L'église inférieure est ornée de fresques réalisées par Cimabue et Giotto, artistes médiévaux de la fin du Moyen Âge. Dans la partie supérieure de l "église se trouvent des fresques de scènes de la vie de Saint François précédemment attribuées à Giotto et que l'on croit être des artistes du cercle du Pietro Cavallini de Rome.
De nombreux artistes médiévaux de la fin du Moyen Âge ont des fresques.