Les programmes de premier et de deuxième cycle couvrent diverses disciplines comme la comptabilité, l'administration des affaires, le génie, la technologie de l'information, le droit, la médecine, les sciences infirmières, la biologie, la chimie, l'éducation, les sciences de la mer, la physique, la théologie, la philosophie, la psychologie et l'administration publique.
Au collège, Silliman enseigne de nombreuses matières telles que comptabilité, administration des affaires, ingénierie, technologie de l'information, droit, médecine, sciences infirmières, biologie, chimie, éducation, sciences de la mer, physique, théologie, philosophie, psychologie et administration publique.