PUF સાથેની બીજી મોટી સમસ્યા એ છે કે ઉદાહરણ તરીકે ગણતરી સાથે ચેડાં કરવામાં આવે છે, ઉદાહરણ તરીકે, PUF ગણતરી દરમિયાન આક્રમણ કરનાર ઉપકરણને પાવર અથવા ગ્રાઉન્ડ પ્લેનમાં સિનુસાઇડલ તરંગો આપી ને ડિવાઇસ ઓપરેશનમાં ફેરફાર કરી શકે છે. તો પછી PUF તરફથી મળેલ રીસ્પોન્શ બદલી શકાય છે.
पीयूएफची आणखी एक मोठी समस्या म्हणजे कंप्यूटेशनसह छेडछाड करणे म्हणजे उदाहरणार्थ, पीयूएफ कम्प्युटेशन दरम्यान एखादा हल्लेखोर प्रत्यक्षात डिव्हाइसला पकडेल आणि पॉवर किंवा ग्राउंड प्लेनमध्ये साइनसॉइडल वेव्हला सक्ती करून डिव्हाइस ऑपरेशनमध्ये बदल घडवून आणू शकतो तर पीयूएफकडून मिळालेला रिस्पॉन्स बदलू शकतो.