5. Dünya Su Forumu Sekretaryası; anlaşmalara uygun olarak TBMM Genel Kurulunda, 2009 yılı Mart ayında İstanbul'da yapılacak olan forum hazırlıklarını ve forumla ilgili bütün işleri yapacak ve yaptıracak. Forum Sekretaryası, özel hukuk hükümlerine tabi tüzel kişiliğe sahip olacak.
Organizasyon için Çevre ve Orman Bakanlığı, Devlet Su İşleri (DSİ), İstanbul Büyükşehir Belediyesi ile İstanbul Su ve Kanalizasyon İdaresinin (İSKİ) bütçelerine konulan ödenekler, Forum Sekretaryası hesabına aktarılacak.
Forum Genel Sekreterinin talebi üzerine, sekretarya ile kamu kurum ve kuruluşlarının yapacağı alım, satım ve ihale işleri, Devlet İhale Kanunu, Kamu İhale Sözleşmeleri Kanunu ve Sayıştay Kanunu hükümlerine tabi olmayacak.
Organizasyon kapsamındaki bütün iş, işlem ve harcamalar, Başbakanlık Yüksek Denetleme Kurulunun denetimine tabi olacak.
Forumla ilgili yapılacak her türlü mal ve hizmet alımları, kiralama, yapım ve ihale işlerine KDV uygulanmayacak.