Shimada klanı Japonya’nın önde gelen aile şirketleri ve suç organizasyonlarından biriydi. Bir zamanlar dövüş sanatları, kılıç ustalığı ve okçulukla nam salmış klanın gücü ve etkisi arttıkça zaman içinde bir suç imparatorluğuna evrildi. Tokyo yakınlarındaki Hanamura şehrinde konuşlanmış olan Shimada’ların çöküşüyse klanın günümüzdeki lideri olan Sojiro Shimada’nın ani ölümüyle başladı.
Sojiro Shimada’nın iki oğlundan büyük olan Hanzo, suç imparatorluğunun kontrolünü aldı. Danışmanlarının da tavsiyeleri üzerine küçük kardeşi Genji’yi aile hiyerarşisinde daha büyük bir sorumluluk taşımaya ikna etmek istedi. Bugüne kadar Shimada ailesinin karanlık işlerine hiç bulaşmadan yaşayan ancak o hayatın sunduğu lüks ve ayrıcalıkları sonuna kadar kullanan Genji ise bu teklifi reddetti. Küçük kardeşinin bu küstahlığı karşısında öfkeye kapılan Hanzo ısrar etmeye devam edince Shimada kardeşlerin arasındaki gerilim büyüdü. En nihayetinde karşı karşıya gelen iki kardeşten Genji, abisi Hanzo tarafından öldüresiye dövüldü.
Overwatch’ın ve “Mercy” kod adıyla da bilinen becerikli Doktor Angela Ziegler’in müdahalesiyle ucu ucuna hayata tutunmayı başaran Genji, abisi Hanzo tarafındansa öldü bilindi. Daha sonraları Hanzo kardeşine yaptıkları için büyük pişmanlık duysa da, Genji o kadar da affedici olmayacaktı.
Hayatını borçlu olduğu Overwatch’a katılan Genji, burada vücudunun onarılamayacak kadar hasar görmüş parçalarını sibernetik olanlarla değiştirdi. Vücuduna eklenen parçalarla doğaüstü bir hız ve atletikliğe ulaştı ve zaten üst düzeyde olan ninjalık yeteneklerini daha da geliştirdi. Bu süreç boyunca kendisiyle yakından ilgilenen Dr. Angela Ziegler’le aralarında romantik bir ilişkinin de ilk tohumları atıldı. Overwatch’un daha karanlık ve gizli operasyonlarını yürüten Blackwatch takımına katılan Genji, burada -Shimada klanına karşı- klanının nüfuzu ve etkisini baltalayacak operasyonlara yön verdi. Operasyonlar, kardeşi Hanzo’nun duyduğu suçluluk duygusu sebebiyle klandan kopmasının ardından başarıya ulaştı ve Shimada suç imparatorluğu dağıldı.
Kendisini ölümün eşiğine getiren klandan intikamını almış olsa da Genji’nin içindeki çatışma ve uyumsuzluk devam ediyordu. Vücudunun sibernetik parçalarından nefret eden ve yaşayan bir silah haline gelmeyi kabullenemeyen Genji, iç huzurunu ve kimliğini bulabilmek adına Overwatch’tan ayrıldı. Yıllarca bir gezgin olarak dünyayı dolaşan genç Shimada’nın yolculukları onu Nepal’daki Shambali Manastırı’na götürdü. Burada omnik keşişlerin yanında bir süre kalan Genji, başta onların bilgeliğini kabul etmese de zaman içerisinde Zenyatta adındaki bir omnik keşişi akıl hocası olarak benimsedi. Omnik keşişin yol göstericiliği altında bedeninin robotik kısımlarını kabullenmeyi öğrenen Genji, bu sayede tekrar iç huzuru ve dengesini bulmayı başardı ve sayborg vücudunu bir lanet değil, özgün bir güç olarak görmeye başladı.
Hayatında ilk defa özgür hisseden Genji, Winston’ın eski Overwatch ajanlarına yolladığı çağrıyla birlikte Shambali Manastırı’ndaki eğitimine son verdi. Önce Japonya’ya dönerek abisi Hanzo’yu ziyaret etti. Hanamura’da, kardeşinin ölüm yıl dönümünde onu anmak için hazırlık yapan Hanzo başta Genji’yi tanımadı. İki kardeş bir kez daha dövüştüler ancak bu sefer galip gelen Shimada ailesinin gizli tekniklerinden olan ejderhaları kontrol eden Genji oldu. Kimliğini Hanzo’ya açıklayan Genji, yaptıkları için abisini affettiğini ve onun da artık kendisini affetmesi gerektiğini söyledi. Aynı zamanda dünyanın değiştiğini ve Hanzo’nun artık bir taraf seçmesi gerektiğini de ekledikten sonra ortadan kayboldu.
Bütün bu süreçte bir yandan hayatını borçlu olduğu Angela Ziegler’le mektuplaşmaya devam eden Genji, böylece tekrar Overwatch’un bir parçası oldu. Ancak nereden geldiğini de bir daha asla unutmadı. Bir zamanlar evi olarak bildiği Hanamura’yı, gerek Talon suikastçilerine gerekse de başka evrenlerden gelen iblislere karşı savunmaya hep ilk koşan kişi oldu.