Comme Mother, Mother 3 n'a qu'un lien assez lâche avec EarthBound, mettant en vedette de nouveaux personnages, bien qu'il comprenne plusieurs personnages de retour. Une collection de Mother and EarthBound a été publiée au Japon sous le titre Mother 1 + 2.
C'est le deuxième jeu de la série EarthBound, après Mère.