Bien que l'ADN soit arrangé comme deux brins antiparallèles dans une double hélice, un seul des deux brins d'ADN, appelé brin de gabarit, est utilisé pour la transcription, parce que l'ARN n'est que monocaténaire, par opposition à l'ADN à double brin.
Comme pour la réplication de l'ADN, seulement un des deux brins d'ADN est transcrit.