Deux ans et demi plus tard, dans la deuxième partie, Kakashi fait la réforme de Team 7 avec Naruto, Sakura, Sai et Yamato, et aide et dirige la nouvelle Team 7 dans ses efforts continus pour trouver et récupérer Sasuke, mais à chaque tentative Sasuke leur a échappé.
Après les défauts de Sasuke, l'équipe 7 reçoit Sai en remplacement.