पीयूएफ के साथ एक और बड़ी समस्या, उदाहरण के लिए एक संगणना के साथ छेड़छाड़ की है, एक पीयूएफ गणना के दौरान उदाहरण के लिए एक हमलावर वास्तव में डिवाइस को पकड़ सकता है और साइनसोइडल तरंगों को मजबूर करके डिवाइस ऑपरेशन में हेरफेर कर सकता है। तब PUF से प्रतिक्रिया बदल दी जा सकती है।
पीयूएफची आणखी एक मोठी समस्या म्हणजे कंप्यूटेशनसह छेडछाड करणे म्हणजे उदाहरणार्थ, पीयूएफ कम्प्युटेशन दरम्यान एखादा हल्लेखोर प्रत्यक्षात डिव्हाइसला पकडेल आणि पॉवर किंवा ग्राउंड प्लेनमध्ये साइनसॉइडल वेव्हला सक्ती करून डिव्हाइस ऑपरेशनमध्ये बदल घडवून आणू शकतो तर पीयूएफकडून मिळालेला रिस्पॉन्स बदलू शकतो.