Le film tourne autour d'un "remède mutant" qui cause de graves répercussions chez les mutants et les humains, et sur la mystérieuse résurrection de Jean Grey, qui semble être mort en X2.
Le film est partiellement basé sur deux histoires de bandes dessinées de X-Men : l'écrivain Chris Claremonts et l'artiste John Byrnes 'Dark Phoenix Saga' 'dans The Uncanny X-Men -LRB- / O1980 / O-RRB- et l'écrivain Joss Whedons et l'artiste John Cassadays, l'histoire de six numéros "' Gifted '' dans Astonishing X-Men -LRB- / O2004 / O-RRB-.