Après avoir fréquenté l'Académie du comté de Richmond à Augusta, Géorgie pour l'école secondaire, Whisenhunt a joué au football collégial à Georgia Tech -LRB- 1980-84 -RRB-, Scott Michaux Coach takes pressure in stride, Augusta Chronicle, January 28, 2009.
Dans Whisenhunts la première saison, Warner a partagé le temps avec les équipes plus jeune quart arrière Matt Leinart, bien que Warner ait commencé les 11 derniers matchs de la saison 2007 après que Leinart ait subi une blessure de fin de saison.