Le jardin a été créé en 1544 sous Cosimo I de 'Medici comme premier jardin botanique universitaire en Europe, et a été confié au célèbre botaniste Luca Ghini d'Imola.
Depuis ces temps anciens, le jardin contient une galerie d'objets naturels -LRB- maintenant Pisas Museo di Storia Naturale -RRB-, une bibliothèque -LRB- maintenant partie de la bibliothèque universitaire -RRB-, et des portraits de ses directeurs au cours des siècles.