En tant qu'officier d'état-major du major-général George B. McClellan, Custer est promu au grade de capitaine pendant la campagne de la péninsule de Potomac de 1862.
Custer obtient son dernier diplôme de sa classe et participe à la première bataille de Bull Run en tant qu'officier d'état-major du major-général George B. McClellan dans l'armée de la campagne de Péninsule de Potomac de 1862.