यदि आप किसी विशिष्ट फोल्ड की भविष्यवाणी कर सकते हैं, तो हम इन स्ट्रक्चर्स के साथ एलाइन कर सकते हैं और फिर उस जानकारी के आधार पर आप इस होमोलॉजी को उस विशेष जगहो के साथ विशेष रूप से एलाइन कर सकते हैं।
அதில்   ஏதாவது குறிப்பிட்ட போல்ட்   இருந்தால்  அந்த  ஸ்ட்ரக்சர்சை மட்டும். மீண்டும் அலைன்   செய்து, அதிலிருந்து கிடைக்கும் தகவல்களை வைத்து ஹோமோலஜி   அந்த  இடங்களில்  பயன் படுத்தலாம். அது தோல்வியுற்றாலும் நீங்கள் ab initio உடன் நாம் புதிதாக ஆரம்பித்து 3 டி கட்டமைப்பு அல்லது  ஸ்ட்ரக்சர் பெறலாம். அதன் திறனும்  துல்லியமும்   பல்வேறு காரணிகளைப் பொறுத்தது.