Caminin önündeki son cemaat yeri birbirlerine yuvarlak kemerlerle bağlanan altı sütunun taşıdığı beş kubbe ile örtülüdür. Son cemaat yerindeki 1573 tarihli Arapça bir kitabede;
“Bu mescid-i şerifi ve cami-i mürifi uluların kahramanı; Arap Acem ve Rum’un hakanı Süleyman Han oğlu Sultan Selim’in Allah hilafetini kıyamet gününe kadar muhalefet etsin. Saltanat günlerinde büyük emir Murad Paşa Allah istediğini kolay kılsın. Allah bunu kendisinden hüsnü kabul ile kabul buyursun. 981 senesinde yapıldı” yazılıdır.
Kare planlı caminin ibadet mekanını köşelerde tromplar bulunan mukarnaslı 6 sütunun taşıdığı merkezi bir kubbe örtmektedir. Kubbe kasnağında 12 pencere ve altında da bir ayet çepeçevre dolaşmaktadır. Kubbe tromp ve kemerleri XIX.yüzyılda alçı üzerine yağlı boya Avrupa üslubunda çiçek ve yaprak motifleri ile bezenmiştir. Caminin dikdörtgen bir niş içerisine alınmış mihrabı taştan ve mukarnas süslemelidir. Ayrıca ahşap mimberi ve pencere kapakları Osmanlı ahşap işçiliğinin en güzel örnekleri arasındadır.
Caminin sağında tek şerefeli taş kaideli minaresi bulunmaktadır.
Camiyi yaptıran Kuyucu Murad Paşa İstanbul Şehzadebaşı’ndaki Kalenderhane Camisi’nin karşısında gömülüdür.