Le physicien Berkeley J. Robert Oppenheimer a été le directeur scientifique du projet Manhattan, qui a mis au point la première bombe atomique au monde, dont il a été le directeur scientifique à Los Alamos, au Nouveau-Mexique, pendant la Seconde Guerre mondiale. Depuis ce temps, l'université a co-géré le Laboratoire national de Los Alamos, ainsi que le Lawrence Livermore National Laboratory et le Lawrence Berkeley National Laboratory du département de l'Énergie des États-Unis.
Les physiciens de Berkeley ont travaillé sur le projet Manhattan pendant la Seconde Guerre mondiale et l'université gère maintenant les deux principaux laboratoires d'armes nucléaires du pays : le Lawrence Berkeley National Laboratory et le Los Alamos National Laboratory.