Erzurum’un 58 km doğusunda olup tarihi ipek yolu üzerinde olan ilçemiz, İlhanlı Emiri Çoban Noyan tarafından yaptırılan tarihi Çobandede Köprüsünü sınırları içerisinde bulundurduğundan “Köprüköy” adı ilçeye layık görülmüştür.
Türkler acısından Köprüköy İlçesinin tarihi 1071 Malazgirt savaşı öncesine kadar uzar. Bugün için sınırları içerisinde bulunan Avnik (Güzelhisar) Kalesinin stratejik önemi çok büyüktür. 1054-1055 yıllarında Türk Boylarının Anadolu’ ya ilk fetih hareketlerinin başladığı sıralarda Avnik Kalesinde bulunan Bizans yöneticileri İslamiyetle tanışmışlar ve İslamiyeti kabul etmeleri neticesinde kendilerine bağlı 27 pare köyü Türklere satmışlardır.
Türkler tarafından satın alınan bu köylerden bir tanesi de Köprüköy’dür. 1829′da Rusların Erzurum’u işgal etmeleri ile Rus işgaline girmiş olan Köprüköy ermeni katliamlarına da uğramıştır. Ermeni katliamına ait bir toplu mezar bulunmaktadır.
Köprüköy 1964’te 26 köy bağlanarak nahiye merkezi oldu.2 Haziran 1972’de belediyelik, 16 Mayıs 1990’ da 38 köy 1 belde bağlanarak 36317 sayılı kanunla ilçe olmuştur.