પરંતુ ટોપ ડાઉન અંદાજ ના કેટલાક ગેરફાયદા પણ છે જેમ કે; તે નીચલા સ્તરની મુશ્કેલ સમસ્યાઓ ને ધ્યાનમાં લેતુ નથી, તે સિસ્ટમ કક્ષા ની પ્રવૃત્તિઓ ધ્યાનમાં લે છે.
ஆனால் மேலிருந்து கீழ்   மதிப்பீட்டில் சில குறைபாடுகளும் உள்ளன;  கடினமான லோ லெவல் ப்ரோக்ராமை கருத்தில் கொள்ளாது மற்றும்  சிக்கல் சார்ந்த செயல்களை மட்டுமே கருத்தில் கொள்ளும், ஆனால் சிறிய சிக்கல்களை கருத்தில் எடுத்துக் கொள்ளாது.