "grande nouvelle", et alors que le jeune John Lubbock pensait au départ qu'il s'agissait peut-être d'un nouvel étang et était déçu que la nouvelle soit juste que Charles Darwin déménageait à Down House dans le village, il fut bientôt un visiteur fréquent à Down House, et devint le plus proche des plus jeunes amis de Darwin.
En plus de leur intérêt commun pour l'histoire naturelle, les deux hommes étaient des défenseurs actifs de la réforme orthographique et des membres de la Spelling Reform Association.