Toutes les versions du système d'exploitation prennent en charge le système de fichiers Windows NT, NTFS 3.0, le système de fichiers de chiffrement, ainsi que le stockage de disque de base et dynamique.
Windows 2000 prend en charge le système de fichiers Windows NT NTFS 5, le système de fichiers cryptés -LRB- EFS -RRB-, ainsi que le stockage de disque de base et dynamique.