L'Ansem que Sora a vaincu était en fait le nègre de Xehanort, un étudiant d'Ansem the Wise, et que le dirigeant de l'Organisation est Xehanort 's Nobody, Xemnas.
Xemnas est le Nobody d'un homme appelé Xehanort, qui n'existe plus ; Ansem, le principal ennemi du premier jeu, était le Heartless de Xehanort.