For example less that 100 residues, if it is very high proteins because it is very difficult to do all the minimization in this case what they do. So, they cut into pieces based on the domain information and model the proteins for each domains and then they combine everything together and do the minimization to get the final structure. So, because of the knowledge based approach it may fail because the homologous structures are not available and if there is new folds because they look for these similar folds right to do this knowledge based approach.
எடுத்துக்காட்டாக  நூறு அமினோ அமிலங்கள் களுக்கு மேல் உள்ள ஒரு புரோட்டின் மாடலிங் செய்வது மிகக்கடினம் எனவே அதை சிறிய பகுதிகளாக பிரித்து  ஒவ்வொரு   தோமைன்  மாடல் செய்வது பின்பு அந்த மாடல்களை சேர்த்து ஆற்றல்  குறைப்பு  செய்து இறுதியான ஸ்ட்ரக்சர் பெறலாம் ஆகவே அறிவு சார்ந்த  அணுகுமுறை   ஹோமோலஜி மாடலிங் தோல்வியுற்றாலும்  புதிய சிறிய  ஒத்த போல்டுகளை வைத்து மாடலிங் செய்ய உதவுகிறது