Les trois arrivent au siège de l'Organisation XIII, avec des royaumes de royaumes qui s'approchent du ciel, et Sora est finalement réuni avec Kairi et Riku après avoir vaincu tous les autres membres de l'Organisation, à l'exception de Xemnas. Roxas est aussi révélé comme le Nobody de Sora, que Riku avait capturé en prenant volontairement la fausse forme d'Ansem, afin que Roxas puisse être réintégré dans Sora.
Sora sauve Kairi et Riku et bat Ansem.