Salmonella enfeksiyonlarında Mikrobiyolojik tanı
Salmonella enfeksiyonlarında kesin tanı mikrobiyolojik inceleme ile konur. Kültür tanıda „altın standart‟tır.
Bakterinin izolasyonu kesin tanı koydurucudur ve izolatın hastalığın kaynağına dair yapılacak epidemiyolojik araştırma için büyük önemi vardır. Kültürün duyarlılığı -enfeksiyonun evresi, antibiyotik tedavisi, örneğin seçimi, hastanın örnek verme konusunda uyumu, örnekte bulunan
bakteri miktarı, laboratuvarın deneyimi, uygun besiyerlerinin kullanımı gibi- pek çok faktörden etkilenebilir.
„Non-tifoidal‟ Salmonella enfeksiyonlarının tanısı, diğer enterik patojenler için de geçerli olduğu gibi daima, benzer tablolara neden olabilecek etkenlerin tanısı ile birlikte düşünülmelidir. Bazı durumlarda aynı epidemiyolojik kaynaktan köken alan diğer patojenlerin de Salmonella ile birlikte bireyi enfekte etmiş olabilecekleri ve aynı anda tanımlanabilecekleri hatırlanmalıdır.
Mikrobiyoloji laboratuvarları bulundukları coğrafi bölgede sık rastlanan patojen etkenlere uygun yöntemleri gözden geçirir ve uygularlar; rutin amaçlar için ve salgın ya da diğer özel durumlar için olmak üzere tanı setleri oluştururlar. Mevcut epidemiyolojik göstergeler, özellikle son yıllarda, başta hızlı gıda sektörü olmak üzere kanatlı kümes hayvanları tüketiminin büyük artış göstermesine paralel olarak Campylobacter enfeksiyonlarının üst sıralara çıktığına işaret etmektedir ve bu nedenle akut gastroenteritler için standart (rutin) tanı setinde Salmonella spp, Shigella spp ve Campylobacter spp birlikte yer almaktadır.
Ülkemizdeki bütün klinik mikrobiyoloji laboratuvarları da - hasta yönetimi ve epidemiyolojik açıdan maksimum yarar göz önüne alındığındaakut ishal yakınması ile başvuran bütün dışkı örneklerine asgari bu patojenlerin tanısı için gerekli teknikleri uygulamalıdırlar.
Akut gastroenterit tanısı için dışkı örneklerinin zenginleştirme besiyerine ekimi önerilmemektedir. Zenginleştirme amacı ile Selenite-F veya GN sıvı besiyerine ekimlerin yalnızca temaslı veya taşıyıcı araştırmalarında (kreş-bakımevi, gıda sektörü gibi özel alan personelinden örnek alınmasında) uygulanması önerilir. Selenit-F‟in bazı Shigella suşlarını inhibe olasılığı olduğu hatırlanmalıdır.
Akut gastroenterit tanısı için dışkı örnekleri doğrudan kültür besiyerlerine ekilir. Kültür için koyun kanlı agar gibi bir genel besiyerinin yanısıra seçici/ayırt ettirici özellikte besiyerleri kullanılır. MacConkey agar (MAC) içerdiği kristal viyole ve safra tuzları ile gram pozitif mikroorganizmaları baskılayan, Yersinia spp dahil gram negatif enterik patojenlerin ise iyi üremesine ve koloni görünümleri ile ayırt edilmesine izin veren düşük seçici özellikte bir besiyeridir. Hem Shigella hem de Salmonella izolasyonu için daha yüksek seçicilikte besiyerleri olarak XLD, DCA, SS ve HE sayılabilir. S. dysenteriae serotip 1 üremesini baskılama olasılığı nedeniyle SS agarın seçici besiyeri olarak tek başına kullanılmaması önerilir.
Kültürde üreme sonucu bakterinin biyokimyasal tanımlaması ve takiben uygun polivalan ve/veya monovalan antiserumlarla serogrup/serotip tayini için lam aglütinasyon testi yapılır. Kauffmann-White şeması üzerinden bakterinin O (somatik), Vi (kapsüler) ve H (flajel) antijenleri formülize edilir ve serogrup/serotip tayin edilir. En sık izole edilen Salmonella serotipleri ve enterik ateşe neden olan Salmonella serotipleri ise Tablo 2‟de sunulmaktadır.
Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarının rapor verebilmesi için fenotipik bakteri tanımlaması ve O grup antiserumu ile Salmonella serogruplandırması yeterlidir. İleri düzeyde serotip tayini halk sağlığı sürveyansı kapsamında olup, izolatlar ulusal referans laboratuvara gönderilir.
Komplike olmamış Salmonella gastroenteritlerinde antimikrobiyal tedavi önerilmez ve fekal izolatların rutin duyarlılık testleri tedavi amacına yönelik yapılmaz! Bununla birlikte antimikrobiyal direnç paternlerinin bilinmesi sürveyans amaçları için değerlidir ve Salmonella izolatları arasında antimikrobiyal direncin gelişimi ve yayılımını izlemek için periyodik olarak yapılabilir.
Komplike olmuş, invazyon göstermiş Salmonella spp olguları ve tifo olgularında (Salmonella Typhi veya Paratyphi izole edilen) uygun antimikrobiyal tedavi çok önemlidir ve izolasyon sonrası mutlaka antimikrobiyal duyarlılık testi uygulanmalıdır.
Özetlemek gerekirse akut gastroenteritlerden Salmonella kesin tanısı; (i) kültür plaklarındaki şüpheli kolonilerden, (ii) biyokimyasal olarak Salmonella türleri ile uyumlu bulunanların, (iii) özgül antiserumlar ile serogrubu tespit edilerek konur. Diğer bir ifade ile kesin tanı için (aynı zamanda bildirime esas tanı için) biyokimyasal tanımlama yapılması ve en azından polivalan antiserumlar ile
serogrubun belirlenmesi gerekmektedir. Yalnızca biyokimyasal tiplendirme veya yalnızca serogrup tespitine dayalı sonuç tanı için geçerli kabul edilmez!
Enterik ateş tanısı da başta kan kültürü olmak üzere hastalığın evresine göre uygun zamanda alınan dışkı, idrar vb çeşitli klinik örneklerden etken S. Typhi‟nin (ya da Paratifo etkenlerinin) izolasyon ve tanımlanmasına dayanır. Enfeksiyonun akut ve konvalesan fazında yükselen antikorların saptanmasına dayalı serolojik yöntemler, antikorların özgül olmayan nedenlerle de yükselme olasılığı nedeniyle tanıda geçerli bir yöntem olarak kabul edilmemektedir. Bu nedenle Gruber-Widal
test veya diğer serolojik tanı amaçlı testlere dayalı sonuç tanı için geçerli kabul edilmez!