Samus accepte d'aider en récupérant l'énergie planétaire d'Aether -LRB- le '' Light of Aether '' -RRB- de Dark Aether et mettant ainsi fin à Dark Aether et à l'Ing ; cependant, Samus rencontre encore une fois le Metroid Prime -LRB- Dark Samus -RRB-, un être très muté qui avait copié le code génétique de Samus et lui a volé son maillot Phazon à la fin de son aventure Tallon IV, maintenant sous la forme de Dark Samus.
Samus se rend à la Station Spatiale BSL pour découvrir que les scientifiques qui s'y trouvent ont été tués par le virus, et Samus doit explorer le navire tout en évitant son vieux costume qu'un virus X a pris le contrôle de appelé SA-X.