Les causes du transgenderisme sont moins évidentes ; elle a fait l'objet de nombreuses spéculations, mais il n'a jamais été prouvé que la théorie psychologique s'applique même à une minorité importante de personnes transgenres, et les théories qui supposent une différence sexuelle dans le cerveau sont relativement nouvelles et difficiles à prouver, parce qu'elles nécessitent actuellement une analyse destructrice des structures internes du cerveau, qui sont assez petites.
Mais dans les personnes transsexuelles, elles peuvent être différentes.