અન્ય પાસા જે હાર્ડવેર ટ્રોજનની શોધને જટિલ બનાવે છે તે એ હકીકત છે કે ડિઝાઇન ચક્ર દરમ્યાન ઘણી જગ્યાએ હાર્ડવેરમાં ટ્રોજન દાખલ કરી શકાય છે.
हार्डवेअर ट्रोजन शोधण्यात अधिक कठीण करणारी आणखी एक बाब म्हणजे डिझाईन सायकल दरम्यान ट्रोजन हार्डवेअरमध्ये एकाधिक ठिकाणी इन्सर्ट करता येऊ शकते.