उदाहरण के लिए: इस जगह पर अगर आपने सेरीन के बदले ल्यूसीन या एलेनीन या फेनिलएलनिन सब्सीट्यूट किया है, तो, कुछ म्यूटेशन प्रकृति में एक्सेप्टटेबल होंगे और कुछ एक्सेप्टटेबल नहीं होंगे Iतो सब्सीट्यूशन फ्रीक्वेंसी के मुताबिक हम पाम मैट्रिक्स डीराईव कर सकते हैं I इसी तरह एक और मेट्रिक्स है ब्लॉसम मैट्रिक्स, PAM मैट्रिक्स कंस्ट्रक्ट करते वक्त जब हम अलाइनमेंट करते हैं तो कई gaps देख सकते हैं I ब्लॉसम मैट्रिक्स भी जानी-मानी मैट्रिक्स है I
எடுத்துக்காட்டாக: இந்த பகுதி உதாரணமாக, நீங்கள் செரினை லுசின் உடன் அல்லது அலனைனை பினைல்அலனைன் உடன் மாற்றினால் எனவே, சில பிறழ்வுகள் இயற்கையால் ஏற்றுக்கொள்ளத்தக்கவை என்று நீங்கள் காணலாம், சில பிறழ்வுகள் இயற்கையால் ஏற்றுக்கொள்ளப்படவில்லை. எனவே, மாற்றீடுகளின் உண்மையான அதிர்வெண்ணை அடிப்படையாகக் கொண்டது, இப்போது நாம் பிஏஎம் மேட்ரிக்ஸைப் பெறுங்கள், அதேபோல் BLOSUM மேட்ரிக்ஸ் என்று அழைக்கப்படும் மற்றொரு மேட்ரிக்ஸ் உள்ளது. சில நேரங்களில் உங்களால் முடிந்த சீரமைப்புகளை நீங்கள் சீரமைத்தால் நீங்கள் PAM மேட்ரிக்ஸை உருவாக்குகிறீர்கள்.