Le 16 septembre, Napoléon donna l'ordre aux navires français et espagnols à Cádiz de mettre en mer à la première occasion favorable, se joindre à sept navires espagnols de la ligne puis à Carthagène, aller à Naples et atterrir les soldats qu'ils ont transportés pour renforcer ses troupes là-bas, et se battre avec des actions décisives s'ils rencontraient une flotte britannique inférieure.
Nelson avait mis ses navires sur deux lignes.