Il a parfois été considéré comme synonyme de Pipistrellus tenuis ; cependant, les révisions du genre basées sur le baculum ont identifié Pipistrellus murrayi comme une espèce distincte.
On a pensé qu'il s'agissait de la même espèce que le Pipistrellus tenuis, mais de nouvelles recherches sur le baculum de la chauve-souris, -LRB- un os de pénis -RRB-, a montré que Pipistrellus murrayi est une espèce différente.