2Evrimsel sınıflandırmada temel tanımlar Filogenetik çeşitli organizma grupları (örneğin türler veya topluluklar) arasındaki evrimsel ilişkinin araştırmasıdır. Bu ilişkiler filogeni olarak adlandırılır. Filogenetik terimi Yunanca kökenlidir, "kabile, ırk" anlamına gelen file veya filon ve doğumla ilişkili anlamındaki genetikos ("doğum" anlamında olan genesis kökünden gelir) terimlerinden türetilmiştir.İlgili bir kavram olan filogenez, bir biyolojik türün (veya bir organizmalar grubunun) evrimsel gelişimidir.Evrimsel hayat ağacının araştırılması için filogenetik analiz yöntemleri vazgeçilmez hâle gelmiştir.
5Filogenetik geçmişi belirlemek Filogenetik geçmişi çıkarsamakta canlılar arasında değişebilen özelliklerin benzeşimine ve farklılığına bakılır.Ortak bir atadan oluşmuş olan türler kümesi monofiletik grup (takson) olarak adlandırılır.
8Filogeniyi bulmada güçlükler Evrim hızının farklı olmasıHomoplasi: Bir özelliğin iki veya daha fazla kere birbirinden bağımsız bir biçimde evrimleşmesiHomoplasi benzeştirici (convergent) evrime yol açarEvrimsel geri dönüş
16Filogenetik Analizde Sorunlar Özellikleri ölçmek zordurHomoplasi çok yaygındırEvrim süreci çoğu zaman önceki evrimsel tarihe ait izleri silerBazı soy hatlarındaki ayrım hızının yüksekliği aralarındaki ilişkiyi anlamayı zorlaştırır