Snakemake
# Snakemake

Snakemake ist ein Workflow-Management-System, welches auf Python aufbaut und vor allem in der Bioinformatik eingesetzt wird.

Es funktioniert nach folgenden Prinzipien:

* Jeder Schritt im Ablauf ist eine rule (Regel). Die Eingaben, Ausgaben und die Kommandozeilenbefehle für jeden Schritt sind in einem sogenannten Snakefile beschrieben.
* Jede Regel verfügt über eine Anzahl Parameter, die in einer yaml-Datei beschrieben sind.
* Jede Regel erzeugt einen Output, der wiederum den Input für andere Regeln darstellen kann.

Ein simples Beispiel für ein Snakemake-Programm ist:

Anstelle eines Skriptes kann auch ein Kommandozeilenbefehl angegeben werden:

