Jefferies a également géré Gala Fairydean, Berwick Rangers, Falkirk, Bradford City et Kilmarnock.
Jefferies a commencé sa carrière de gestionnaire au Gala Fairydean avant de rejoindre Berwick Rangers où il a occupé le poste de directeur jusqu'en 1988, puis il a dirigé Falkirk FC, Heart of Midlothian FC et Kilmarnock FC.