Les algues constituent un groupe paraphylétique et polyphylétique, car elles ne comprennent pas tous les descendants du dernier ancêtre universel et ne descendent pas toutes d'un ancêtre commun d'algues, bien que leurs plastes semblent avoir une seule origine. Les diatomées sont aussi des exemples d'algues.
Cependant, les algues ne sont certainement pas un groupe monophylétique, car elles ne descendent pas toutes d'un ancêtre commun d'algues.