1799-ben a papokat még mindig bebörtönözték vagy büntetőtáborokba toloncolták, és az üldöztetést csak tovább súlyosbította, miután a Louis Alexandre Berthier tábornok vezette francia hadsereg elfoglalta Rómát, és bebörtönözte VI. Piusz pápát, aki 1799. augusztusában fogságban Valence-ben (Drôme, Franciaország) halt meg.
VI. Piusz pápa Franciaországban halt meg.