En 1871, le général Thayer prévoit la création de l'Académie Thayer et, le 12 septembre 1877, l'académie ouvre ses portes à 30 étudiants dans ce qui est maintenant le bâtiment principal.
L'école a été construite en 1871, à la demande du général Sylvanus Thayer. Thayer Academy est l'une des écoles privées les plus respectées du Grand Boston.