Genel anlamıyla Misyon; bir kişiye , bir şey yapmak üzere verilmiş olan özel görev, yetki olarak tanımlanmaktadır. Dini terim olarak Hıristiyan kiliselerinin Hıristiyan olmayan ülkelerde bu dini yaymak için kurdukları kurumlara “misyon”, bunları idare eden din adamlarına da “misyoner” denilmektedir. Misyonerler gittikleri yerlerde bağlı bulundukları mezhebin bir kilisesini kurarlar, halkı bu kiliselere toplayarak Hıristiyanlığı aşılamaya çalışırlar, onlardan elde etmiş oldukları gelirle geçinirler, fazlasını da merkezlerine gönderirler.
Misyonerler Osmanlı topraklarına bilhassa büyük ilgi göstermişlerdir. Bunun en önemli nedeni, Osmanlı Devleti’nin Batı’nın sömürgeci amaçlarına ulaşmada en büyük engel olmasıdır. Bu engelin ortadan kaldırılması için mi,syonerler önemli rol oynamıştır. Bilhassa Katolik ve Protestan misyonerler, Osmanlı topraklarında Hıristiyan dinini yayma faaliyetleri altında dinî ve etnik ayrımcılık yaparak ve istihbarat sağlayarak işgalci güçlere ciddi destek vermişlerdir.
Misyonerler faaliyete ilk başladıklarında Osmanlı topraklarında Müslümanlar arasında hiçbir başarı elde edememiş, kendilerine fazla taraftar bulamamışlardır. Bundan dolayı Hıristiyan azınlıklara yönelmişler, her misyoner grup Hıristiyan azınlıkları kendi mezheplerine çekerek onları kazanmaya çalışmışlardır.
Misyonerlerin Osmanlı coğrafyasına ilgi duymasının dört ana sebebi şudur:
1- Dinî sebep: Hıristiyanlığın ortaya çıktığı, Hz. İsa’ın ve havarilerin yaşadığı ve ilk Hıristiyanların faaliyet gösterdikleri toprakların Osmanlı sınırları içerisinde yer alması.
2- Tarihî Sebep: Hıristiyanlar Osmanlı topraklarını kendilerine ait olarak görmesi.
3- Siyasi Sebep: Türklerin Orta Asya’ya geri sürülmeleri meselesidir.
4- Ekonomik Sebep: Sanayileşmiş olan ve hammadde ihtiyacı olan Batı ülkelerinin kendilerine pazar bulmaları gereklidir.
Osmanlı Devleti’nin gerilemesini zirveye çıktığı 19. yüzyıl, misyonerlerin altın çağı olmuştur. Kapitülasyonlar,1839 yılındaki Tanzimat Fermanı, 1850 yılında Protestanların ayrı bir millet olarak kabul edilmeleri ve 1856 yılında Islahat Fermanı ile misyonerlerin çalışma şartları daha çok kolaylaşmıştır.
Osmanlı topraklarına ilk gelmiş olan misyonerler Katoliklerdir. Bunların misyonerlik faaliyetlerinin başlangıcı 16. yüzyıla kadar uzanmaktadır. Fransız ve Cizvit tarikatı üyesi olan misyonerler gerek Hıristiyanlığı yaymak ve gerekse İstanbul’daki azınlıkların eğitimi ile ilgilenmek için bölgeye gelmişlerdir. Bu amaç doğrultusunda St. Benoit, St. Joseph, St. Michel ve Notre Dame de Sion gibi okullar açmışlardır.
Osmanlı topraklarındaki Protestan misyonerlerin faaliyetlerinin başlangıcı ise 17. yüzyıldır. En önemli Protestan okullarıın İstanbul ve Beyrut’ta açıldığı görülmektedir. Bu okullardan Robert Koleji, 1863 yılında Cyrus Hamlin adlı bir misyoner tarafından açılmıştır. Osmanlı’da misyonerlik faaliyetleri kiliseler, hastaneler ve halkın içine herhangi bir yolla girmiş olan Müslüman kılıklı papazlar ile yapılamaktaydı.İngilizler, Müslüman memleketlerde Hıristiyan kültürünü yaymak için özel olarak yetiştirilmiş elemanlar hazırlamışlardır. Bu kurumlarda yetişmiş bir İngiliz misyoneri misyonerlerin çocukken hizmete alındığını, yapacakları vazifeye göre ilmen, ahlaken ve fikren yetiştirildiğini belirtmiştir.
Kafkaslar’dan Orta Asya’ya, Afrika’dan Ortadoğu’ya, varıncaya kadar İslam coğrafyasının oldukça geniş bir kısmı üzerinde uzun yıllardan beri yoğun bir misyonerlik faaliyetleri yapılmaktadır. Bazı kaynaklar İslam ülkeleri genelinde 100 bin kadar misyonerin Müslümanları Hıristiyanlaştırmaya çabaladığı belirtmektedir.
1982-2001 yılları arasında bölgedeki misyonerlerin sayısının 15 binden 27 bine çıktığı ve bu gelişmenin Müslümanlarla Hıristiyanları karşı karşıya getirecek büyük bir çatışmanın sinyalleri olduğu bazı uzmanlar tarafından ifade edilmiştir.
Hıristiyan dininin yayılmasında en çok üzerinde durulan müesseselerden biri de hastanelerdir. Özellikle büyük savaşta, harbin getirdiği sefalet ve hastalıklara maruz kalan halk üzerinde bu hastanelerin büyük etkisi olmuştur. Hastaneler İncil öğretiminin öncüleridir. Hastanelerin dışında laik kültür kurumları olan kolejlerdeki eğitimde de aynı propaganda faaliyeti yürütülmektedir.
Amerika’nın en güçlü misyoner örgütü olan American Board 1818 yılında Hırıtiyanlığın çıkış noktası olan Orta Doğu’yu programına almıştır. Anadolu ve Rumeli- Amerika’nın en büyük misyoner örgütü olan American Board’un iki genç temsilci Pliny Fisk ve Levi Parsons, şubat 1819 yılında İzmir rıhtımından Osmanlı topraklarına ayak basmışlardır. Andover Misyonerlik Koleji’nde bu önemli görev için uzun yıllar eğitilen bu iki öncü misyonerin bölgede önemli çalışmalar yaptığı tespit edilmiştir.
Osmanlı ülkesinde Amerikalı misyonerler ilk kalıcı merkezi 1831 yılında İstanbul’da Ermeniler’e yönelik faaliyette bulunmak üzere açarken , ilk Amerikan Misyoner Okulu da 1834 yılında İstanbul Beyoğlu’nda Ermeni çocuklar için açılmıştır. Bu nedenle de misyonerlere ilk ciddi tepki İstanbul’daki Ermeni Patrikhanesi’nden gelmiştir. İngilizlerin de büyük desteği ile misyonerler İstanbul’dan sonra Antep, İzmir, Merzifon ve Maraş’ta Ermeniler’e yönelik eğitim müesseseleri kurmuşlar ve hatta Harput’ta kurdukları koleje “Ermeni Koleji” ismini vermekten bile çekinmemişlerdir. Ancak bölgedeki Müslüman Türk halkının tepkisi ve Sultan II.Abdülhamid’in basireti nedeniyle bu isim “Fırat Koleji” olarak değiştirilmiştir.
Osmanlı İmparatorluğu topraklarına yerleşen Protestan misyonerlerin hedefi olan Ermeniler’in dini, kültürel ve sağlık konularına eğilmişler, bu toplumu kendi kiliselerine çekebilmek için son derece görkemli tapınaklar , okullar ve hastaneler açmışlardır. Okullardaki eğitim ve öğretimin yanı sıra beden terbiyesi ve izcilik gibi faaliyetlerle de gençleri birer araç olarak kullanmışlardır.
1904 yılında Pontus Rum Cemiyeti’ni kurmuş olan Rumlar, Karadeniz’de faaliyetlerini arttırmışlardır. Mukaddes Anadolu Rum Cemiyeti adında bir cemiyet kurmuşlardır. Birinci Dünya Savaşı esnasında ve sonrasında misyonerik faaliyetleri gerek okullar ve gerekse sağlık kurumları vasıtası ile sürdürülmüştür.