Skype est une communication sécurisée ; le chiffrement ne peut pas être désactivé et est invisible pour l'utilisateur. Skype utilise des techniques de chiffrement non propriétaires et de confiance générale : RSA pour la négociation des clés et le standard de chiffrement avancé pour chiffrer les conversations.
Skype dispose d'un système de cryptage pour la sécurité.