Les organes conventionnels les plus célèbres du Conseil de l'Europe sont la Cour européenne des Droits de l'Homme qui applique la Convention européenne des Droits de l'Homme ainsi que la Commission européenne de la Pharmacopée qui fixe les normes de qualité des produits pharmaceutiques en Europe.
Son principal succès a été la Convention européenne des droits de l'homme en 1950, qui sert de base à la Cour européenne des droits de l'homme.