En 1520, Raphaël mourut également, à l'âge de 37 ans, et son successeur Baldassare Peruzzi a maintenu les changements que Raphaël avait proposé à l'arrangement interne des trois principaux absides, mais autrement remis au plan de la Croix grecque et à d'autres caractéristiques de Bramante.
Raphaël mourut également, au début de la trentaine, en 1520, avant que des changements importants ne puissent être apportés au bâtiment. Le prochain architecte fut Peruzzi qui aimait certaines des idées de Raphaël, mais n'aimait pas le plan de la Croix latine.