Bien qu'il ne soit pas un étudiant exceptionnel et qu'il compose peu, il progresse bien dans le violon sous Valdemar Tofte et reçoit une solide formation en théorie musicale de la part d'Orla Rosenhoff, qui restera un précieux conseiller pendant les premières années de Nielsen en tant que compositeur professionnel.
Il a écrit un très grand travail pour l'organe appelé Commotio.