En Amérique du Nord, il s'agissait également du premier versement Metroid depuis Super Metroid en 1994 ; dans tous les autres marchés, il a été publié après Metroid Fusion.
Il a eu deux suites appelées Metroid Prime 2 : Echoes et Metroid Prime 3 : Corruption, un jeu parallèle appelé Metroid Prime Hunters, et un spin-off appelé Metroid Prime Pinball, qui a lieu après Metroid, mais avant Metroid II : Return of Samus.