Des données provenant du séquençage de l'ADN mitochondrial ont indiqué qu'il n'y avait pas de flux génique significatif entre H. neanderthalensis et H. sapiens et que, par conséquent, les deux espèces étaient des espèces distinctes qui partageaient un ancêtre commun il y a environ 660 000 ans.
Bien que le débat n'ait pas été réglé, les données sur le séquençage de l'ADN mitochondrial et de l'ADN chromosomique Y indiquent qu'il y a peu ou pas de flux génique entre H. neanderthalensis et H. sapiens et que, par conséquent, les deux espèces étaient distinctes.