A-DNA
# A-DNA

A-DNA ist eine der möglichen Doppelhelix-Strukturen von DNA.

## Eigenschaften

A-DNA ist eine rechtsgängige doppelsträngige DNA-Doppelhelix, die im Vergleich zur B-Form kompakter ist und deren Nukleinbasen nicht orthogonal zur Helixachse ausgerichtet sind. A-DNA ist die bei niedriger Feuchtigkeit vorliegende Form doppelsträngiger DNA, z. B. bei getrockneter DNA oder DNA-Kristallen. Andere DNA-Strukturen sind z. B. B-DNA, Z-DNA, C-DNA, hairpin, triplex, cruciform, left-handed Z-form, tetraplex und A-motif. Möglicherweise wird die A-Form auch bei hybriden DNA-RNA-Doppelhelices ausgebildet, da eine ähnliche Struktur auch die häufigste Form von RNA-RNA-Doppelhelices ist. Die Zuckereinheiten haben bei A-DNA eine 3’-endo-Konformation, im Gegensatz zur B-DNA, welche eine 2’-endo-Konformation der Zuckereinheiten besitzt. Dies ermöglicht es auch doppelsträngigen RNA-Regionen eine A-DNA-ähnliche-Form einzunehmen, da die sterische Hinderung durch die 3’-endo-Konformation nicht bei der Ausbildung der A-Form stört, im Gegensatz zur 2’-endo-Konformation der B-Form. Aufgrund der kompakten Form besitzt A-DNA im Vergleich zu B-DNA eine höhere Anzahl an Nukleinbasen pro Windung der Helix, eine tiefere große Furche und eine flachere kleine Furche. A-DNA ist im Vergleich zu B-DNA um etwa 30 % verkürzt und breiter.

## Doppelsträngige DNA-Strukturen (dsDNA)

| Geometrie | A-Form | B-Form | Z-Form |
| - | - | - | - |
| Helix-Drehrichtung | rechtsgängig | rechtsgängig | linksgängig |
| Wiederholungseinheit | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
| Rotation/bp | 33,6° | 35,9° | 60°/2 |
| bp/Windung | 11 | 10,5 | 12 |
| Inklination der bp zur Achse | +19° | −1,2° | −9° |
| Länge/bp entlang der Achse | 2,4 Å (0,24 nm) | 3,4 Å (0,34 nm) | 3,7 Å (0,37 nm) |
| Länge/Windung | 24,6 Å (2,46 nm) | 33,2 Å (3,32 nm) | 45,6 Å (4,56 nm) |
| Biegung (propeller twist) | +18° | +16° | 0° |
| Glycosylwinkel | anti | anti | Pyrimidin: anti, Purin: syn |
| Phosphatabstand | 5,9 Å | 7,0 Å | C: 5,7 Å, G: 6,1 Å |
| Glycosylflexibilität (sugar pucker) | C3'-endo | C2'-endo | C: C2'-endo, G: C3'-endo |
| Durchmesser | 23 Å (2,3 nm) | 20 Å (2,0 nm) | 18 Å (1,8 nm) |
