Il quitte l'école en 1962 et reçoit une bourse d'études de Cusanuswerk, l'organisme boursier de l'Église catholique en Allemagne, pour étudier la physique dans les universités de Bonn et de Sarre.
Lafontaine a étudié la physique à l'Université de Bonn et à l'Université de la Sarre de 1962 à 1969.