Certaines sources considèrent le Pingouin à nageoires blanches comme une espèce distincte d'Eudyptula, tandis que d'autres la considèrent comme une sous-espèce du Petit Pingouin ; la situation réelle semble plus compliquée.
Le Pingouin à nageoires blanches est aujourd'hui généralement considéré comme une sous-espèce du Petit Pingouin.