Le sable et le sol abritent aussi des bactéries d'E. coli et certaines souches d'E. coli ont été naturalisées.
E. coli pousse normalement dans le sol et dans le gros intestin de nombreux mammifères, y compris les humains. La plupart des souches d'E. coli ne causent pas la maladie, mais aident plutôt les animaux à obtenir des vitamines et à digérer les aliments.