Bien qu'il s'agisse techniquement d'un type de EEPROM, le terme "EEPROM" est généralement utilisé pour désigner spécifiquement les EEPROM non flash qui sont effaçables en petits blocs, typiquement des octets, parce que les cycles d'effacement sont lents, les grandes tailles de blocs utilisées dans la mémoire flash effaçable lui donnent un avantage significatif de vitesse par rapport à l'EEPROM à l'ancienne lors de la rédaction de grandes quantités de données.
La principale différence entre EEPROM et mémoire flash est que l'EEPROM peut "écrire" à n'importe quel octet de mémoire, à tout moment.