Deux espèces de Pteranodon sont traditionnellement reconnues comme valides : Pteranodon longiceps, l'espèce type, et Pteranodon sternbergi.
Pteranodon avait une grande crête à l'arrière de sa tête, Pteranodon longiceps avait une crête droite qui allait en arrière, et Pteranodon sternbergi avait une crête plus grande et plus plate qui montait vers le haut.