Günün birinde, 15 farklı öğrenci özel bir okulda gözlerini açar. Buraya nasıl geldiklerini ve neden burada olduklarını bilmeyen gençler Monokuma isimli oyuncak bir ayının talimatlarını dinlemek zorunda kalırlar. Monokuma, bu gençlere mezuniyet için gerekli tek bir şart bulunduğunu söyler: Öğrencilerden birini öldürmek ve yakalanmamak. Yakalanan kişi ise kurbanla aynı kaderi paylaşacaklardır.
Sonuna 'The Animation' takısı almış oyun uyarlamalarının (Persona 4, Devil Survivor 2 vb.) son örneği olan Danganronpa tipik bir "Katil Kim?" disiplini. Her bölümde birbirlerini öldüren gençlerin, içlerindeki katili bulma arayışları serinin 13 bölümlük süresi boyunca interaktif bir yapı oluşturarak seyirciyi de öğrencilerden birine dönüştürmeye gayret ediyor. Bir cinayetin ardından yürütülen mahkeme sürecinde seyirci de ipuçlarından faydalanarak gerçeği aydınlatmaya çalışıyor.
Kilitli oda cinayeti, cesedin taşınması, ölüm zamanının saptırılması gibi klasikleşmiş hafiyelik edebiyatı özelliklerinden beslenen seri, cinayetleri ve mahkeme etaplarını farklı bölümlere ayırarak seyirciye de düşünmek için 1 haftalık zaman sunmuş oluyor; dolayısıyla Danganronpa'nın pek de maratona müsait bir anime olmadığını söylemek zor değil.
Öte yandan, Danganronpa'nın her ne kadar interaktif bir yapı kurmuş olsa da seyirciye yardımcı olduğunu iddia etmek de güç. İpuçlarını duruşma sürecinde birleştiren karakterler çok hızlı bir şekilde yeni gerçeklere ulaşırken seyircinin bu tempoya ayak uydurması neredeyse imkansız. Tüm ipuçları tek seferde paylaşılmayıp duruşma sırasında tek tek açıklandıkları için -doğal olarak- bir söz hakkı bulunmayan seyirci tamamen edilgen bir konuma düşüyor.
Tüm bu cinayet bulmacalarının yanında Danganronpa'yı diğer oyun uyarlamalarından farklı kılan özellik ise yarattığı -görünürde- fantastik atmosferin aslında son derece gerçekçi olması. Abartılı saçlara sahip olmak dışında karakterleri öne çıkaran tek özellikleri yüksek zekaları. Katili bulmaya çalışırken (ya da cinayeti işlerken) ortaya koydukları zekaları zaten kalabalık olan kadrodaki bu karakterleri ayrı birer kahramana dönüştürüyor.
Ayrıca, Danganronpa bu gerçekçi üslubu yalnızca cinayetlerin aydınlatılmasında kullanmayarak kendine yeni bir pencere daha açıyor. Okula kısılıp kalmış ve dışarıda nelerin yaşandığından bihaber olan bu karakterler üzerinden umut-umutsuzluk kavramlarına yönelen seri, kendi çehresine uyguladığı post-apokaliptik ve fantastik sayılabilecek makyajın altında aslında ne kadar çağdaş bir eleştiri yattığını finaliyle birlikte kanıtlamış oluyor.
Persona 4 ve Devil Survivor 2'yi de yönetmiş Kishi Seiji'nin farklı animasyon (infaz sekanslarındaki stop-motionvari CGI) ve çerçevelendirme tekniklerine (cinayetlerin canlandırılmasında kullanılan çizgi roman görünümü) yer verdiği Danganronpa yönetmenin kariyeri için de sanki bir çekirgeyi andırıyor. İki kez elinden kaçırdığı uyarlama başarısını nihayet yakalayan Seiji sayesinde Danganronpa hem oyunculara hem de izleyicilere hitap eden bir seri olarak sonlanıyor.