പി യു എഫുകൾ ക്ക് നേരെയുള്ള ആക്രമണങ്ങളിൽ  Man-in-the-Middle തടയുന്നതിന് വേണ്ടത് ഒരിക്കൽ  ഉപയോഗിച്ച സി ആർ പി വീണ്ടും ഉപയോഗിക്കരുത് എന്നതാണ്. സെർവർ യഥാർത്ഥത്തിൽ ചാലഞ്ച് ഉപയോഗിക്കുകയും അനുബന്ധ പ്രതികരണം നേടുകയും ചെയ്താൽ, അത്  വീണ്ടും ഉപയോഗിക്കരുത്. അതിനുവേണ്ടി  ഈ സി ആർ പി ചാലഞ്ച് എൻട്രി ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് നിജീവമാക്കിയതോ നീക്കംചെയ് തതോ ആയി അടയാളപ്പെടുത്തണം. അതിനാൽ Man-in-the-middle attack ഒരു പരിധി വരെ തടയാൻ കഴിയും.
కాబట్టి PUF లపై మాన్ ఇన్ ది మిడిల్ అటాక్s ని నిరోధించడానికి, అవసరం ఏమిటంటే, ఒకసారి ఉపయోగించిన CRPని మళ్లీ ఉపయోగించరాదు, అంటే సర్వర్ వాస్తవానికి సవాలును ఉపయోగించుకుని, సంబంధిత స్పందనను పొందిన తర్వాత నిర్దిష్ట ఎంట్రీని గుర్తించాలి ఈ CRP డేటాబేస్ నుండి activate చేయబడిన లేదా తీసివేయబడినవి మరలా ఉపయోగించబడవు, కాబట్టి ఈ విధంగా మాన్ ఇన్ ది మిడిల్ అటాక్ ని చాలా వరకు నిరోధించవచ్చు.