Pfannenstielstruktur
# Pfannenstielstruktur

Die Pfannenstielstruktur (englisch panhandle structure) ist eine Sekundärstruktur bei Nukleinsäuren. Sie entsteht dadurch, dass sich die beiden Enden eines Nukleinsäure-Einzelstranges, dessen Basenfolgen sich terminal umgekehrt wiederholen (inverted terminal repeat, ITR), komplementär zusammenfügen. Die dazwischen liegenden nicht komplementären Abschnitte bleiben einzelsträngig.

## Vorkommen

Im Jahr 1987 durchgeführte Untersuchungen an Influenza-A-Viren zeigten für deren genomische RNA eine zirkuläre Konformation mit einer ungefähr 15 Nukleotide langen stielförmigen Struktur der Enden. An jedem der acht RNA-Segmente sind die Sequenzen an den Enden über einen kurzen Bereich komplementär und hoch konserviert. Die Forscher fanden, dass diese Struktur im intrazellulären Pool nur während der Transkription vorkommt, jedoch nicht während der Assemblierung, also dem Zusammenbau der einzelnen Proteine und Nukleinsäuren zu einem fertigen Viruspartikel. Sie postulierten verschiedene Funktionen der Pfannenstielstruktur im viralen Replikationsprozess der Influenza-A-Viren: als Signal für das Umschalten zwischen Transkription und Replikation, als Terminationssignal bei der mRNA-Synthese und als Initiationsstelle für die Verpackung der Nukleoproteinkomplexe in den viralen Partikel.

Terminale umgekehrte Wiederholungssequenzen wurden auch im Genom anderer negativsträngiger Viren (Negarnaviricota) einschließlich Arenaviren und Bunyaviren gefunden, bei denen ebenfalls zirkuläre Nukleinsäurestrukturen beobachtet wurden; die Nukleotidfolge ermöglicht Pfannenstiellängen von 23 (PICV) bzw. 25 (LACV, SSHV) Basenpaaren.

Adenoviren besitzen ein doppelsträngiges DNA-Genom, in welchem nach Strangtrennung die entstehenden Einzelstränge sich in einer Pfannenstielstruktur konformieren.

