Le 8 mars 2004, Yudhoyono a envoyé une lettre demandant l'autorisation de rencontrer le président au sujet de son autorité ministérielle. Megawati n'a pas répondu lorsqu'elle a reçu la lettre, bien qu'elle ait invité Yudhoyono à une réunion du cabinet le 11 mars 2004.
Yudhoyono est devenu président le 20 octobre 2004.