Bien que les couleuvres soient reconnues comme tombant phylogénétiquement à l'intérieur des lézards anguimorphes dont ils sont issus, les sphénodontes sont le groupe-soeur des squamates, le groupe monophylétique plus grand, qui comprend à la fois les lézards et les serpents.
Les Squamates sont sans aucun doute un groupe monophylétique ; ils forment un groupe frère au Tuatara.