तो, आपके पास अभी क्रूड मॉडल है जिसमे हमें देखने की आवश्यकता है, इन चरणों के दौरान हमने कई कलाकृतियों या हमारे द्वारा उपयोग की गई विभिन्न कलाकृतियों को पेश किया। हम सिर्फ उदाहरण के लिए कई अमीनो एसिड के रेसिड्यूज को बदलते है छोटी साइड चेन को बड़ी साइड चेन से बदलते हैं , बस हम इसे सही डालते हैं हमें नहीं पता कि स्टेरीकली उनकी अनुमति है या नहीं हमने जाँच नहीं की है और दूसरा हम अलग-अलग प्रोटीनों से कुछ पेप्टाइड्स लेते हैं जैसे लूप मॉडलिंग बराबर अगर आपको उचित डेटा नहीं मिलता है जो आप अलग-अलग स्ट्रक्चरस से लेते हैं तो हम इसके समान प्रोटीन और समान फोल्ड्स की जाँच नहीं करते हैं हम विभिन्न प्रोटीनों से लेते हैं, फिर भी कंफर्मेशनललूप्स को नहीं जानते हैं;
நாம் இப்பொழுது மிகப்பெரிய சைடு செயின்கள் உள்ள அமினோ அமிலங்களை  சிறிய  சைடுசெயின் உள்ள அமினோ அமிலங்களைக் கொண்டு மாற்றிக்கொள்ளலாம். எடுத்துக்காட்டாக  அலனைன் - வேலின் இவை  ஸ்டெயரிக்கல்லி ஒத்துக்கொள்ள படுகிறதா இல்லையா என்பதை சரி பார்ப்போம் இரண்டாவதாக நாம் வெவ்வேறு புரோட்டின்  ஸ்ட்ரக்சர்களிலிருந்து பெப்டிட்களை லூப் மாடல் போல பயன்படுத்தலாம் அதேபோன்று வெவ்வேறு போல்டுகளை எடுத்தும் பயன்படுத்தலாம்.