Le conflit entre Bligh et les colons retranchés aboutit à une autre mutinerie, la rébellion de Rum, lorsque, le 26 janvier 1808, le Corps de la Nouvelle-Galles du Sud, sous le commandement du major George Johnston, marcha sur la résidence du gouverneur à Sydney et l'arrêta.
L'un des soldats, le major George Johnston, abandonne Macarthur en prison et, le 26 janvier 1808, il dirige l'armée jusqu'à Government House et met Bligh en état d'arrestation.