Un atome électronégatif comme le fluor, l'oxygène ou l'azote est un accepteur de liaisons hydrogènes, qu'il soit lié ou non à un atome d'hydrogène. Un exemple de donneur d'une liaison hydrogène est l'éthanol, qui a un hydrogène lié à l'oxygène ; un exemple d'accepteur de liaison hydrogène qui ne possède pas d'atome d'hydrogène qui y est lié est l'atome d'oxygène de l'éther diéthylique.
Ce type de liaison implique toujours un atome d'hydrogène.