Il atterrit sur un yoshi vert, et Mario et le reste de la bande de Yoshi doivent parcourir les six mondes du jeu pour sauver Baby Luigi et la tempête de retour de Baby Bowser et Kamek.
Baby Mario atterrit à l'arrière de Yoshi qui, avec sept autres Yoshis, aide Baby Mario à vaincre Baby Bowser et à sauver Baby Luigi.