Le Homer se trouve sur la rive de la baie Kachemak, du côté sud-ouest de la péninsule du Kenai, dont le trait le plus distinctif est la Homer Spit, une étroite barre de gravier de 4,5 milles (LRB- 7 km - RRB) de gravier qui s'étend dans la baie, sur laquelle se trouve le Homer Harbor.
La caractéristique la plus remarquable de Homer est la flèche Homer, un doigt de terre de 4,5 m de long qui se jette dans la baie Kachemak.