Son yapılan kazılara ve araştırmalara göre Afrodisyas’ta yerleşim Neolitik dönemlere kadar iner, Bronz ve Demir çağlarında yerleşim gelişerek varlığını sürdürür. Menderes nehri yerleşimin gelişmesinde çok önemli rol oynamıştır.
Afrodisyas ile ilişkin kalıntılar Arkaik ve Klasik dönemde Akropolisin yanındaki Tanrıça Tapınağının yapım aşamasının gelişmeler gösterdiğini belgelemektedir.
MÖ 2.yy da Romalıların Küçük Asya’yı işgal etmesi ile Afrodisyas tanrıça Afrodit sayesinde ün kazanmıştır ve MÖ 82 de Mithradatic savaşları sırasında Romalı Diktarör Sulla ve onun torunu Memmius Delphi’deki kahinden Karyalı Afrodit’i onurlandırmalarına yönelik bir tavsiye alınca ona hediye olarak altından taç ve çift başlı baltayı bu şehre göndermişlerdir.
Tiyatronun sahne binasının duvarlarında kent tarihine ilişkin birçok yazıt bulunurdu. Bunlardan biri Sezar tarafından Tanrıça Afrodit’e ithaf edilen Eros’un altın heykelini tanımlamaktadır. Afrodisyaslılara Octavian ve Antony tarafından sadakatlerinden ötürü bazı ayrıcalıklar tanınmıştı. Bunlara Afrodit kutsal alanına sığınma hakkının yanı sıra özgürlük ve vergiden muaflık da dahildir. Octavian Afrodisyaslı bir köle olan Zoilos’u azad ederek ona çok nazik davranmıştır ve Roma ile iyi ilişkiler sağlayabilmiştir.