Fin dalla sua presentazione, il progetto ha incontrato la ferma opposizione degli abitanti delle aree interessate: non solo viene contestato il pesante impatto ecologico, ma anche il fatto che 101 chilometri del tratto meridionale della Carretera Interoceánica verrebbero sommersi dal bacino artificiale. Inoltre, nelle regioni di Puno, Madre de Dios e Cusco, a causa del progetto, si renderebbe necessario spostare e ricollocare circa 60 centri abitati, spesso contro la volontà degli abitanti, che non vogliono essere costretti a lasciare i propri paesi. 