Le 1er mars 2004, la secrétaire de Yudhoyono, Sudi Silalahi, a annoncé aux médias que pendant les six derniers mois, Yudhoyono avait été exclue de la prise de décision politique dans le domaine de la politique et de la sécurité. Le 2 mars 2004, Megawati a répondu qu'elle n'avait jamais exclu Yudhoyono, alors que son mari, Taufiq Kiemas, appelait Yudhoyono childish pour s'être plainte aux médias au lieu du président.
Yudhoyono a remporté la présidence en septembre 2004.