Le 9 septembre 1839, le HMS Beagle s'embarque dans le port de Darwin lors de l'arpentage de la région. John Clements Wickham a nommé la région 'Port Darwin' 'en l'honneur de son ancien compagnon de bord, Charles Darwin, qui avait navigué avec eux lors du voyage précédent du navire qui avait pris fin en octobre 1836.
Un membre de l'équipage du navire qui a commencé un port là-bas en 1839 l'a nommé Port Darwin en l'honneur de Darwin, qui avait navigué sur le même navire plus tôt.