Введение. Репертуар Т- и В-клеточных рецепторов представлен большим числом последовательностей. В связи с этим характеристика иммунного рецепторного репертуара является сложной в техническом плане задачей. Наиболее современным методом изучения иммунных рецепторных репертуаров является NGS-секвенирование. Для снижения риска ошибки при работе с последовательностями используются методы вычислительной биологии, упрощающие обработку больших объемов данных. Цель исследования - разработка и апробация алгоритма анализа данных NGS для сравнительной оценки репертуаров Т-клеточных рецепторов при сингенном и аллогенном ответе на опухоль. Материал и методы. В рамках настоящей работы нами создана цепочка программных сценариев, позволяющих повысить эффективность анализа репертуара Т -клеточных рецепторов. Разработанные сценарии позволяют автоматически запускать обработку «сырых» данных в программном обеспечении MIGEC, объединять последовательности в пределах групп, проводить анализ клонального состава популяций Т-клеток с учетом специфичности иммунного ответа. Для оценки сингенного ответа опухолевые клетки тимомы EL-4 прививали мышам линии C57BL/6, а для оценки аллогенного ответа - мышам линии B10.D2 (R101). Для исключения аллоспецифической составляющей при аллогенном ответе на опухоль дополнительная группа животных линии B10.D2 (R101) была иммунизирована нормальными тимоцитами мышей линии C57BL/6. Результаты. При сравнении репертуаров Т-клеточных рецепторов в обследованных группах установлено, что противоопухолевый Т-клеточный ответ характеризуется снижением разнообразия и повышением клональности иммунного ответа на опухоль, наиболее выраженными в аллогенной группе мышей линии B10.D2 (R101). Анализ противоопухолевых клонов в сингенной и аллогенной модели продемонстрировал достоверные отличия качественного состава Т-клеточного репертуара. С помощью разработанных программных сценариев проведен анализ клонального состава Т-клеточных популяций с учетом аллоспецифической составляющей иммунного ответа и установлены конкретные клоны, обеспечивающие противоопухолевый ответ в сингенной и аллогенной модели. Заключение. В результате исследования разработан алгоритм анализа данных NGS-секвенирования, прошедших обработку в программном обеспечении MIGEC. Условия и параметры анализа апробированы в биологическом эксперименте по сравнению противоопухолевого ответа в группах мышей, иммунизированных опухолевыми клетками линии EL-4. Проведено секвенирование α- и β-цепей Т-клеточных рецепторов у иммунизированных мышей и у контрольных животных. Проведен сравнительный анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов у мышей в сингенной и аллогенной модели при развитии противоопухолевого иммунного ответа. Установлено, что сингенный и аллогенный противоопухолевый ответ, как и аллогенный ответ на интактную ткань, отличаются друг от друга. При этом в структуре иммунного ответа в аллогенной модели, по всей видимости, присутствуют опухоль-специфичные клоны, отсутствующие в сингенной модели.
т-клеточный рецептор, оценка репертуара т-клеточных рецепторов, противоопухолевый иммунный ответ