Les îles portent le nom de la reine espagnole Mariana d'Autriche au XVIIe siècle, lorsque l'Espagne a commencé la colonisation de l'archipielago.
En 1667, l'Espagne les revendiqua officiellement et les nomma en l'honneur de la reine espagnole Mariana d'Autriche.