Sonraki sezon katıldığı UEFA Şampiyonlar Ligi'nde hiç puan alamayarak grup sonuncusu oldu. Türkiye 2 beraberlik ile grup sonuncusu olurken, elemelerin bitimiyle Denizli görevden ayrıldı. Mustafa Denizli, İtalya, Belçika ve İsveç'ten oluşan grupta 1 galibiyet, 1 beraberlik, 1 mağlubiyet alarak grup ikincisi olarak çeyrek finale çıktı. Fenerbahçe, Kosice takımından sonra ilk kez grup seviyesinde 0 puan alan takım oldu. İkinci yarı 25. haftaya kadar puan kaybı yaşamadılar. İkinci yarıdaki başarılı performans ile önce 13 Mayıs 2009 tarihinde Fenerbahçe ile oynanan maçta rakiplerini 4-2 yenerek Türkiye Kupası'nı kazandı. Süper Lig'de 3 büyük takım olan; Beşiktaş, Fenerbahçe ve Galatasaray'da şampiyonluk yaşayan tek teknik direktör. Üç büyük takım olan; Beşiktaş, Fenerbahçe ve Galatasaray'da şampiyonluk yaşayan tek teknik direktördür. Bir Türk takımı ile Şampiyon Kulüpler Kupası'nda yarı finale çıkan ilk ve tek teknik direktör. Sonraki sene Kupa Galipleri Kupası'nda ilk turda Norveç ekibi Lyn Oslo'ya elenirken, deplasmanda 4-1 yenildikleri maçta takımın tek golünü attı. 1992-93 Kupa Galipleri Kupası'nda çeyrek finale yükseldi. Denizli'li Beşiktaş ilk maçını Gençlerbirliği karşısında 3-1 kazandı ve liderliğe yükseldi. 30 Nisan 1997'de Belçika'ya Türkiye'de 3-1 yenildikten sonra soyunma odasına giderken, Amigo Orhan, Mustafa Denizli'ye kafa atmıştı. Fenerbahçe'ye Süper Lig'te şampiyonluk kazandıran ilk yerli teknik direktör Mustafa Denizli.
Beşiktaş'a Süper Lig'te şampiyonluk kazandıran ilk yerli teknik direktör Mustafa Denizli. Mustafa Denizli 1977'de Türkiye Millî Futbol Takımı forması giymeye başladı. 1987'de Galatasaray'ın yardımcı teknik direktörlüğünü yaparken Coşkun Özarı'nın yerine Türkiye Millî Futbol Takımı teknik direktörlüğüne atandı. Kariyeri boyunca İstanbul kulüplerinin transfer tekliflerini İzmir'den ayrılmamak için daima geri çevirse de, futbol hayatının son yıllarında fikir değiştirdi ve Temmuz 1983'te Galatasaray'a transfer oldu. 24 Eylül 1980'de İzlanda ile oynanan maç son millî maçı oldu. İlk maçı olan 6 Nisan 1977'de Finlandiya ile oynanan hazırlık maçında ilk golünü kaydetti. İkinci maçı olan 25 Mart 1987'de Doğu Almanya ile oynanan hazırlık maçında alınan 2-1'lik galibiyet Denizli'nin ilk galibiyeti oldu. 4 Mart 1987'de Romanya ile oynanan özel maç ilk maçı oldu. İkinci İngiltere maçı ise hezimet oldu ve 3 yıl önceki gibi yine 8-0 kaybedildi. Bir sene sonra ise kadroda yer almaya başladı. İzmir'de Altay kulübünde 1965 yılında profesyonel olup 18 sene futbolculuk yapmıştır.
1980 yılında 12 gol ile ligin en çok gol atan oyuncusu olmuştur. 1949 yılında Çeşme, İzmir'de doğdu. Denizli, 2005-06 sezonuna takımının başında başladı. Bu sonuç günümeze kadar bir Türk takımının Avrupada lig şampiyonları bazında aldığı en iyi sonuçtur. Türkiye Süper Ligi'nin gelmiş geçmiş en iyi sol ayaklı futbolcularınan birisiydi. Sezona iyi başlayamayan Beşiktaş, ilk yarının ortalarında bir seri yakalasa da ilk yarıyı yine kötü bitirdi. Sezona çok kötü başlayıp bir ara 15.liği gördüler. Sezona kötü başlayan Denizli ve takımı, geçen senenin şampiyonu Şampiyonlar Ligi'ne katılacak ikinci takımı belirleyecek play-off'larda Sepahan takımına penaltılarla elendiler. Çekişmeli geçen ligin sonunda Manisaspor 4. olup, Süper Lig'e çıkamayınca yönetim ve Denizli yollarını ayırdı. 2003 Mayıs'ında Denizli, TFF 1. Lig takımlarından Vestel Manisaspor ile anlaştığını açıkladı. Şampiyonluk mücadelesi devam ederken, 5 hafta kala Denizli, yönetimle anlaşamayıp görevi bıraktığını söyledi. 20 Ocak 2013'te Gaziantep Belediyespor galibiyeti ile Rizespor kariyerine başlayan Denizli, takımını 28 Nisan'da MKE Ankaragücü galibiyeti ile ligin bitimine 2 hafta kala Süper Lig'e çıkarmayı başarmıştır. 15 hafta sonunda 11. olan takımı alan Denizli, ilk maçında Berg-e Şiraz takımına karşı 5-1'lik galibiyet aldı.
Ancak daha sonra toparlayan takım, son haftaya rakiplerinin puan kaybetmesi ile şampiyon olacaktı ancak son hafta rakipleri puan kaybetmeyince Persepolis, lig üçüncüsü oldu. Denizli, böylece Galatasaray'dan sonra bir başka büyük takım olan Fenerbahçe'yi de şampiyon yapıyordu. EURO 1996'dan sonra Fatih Terim'in Galatasaray'a geçmesi ile, Mustafa Denizli Kocaelispor'u bırakıp millî takımı yönetmeye başladı. Maçtan sonra kendisini eleştirenlere "İçimizdeki İrlandalılar" olarak seslendi. Galatasaray çok başarılı bir sezon geçirdi ve Denizli, ilk sezonunda şampiyonluk yaşadı. Ancak sakatlığı yüzünden pek forma şansı bulamadı ve son sezonunda kariyerini sonlandırdı. Sezonun son maçında ise Denizli yönetimindeki Beşiktaş, Denizlispor'u 2-1 yenerek 13. Şampiyonluğunu ilan etti. Denizli'nin ilk eleme maçında daha önce iki maç yapıp 8-0 ve 5-0 yenildiğimiz İngiltere ile Türkiye'de oynandı. Rövanş maçında taktikleri tribünden vermek zorunda kalan Denizli'nin takımı maçı 5-0 kazandı. 1 Ağustos 1983'te Bursaspor ile oynanan hazırlık maçında forma giyerek Galatasaray taraftarının karşısına ilk kez çıktı. 14 Ağustos 1996'da Moldova ile oynanan hazırlık maçı ile Denizli dönemi başladı. 8 Aralık 1984'te Zoguldakspor ile oynanan bir maçta Derwall'in hastalığı nedeniyle takımı yönetti. Ayrıca ilk yarıda sonucundaki kötü tablo nedeniyle suçlanan Denizli, "26. haftayı bekleyin" demişti. 10 haftada sadece bir galibiyet alan Aachen bu maçta rakibini 5-1 yendi ve Denizli, Alman basının gündemine oturdu. Toplamda 10 maçta forma giydi.