Le 22 avril 2007, Bishara a démissionné de la Knesset par l'intermédiaire de l'ambassade d'Israël au Caire, à la suite d'une enquête de la police sur ses contacts à l "étranger, ainsi que des accusations d'aide à l'ennemi en temps de guerre, de transmission d'informations à l'ennemi et de contacts avec un agent étranger, ainsi que de blanchiment d'argent provenant de sources étrangères.
Le 22 avril 2007, Bishara a démissionné de la Knesset à l'ambassade d'Israël au Caire, en Égypte, après avoir enquêté sur des étrangers qu'il connaissait et avec qui il parlait.