Le commandement du CINCFLEET est exercé par l'intermédiaire du quartier général du commandement de la marine, basé à Portsmouth. Un quartier général opérationnel, le quartier général de Northwood, à Northwood, à London, est situé au même endroit que le quartier général interarmées permanent des forces armées du Royaume-Uni, et un commandement régional de l'OTAN, le Commandement de la composante maritime alliée, Northwood -LRB- AMCCN -RRB-.
Le quartier général du commandement du CINCFLEET se trouve à Portsmouth et le quartier général opérationnel à Northwood, dans le Middlesex.