Le parc comprend une section côtière de Flores ouest, les trois plus grandes îles de Komodo, Padar et Rincah, 26 îles plus petites et les eaux environnantes des monts Sape Straights.
Elle comprend une partie de la côte ouest de Flores, les trois plus grandes îles de Komodo, Padar, Rincah et 26 îles plus petites, ainsi que des zones océaniques telles que les monts Sape Straights.