Whipple a partagé le prix Nobel de physiologie ou de médecine en 1934 avec George Richards Minot et William Parry Murphy pour leurs découvertes sur la thérapie hépatique dans les cas d'anémie ".
En 1934, il remporte le prix Nobel de physiologie ou de médecine, en compagnie de George Minot et de William P. Murphy, pour leurs découvertes sur la façon dont le foie peut guérir l'anémie.