Pendant le jeu, Samus travaille à empêcher le Phazon de se propager d'une planète à l'autre tout en étant lentement corrompu par la Phazon elle-même.
Un mois plus tard, Samus découvre que Dark Samus 'Phazon -LRB- comme un poison dans notre monde mais pire - les attaques basées sur RRB- l'ont corrompue. Elle -LRB- avec le reste des chasseurs de bonté -RRB- est équipée d'un Phazon Enhancement Device -LRB- PED -RRB- qui lui permet d'utiliser le Phazon à l'intérieur d'elle.