Un movimento di indipendenza e alcune rivolte di basso impatto a Papua e nella Papua occidentale, un'altra provincia dell'isola, chiedono da tempo l'auto-determinazione, più sviluppo economico e indagini sulle violazioni dei diritti umani per le due province, in cui vivono oltre quattro milioni di persone, molte delle quali di origini indigene e che rappresentano una minoranza etnica nel paese. 