Les 17 espèces de poissons trouvées dans les estomacs de vaquita peuvent être classifiées comme des espèces démersales ou benthiques qui vivent dans des eaux relativement peu profondes dans la partie supérieure du golfe de la Californie, et il semble que le vaquita soit un prédateur plutôt non sélectif des petits poissons et des calmars dans cette zone.
Vaquita se nourrit de petits poissons et de calmars de fond.