Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'ün, "Yüksek Askeri Şura kararlarını imzalamayacağını açıkladığı"nın yanısıra "emekli olan bir Genelkurmay Başkanı'na olağanüstü bir fiyatla özel bir aracın alındığı" yolundaki iddialar, Cumhurbaşkanlığı Basın Merkezi'nden yapılan açıklamayla yalanlandı. Açıklamada, iddialar hakkında, "gerçeği yansıtmadığı gibi iftiradır" denildi.
Silahlı Kuvvetleri zan altına sokan iddialardan üzüntü ve rahatsızlık duyulduğu dile getirilen Köşk açıklamasında, bu iddiaları, "kamuoyunda yanlış kanaatler oluşmasına yol açtığı" uyarısı da yapıldı. Köşk açıklamasında, YAŞ kararlarıyla ilgili iddialara ise özetle şöyle denildi:
"Bir siyasi parti grup başkanvekilinin, devlet kurumları arasındaki iyi ilişkileri kamu yararı ve hizmet gerekleri göz ardı ederek eleştirmesi ve Yüksek Askeri Şura'dan ihraç kararı çıkmamasını üzüntüyle karşılamasının sebebi anlaşılamamıştır. Bu çerçevede, Sayın Cumhurbaşkanımızın kararnameleri imzalama konusunda yerindelik denetimi yapmadığının bilinmesine rağmen, Yüksek Askeri Şura kararlarını imzalamayacağını açıkladığı yönündeki iddia gerçeği yansıtmamaktadır"