Felsefe Bölümü lisansüstü çalışmalarını sürdürmek isteyen öğrenciler için 2001 yılından itibaren Yüksek Lisans ve 2006 yılından itibaren ise doktora programları sunmaktadır.Lisans derecesine sahip adaylar yüksek lisans programına, yüksek lisans derecesine sahip adaylar da doktora programına başvurabilirler. Felsefe dışında bir bölümden lisans derecesi almış adaylar isebilimsel hazırlık programını tamamlamak şartıyla lisansüstü programlara kabul edilebilirler.
Yüksek lisansprogramını başarıyla tamamlamak için gerekli olan şartlar ders aşaması ve tez aşaması olmak üzere iki kısımdan oluşmaktadır. Öğrenciler programın dersaşamasında yedi seçmeli ders alarak ders dönemini tamamlarlar. Ders dönemini başarıyla tamamlayan öğrenciler tez aşamasına geçmeye hak kazanırlar. Tez aşamasınıbaşarıyla tamamlayan öğrenciler uzman (M.A.) derecesini almaya hak kazanarak programdan mezun olurlar.
Doktora programını başarıyla tamamlamak için gerekli olan şartlar da iki aşamadan oluşmaktadır. Programın ilk aşamasında sekiz seçmeli ders alarak ders dönemini tamamlarlar. Ders dönemini başarıyla tamamlayan öğrenciler tez aşamasına geçmeye hak kazanırlar. Tez dönemini başarıyla tamamlayan öğrenciler doktor (Ph.D.) derecesini almaya hak kazanarak programdan mezun olurlar.
Lisansüstü dersler her iki programa kayıtlı öğrenciler için bahar ve güz yarıyıllarındaaçılmaktadır. Öğrencilerin mezun olabilmeleri için ders döneminde Felsefe Tarihi, Sistematik Felsefe ve Etik-Estetik-Siyaset gruplarından en az bir ders almaları gerekmektedir.Bununla beraber her dönem öğrencilerin farklı ilgi alanlarına yönelik lisansüstü dersler de açılmaktadır.