Pour sauver le jeu, les joueurs sont entrés dans des portails spéciaux, qui sont apparus dans tous les jeux Metroid depuis. Metroid II est le seul jeu de la série à montrer toutes les étapes du cycle de développement de la créature Metroid ; les étapes d'évolution qu'ils traversent sont : Original, Alpha, Gamma, Zeta, Omega et Queen.
C'est le deuxième jeu de la série Metroid.