CHP ve MHP'nin Cumhurbaşkanlığı seçimi için çatı aday olarak duyurduğu İslam İşbirliği Teşkilatı eski Genel Sekreteri Prof.Ekmeleddin İhsanoğlu, 3 Temmuz 2013'de Mısır'da askerin iktidarı ele almasını "darbe" olarak nitelendirmeyen ve gelişmelere karşı sessiz kalmaya tercih ederek, Başbakan Tayyip Erdoğan ve kurmaylarının açık hedefi haline gelmişti.
İslam Konferansı Genel Sekreterliği görevini yürüttüğü dönemde AKP iktidarıyla yakın ilişkiler içinde olan Ekmeleddin İhsanoğlu'nun Mısır'daki darbe sonrası yaklaşımı ile gerilen ilişkiler sonrası AKP Genel Başkan Yardımcısı Hüseyin Çelik, 17 Ağustos 2013'de Twitter’dan, “İhsanoğlu'nun ne iş yaptığını bilen var mı? Bu zat, darbeden sonra Mursi'yi suçlamıştı. İhsanoğlu'nun İİT Genel Sekreterliği’ne seçilmesi için Cumhurbaşkanımızın ve Başbakanımızın büyük çabalarını hatırladıkça ‘yazık’ diyorum. İİT böyle günlerde sesini yükseltmeyecek de ne zaman yükseltecek. Yoksa teşkilatta her kes parası kadar mı etkin? Yoksa (General Aldulfettah) Sisi'ye giden paralarla İİT'nin suskunluk kaynağı aynı mı? Danimarka'nın, Hollanda'nın sesi İİT'ndan daha gür çıkıyorsa bu ne iştir?” eleştirisini yöneltmişti.
Adalet Bakanı Bekir Bozdağ da o dönem İhsanoğlu'nun bu tavrını hedef alarak, “Ben İslam İşbirliği Teşkilatı Genel Sekreteri olsam, çıkardım derdim ki ‘bu zulüm karşısında İslam ülkelerini işbirliğine davet ediyorum’. Eğer işbirliğine yanaşmazlarsa çıkar derdim ki ‘ben İslam adına böylesi bir işbirliği teşkilatının böylesi zulüm karşısında sessiz kalmasının onursuzluğunu taşıyamam’. İstifamı basardım oradan ayrılırdım” ifadelerini kullanmıştı.
Daha sonra bir televizyon kanalına konuk olan İhsanoğlu hakkında yapılan ağır eleştirilere ilişkin şu açıklamaları yaptı:
"Mısır’da doğdum. Mısır’da yaşananlar vahşettir. Böylesi bir kıyımın karşısında insanın kalbi dağlanıyor ve tüm vicdanınızla reddediyorsunuz. Mısır’da doğmuş ve büyümüş biri olarak benim hislerim ortalama bir Türk vatandaşının hissiyatının çok ötesindedir. Zira ben Mısır’ı çok yakından tanıdım ve sevdim.
Devletler harekete geçmeli. Herkesin söylediğinden daha fazlasını söylemeye hakkı olan ama bu pozisyonda bulunan biri olarak müşterek bir karar olmadığı sürece açıklama yapmak için devletlerin konsensüsünü ve mekanizmaların harekete geçirilmesini beklemem lazımdır."