Mario, Luigi et Yoshi ont décidé de sauver les amis de la princesse Toadstool et du dinosaure de Yoshi, explorant le Dinosaur Land pour Bowser et ses Koopalings.
Dans ce jeu, Bowser a enlevé la princesse Toadstool après qu'elle, Mario et Luigi eurent des vacances dans le Dinosaur Land, Mario et Luigi doivent la sauver, ainsi que sept œufs de Yoshi de Bowser et de ses Koopalings.