En refusant d'accepter la défaite, Xemnas sépare Sora et Riku des autres pour les affronter dans une bataille finale qui se termine par sa disparition. Bien qu'initialement piégés dans le royaume de Xemnas, Sora et Riku puissent retourner dans leur monde après avoir lu une lettre de Kairi qui révèle la porte à la lumière.
Vers la fin du jeu, Sora, Kairi et Riku se réunissent et détruisent Xemnas.