Yokosuka occupe la majeure partie de la péninsule de Miura et est bordée par l'embouchure de la baie de Tokyo à l'est et par la baie de Sagami sur l'océan Pacifique à l'ouest.
Située au début de la baie de Tokyo dans la péninsule du Miura, la ville s "étend de la péninsule à la baie de Sagami.