एक समान होने वाले सीक्वेंसेस, जो एवोल्यूशन के तौर पर संबंधित हैं, उनको एलाइन किया जाता है l तो यह किस तरह काम करता है? पहले सीक्वेंसेस को जोड़ी के तौर पर एलाइन किया जाता है, ठीक है, इसके बाद छोटे सीक्वेंसेस या एक समान होने वाले सीक्वेंसेस को एक साथ लाया जाता है, ठीक, इससे एक दूसरे के समान होने होने वाले सीक्वेंसेस के क्लस्टर बन जाते हैं l एक दूसरे से नजदीक का संबंध रखने वाले सीक्वेंसेस को एलाइन करने के बाद दूर का संबंध रखने वाले सीक्वेंसेस को एलाइन किया जाता है l पैर्वाइस् सीक्वेंसेस के स्कोर कैलकुलेट किए जाते हैं और इसके बाद सीक्वेंसेस को ग्रुप्स में इकट्ठा किया जाता है और इनको एक दूसरे के साथ एलाइन किया जाता है l और इससे फाइनल मल्टीपल एलाइनमेंट पाया जाता है l
பரிணாம வளர்ச்சியுடன் தொடர்புடைய வரிசைகளை சீரமைக்க முதலில் அவை ஜோடிகளாக வரிசைப்படுத்த முயற்சி செய்ய வேண்டும், பின்னர் ஒத்த வரிசைகள் அல்லது சிறிய வரிசைகளை ஒன்றாக இணைத்து பின்னர் ஒன்றுக்கொன்று ஒத்த வரிசைகளின் கிளஸ்டர்களை வேறுபட்ட வரிசைகளில் இருந்து ஒன்றன்பின் ஒன்றாக உருவாக்க வேண்டும், அதேபோல், ஒத்த வரிசைகளுக்கும் வேறுபட்ட வரிசைகளுக்கு இடையே உள்ள தொடர்பினை காணலாம். எனவே, முதலில் ஒத்த வரிசைமுறைகளை சீரமைத்து பிறகு வேறுபட்ட வரிசைகளுடன் அவை எவ்வாறு சீர் அமைகின்றன என்று கணக்கிட வேண்டும். வரிசையை குழுக்களாகப் பிரித்து பின்னர் இறுதி வரிசை சீரமைப்பை உருவாக்கலாம்.