Он также стал главной базой для миссионерской деятельности, благодаря набожным последователям различных конфессий - францисканцам, августинцам, доминиканцам и иезуитам, которые держали их в узде, а также строгой инквизиции, возглавляемой, в первую очередь, Франциском Ксавьером, который прибыл в Гоа в 1542 году.
Франциск Ксавьер приехал в Гоа в 1542 году, чтобы возглавить инквизицию.