La maladie de Crohn est considérée comme une maladie auto-immune, dans laquelle le système immunitaire du corps s'attaque au tractus gastro-intestinal, provoquant une inflammation ; elle est classée comme un type de maladie intestinale inflammatoire.
C'est pourquoi la maladie de Crohn est l'une des deux maladies inflammatoires de l'intestin et l'une des nombreuses maladies auto-immunes.