Une importante culture néolithique préhistorique marquée par des structures mégalithiques, qui remonte à vers 3600 av. J.-C., a existé sur les îles, comme en témoignent les temples de Mnajdra, Ggantija et d'autres.
Des personnes vivent à Malte depuis environ 5200 av. J.-C. et les premières personnes qui y vivent viennent de Sicile.