Avant de se rendre en Inde, Aqa Ali Shah avait noué des relations étroites avec le dirigeant de l'une des filiales de Nimatullahi, Rahmat Ali Shah, qui avait été l'invité d'Aga Khan I à Mahallat en 1833. Après la mort de Rahmat Ali Shah en 1861, Aqa Ali Shah a souvent envoyé de l'argent de l'Inde pour la récitation du Qur.
Aqa Ali Shah était le fils aîné d'Aga Khan I / O. Il était un prince iranien.