Comme d'habitude pour un tireur de première personne, Nukem rencontre un grand nombre de petits ennemis, et un petit nombre d'ennemis du patron -LRB- habituellement à la fin des chapitres -RRB-.
Comme beaucoup de jeux de tir de première personne, Nukem rencontre un grand nombre d'ennemis plus faibles, et un petit nombre d'ennemis du boss -LRB- extrêmement puissant -RRB-.