एलाइनमेंट करते हुए हमने यह इंफॉर्मेशन पाया है कि एक समान दिखने वाले सीक्वेंसेस में क्या अंतर हो सकते हैं जो हमें गैप पेनल्टी लाने में सहायता कर सकते हैं l क्योंकि क्वेरी सीक्वेंस से बहुत अलग होने वाले सीक्वेंस की तुलना में, जब हमारे पास उसके समान वाले सीक्वेंसेस हैं तो गैप पेनल्टी कम होते हैं l तो यह है प्रोग्राम क्लस्टल्W, ठीक है, क्लस्टल्-ओमेगा, ठीक है, जिसे हम करंटली यूज कर रहे हैं, कई ऑर्गेनेज्म के सीक्वेंसेस को एलाइन करने में, मल्टीप्ल सीक्वेंस एलाइनमेंट द्वारा l
எனவே, சீரமைப்பு செயல்பாட்டில் நாம் பெற்ற தகவலின் அடிப்படையில் இதேபோன்ற கேப் அபராதங்களை அறிமுகப்படுத்த உதவும், ஏனென்றால் எங்களிடம் இதேபோன்ற வரிசைமுறைகள் இருந்தால், இந்த வினவல் வரிசையிலிருந்து வேறுபட்டு இருப்பதைக் காட்டிலும் குறைவான கேப் அபராதம் உங்களுக்கு இருக்கும். எனவே, இது ஒரு ப்ரோக்ராம் ClustalW சரி, தற்போது பல உயிரினங்களின் வரிசைகளை பல வரிசை சீரமைப்புடன் சீரமைக்க Clustal-omega பயன்படுத்துகிறோம்.