Daha sonra İstanbul 13’üncü Ağır Ceza Mahkemesi’ne sevkedilen 3 subay tutuklandı. Şüpheli olarak ifadesi alınan 3 subaya Balyoz davası sanıklarını tanıyıp tanımadıkları soruldu. Balyoz soruşturması kapsamında Eskişehir’deki evinde 21 Şubat 2011 günü arama yapılan emekli Albay Büyük, İstanbul 13’üncü Ağır Ceza Mahkemesi’nce tutuklanmıştı. Emniyete gelen bir ihbar sonucu Hakan Büyük’ün Eskişehir’deki evinde yapılan aramada ele geçirilen belgeler, Balyoz Planı’na ilişkin bilgiler içermesi dolayısıyla, aynı konuda yargılama yapan İstanbul 10’uncu Ağır Ceza Mahkemesine gönderilmişti. Eskişehir’de ele geçirilen belgelerin Balyoz davası dosyasındaki belgeler ile Gölcük Donanma Komutanlığı’nda yapılan aramalarda ele geçirilen belgeleri teyit eder nitelikte olduğu öne sürülmüştü.