Après avoir purgé trois planètes de Phazon -LRB- y compris l'homéophile de l'espace -RRB-, la Fédération localise la source de Phazon, la planète Phaaze, qui est entièrement faite de Phazon.
Samus est infectée par l'un d'entre eux et est presque tuée, mais quelqu'un lui donne un coup de feu d'ADN Metroid qui tue le virus X, mais aussi la rend immunisée contre la mort.