इसलिए, एक बार जब आप अपना मॉडल विकसित कर लेते हैं, तो यह एक पूरी तरह से क्रूड मॉडल होता है, जिसे देखने के लिए और ऊर्जावान रूप से अनुकूल स्ट्रक्चर प्राप्त करने के लिए आपको एनर्जी मिनिमाइजेशन करने की आवश्यकता होती है और अधिक पहलू के लिए यदि आप एमडी सिमुलेशन करते हैं तो आप देख सकते हैं कि प्रत्येक रेसिड्यूज की संभावित कंफर्मेशन क्या हो सकती है और क्या सबसे कम ऊर्जा के साथ बेहतर कंफर्मेशन पाना संभव है; ऊर्जा की स्थिति. इसलिए, यदि आप स्ट्रक्चर को मॉडल करते हैं और आपने इसे अनुकूलित किया है और आपको स्ट्रक्चर मिल गई है तो आपकी स्ट्रक्चर सही हो गई है
ஆகவே நீங்கள் ஒரு மாடலை உருவாக்கும் பொழுது அது க்ரூட் மாடல் என்று கொள்ளப்படும் அதை எனர்ஜி மினிமலிஸம் செய்யும்போது மட்டுமே அது குறைந்த ஆற்றல் மாற்றத்தை கொண்ட ஸ்ட்ரக்சர் ஆகவும் மாறும் இதற்காக எம்டி சிமுலேஷன் செய்யும்போது ஒவ்வொரு ரெசிடியூக்களும் எந்த மாதிரியான வடிவமைப்பை கொடுக்கும் என்பதும் மற்றும் அதன் சிறந்த கட்டமைப்பு, குறைந்த ஆற்றல் ஆகியவை கண்டுபிடிக்க  படும் இறுதியாக நீங்கள் ஒரு ஸ்ட்ரக்ச்சர் மாடல் செய்வதோடு அதனை மேம்படுத்தவும் செய்தால் நீங்கள் செய்த ஸ்ட்ரெச்சர் ஒப்புக் கொள்ளப்படும்