Peptida antimikrobial
Peptida antimikrobial adalah komponen yang telah berevolusi dan terdapat secara permanen pada sistem imun bawaan dan ditemukan di seluruh kelas kehidupan. Perbedaan mendasar terdapat pada sel prokariot dan eukariot, yaitu yang merupakan target dari peptida antimikrobial. Peptida ini merupakan spektrum antibiotik yang luas. Peptida antimikrobial terbukti mampu membunuh bakteri gram positif dan bakteri gram negatif, termasuk strain yang yang resisten terhadap antibiotik konvensional, mycobacteria, virus yang terbungkus kapsul, jamur, dan bahkan sel kanker. Tidak seperti kebanyakan antibiotik konvensional, peptida antimikrobial dapat meningkatkan kekebalan dengan berfungsi sebagai immunomodulator.
Asam klorida
Asam lambung berfungsi untuk membantu pencernaan makanan dan mencegah mikroorganisme masuk lebih jauh ke dalam usus. pH asam lambung yang rendah akan mendenaturasi protein, sehingga akan lebih mudah dicerna oleh enzim pepsin. pH yang rendah ini juga akan mengaktivasi prekursor enzim pepsinogen. Setelah meninggalkan lambung, asam klorida dalam kim akan dinetralkan oleh natrium bikarbonat dalam usus dua belas jari. Pepsin
Pepsin adalah salah satu penyebab utama kerusakan mukosa selama refluks laringofaring. Pepsin tetap berada di laring (pH 6,8) mengikuti kejadian refluks lambung. Sementara aktivitas enzimatik tidak aktif di lingkungan ini, pepsin akan tetap stabil dan dapat diaktifkan kembali pada kejadian refluks asam selanjutnya. Paparan mukosa laring dengan pepsin aktif secara enzimatik, tetapi pepsin atau asam tersebut tidak terinaktivasi ireversibel, berakibat pada berkurangnya ekspresi protein pelindung dan dengan demikian meningkatkan kerentanan laring terhadap kerusakan. Adenosina trifosfat
Adenosina trifosfat (ATP) adalah suatu nukleotida yang dalam biokimia dikenal sebagai "satuan molekular" pertukaran energi intraselular[1]; artinya, ATP dapat digunakan untuk menyimpan dan mentranspor energi kimia dalam sel. ATP juga berperan penting dalam sintesis asam nukleat. Molekul ATP juga digunakan untuk menyimpan energi yang dihasilkan tumbuhan dalam respirasi seluler. ATP yang berada di luar sitoplasma atau di luar sel dapat berfungsi sebagai agen signaling yang memengaruhi pertumbuhan dan respon terhadap perubahan lingkungan. Sel utama lambung
Sel utama lambung (disebut juga sel chief lambung, sel peptik, atau sel zimogen lambung) adalah suatu jenis sel pada lambung yang melepaskan pepsinogen dan lipase lambung serta merupakan sel yang bertanggung jawab menyekresi kimosin pada ruminansia. Sel berwarna basofilik pada pewarnaan H&E karena kandungan retikulum endoplasma kasar di sitoplasma yang besar. Sel utama lambung umumnya terletak jauh di dalam lapisan mukosa lambung. Kodon
Kodon (kode genetik) adalah deret nukleotida pada mRNA yang terdiri atas kombinasi tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu sehingga sering disebut sebagai kodon triplet. Asam amino yang disandikan misalnya metionin oleh urutan nukleotida ATG (AUG pada RNA). Banyak asam amino yang disandikan oleh lebih dari satu jenis kodon. Kodon berada pada molekul mRNA. Penerjemahan mRNA menjadi protein dilakukan pada ruas penyandi yang diapit oleh kodon awal (AUG) dan kodon akhir (UAA, UAG atau UGA), ruas ini disebut gen. Kodon pada molekul mRNA dapat menyandi asam-asam amino dengan bantuan interpretasi kodon oleh tRNA. Setiap tRNA membawa satu jenis asam amino sesuai dengan tiga urutan nukleotida atau triplet yang disebut dengan antikodon yang berada pada simpul antikodon tRNA. Antikodon mengikatkan diri secara komplementer pada kodon di mRNA, sehingga asam amino yang dibawa oleh tRNA sesuai dengan kodon yang ada pada mRNA.. pesan genetik ditransalsi kodon demi kodon dengan cara tRNA membawa asam-asam amino sesuai antikodon yang komplementer dengan kodon dan ribosom menyambungkan asam-asam amino tersebut menjadi suatu rantai polipeptida. Ribosom menambahkan tiap asam amino yang dibawa oleh tRNA ke ujung rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Peptida
Peptida ribosomal disintesis dari translasi mRNA. Peptida ini berfungsi sebagai hormon dan molekul signal pada organisme tingkat tinggi. Secara umum, peptida ini mempunyai strukstur linear. Sitosina
Sitidina dapat membentuk nukleotida bila mengikat satu, dua, atau tiga gugus fosfat anorganik (PO) membentuk CMP, CDP, dan CTP (masing-masing dinamakan sitidina mono-, di-, atau trifosfat). CTP dapat menjadi kofaktor dalam reaksi enzimatik biokimiawi dan mentransfer satu gugus fosfat bagi ADP untuk membentuk ATP. Deoksisitidina trifosfat (dCTP) diperlukan dalam PCR sebagai bahan baku sintesis DNA. Seng
Kebanyakan metaloid dan non logam dapat membentuk senyawa biner dengan seng, terkecuali gas mulia. Oksida ZnO merupakan bubuk berwarna putih yang hampir tidak larut dalam larutan netral. Ia bersifat amfoter dan dapat larut dalam larutan asam dan basa kuat. Kalkogenida lainnya seperti ZnS, ZnSe, dan ZnTe memiliki banyak aplikasinya dalam bidang elektronik dan optik. Pniktogenida (, ,  dan ), peroksida , hidrida , dan karbida juga dikenal keberadaannya. Dari keempat unsur halida,  memiliki sifat yang paling ionik, sedangkan sisanya (, , dan ) bertitik lebur rendah dan dianggap lebih bersifat kovalen.
Dalam larutan basa lemah yang mengandung ion Zn, hidroksida dari seng  terbentuk sebagai endapat putih. Dalam larutan yang lebih alkalin, hidroksida ini akan terlarut dalam bentuk  Senyawa nitrat , klorat , sulfat , fosfat , molibdat , sianida , arsenit , arsenat dan kromat  merupakan beberapa contoh senyawa anorganik seng. Salah satu contoh senyawa organik paling sederhana dari seng adalah senyawa asetat . Anhidrida asam
Dianhidrida, molekul yang mengandung dua anhidrida fungsional, digunakan untuk mensintesis poliimida dan terkadang poliester dan poliamida. Berbagai contoh dianhidrida diantaranya seperti "pyromellitic dianhydride" (PMDA), 3,3’, 4,4’ - "oxydiphtalic dianhydride" (ODPA), 3,3’, 4,4’-"benzophenone tetracarboxylic dianhydride" (BTDA), 4,4’-"diphtalic (hexafluoroisopropylidene) anhydride" (6FDA), dianhidrida benzokuinontetrakarboksilat, dianhidrida etilentetrakarboksilat. Polianhidrida adalah suatu kelas polimer yang dicirikan oleh ikatan anhidrida yang menghungkan satuan berulang pada rantai tulang punggung polimer tersebut. Nikotinamida adenina dinukleotida
Ketika terikat pada suatu protein, NAD dan NADH biasanya terikat pada motif struktural yang dikenal dengan nama lipatan Rossmann. Motif ini dinamakan atas nama Michael Rossmann yang merupakan ilmuwan yang pertama kali memperhatikan banyaknya motif ini pada protein pengikat nukleotida. Lipatan ini mengandung tiga atau lebih lempengan beta paralel yang dihubungkan oleh dua heliks alfa dengan urutan beta-alfa-beta-alfa-beta. Oleh karena tiap lipatan Rossmann mengikat satu nukleotida, domain pengikatan untuk dinukleotida NAD terdiri dari dua lipatan Rossmann yang berpasangan, dengan tiap lipatan mengikat satu nukleotida. Walau demikian, lipatan ini tidaklah universal ada pada enzim yang bergantung pada NAD. Baru-baru ini ditemukan suatu kelas enzim bakteria yang terlibat dalam metabolisme asam amino mengikat koenzim ini, namun tidak memiliki motif lipatan Rossmann. Lipid
Vitamin yang larut dalam lemak (A, D, E and K) – yang merupakan lipid berbasis isoprena – adalah nutrisi esensial yang disimpan di dalam liver dan jaringan lemak, dengan fungsi yang beragam. Asil-karnitin terlibat dalam transportasi dan metabolisme asam lemak di dalam dan di luar mitokondria, tempat mereka mengalami oksidasi beta. Poliprenol dan turunannya yang terfosforilasi juga memainkan peran transportasi penting, dalam kasus ini adalah transportasi oligosakarida melalui membran. Gula poliprenol fosfat dan gula poliprenol difosfat berfungsi dalam reaksi glikosilasi di luar sitoplasma, dalam biosintesis polisakarida ekstrasel (misalnya, polimerisasi peptidoglikan dalam bakteri), dan dalam N-glikosilasi protein eukariotik. Kardiolipin adalah subkelas gliserofosfolipid yang mengandung empat rantai asil dan tiga gugus gliserol yang cukup melimpah dalam membran dalam mitokondria. Mereka dipercaya dapat mengaktivasi enzim yang terlibat dalam fosforilasi oksidatif. Lipid juga merupakan dasar dari pembentukan hormon steroid. Nikotinamida adenina dinukleotida
Lintasan daur ulang yang digunakan oleh mikroorganisme berbeda dengan lintasan yang digunakan oleh mamalia. Beberapa patogen seperti ragi "Candida glabrata" dan bakteri "Haemophilus influenzae" adalah auksotrof NAD (yakni tidak dapat mensintesis NAD). Namun mereka memiliki lintasan daur ulang, sehingga sangat bergantung pada sumber luar NAD dan prekursornya. Bahkan pada patogen seperti "Chlamydia trachomatis", ia tidak memiliki gen untuk biosintesis maupun daur ulang NAD dan NADP, sehingga harus menerima asupan koenzim ini dari sel inangnya. Gangguan pada sistem peredaran darah manusia
Anemia adalah penyakit akibat kekurangan hemoglobin dalam darah. Penyebab anemia adalah kurangnya kandungan hemoglobin dalam eritrosit, kurangnya eritrosit dalam darah, dan atau kurangnya volume darah dari volume normal. Anemia dapat terjadi pada tubuh seseorang yang terluka dan mengeluarkan banyak darah, misalnya akibat kecelakaan. Anemia juga dapat terjadi karena kekurangan ion besi, atau kekurangan vitamin B12, anemia ini disebut anemia pernisiosa. Anabaena
Anabaena adalah genus cyanobacteria berbentuk filamen yang hidup sebagai plankton. "Anabaena" dikenal untuk kemampuan memfiksasi nitrogen, dan "Anabaena" membentuk hubungan simbiosis dengan tanaman tertentu, seperti "Azolla". "Anabaena" adalah salah satu dari empat genera cyanobacteria yang menghasilkan neurotoksin, yang berbahaya bagi satwa liar setempat, serta hewan ternak dan hewan peliharaan. Produksi neurotoksin ini diasumsikan sebagai input ke dalam hubungan simbiosisnya, melindungi tanaman dari tekanan penggembalaan. Mimosina
Mimosina ("mimosine", asam β-3-hidroksi-4 piridon amino) adalah alkaloid yang merupakan asam β-amino. Senyawa ini bersifat toksik dan pertama kali diisolasi dari putri malu ("Mimosa pudica"). Walaupun mengandung mimosina, putri malu masih digemari beberapa masyarakat Pontianak -terutama orang lansia- sebagai sayuran. Dan putri malu pun juga dikenal sebagai obat-obatan. Strukturnya mirip dengan asam amino struktural tirosina. Dalam pencernaan hewan ruminansia, mimosina dirombak menjadi 3,4- dan 2,3-dihidroksi piridon (3,4- dan 2,3-DHP). Racun ini ditemukan pula pada semua anggota "Mimosa" dan "Leucaena", termasuk lamtoro (petai cina). Peptida
Peptida merupakan molekul yang terbentuk dari dua atau lebih asam amino. Jika jumlah asam amino masih di bawah 50 molekul disebut peptida, namun jika lebih dari 50 molekul disebut dengan protein. Asam amino saling berikatan dengan ikatan peptida. Ikatan peptida terjadi jika atom nitrogen pada salah satu asam amino berikatan dengan gugus karboksil dari asam amino lain.
Peptida terdapat pada setiap makhluk hidup dan berperan pada beberapa aktivitas biokimia. Peptida dapat berupa enzim, hormon, antibiotik, dan reseptor. Kortikotropin
ACTH disintesis dari irisan pre-pro-opiomelanokortin, sebuah polipeptida yang terdiri dari 267 asam amino. Fragmen irisan yang terjadi antara lain ACTH, ACTH, β-lipotropin, γ-lipotropin, MSH, β-endorfin dan peptida opioid. POMC, ACTH dan β-lipotropin disekresi oleh kortikotrop yang terletak pada adenohipofisis dari kelenjar hipofisis setelah distimulasi oleh CRH yang disekresi oleh hipotalamus. Aril halida
Aril halida tidak turut serta dalam reaksi substitusi nukleofilik aromatik SN. Namun halida tersebut dapat digantikan dengan nukleofil kuat melalui reaksi yang melibatkan anion radikal. Secara alternatif aril halida, terutama bromida dan iodida, mengalami adisi oksidatif, dan karenanya menjadi subyek bagi reaksi jenis-aminasi Buchwald–Hartwig. Peptida antimikrobial
Terdapat beberapa faktor yang berhubungan erat dengan sifat selektivitas dari peptida antimikrobial, dan sifat kationik berkontribusi cukup besar. Akibat dari permukaan membran bakteri yang bermuatan lebih negatif daripada sel mamalia, peptida antimikrobial akan menunjukkan perbedaan afinitas terhadap membran bakteri dan membran sel mamalia. Adenosina difosfat
Adenosin difosfat, disingkat ADP, adalah sebuah nukleotida. Ia adalah bentuk ester dari asam pirofosforat dengan nukleobasa adenina. ADP terdiri dari gugus pirofosfat, ribosa gula pentosa, dan nukleobasa adenina. Nikotinamida adenina dinukleotida
Walaupun terdapat kemiripan pada cara protein mengikat koenzim NAD dan NADP, enzim hampir selalu memiliki spesifisitas yang tinggi untuk mengikat hanya salah satu dari NAD maupun NADP. Spesifisitas ini mencermikan peranan metabolik kedua koenzim yang berbeda dan merupakan akibat dari perbedaan residu asam amino yang berbeda pada kantong pengikat koenzim tersebut. Sebagai contohnya, pada tapak aktif enzim pengikat NADP, ikatan ion terbentuk antara rantai samping asam amino basa dengan gugus fosfat NADP yang asam. Sebaliknya, pada enzim yang mengikat NAD, muatan kantongnya terbalik, menjauhkan NADP untuk berikatan dengannya. Walau demikian, terdapat pengecualian terhadap kaidah ini. Enzim seperti aldosa reduktase, glukosa-6-fosfat dehidrogenase, dan metilenatetrahidrofolat reduktase dapat menggunakan kedua enzim tersebut pada beberapa spesies organisme. Perak iodida
Perak iodida adalah senyawa anorganik dengan rumus AgI. Senyawa ini merupakan senyawa padat berwarna kuning cerah, tetapi sampelnya selalu mengandung ketidakmurnian perak yang memberikan warna abu-abu. Kontaminasi perak muncul karena AgI sangat fotosensitif. Maka dari itu, senyawa ini dimanfaatkan dalam bidang fotografi. Perak iodida juga digunakan sebagai antiseptik dan untuk proses penyemaian awan. Asam lambung
Kadar asam yang tinggi di dalam lambung menyebabkan protein dari makanan kehilangan struktur lipatannya (atau denaturasi), menyebabkan terbukanya ikatan peptida. Kemudian, sel utama lambung menguraikan enzim untuk pemecahan protein (pepsin dan rennin). Asam klorida mengaktifkan pepsin, yang membantu proses pencernaan dengan memecah ikatan asam amino, dan proses tersebut disebut proteolisis. Sebagai tambahan, banyak organisme yang proses pertumbuhannya dipicu oleh lingkungan asam, yang membantu mencegah infeksi. Pepsin
Pepsin adalah enzim yang memecah protein menjadi peptida yang lebih kecil (pepsin merupakan salah satu protease). Enzim ini diproduksi di lambung dan merupakan salah satu enzim pencernaan utama dalam sistem pencernaan manusia dan banyak hewan lainnya yang membantu mencerna protein dalam makanan. Pepsin memiliki struktur tiga dimensi, satu atau lebih rantai polipeptida terpelintir dan terlipat, menyatukan sejumlah kecil asam amino untuk membentuk situs aktif, tempat substrat berikatan dan reaksi terjadi. Pepsin merupakan protease aspartat, menggunakan aspartat katalitik pada situs aktifnya. Ampisilin
Ampisilin merupakan penisilin 'spektrum luas' pertama dengan aktivitas terhadap bakteri Gram-positif seperti "Streptococcus pneumoniae", "Streptococcus pyogenes", dan beberapa isolat dari "Staphylococcus aureus" (tetapi bukan galur resisten penisilin atau resisten metisilin), dan beberapa "Enterococcus". Aktivitas terhadap bakteri Gram-negatif antara lain "Neisseria meningitidis", beberapa "Haemophilus influenzae", dan beberapa Enterobacteriaceae. Spektrum aktivitasnya dapat ditingkatkan dengan pemberian sulbactam, obat yang menghambat beta laktamase, enzim yang diproduksi oleh bakteri untuk inaktivasi ampisilin dan antibiotik beta-laktam lainnya. Stres oksidatif
Transformasi protein yang terjadi akibat stres oksidatif dapat mengakibatkan disfungsi protein, kerusakan jaringan dan berkembangnya berbagai jenis penyakit. Beberapa senyawa organik yang umumnya menyebabkan stres oksidatif, dihasilkan oleh reaksi oksidasi berbagai jenis "polyunsaturated" "fatty acid" (PUFA), antara lain senyawa dengan gugus karbonil tak jenuh jenis alfa, beta seperti "4-hydroxy-2-nonenal" (HNE), "4-oxo-2-nonenal" (ONE), dan akrolein. Senyawa dari golongan aldehida ini dapat menyebabkan "adduct" intramolekular atau intermolekular terhadap protein. Beberapa studi "mass spectrometric" yang mengamati reaksi pada protein yang terpapar oleh aldehida murni atau PUFA yang ter-peroksidasi menunjukkan bahwa pada awal paparan terjadi Michael dan Schiff "adduct", namun hanya Michael "adduct" yang terjadi antara residu Cys dan His, dengan senyawa turunan HNE dan ONE, yang dapat bertahan terhadap reaksi proteolisis. Variasi produk "adduct" yang lain akan mengalami transformasi melalui berbagai proses seperti tautomerisasi, oksidasi, siklisasi, dehidrasi, dan terkadang juga kondensasi dengan molekul aldehida yang lain, hingga terbentuk senyawa "advanced lipoxidation end products" (ALE) yang stabil. Basa nukleotida
Hipoxantina dan xantina merupakan salah satu basa yang terbentuk oleh keberadaan mutagen. Keduanya terbentuk melalui proses deaminasi. Hipoxantina dihasilkan dari adenina, dan xantina dari guanina. Dengan cara yang sama, deaminasi sitosina menghasilkan urasil.Basa-basa berikut terlibat dalam pemanjangan rantai selama sintesis RNA atau DNA.
Contoh-contoh adenosina dan guanosina yang dimodifikasi.
Contoh-contoh sitidina, timidina, dan uridina yang dimodifikasi. Asam lambung
Ujung-ujung saraf di lambung mengeluarkan dua neurotransmiter stimulasi: asetilkolin dan peptida yang melepaskan gastrin. Tindakan keuda neurotransimiter tersebut baik langsung terhadap sel parietal dan dimediasi melalui sekresi gastrin dari sel G dan histamin dari sel seperti enterokromafin. Gastrin bekerja pada sel parietal secara langsung dan tidak langsung juga, dengan merangsang pelepasan histamin. Karotenoid
Karotenoid tertentu adalah bahan baku bagi asam absisat, suatu fitohormon inhibitor bagi proses fisiologi tumbuhan. Selain itu, beberapa metabolit sekunder yang tergolong minyak atsiri, umumnya yang membawa gugus keton, merupakan hasil degradasi karotenoid. Adenosina trifosfat
Hidrolisis ATP menjadi ADP dan fosfat anorganik melepaskan entalpi 30.5kJ/mol, dengan perubahan energi bebas sebesar 3.4kJ/mol.[3] Energi dilepaskan oleh fosfat (Pi) atau pirofosfat (PPi) dariunit dari ATP pada keadaan standar 1M adalah:[4] Artropoda
Artropoda adalah avertebrata dengan tubuh bersegmen dan kaki berbuku-buku.[3] Anggota-anggota tubuh membentuk suatu eksooskeleton, yang utamanya terdiri atas kitin α, salah satu turunan dari glukosa.[4] Kutikula krustasea juga mengalami biomineralisasi dengan kalsium karbonat. Nitrogen triiodida
Bahan yang biasa disebut "nitrogen triiodida" dibuat melalui reaksi iodium dan amonia. Ketika reaksi ini dilakukan pada suhu rendah dalam amonia anhidrat, produk awalnya adalah NI·, tetapi bahan ini kehilangan amonia ketika suhu dinaikkan menghasilkan aduk NI·NH dengan perbandingan 1:1. Aduk ini pertama kali dilaporkan oleh Bernard Courtois pada tahun 1812, dan rumusnya akhirnya ditentukan pada tahun 1905 oleh Oswald Silberrad. Struktur padatannya mengandung terdiri dari rantai -NI-I-NI-I-NI-I-... Molekul amonia terkondisi di antara rantai. Ketika disimpan di tempat gelap dan dilembabi dengan amonia, NI·NH stabil. Peptida
Sintesis peptida dilakukan dengan menggabungkan gugus karboksil salah satu asam amino dengan gugus amina dari asam amino yang lain. Sintesis peptida dimulai dari C-terminus (gugus karboksil) ke N-terminus (gugus amin), seperti yang terjadi secara alami pada organisme.
Namun, untuk mensintesis peptida, tidak semudah mencampurkan asam amino begitu saja. Seperti contohnya: mencampurkan glutamine (E) dan serine (S) dapat menghasilkan E-S, S-E, S-S, E-E, dan bahkan polipeptida seperti E-S-S-E-E.
Untuk menghindari asam amino berikatan tidak terkendali, perlu dilakukan perlindungan dan kontrol terhadap ikatan peptida yang akan terjadis sehingga ikatan yang terbentuk sesuai dengan yang diinginkan. Langkah-langkah sintesis peptida adalah sebagai berikut: asam amino ditambahkan gugus proteksi. Kemudian asam amino yang diproteksi dilarutkan dalam pelarut seperti dimetyhlformamide (DMF) yand digabungkan dengan "coupling reagents" dipompa melalui kolom sintesis. Grup proteksi dihilangkan dari asam amino melalui reaksi deproteksi. Kemudian pereaksi deproteksi dihilangkan agar tercipta suasana penggabungan yang bersih. Coupling reagents, contohnya N,N'-dicyclohexylcarbodiimide (DCCI), membantu pembentukan ikatan peptida. Setelah reaksi "coupling" terbentuk, "coupling reagents" dicuci untuk menciptakan suasana deproteksi yang bersih. Proses proteksi, deproteksi, dan coupling ini terus dilakukan berulang-ulang hingga tercipta peptida yang diinginkan. Reseptor terhubung protein G
GPCR meliputi satu atau lebih reseptor untuk ligan berikut: mediator sinyal sensorik (misalnya, molekul stimulasi cahaya dan penciuman); adenosin, bombesin, bradikinin, endotelin, asam γ-aminobutirat (GABA), faktor pertumbuhan hepatosit (HGF), melanokortin, neuropeptida Y, peptida opioid, opsins, somatostatin, GH, tachykinin, anggota vasoaktif, anggota famili dan vasopeptida; amina biogenik (misalnya dopamin, epinefrin norepinefrin, histamin, serotonin, dan melatonin); glutamat (efek metabotropik); glukagon; asetilkolin (efek muskarinik); kemokin; mediator lipid dari peradangan (misalnya, prostaglandin, prostanoid , faktor pengaktif trombosit, dan leukotrien); hormon peptida (misalnya, kalsitonin, C5a Anafilatoksin, follicle-stimulating hormone [ FSH], gonadotropin-releasing hormone [GnRH], neurokinin, tiroliberin [TRH], dan oksitosin); dan endocannabinoid. Sitosina
Sitosina dapat ditemukan sebagai bagian DNA, dan bagian RNA, atau sebagai bagian dari suatu nukleotida. Sebagai cytidine triphosphate (CTP), dapat berfungsi sebagai ko-faktor enzim-enzim, dan dapat mentransfer suatu gugus fosfat untuk mengubah adenosine diphosphate (ADP) menjadi adenosine triphosphate (ATP). Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pneumoniae, atau pneumokokus, adalah anggota dari genus "Streptococcus" yang Gram-positif, alfa-hemolitik (dalam kondisi aerob) atau beta-hemolitik (dalam kondisi anaerob), dan anaerob fakultatif. Sebuah bakteri patogen pada manusia yang signifikan, "S. pneumoniae" diakui sebagai penyebab utama pneumonia pada akhir abad ke-19, dan merupakan subyek dari banyak penelitian kekebalan humoral. Bernd Michael Rode
Selain fokus pada bidang kimia teoretis dan komputasi, Prof Rode juga melakukan penelitian di bidang bioanorganik, terutama kajian abiogenesis. Pada akhir tahun 1980-an, Prof Rode bersama rekan-rekannya menemukan reaksi pembentukan peptida dengan menginduksikan garam (SIPF) sebagai rute sintesis sederhana dari peptida menggunakan monomor asam amino dalam kondisi prebiotik. Selain menggunakan enzim sebagai katalis, reaksi SIPF menggunakan logam transisi yang bertindak sebagai katalis untuk mendorong pembentukan peptida pada kondisi larutan NaCl konsentrasi tinggi dan tembaga (II) yang mana menunjukkan aktivitas katalitik tertinggi. Biasanya, eksperimen mengenai siklus penguapan telah dilakukan untuk meniru siklus penguapan pada siang atau malam hari di pantai dan di laguna sehingga menghasilkan larutan super jenuh. Karena solusi super jenuh ini memiliki kecenderungan untuk melarut dengan sendirinya, maka termodinamika dan kinetika reaksi yang tidak menguntungkan pembentukan peptida dapat terjadi. Penelitian yang dilakukan oleh Prof Rode menyelidiki sifat-sifat reaksi SIPF dalam berbagai kondisi, terutama menekankan pada kemungkinan hubungan sifat-sifat reaksi SIPF tersebut dengan biohomochirality. Lebih lanjut, Prof Rode juga melakukan percobaan Miller-Urey, yang mana memasukkan pandangan baru tentang komposisi udara primordial. Hal ini menunjukkan bahwa peptida juga bisa terbentuk dalam suasana udara netral (CO2/N2/H2O) akibat adanya debit listrik. Pseudomonas
α proteobacteria: "P. abikonensis", "P. aminovorans", "P. azotocolligans", "P. carboxydohydrogena", "P. carboxidovorans", "P. compransoris", "P. diminuta", "P. echinoides", "P. extorquens", "P. lindneri", "P. mesophilica", "P. paucimobilis", "P. radiora", "P. rhodos", "P. riboflavina", "P. rosea", "P. vesicularis". Fosfatidilinositol-3,4,5-trisfosfat 3-fosfatase
Beberapa studi menunjukkan bahwa PI3P memiliki aktivitas yang lebih besar terhadap substrat yang lebih bersifat asam, fosforilasi PI3P yang umumnya terjadi berulangkali, umumnya terjadi pada residu serina dan treonina seperti Ser-370, Ser-380, Thr-382, Thr-383 dan Ser-385, juga terjadi pada lingkungan dengan derajat keasaman yang tinggi. PI3P juga teraktivasi oleh senyawa lipid anionik seperti fosfatidil inositol 4,5-bifosfat dan fosfatidil serina. Nitrogen
Anion nitrida (N3−) adalah donor π yang paling kuat di antara ligan yang diketahui (terkuat kedua adalah O2−). Kompleks nitrido umumnya dibuat melalui dekomposisi termal azida atau deprotonasi amonia, dan mereka biasanya melibatkan gugus {≡N}3− terminal. Anion azida N linier, yang isoelektrik dengan dinitrogen monoksida, karbon dioksida, dan sianat, membentuk banyak kompleks koordinasi. Katenasi lebih lanjut jarang dijumpai meskipun diketahui ada N (isoelektrik dengan karbonat dan nitrat).[42] Peptida antimikrobial
Macam pergerakan dari peptida antimikrobial dalam membunuh bakteri bervariasi. Kegiatan ini termasuk menghancurkan membran, mengganggu metabolisme, dan mengincar komponen sitoplasma. Kontak awal antara peptida dan organisme target adalah bersifat elektrostatik karena sebagian besar permukaan bakteri adalah anionik. Komposisi asam amino, sifat amfifatik, muatan kationik, dan ukuran memudahkan pepida antimikrobial dalam menempel dan masuk ke dalam membran untuk membentuk celah menuju ke dalam sel dengan berbagai mekanisme. Selain dengan cara itu, peptida antimikrobial juga dapat masuk ke dalam sel secara langsung untuk mengikat molekul intraseluler yang penting bagi sel hidup. Pengikatan intraseluler termasuk menghalangi sintesis dinding sel, perubahan membran sitoplasma, aktivasi autolisin, menghalangi DNA, RNA, dan sintesis protein, dan menghalangi enzim tertentu. Namun, di banyak kejadian, mekanisme sebenarnya dari peptida antimikrobial dalam membunuh bakteri belum diketahui. Berlawanan dengan berbagai antibiotik konvensional, peptida ini bekerja sebagai bakteriosida (pembunuh bakteri) daripada bakteriostatik (penahan pertumbuhan bakteri). Secara umum, aktivitas peptida antimikrobial bergantung pada konsentrasi inhibitor. Semakin tinggi konsentrasi inhibitor, semakin tinggi kinerja pepida antimikrobial. Indeks Glikemik
Pati di dalam pangan terdiri dari dua jenis yang berbeda, yaitu amilosa dan amilopektin.[6] Amilosa adalah polimer glukosa sederhana yang tidak bercabang, sehingga lebih terikat dengan kuat serta lebih sulit tergelatinisasi dan tercerna.[6] Sementara itu, amilopektin adalah polimer glukosa sederhana yang bercabang serta memiliki ukuran molekul lebih besar dan lebih terbuka sehingga lebih mudah tergelatinisasi dan dicerna oleh tubuh.[6] Berdasarkan dari berbagai penelitian, pangan yang memiliki proporsi amilosa lebih tinggi dibandingkan amilopektin akan memiliki nilai IG yang lebih rendah, begitu juga sebaliknya.[7][6] Fosforilasi oksidatif
Menurut teori kemiosmotik yang dicetuskan oleh Peter Mitchell, energi yang dilepaskan dari reaksi oksidasi pada substrat pendonor elektron, baik pada respirasi aerobik maupun anaerobik, perlahan akan disimpan dalam bentuk potensial elektrokemis sepanjang garis tepi membran tempat terjadinya reaksi tersebut, yang kemudian dapat digunakan oleh ATP sintase untuk menginduksi reaksi fosforilasi terhadap molekul adenosina difosfat dengan molekul Pi. Antibodi antinuklir
Titer normal dari ANA adalah 1:40. Titer yang lebih tinggi menandakan sebuah penyakit otoimun. Adanya ANA mengindikasikan lupus erythematosus (terdapat pada 80-90% dari kasus). Hal serupa juga timbul pada 60% kasus sindrom Sjögren, arthritis rheumatoid, hepatitis otoimun, skleroderma, polimiositis, dermatositis, dan berbagai kondisi non-rheumatologis yang berhubungan dengan kerusakan jaringan. ANA juga dirujuk langsung ke kompleks pori nuklear pada sirosis biliaris primer. Kondisi lainnya dengan titer ANA tinggi seperti pada penyakit Addison, purpura trombositopenik primer, penyakit Hashimoto, anemia hemolitik otoimun, diabetes mellitus tipe I, kelainan jaringan ikat campuran. Peroksida
Dalam kimia anorganik, ion peroksida adalah anion O, yang juga memiliki ikatan tunggal oksigen-oksigen. Ion ini bersifat amat basa, dan sering hadir sebagai ketidakmurnian dalam senyawa-senyawa ion. Peroksida murni yang hanya mengandung kation dan anion peroksida, biasanya dibentuk melalui pembakaran logam alkali atau logam alkali tanah di udara atau oksigen. Salah satu contohnya adalah natrium peroksida NaO. Pepaya
Dokter Wahyu Triasmara menjelaskan bahwa biji buah pepaya bermanfaat sebagai antioksidan dalam darah karena dapat menurunkan kadar kolesterol dan LDL, serta meningkatkan kadar HDL (lipoprotein densitas tinggi). Biji pepaya memiliki efek hipolipidemia untuk terapi hiperlipidemia yang disebabkan oleh kadar lemak nabati atau kolesterol dalam jumlah terlalu tinggi karena ekstrak biji tersebut berisi kandungan alkaloid, flavonoid, tanin, saponin, antrakuinon, dan antosianin. Menurutnya biji pepaya dapat dikonsumsi dengan cara diblender dan disajikan seperti membuat jus, atau pun dengan cara diseduh seperti menyeduh kopi setelah terlebih dahulu dikeringkan dan diblender. Biokimia
Monomer dari asam nukleat disebut nukleotida, dan tiap nukleotida terdiri dari 3 komponen: basa nitrogen (purin dan pirimidin), gula pentosa/senyawa gula karbon-5, dan gugus fosfat. Perbedaan tipe asam nukleat dapat ditemukan di jenis gula pada rantainya (contohnya, DNA terdiri dari 2 deoksiribosa). Juga, jenis basa nitrogen yang mungkin ada di asam nukleat juga bisa berbeda: adenin, sitosin, dan guanin bisa ada di RNA dan DNA, timin hanya pada DNA, dan urasil hanya pada RNA. Reaksi Mannich
Pada reaksi Mannich, amonia atau amina primer atau sekunder digunakan untuk aktivasi formaldehida. Amina tersier dan amina aril akan berhenti pada tahap basa Schiff karena ia kekurangan proton untuk membentuk zat antara imina. Senyawa α-CH-asam (Nukleofil) dapat berupa senyawa karbonil, senyawa nitril, senyawa asetilena, senyawa nitro alifatik, senyawa α- alkil-piridina, atau senyawa imina. Penggunaan heterolingkar seperti furan, pirola, dan tiofena juga dimungkinkan, karena struktur mereka menyerupai bentuk enol dari senyawa karbonil. Histidina
Histidina merupakan satu dari 20 asam amino dasar yang ada dalam protein. Bagi manusia histidina merupakan asam amino yang esensial bagi anak-anak. Rantai samping imidazol dan nilai "pK" yang relatif netral (yaitu 6,0) berarti bahwa perubahan sedikit saja pada pH sel akan mengubah muatannya. Sifat ini menjadikan histidina sering menjadi bagian dari gugus katalitik pada enzim maupun ligan koordinasi pada metaloprotein. Lerzolit
Lerzolit adalah batuan beku ultramafik. Batuan ini berbutir kasar terdiri dari 40 hingga 90% olivin bersama sejumlah ortopiroksen dan sedikit kromium kalsik yang kaya akan klinopiroksen. Mineral-mineral minor yang hadir termasuk spinel-spinel alumunium dan garnet. Plagioklas dapat terbentuk di Lerzolit dan peridotit lainnya yang mengkristal di kedalaman dangkal (20-30 km). Di kedalaman yang lebih tinggi, plagioklas tidak stabil dan digantikan dengan spinel. Pada kedalaman sekitar 90 km, garnet pirop menjadi fase aluminous stabil. Lerzolit garnet adalah konstituen utama di mantel atas bumi ( yang memiliki kedalaman 300 km). Lerzolit diketahui terdapat d bagian bawah kompleks ofiolit ultramafik ( meskipun pada setting tersebut harsburgit lebih sering dijumpai) dari tipe peridotit "alpine, "juga sebagai xenolit di pipa-pipa kimberlit dan basal alkali. Lelehan parsial pada lerzolit spinel adalah salah satu sumber utama magma basaltik." " Peptida
Peptida ini terbentuk dari hasil proteolisis non-spesifik dalam siklus digesti. Peptida hasil digesti secara umum merupakan peptida ribosomal, akan tetapi tidak dibentuk dari translasi mRNA. Peptida ini juga dapat dibentuk dari protein yang didigesti dengan protease spesifik, seperti digesti tripsin yang sering dilakukan sebelum analisis spektroskopi massa. Dunit
Dunit (disebut juga olivinit, berbeda dengan olivenit) adalah batuan beku plutonik dengan komposisi ultramafik, memiliki tekstur faneritik atau berbutir kasar. Mineral yang terkandungnya umumnya lebih dari 90% olivin, dengan sejumlah kecil mineral-mineral piroksen, kromit, magnetit, dan pirop. Dunit adalah anggota" "terakhirdari grup peridotit yang merupakan kelompok batuan asal mantel. Dunit dan batuan peridotit lainnya dikategorikan sebagai konstituen-konstituen utama mantel bumi diatas kedalaman 400 kilometer. Dunit jarang ditemukan di batuan-batuan kontinental (benua), namun biasa ditemukan di dasar sekuen ofiolit dimana slab pada zona subduksi naik ke atas lempeng benua akibat obduksi selama kolisi busur benua terjadi (orogeni).Dunit biasanya mengalami metamorfisme "retrograde" di dekat lingkungan permukaan dan terubah menjadi serpentinit dan soapstone. Anemia hemolitik
Anemia hemolitik adalah Amina
Amina merupakan senyawa organik dan gugus fungsional yang isinya terdiri dari senyawa nitrogen atom dengan pasangan sendiri. Amino merupakan derivatif amoniak. Biasanya dipanggil amida dan memiliki berbagai kimia yang berbeda. Yang termasuk amino ialah asam amino, amino biogenik, trimetilamina, dan anilina. Pirimidina
Pirimidina () adalah suatu senyawa organik heterosiklik aromatik yang mirip dengan piridina. Satu dari tiga diazina (senyawa heterosiklik enam karbon dengan dua nitrogen pada cincin), mempunyai nitrogen pada posisi 1 dan 3 dalam cincin. Kedua diazina lain adalah pirazina (nitrogen pada posisi 1 dan 4) dan piridazina ( pada posisi 1 dan 2). Dalam asam nukleat, ketiga tipe basa nukleotida merupakan derivat pirimidin yaitu: sitosina (= cytosine) (C), timina (T), dan urasil (U). Ikatan peptida
Ikatan peptida merupakan ikatan yang terbentuk ketika atom karbon pada gugus karboksil suatu molekul berbagi elektron dengan atom nitrogen pada gugus amina molekul lainnya. ikatan peptida hanya terdapat pada protein. Pediococcus
Pediococcus adalah genus bakteri yang termasuk bakteri asam laktat (BAL) dengan ciri non-motil (tidak bergerak) dan memiliki bentuk sferis. Sel bakteri ini terbagi ke dalam dua bidang sehingga membentuk pasangan, tetrad (terususun empat), atau gumpalan sel sferis yang lebih besar. Genus "Pediococcus" termasuk golongan fakultatif anaerob dan untuk hidup memerlukan lingkungan yang kaya nutrisi serta mengandung faktor pertumbuhan dan gula yang dapat difermentasi. Bakteri ini termasuk homofermentatif (hanya menghasilkan asam laktat) dan tidak dapat menggunakan pentosa (karbohidrat beratom C). Sitosina
Sitosina (; disingkat "C") merupakan satu dari dua basa nitrogen pirimidina yang dimiliki DNA dan RNA. Nukleosida ribosanya dinamakan sitidina dan nukleosida deoksiribosanya dinamakan deoksisitidina. Sitosina berikatan dengan guanina pada DNA pilin ganda melalui tiga ikatan hidrogen. Pirola
Baik proton NH dan CH pada pirola bersifat asam moderat dan dapat dideprotonasi dengan basa kuat seperti butillitium dan logam hidrida. "Pirolida" yang dihasilkan bersifat nukleofilik. Dengan menangkap konjugat basa dengan elektrofil (misalnya alkil atau asil halida) akan menunjukkan bagian mana yang terdeprotonasi sehingga akan bereaksi sebagai nukleofil. Distribusi produk reaksi ini seringkali kompleks dan tergantung pada basa yang digunakan (terutama ion lawan seperti litium dari butillitium atau natrium dari natrium hidrida), substitusi pirola yang telah ada, dan elektrofil. Bacteroides
Bacteroides adalah genus dari bakteri Gram negatif, berbentuk tongkat. Spesies "Bacteroides" tidak membentuk endospora, anaerob, dan bergerak ataupun tidak dapat bergerak, tergantung spesiesnya. Komposisi dasar DNA adalah 40-48% GC. Tidak biasa pada organisme bakteri, membran "Bacteroides" mengandung sphingolipid. Mereka juga mengandung meso-diaminopimelic acid pada lapisan peptidoglikan mereka. Adas manis
Adas manis atau anis ("Pimpinella anisum") merupakan sejenis tumbuhan berbunga dari famili Apiaceae yang berasal dari kawasan Laut Tengah bagian timur dan Asia barat daya. Tumbuhan ini merupakan tumbuhan semusim berupa terna yang tingginya dapat mencapai satu meter. Daun pada bagian dasar tumbuhan ini berbentuk sederhana, panjangnya 2-5 cm, dan bercuping dangkal, sementara daun pada bagian batang yang lebih tinggi berbentuk menyirip seperti bulu dan terbagi-bagi menjadi banyak anak daun. Bunganya berwarna putih, berdiameter 3 mm, dan bergerombol banyak dalam payungan bunga. Buahnya merupakan skizokarp kering berbentuk lonjong dengan panjang 3-5 mm. John Howard Northrop
Pada tahun 1929, ai mengisolasi dan mengkristalkan enzim lambung pepsin dan menemukan bahwa enzim ini adalah protein dan pada tahun 1938 ia melakukan hal yang sama pada bacteriofag pertama (virus kecil yang menyerang bakteri), dan mengetahui bahwa ini adalah nukleoprotein. Northrop juga berbuat demikian pada pepsinogen (prekursor pepsin), tripsin, kimotripsin, dan karboksipeptidase. Anteridium
Anteridium atau anterida (jamak: anteridia) adalah struktur organ reproduksi jantan yang bersifat haploid. Struktur tersebut di dalamnya memproduksi gamet yang disebut "anterozoid" atau sperma. Anteridium terdapat pada fase gametofit dalam sebuah siklus hidup seperti pada bryophyta, paku-pakuan, serta pada Psilotopsida. Beberapa alga dan fungi, seperti misalnya ascomycota dan Oomycetes, juga memiliki anteridia dalam tahap reproduksinya. Peptida antimikrobial
Terdapat berbagai tipe peptida antimikrobial. Tipe pertama, yaitu peptida anionik, peptida ini kaya akan asam glutamat dan asam aspartat. Contohnya yaitu Maximin H5 yang terdapat pada amfibi, dan Dermcidin pada manusia. Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas aeruginosa adalah bakteri gram negatif aerob obligat, berkapsul, mempunyai flagella polar sehingga bakteri ini bersifat motil, berukuran sekitar 0,5-1,0 µm. Bakteri ini tidak menghasilkan spora dan tidak dapat menfermentasikan karbohidrat. Pada uji biokimia, bakteri ini menghasilkan dampak positif pada uji indol, Merah Metil, dan Voges-Proskauer. Bakteri ini secara luas dapat ditemukan di alam, contohnya di tanah, air, tanaman, dan hewan. P. aeruginosa adalah patogen oportunistik. Bakteri ini merupakan penyebab utama infeksi pneumonia nosokomial. Basa nukleotida
Urasil menggantikan timina pada RNA. Kedua basa ini identik terkecuali bahwa urasil kekurangan gugus 5' metil. Adenina dan guanina merupakan kelas molekul bercincin dua yang disebut purina (disingkat sebagai R). Sitosina, timina, dan urasil semuanya merupakan pirimidina (disingkat Y). Aktinida
Keadaan +7 dikenal hanya dalam anion okso Np dan Pu bilamana larutan alkali dioksidasi oleh O3 atau PuO2 dan Li2O3 dipanaskan dalam oksigen[2]. Auksin
Auksin diproduksi dalam jaringan meristimatik yang aktif (yaitu tunas, daun muda, dan buah) (Gardner, dkk., 1991). Kemudian auxin menyebar luas dalam seluruh tubuh tanaman, penyebarluasannya dengan arah dari atas ke bawah hingga titik tumbuh akar, melalui jaringan pembuluh tapis (floem) atau jaringan parenkhim (Rismunandar, 1988).
Auksin atau dikenal juga dengan IAA = Asam Indolasetat (yaitu sebagai auksin utama pada tanaman), dibiosintesis dari asam amino prekursor triptopan, dengan hasil perantara sejumlah substansi yang secara alami mirip auksin (analog) tetapi mempunyai aktivitas lebih kecil dari IAA seperti IAN = Indolaseto nitril,TpyA = Asam Indolpiruvat dan IAAld = Indolasetatdehid. Proses biosintesis auxin dibantu oleh enzim IAA-oksidase (Gardner, dkk., 1991). Pepsin
Pepsin paling aktif berada di lingkungan asam dengan suhu antara 37 °C hingga 42 °C. Dengan demikian, situs sintesis primer dan aktivitasnya berada di dalam lambung (pH 1,5 sampai 2). Pepsin akan mencerna hingga 20% ikatan amida yang tertelan dengan memotong secara istimewa di sisi N-terminal asam amino aromatik seperti fenilalanin, triptofan, dan tirosin. Pepsin menunjukkan pemotongan istimewa untuk residu hidrofobik, terlebih aromatik, pada posisi P1 dan P1'. Peningkatan kerentanan terhadap hidrolisis terjadi jika terdapat asam amino yang mengandung sulfur berdekatan dengan ikatan peptida yang dimiliki asam amino aromatik. Pepsin menunjukkan aktivitas maksimum pada pH 2,0 dan tidak aktif pada pH lebih dari 6,5, tetapi pepsin tidak sepenuhnya terdenaturasi atau diinaktivasi secara ireversibel hingga pH 8,0. Oleh karena itu, pepsin dalam larutan berpH hingga 8,0 dapat diaktifkan kembali saat reasidifikasi. Stabilitas pepsin pada pH tinggi memiliki implikasi yang signifikan terhadap penyakit yang disebabkan oleh refluks laringofaring. Pepsin tetap berada di laring setelah kejadian refluks lambung. Pada pH rata-rata dari laringofaring (pH = 6,8) pepsin akan menjadi tidak aktif, tetapi dapat diaktifkan kembali pada kejadian refluks asam selanjutnya yang mengakibatkan kerusakan pada jaringan lokal. Anisakis
Anisakis adalah genus nematoda parasit yang menyerang ikan dan mamalia laut. Cacing ini juga dapat menyerang manusia yang memakan ikan mentah dan menyebabkan penyakit anisakiasis. Dalam beberapa kasus, tubuh dapat menghasilkan imunoglobulin E untuk melawan parasit ini dan memicu reaksi alergi seperti anafilaksis. Reseptor terhubung protein G
Efektor dari jalur Gαs dan Gαi/o adalah siklik-adenosin monofosfat (cAMP) yang menghasilkan enzim adenilil siklase. Walaupun ada sepuluh produk gen adenilil siklase berbeda pada mamalia, masing-masing dengan perbedaan tipis dalam distribusi atau fungsi jaringan, semuanya mengkatalisasi konversi sitosol adenosin trifosfat (ATP) menjadi cAMP, dan semuanya secara langsung distimulasi oleh protein G dari kelas Gα. Sebaliknya, interaksi dengan subunit Gα dari tipe Gαi/o menghambat AC dari menghasilkan cAMP. Dengan demikian, GPCR yang digabungkan ke Gα melawan aksi GPCR yang digabungkan ke Gαi/o, dan sebaliknya. Tingkat cAMP sitosolik kemudian dapat menentukan aktivitas berbagai kanal ion serta anggotaprotein kinase A spesifik ser/Thr (PKA). Dengan demikian cAMP dianggap sebagai pembawa pesan kedua dan PKA sebagai efektor sekunder. Efektor dari jalur Gαq/11 adalah fosfolipase C-β (PLCβ), yang mengkatalisis pembelahan membran fosfatidlinositol 4,5-bifosfat (PIP2) yang terikat membran ke dalam pembawa pesan kedua inositol (1,4,5) trifosfat (IP3) ) dan diasilgliserol (DAG). IP3 bekerja pada reseptor IP3 yang ditemukan dalam membran retikulum endoplasma (ER) untuk memperoleh pelepasan Ca2+ dari ER, sementara DAG berdifusi di sepanjang membran plasma di mana ia dapat mengaktifkan segala bentuk terlokalisasi dari ser/thr kinase kedua yang disebut protein kinase C (PKC). Karena banyak isoform dari PKC juga diaktifkan oleh peningkatan Ca2+ intraseluler, kedua jalur ini juga dapat bertemu satu sama lain untuk memberi sinyal melalui efektor sekunder yang sama. Ca2+ intraseluler yang meningkat juga mengikat dan secara allosteris mengaktifkan protein yang disebut calmodulin, yang selanjutnya mengikat dan mengaktifkan enzim secara allosterik seperti Ca2+/kinase yang bergantung pada calmodulin (CAMK). Efektor dari jalur Gα12/13 adalah tiga RhoGEF (p115-RhoGEF, PDZ-RhoGEF, dan LARG), yang ketika terikat dengan Gα12/13 secara alosterik mengaktifkan GTPase kecil sitosolik, Rho. Setelah terikat dengan GTP, Rho kemudian dapat mengaktifkan berbagai protein yang bertanggung jawab untuk regulasi sitoskeleton seperti Rho-kinase (ROCK). Sebagian besar GPCR yang berpasangan dengan Gα12/13 juga berpasangan dengan subkelas lainnya, seringkali Gαq/11. Asam piruvat
Asam piruvat (CHCOCOH) adalah sebuah asam alfa-keto yang memiliki peran penting dalam proses-proses biokimia. Anion karboksilat dari asam piruvat disebut piruvat Peptida antimikrobial
Tipe ketiga adalah peptida kationik yang diperkaya dengan asam amino spesifik. Ciri utama dari peptida ini adalah kaya akan prolin, arginin, fenilalanina, glisin, dan triptofan. Contohnya adalah Abaecin dan Apidaecin pada lebah madu, Prophenin pada babi, Indolicidin pada sapi ternak. Asam deoksiribonukleat
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan singkatan DNA (bahasa Inggris: d</b>eoxyribo<b data-parsoid='{"dsr":[417,424,3,3]}'>n</b>ucleic a</b>cid), adalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan menyandi instruksi-instruksi genetika setiap organisme dan banyak jenis virus. Instruksi-instruksi genetika ini berperan penting dalam pertumbuhan, perkembangan, dan fungsi organisme dan virus. DNA merupakan asam nukleat; bersamaan dengan protein dan karbohidrat, asam nukleat adalah makromolekul esensial bagi seluruh makhluk hidup yang diketahui. Kebanyakan molekul DNA terdiri dari dua unting biopolimer yang berpilin satu sama lainnya membentuk heliks ganda. Dua unting DNA ini dikenal sebagai polinukleotida karena keduanya terdiri dari satuan-satuan molekul yang disebut nukleotida. Tiap-tiap nukleotida terdiri atas salah satu jenis basa nitrogen (guanina (G), adenina (A), timina (T), atau sitosina (C)), gula monosakarida yang disebut deoksiribosa, dan gugus fosfat. Nukleotida-nukelotida ini kemudian tersambung dalam satu rantai ikatan kovalen antara gula satu nukleotida dengan fosfat nukelotida lainnya. Hasilnya adalah rantai punggung gula-fosfat yang berselang-seling. Menurut kaidah pasangan basa (A dengan T dan C dengan G), ikatan hidrogen mengikat basa-basa dari kedua unting polinukleotida membentuk DNA unting ganda Pepsin
Pada lambung, sel utama mengeluarkan pepsinogen. Zimogen ini diaktifkan oleh asam klorida (HCl) yang dilepaskan dari sel parietal pada lapisan lambung. Hormon gastrin dan saraf vagus memicu pelepasan pepsinogen dan HCl dari lapisan lambung saat makanan tertelan. Asam klorida menciptakan lingkungan asam, yang memungkinkan pepsinogen tersingkap dan memotong diri dengan cara otokatalitik sehingga menghasilkan pepsin (bentuk aktif). Pepsin memecah 44 asam amino dari pepsinogen untuk menciptakan lebih banyak pepsin. Asam nukleat
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenina, sitosina, dan guanina dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timina dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. Kromatografi afinitas
Strategi yang lebih sederhana seringkali dilakukan untuk memurnikan antibodi yang terbentuk akibat perlawanan antigen peptida. Ketika antigen peptida diproduksi secara sintetis, residu sistein terminal ditambahkan di terminal N- atau C- dari peptida tersebut. Residu sistein mengandung gugus fungsi sulfhidril yang memungkinkan peptida dengan mudah berkonjugasi dengan suatu protein pembawa (misal: "Keyhole Limpet Hemocyanin (KLH)"). Peptida dengan kandungan sistein yang sama juga diimobilisasi pada resin agarosa melalui residu sistein dan kemudian digunakan untuk memurnikan antibodi. Stoma
Menurut Melcalfe dan Chalk (1950) dalam Mulyani (2006), secara morfologi ada 5 tipe stomata pada daun dikotil yaitu :
Pada tipe anomosit sel penutup dikelilingi oleh sejumlah sel tertentu yang tidak dapat dibedakan bentuk dan ukurannya dari sel epidermis yang lain, tipe ini biasa terdapat pada ranunculaceae, geraniaceae, capparidaceae, cucurbitaceae, dan malvaceae.
Pada tipe anisosit sel penutup dikelilingi oleh sel tetangga yang tidak sama ukurannya,tipe ini biasa terdapat pada cruciferae, "nicotiana", "solanum" dan "sedum" .
Pada tipe parasit setiap sel penutup didampingi oleh satu atau lebih sel tetangga yang letaknya sejajar dengan stomata, tipe ini biasa terdapat pada rubiaceae, magnoliaceae, dan mimosaceae.
Pada tipe diasit setiap stomata dikelilingi oleh dua sel tetangga yang letaknya memotong stomata, tipe ini biasa terdapat pada caryophillaceae, dan acanthaceae.
Tipe aktinosit merupakan variasi dari tipe diasit, stomatanya dikelilingi sel tetangga yang teratur menjari, contoh dari tipe ini adalah tanaman teh "(Camellia sinensis)" Peptida antimikrobial
Tipe kedua, yaitu peptida alpha helical kationik linear. Ciri utama dari peptida ini adalah minimnya kandungan sistein. Contohnya adalah Cecropin, Andropin, Moricin, Ceratotoxin, dan Melittin pada serangga, Magainin, Dermaseptin, Bombinin, Brevinin-1, Esculentin, dan Buforin II pada amfibi, CAP18 pada kelinci, LL37 pada manusia, dan sebagainya. Senyawa diazonium
Senyawa azo yang dihasilkan terkadang merupakan pewarna yang berguna dan faktanya disebut sebagai pewarna azo. Warna-warna yang mendalam dari pewarna mencerminkan perpanjangan konjugasi mereka. Misalnya, pewarna yang disebut anilin kuning diproduksi dengan mencampur anilin serta larutan garam diazonium dingin dan kemudian dikocok dengan kuat. Anilin kuning diperoleh sebagai suatu padatan kuning. Serupa dengan itu, suatu larutan basa Naftalen-2-ol (β-naftol) yang dingin menghasilkan endapan dengan warna jingga-merah yang kuat. Metil jingga merupakan contoh pewarna azo yang digunakan di laboratorium sebagai indikator pH. Adenosina trifosfat
ATP + H 2O → ADP + Pi Δ<i data-parsoid='{"dsr":[4419,4424,2,2]}'>G° = −30.5kJ/mol (−7.3kkal/mol) ATP + H 2O → AMP + PPi Δ<i data-parsoid='{"dsr":[4526,4531,2,2]}'>G° = −45.6kJ/mol (−10.9kkal/mol) Ornitina
Ornitina () adalah asam amino non-esensial hasil reaksi hidrolisis arginina oleh enzim arginase pada lintasan katabolisme dalam siklus urea. Meskipun berupa asam amino, ornitina tidak memiliki berkas genetik, sehingga tidak terdapat lintasan transkripsi genetik pada sintesis senyawa organik ini, dan tidak terdapat protein yang memiliki ornitina pada rangkaian peptidanya. Nitrogen
Nitrogen adalah salah satu unsur paling penting dalam kimia organik. Banyak gugus fungsional organik terlibat dalam ikatan karbon-nitrogen, seperti amida (RCONR2), amina (R3N), imina (RC(=NR)R), imida ((RCO)2NR), azida (RN3), senyawa azo (RN2R), sianat dan isosianat (ROCN atau RCNO), nitrat (RONO2), nitril dan isonitril (RCN atau RNC), nitrit (RONO), senyawa nitro (RNO2), senyawa nitroso (RNO), oksima (RCR=NOH), dan derivat piridina. Ikatan C–N terpolarisasi kuat ke arah nigrogen. Dalam senyawa ini, nitrogen biasanya trivalen (meskipun dapat membentuk tetravalen dalam kation amonium kuarterner, R), dengan pasangan elektron sunyi yang menyumbang alkalinitas pada senyawa dengan membentuk koordinasi dengan proton. Hal ini dapat ditiadakan oleh faktor lain: misalnya, amida tidak bersifat basa karena pasangan sunyinya terdelokalisasi ke dalam ikatan rangkap (meskipun mereka mungkin bertindak selaku basa pada pH yang sangat rendah, terprotonasi pada oksigen), dan pirola tidak asam karena pasangan sunyinya terdelokalisasi sebagai bagian dari cincin aromatik.[55] Jumlah nitrogen dalam zat kimia dapat ditentukan menggunakan metode Kjeldahl.[56] Secara khusus, nitrogen adalah komponen esensial asam nukleat, asam amino dan akibatnya protein, dan molekul pembawa energi adenosin trifosfat sehingga vital bagi kehidupan di muka bumi. Eikosanoid
Eikosanoid adalah molekul pensinyalan yang dibuat oleh oksidasi enzimatik dan non-enzimatik asam arakidonat atau asam lemak tak jenuh ganda (PUFA) lainnya, yang mirip dengan asam arakidonat, dengan panjang 20 unit karbon. Eikosanoid adalah sub-kategori oksilipin, yaitu asam lemak teroksidasi dari unit karbon yang beragam panjangnya, dan dibedakan dari oksilipin lain dengan kepentingannya yang luar biasa sebagai molekul pensinyalan sel. Fungsi eikosanoid dalam sistem fisiologis yang beragam dan proses patologis seperti: mendorong atau menghambat peradangan, alergi, demam, dan respons imun lainnya; mengatur aborsi kehamilan dan persalinan normal; berkontribusi terhadap persepsi nyeri; mengatur pertumbuhan sel; mengendalikan tekanan darah; dan memodulasi aliran regional darah ke jaringan. Dalam menjalankan peran ini, eikosanoid paling sering bertindak sebagai agen pensinyalan autokrin untuk memengaruhi sel asal mereka atau sebagai agen pensinyalan parakrin untuk memengaruhi sel di dekat sel asal mereka. Eikosanoid juga dapat bertindak sebagai agen endokrin untuk mengontrol fungsi sel yang jauh. Fenilketonuria
Fenilketonuria () adalah gangguan desakan autosomal genetis yang dikenali dengan kurangnya enzim fenilalanin hidroksilase (PAH). Enzim ini sangat penting dalam mengubah asam amino fenilalanina menjadi asam amino tirosina. Jika tubuh kekurangan PAH, fenilalanina akan mengumpul dan berubah menjadi fenilketon, yang bisa dideteksi dari urin. Peptida nonribosomal
Peptida nonribosomal merupakan kelas dari peptida metabolit sekunder yang dihasilkan oleh mikroorganisme, seperti bakteri dan cendawan. Peptida ini dibuat oleh nonribosomal peptide synthetases, yang berbeda dengan dogma sentral yang menyatakan peptida dibentuk menggunakan organel ribosom. Setiap enzim hanya mengodekan satu jenis asam amino dan peptida yang dihasilkan umumnya berbentuk sirkuler. Arkea
Arkea menunjukkan berbagai macam reaksi kimia dalam metabolisme mereka dan menggunakan banyak sumber energi. Reaksi-reaksi ini diklasifikasikan ke dalam kelompok nutrisi, tergantung pada sumber-sumber energi dan karbon. Beberapa arkea memperoleh energi dari senyawa anorganik seperti belerang atau amoniak (mereka litotrof). Ini termasuk nitrifier, metanogen dan oksidan metana anaerob. Dalam reaksi ini satu senyawa memberikan elektron kepada senyawa yang lain (dalam reaksi redoks), melepaskan energi untuk bahan bakar aktivitas sel. Satu senyawa bertindak sebagai donor elektron dan satu sebagai akseptor elektron. Energi yang dilepaskan menghasilkan adenosina trifosfat (ATP) melalui kemiosmosis, dalam proses dasar yang sama yang terjadi di mitokondria sel eukariotik. Lipid
Lipid dapat didefinisikan secara luas sebagai molekul kecil hidrofobik atau amfifilik; sifat amfifilik beberapa lipid memungkinkan mereka untuk membentuk struktur seperti vesikel, liposom multilamelar/unilamelar, atau membran dalam lingkungan akuatik. Lipid biologis berasal, seluruhnya atau sebagian, dari dua jenis subunit biokimia atau "blok-pembangun" yang berbeda yaitu: gugus ketoasil dan isoprena. Dengan menggunakan pendekatan ini, lipid dapat dibagi menjadi delapan kategori: asam lemak, gliserolipid, gliserofosfolipid, spingolipid, sakarolipid, dan poliketida (diturunkan dari kondensasi subunit ketoasil); dan lipid sterol serta lipid prenol (berasal dari kondensasi subunit isoprena). Nikotinamida adenina dinukleotida
NAD disintesis melalui dua lintasan metabolisme. Ia diproduksi baik melalui lintasan "de novo" yang menggunakan asam amino maupun melalui lintasan daur ulang dengan mendaur ulang komponen-komponen prekursor seperti nikotinamida menjadi NAD, lintasan yang lain disebut lintasan kinurenina yang dilalui oleh TRP. Lintasan kinurenina terbagi dua, yang pertama adalah lintasan asam kinurenat, yang kedua adalah lintasan asam kuinolinat dan hidroksikynurenina-3. Ketiga senyawa organik tersebut merupakan prekursor dari NAD. Siklus nitrogen
Nukleotida yang diperlukan dalam sintesis RNA maupun DNA dapat dihasilkan melalui lintasan metabolisme, sehingga istilah "nukleotida esensial" kurang tepat. Kandungan nitrogen pada purina dan pirimidina yang didapat dari asam amino glutamina, asam aspartat dan glisina, layaknya kandungan karbon dalam ribosa dan deoksiribosa yang didapat dari glukosa. Nikotinamida adenina dinukleotida
Nikotinamida adenina dinukleotida memiliki beberapa peranan esensial dalam metabolisme. Ia berperan sebagai koenzim pada reaksi redoks, sebagai donor gugus ADP-ribosa pada reaksi ADP-ribosilasi, sebagai prekursor molekul penghantara kedua ADP-ribosa siklik, dan juga sebagai substrat bagi enzim DNA ligase bakteri dan enzim sirtuin yang menggunakan NAD untuk melepaskan gugus asetil dari protein. Treonina
Tubuh manusia tidak memiliki enzim pembentuk treonina namun manusia memerlukannya, sehingga treonina esensial (secara gizi) bagi manusia. Tumbuhan dan mikroorganisme mampu membuat (menyintesis) treonina dari asam aspartat, suatu asam amino lain. Tahap yang penting dikatalis oleh enzim aspartokinase yang mengikatkan fosfat ke gugus β-karboksil pada asam aspartat. Reduksi oleh β-aspartat semialdehid dehidrogenase menghasilkan β-aspartat-semialdehid yang merupakan senyawa antara penting dalam biosintesis treonina, metionin, dan lisin. Langkah selanjutnya dikatalis oleh enzim homoserin dehidrogenase, homoserin kinase, dan treonina sintase. Polimorfisme nukleotida tunggal
Polimorfisme nukleotida tunggal atau Single Nucleotide Polymorphism (SNP, biasa dibaca "snip") adalah salah satu bentuk variasi materi genetik yang ditunjukkan oleh perbedaan nukleotida tunggal (adenina, timina, guanina, sitosina) di dalam susunan rangkaian basa DNA. Ini adalah salah satu bentuk paling umum dari variasi genetik manusia. Steroid anabolik
Steroid anabolik, juga dikenal lebih baik sebagai steroid anabolik-androgenik (SAA), merupakan androgen steroidal yang didalamnya termasuk androgen alami seperti testosteron serta zat sintetis yang secara strutural berhubungan dan memiliki efek yang serupa dengan testosteron. Mereka merupakan anabolik dan meningkatkan protein di dalam sel, khususnya dalam otot rangka. SSA juga memiliki beragam tingkat efek androgenik dan virilisasi, termasuk induksi pengembangan dan pemeliharaan karakteristik seksual sekunder maskulin seperti pertumbuhan pita suara dan rambut tubuh. Kata "anabolik", merujuk pada anabolisme, yang berasal dari Bahasa Yunani ἀναβολή "anabole", "yang mana ia dilemparkan ke atas, gundukan." Mereka adalah salah satu dari tiga jenis hormon seks agonis, yang lainnya adalah estrogen seperti estradiol dan progestogen seperti progesteron.
SSA disintesis pada tahun 1930, dan saat ini digunakan sebagai terapi dalam pengobatan untuk merangsang pertumbuhan otot dan nafsu makan, menginduksi pubertas laki-laki dan mengobati kondisi kronis, seperti kanker dan AIDS. "American College of Sports Medicine" mengakui bahwa SAA, dengan adanya makanan yang memadai, dapat berkontribusi untuk peningkatan berat badan, massa meningkat sesering ramping dan bahwa peningkatan dalam kekuatan otot yang dicapai melalui latihan dengan intensitas tinggi dan diet yang tepat dapat sebagai tambahan ditingkatkan dengan menggunakan SSA pada beberapa individu . Asetat anhidrida
Anhidrida asam asetat, (Nama IUPAC: etanoil etanoat) dan disingkat sebagai AcO, adalah salah satu anhidrida asam paling sederhana. Rumus kimianya adalah (CHCO)O. Senyawa ini merupakan reagen penting dalam sintesis organik. Senyawa ini tidak berwarna, dan berbau cuka karena reaksinya dengan kelembapan di udara membentuk asam asetat. Nitrogen
Banyak varian yang mungkin terbentuk melalui proses ini. Nitrida yang paling ionik adalah yang berasal dari logam alkali dan alkali tanah, Li3N (Na, K, Rb, dan Cs tidak membentuk nitrida yang stabil karena alasan sterik) dan M (M = Be, Mg, Ca, Sr, Ba). Ini secara formal dapat dianggap sebagai garam anion N3−, meskipun pemisahan muatan tidak sepenuhnya lengkap bahkan untuk unsur-unsur yang sangat elektropositif ini. Namun, azida logam alkali NaN dan KN, menampilkan anion N linier, seperti, yang terkenal, Sr(N dan Ba(N. Azida logam sub-golongan B (berada di golongan 11 sampai 16) jauh kurang ionik, memiliki struktur yang lebih rumit, dan mudah meledak ketika terkena kejut.[42] Kecap ikan
Dalam getah buah pepaya terdapat enzim proteolitik yang sering disebut papain. Papain ini memiliki kapasitas yang tinggi untuk menghidrolisis protein. Dalam industri makanan, papain sudah cukup banyak digunakan antara lain untuk mempertahankan kesegaran bir, pelunakan daging dan menghilangkan protein pada makanan. sedangkan buah nenas, khususnya nenas muda juga terdapat enzim proteolitik lain yaitu bromelin. Kemampuannya dalam menghidrolisis protein juga tidak jauh berbeda dari papain. Asam amino
Karena asam amino memiliki gugus aktif amina dan karboksil sekaligus, zat ini dapat dianggap sebagai sekaligus asam dan basa (walaupun pH alaminya biasanya dipengaruhi oleh gugus-R yang dimiliki). Pada pH tertentu yang disebut titik isolistrik, gugus amina pada asam amino menjadi bermuatan positif (terprotonasi, –NH), sedangkan gugus karboksilnya menjadi bermuatan negatif (terdeprotonasi, –COO). Titik isolistrik ini spesifik bergantung pada jenis asam aminonya. Dalam keadaan demikian, asam amino tersebut dikatakan berbentuk "zwitter-ion". Zwitter-ion dapat diekstrak dari larutan asam amino sebagai struktur kristal putih yang bertitik lebur tinggi karena sifat dipolarnya. Kebanyakan asam amino bebas berada dalam bentuk zwitter-ion pada pH netral maupun pH fisiologis yang dekat netral. Karena mempunyai muatan negatif dan positif, asam amino dapat mengalami reaksi terhadap asam maupun basa. Magnesium
Sebuah proses baru, teknologi membran oksida padat, melibatkan reduksi elektrolitik MgO. Pada katode, ion direduksi oleh dua elektron menjadi logam magnesium. Elektrolitnya adalah zirkonia yang distabilkan Yttria ("Yttria-stabilized zirconia", YSZ). Anodenya adalah logam cair. Pada YSZ/anode logam cair teroksidasi. Lapisan grafit berbatasan dengan anoda logam cair, dan pada antarmuka ini, karbon dan oksigen bereaksi membentuk karbon monoksida. Bila perak digunakan sebagai anode logam cair, tidak diperlukan reduktor karbon atau hidrogen, dan hanya gas oksigen yang terbentuk pada anode. Telah dilaporkan bahwa metode ini memberikan pengurangan 40% biaya per pon dibandingkan metode reduksi elektrolit. Metode ini lebih ramah lingkungan daripada yang lain karena lebih sedikit karbon dioksida yang dibebaskan. Hewan
Hewan bersifat monofiletik, artinya mereka berasal dari leluhur yang sama dan membentuk klad tunggal di dalam Apoikozoa. Choanoflagellatea adalah klad saudaranya. Hewan-hewan yang paling basal, Porifera, Ctenophora, Cnidaria, dan Placozoa, memiliki bangun tubuh yang tidak memiliki simetri bilateral, tetapi hubungan mereka masih diperdebatkan. Pada 2017, Porifera dianggap sebagai hewan paling basal. Ctenophora bisa menjadi alternatif untuk Porifera, yang seperti Porifera tidak memiliki gen-gen hox, penting dalam perkembangan bangun tubuh. Gen-gen ini ditemukan di Placozoa dan hewan yang lebih tinggi, Bilateria. 6,331 kelompok gen yang dimiliki semua hewan hidup telah diidentifikasi; gen-gen ini mungkin muncul dari satu nenek moyang yang sama yang hidup 650 juta tahun yang lalu pada masa Prakambrium. 25 di antaranya adalah kelompok gen inti baru, yang hanya ditemukan pada hewan; dari kelompok-kelompok gen tersebut, 8 adalah untuk komponen penting dari jalur pensinyalan Wnt dan TGF-beta yang mungkin telah memungkinkan hewan menjadi multiseluler dengan menyediakan pola untuk sistem sumbu tubuh (dalam tiga dimensi), dan 7 lainnya untuk faktor transkripsi, termasuk protein homeodomain yang terlibat dalam kontrol perkembangan.