फिर भी आप सफल नहीं हुए , तो आप एबी इनिशियो मॉडलिंग के साथ जाते हैं जिसे हम खरोंच से शुरू करते हैं और फिर 3D स्ट्रक्चर्स को प्राप्त करने की कोशिश करते हैं और सटीकता उदाहरण के लिए विभिन्न कारकों पर निर्भर करती है, अगर आपके पास अत्यधिक होमोलॉग्स स्ट्रक्चरस हैं, तो आप प्रायोगिक मूल्यों के करीब उच्चतम सटीकता प्राप्त करने की कोशिश कर सकते हैं , कम एलाइनस्ट्रक्चर्सके लिए आप एबी इनिशियो तकनीक इस्तेमाल कर सकते हैं जिसके साथ भीआप यथोचित सटीकता के साथ अनुमान लगा सकते हैं.
அது தோல்வியுற்றாலும் நீங்கள் ab initio உடன் நாம் புதிதாக ஆரம்பித்து 3 டி கட்டமைப்பு அல்லது  ஸ்ட்ரக்சர் பெறலாம். அதன் திறனும்  துல்லியமும்   பல்வேறு காரணிகளைப் பொறுத்தது. எடுத்துக்காட்டாக  மிக  அதிகமான்ன ஹோமோலகஸ்  கிடைத்தால்   மிகத் துல்லியமான  ஸ்ட்ரக்ச்சர் கிடைக்கும் ஆனால் ஹோமோலகஸ் மிகக் குறைந்த அளவில் கிடைத்தால் ab initio நுட்பத்தை செய்ய முடியும். நியாயமான நல்ல துல்லியத்துடன் கணிக்க முடியும்.