Karroubi, insieme agli leader dell'opposizione, Mir Hossein Mousavi (75) e sua moglie Zahra Rahnavard (71), sono stati messi in isolamento presso la propria abitazione, per motivi di sicurezza, nel 2011 perché accusati di aver fomentato le proteste pacifiche del Movimento Verde contro i risultati dell'ampiamente contestata elezione presidenziale del 2009. 