L'Atari 5200 ne s'est pas bien comporté sur le marché, comparé à son prédécesseur, l'Atari 2600. Parmi les critiques formulées à l'encontre de la version initiale de l'Atari 5200, il y a le fait qu'il est totalement incompatible avec la bibliothèque logicielle de l'Atari 2600.
L'Atari 5200 ne pouvait pas lancer de logiciel pour le toujours populaire Atari 2600.