Spirit Tracks continue son style de jeu de jeu de The Legend of Zelda : Phantom Hourglass, dans lequel les joueurs utilisent le stylet pour contrôler Link et utiliser son assortiment d'armes, d'objets et de véhicules, bien qu'avec quelques jeux de jeu.
Spirit Tracks garde son style de jeu de The Legend of Zelda : Phantom Hourglass, dans lequel les joueurs utilisent le stylet pour contrôler Link et utiliser ses armes, ses objets et son véhicule.