Bazı bakteriler fermantasyon yapma yeteneğine sahip organizmalardır. Fermantasyon oksijensiz ortamda meydana gelen bir olaydır. Fermantasyon olayında bakteriler, çeşitli karbonhidratları kullanarak sonuçta önemi olan bazı ekonomik ürünler oluşturur.
Örneğin Lactobacillus bulgaricus (Laktobasillus bulgarikus) bakterisi yoğurt yapımında, Lactococcus (Laktokokus) ve Leuconostoc (Lökonostok) bakterisi ise kefir yapımında kullanılmaktadır. Bu bakteriler, fermantasyon olayında sütün yapısındaki laktozu besin olarak tüketerek yoğurt ve kefirin oluşmasını sağlar. Turşu laktik asit bakterisinin, sirke ise Acetobacter aceti (Asetobakter aseti) adlı bakterinin fermantasyon ürünüdür. Etil alkol ise Saccharomyces cerevisiae (Sakkaromises kerevizia) adlı maya maya mantarı tarafından üretilir.
Bazı bakteriler petrol nedeniyle kirlenmiş ortamların temizlenmesini de sağlamaktadır. Bu şekilde gerçekleştirilen biyolojik arıtım olayına biyoremediasyon denir. Atık suların arıtımını sağlamak için arıtım tesislerinde bakteriler, atık maddelerin bulunduğu havuza karıştırılır.
Bakteriler, atık maddelerin yapısında bulunan ve kirliliğe neden olan organik maddeleri besin olarak kullandığı için arıtım sağlanmış olur. Çürükçül (ayrıştırıcı) bakteriler, ölü organizmaların ve organizma atıklarının yapısındaki organik bileşikleri parçalayarak inorganik bileşiklere dönüştürür. Bu ayrışma sonunda canlıların dokusundaki organik ve inorganik maddeler, toprağın yapısına kazandırılmış olur. Böylece doğada organik madde ve inorganik madde arasındaki denge sağlanır. Çürükçül bakteriler, bu şekilde organik ve inorganik madde bakımından çok zengin olan humuslu toprakların oluşmasını sağlar. Bu toprakların su tutma kapasitesi, diğer toprak tiplerine göre daha iyi olduğu için humuslu topraklardan tarımsal anlamda daha fazla verim elde edilir.
Biyoteknolojinin de gelişmesiyle birlikte bakteriler; biyokimya, moleküler biyoloji ve genetik gibi alanlarda sıklıkla kullanılmaktadır. Bakterilerin sitoplazmasında zincir hâlindeki DNA molekülünün dışında plazmit adı verilen halkasal DNA’lar bulunur. Plazmitler özellikle bir canlıdan diğerine gen aktarımında kullanılır. Buna örnek olarak Escherichia coli (Eşerişiya koli) bakterisi verilebilir.
Mantarlar da gıda ve fermantasyon endüstrisi ile çeşitli tipte ilaçların yapımında da kullanılan canlılardır. Çeşitli antibiyotikler, ilaç formundaki steroit hormonlar ve birçok vitaminmantarlardan elde edilmektedir. Örneğin Penicillium chrysogenum (Penisilliyum kırizogenum) mantarının ürettiği penisilin adlı antibiyotik, insanlarda ve hayvanlarda bakteriyel hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır. Son zamanlarda mantarlar, kanser tedavisinde de kullanılmaya başlanmıştır. Bakteriler gibi mantarlar da peynir, ilaç ve ekmek yapımında kullanılır. Penicillium candidum (Penisilliyum kandidum) peynir yapımında kullanılan mantarlara örnek teşkil eder. Bunun dışında şapkalı mantarlar, eski çağlardan beri tüketilen önemli bir gıda maddesidir. Şapkalı mantarlar özellikle protein, vitamin ve bazı mineral maddeler (kalsiyum, demir, fosfor, potasyum ve bakır gibi) yönünden zengin olduğundan sağlıklı beslenme için vazgeçilmez bir unsurdur.
Yenilebilir yabani mantarların çoğu kültür formlarından daha lezzetlidir. Fakat zehirli formları vardır. Zehirli ile zehirsiz mantar formlarını birbirinden ayıracak kesin kurallar yoktur. Mantarların kültüre alınarak üretilmesi ise 17. yüzyılın ilk yarısında başlamıştır. Kültür mantarları laboratuvar şartlarında kolayca yetiştirilebilir. Bu mantarlar; nemli ve karanlık ortamlarda, gübre ve saman karışımında kolayca yetiştirilen ve zehirleme tehlikesi olmayan önemli bir besin kaynağıdır