इसलिए, इस प्रकार केएलाइनमेंट में यह कम संभव है कि इस एलाइनमेंट में आपको बदलने की आवश्यकता है। तो, एक अंतर या बराबर और आप इन रेसिड्यूज को एलाइन नहीं कर सकते हैं जिन्हें आपको ठीक सेएलाइन करना है तो आप कई सीक्वेंस एलाइनमेंट का उपयोग कर सकते हैं और देख सकते हैंसंरक्षित रेसिड्यूज और आपका टेम्प्लेट क्या संरक्षित रेसिड्यूज को ठीक से एलाइन किया गया है या नहीं अगर यह ठीक से एलाइन नहीं है तो आपको सुधार करना होगा।
எனவே  இந்த இரு அமினோ அமிலங்களும் இடையே அலைன்மெண்ட் அமைவது சாத்தியமற்றது அதனால் இதை மாற்றவேண்டும் அதற்காக ஒரு கேப் உருவாக்கலாம் இல்லையெனில் மல்டிபிள் சீக்குவன்ஸ் அலைன்மெண்ட் வைத்து அந்த இடத்தில் கன்செர்வேட்  ரெசிடியோ எது என்பதை சரியான முறையில் தவறுகளை திருத்திக் கொள்ளலாம் டெம்ப்ளேட்டை சரியான முறையில் கவனத்துடன் பார்க்க வேண்டும் அதில் கோர் ரெசிடியோ  எதையும் மாற்றுவது எளிதல்ல ஏனெனில் அவை ஸ்ட்ரக்சர்ருக்கு மிகவும் முக்கியமானவை வெளிப்புறமாக அமைந்துள்ள புரோட்டீனை விட  கோர் ரெசிடியோ முக்கியமான ஒன்றாகும்.