Muhteşem Yüzyılda yeni sezon büyük sürprizlerle başlıyor.
Hürrem Sultanın idaresinde haremde yeni bir hayat kuruluyor. Haticenin boşanma kararı sarayda adeta bomba etkisi yaratıyor. Hürrem ve Hatice arasında ipler iyiden iyiye geriliyor. Şehzade Mustafa, Manisa sancakbeyi olarak nasıl bir hükümdar olacağının ilk emarelerini veriyor.
Hatice, İbrahimin yarattığı hayal kırıklığını Süleymanla paylaşırken, Hürrem haremin iktidarını ele geçirmenin keyfini sürmeye başlamıştır. Hürrem gelecek tepkilere aldırmadan Valide Sultanın dairesine taşınmaya karar verir. Hatice ise Hürremin yükselişini engellemek için yeni planlar peşindedir.
İbrahim, doğu seferi için yola koyulurken, gizli düşmanı İskender Çelebi sefer boyunca başına bela olmaya devam edecektir. Sultan Süleyman ise İbrahimin yokluğunda Rüstem Ağa ile yoldaşlık eder. Rüstem Ağa haremle de yakın ilişkiler kurmakta gecikmez.
Cezayir Beylerbeyi Hızır Reis, Süleymanın çağrısıyla İstanbula gelir. Nam-ı diğer Barbarosun gelişi hem şehirde, hem de sarayda büyük coşkuya neden olur. Hızır Reisin yanında getirdiği cariyeler arasında öyle biri vardır ki... Haremin bütün dengelerini altüst etmeye adaydır...
Hatice Sultan, yaşadığı ihanetin acısıyla Nigar kalfayla ilgili sert bir karar verir. İbrahimin ise Nigar hakkında başka bir hazırlığı vardır. İbrahim çıktığı zorlu seferde pusuya düşürülür... Şehzade Mustafa Manisa sancağına ulaşır. Geldiği andan itibaren bir hükümdar olarak gücünü sergilemekten çekinmez.