Il a été adopté le 20 mars 1989, soit près de deux ans avant le rétablissement de l'indépendance de la Lituanie après la fin de l'Union soviétique. Avant sa réadoption, le drapeau avait été utilisé de 1918 à 1940, lorsque la Lituanie a été occupée puis annexée par l'Union soviétique.
Le drapeau de la Lituanie, qui est utilisé aujourd'hui, a été adopté par le Conseil de la Lituanie en 1918 et réadopté en 1989.