L'histoire en tant que ville allemande Entre 1460 et 1864, Flensburg fut, après Copenhague, le deuxième plus grand port du Royaume du Danemark, mais passa au Royaume de Prusse après la Deuxième guerre du Schleswig en 1864.
Entre 1460 et 1864, Flensburg est le deuxième port important du Danemark après Copenhague.