Elle a commencé en 1859 lorsque la ville de Manille a pris le contrôle de l'Escuela Municipal de Manila à Intramuros, Manille aux Jésuites.
L'Université a commencé en 1859 lorsque la ville de Manille a remis à des Jésuites espagnols l'Escuela Municipal, une école primaire publique à Intramuros.