Результаты современных отечественных и зарубежных исследований указывают на существенную роль кишечной микробиоты в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК). Цель исследования: оценить таксономический и функциональный состав кишечной микробиоты у пациентов с язвенным колитом (ЯК) и болезнью Крона (БК) для выявления ключевых маркеров дисбиоза при ВЗК. Материалы и методы. Для анализа использованы образцы кала 95 пациентов с ВЗК (ЯК - 78, БК - 17) и 96 здоровых добровольцев. Подготовка библиотеки ДНК и полногеномное секвенирование проводили на платформе SOLiD 5500 W. Таксономическое профилирование осуществляли путем выравнивания ридов, не картировавшихся на hg19, на референсную базу данных маркерных бактериальных последовательностей MetaPhlAn2. Для оценки представленности микробных метаболических путей риды картированы с помощью алгоритма HUNAnN2 на базу данных ChocoPhlAn. Определение уровня короткоцепочечных жирных кислот (КЖК) в кале осуществляли методом газожидкостного хроматографического анализа. Результаты и обсуждение. Изменения кишечной микробиоты у пациентов с ЯК и БК характеризуются увеличением представленности бактерий фил Proteobacteria и Bacteroidetes на фоне снижения относительного количества бактерий филы Firmicutes и архей филы Euryarchaeota; снижением индекса альфа-разнообразия бактерий, уменьшением представленности бутират-продуцирующих, водород-утилизирующих бактерий, Methanobrevibacter smithii, увеличением представленности Ruminococcus gnavus у пациентов с БК и ЯК и Akkermansia muciniphila у пациентов с БК. Снижение относительной представленности гена Butyryl-CoA: acetate CoA transferase у пациентов с БК, уменьшение абсолютного содержания как отдельных КЖК, так и их суммарного количества, а также изменение соотношения основных КЖК у пациентов с ВЗК могут свидетельствовать об угнетении функциональной активности и количества анаэробной микрофлоры и/или изменении утилизации КЖК колоноцитами. Заключение. Выявленные изменения можно рассматривать в качестве характерных признаков дисбиоза у пациентов с ВЗК и потенциальных мишеней при подборе персонифицированной терапии.
полногеномное секвенирование, короткоцепочечные жирные кислоты, язвенный колит, болезнь крона