La conjugaison présente des avantages par rapport à d'autres formes de transfert génétique, y compris une perturbation minimale de l'enveloppe cellulaire de la cible et la capacité de transférer des quantités relativement importantes de matériel génétique - voir la discussion ci-dessus sur le transfert des chromosomes d'E. coli - RRB-.
La conjugaison présente des avantages par rapport à d'autres formes de transfert génétique.