Qaqortoq est un port d'escale pour le navire côtier Arctic Umiaq Line, qui relie Qaqortoq à l'aéroport Narsarsuaq et indirectement au reste du Groenland et de l'Europe.
Qaqortoq est également le siège de la municipalité de Qaqortoq qui, à l'exception de la ville elle-même comprend trois petits établissements.