À plusieurs égards, l'évolution des algues brunes est parallèle à celle des algues vertes et des algues rouges, puisque les trois groupes possèdent des espèces multicellulaires complexes avec alternance de générations. L'analyse des séquences d'ARNr 5S révèle des distances évolutives beaucoup plus faibles parmi les genres d'algues brunes que parmi les genres d'algues rouges ou vertes, ce qui suggère que les algues brunes se sont diversifiées beaucoup plus récemment que les deux autres groupes.
Les algues brunes sont un groupe important d'algues.