Adalet Bakanlığı döneminde Ergenekon soruşturması konusunda yargı üyelerine "Güvence veriyorum, her şeyin üstüne gidin" diyen Meclis Başkanı Mehmet Ali Şahin'e Yargıtay'dan kötü haber geldi. Yargıtay 4. Hukuk Dairesi Ergenekon'un tutuklu sanığı Kemal Kerinçsiz'in bu sözler nedeniyle açtığı ancak yerel mahkemenin reddettiği tazminat davasının kabul edilmesine karar verdi. Oyçokluğuyla alınan kararda dairenin başkan ve dört üye hâkimi bakanın 'masumiyet karinesi' ilkesini ihlal ettiğini ve savcıları da 'şüpheli' konuma düşürdüğünü savundu.
Dönemin Adalet Bakanı Şahin, 25 Şubat 2008 tarihli Zaman gazetesine verdiği söyleşide Ergenekon soruşturmasıyla ilgili şöyle demişti:
"Adalet Bakanı olarak yargı mensuplarına şu güvenceyi vermek istiyorum. Hiçbir şeyden çekinmeyip her şeyin üstüne gidin, sonuna kadar gidin, sonu nereye varıursa varsın hükümet arkanızdadır. Yargı mensuplarına hiçbir mağduriyete uğramayacaksınız teminatını vermek durumundayım. Sayın Başbakan da söyledi. Ben de söylüyorum. Bu tip suç örgütleri konusunda nereye kadar uzanırsa oraya kadar gitmesi için ne ihtiyacı varsa karşılayacak olan iktidar iş başındadır."
Bunun üzerine Ergenekon'un tutuklu sanıklarından avukat Kemal Kerinçsiz mahkemeye başvurmuş ve 'soruşturma kapsamındaki tüm kişilerin ve kendisinin de suçlu ilan edildiğini, adil ve tarafsız mahkemelerde yargılanma hakkının ihlal edildiğini' savunarak tazminat istemişti. Büyükçekmece 1. Asliye Hukuk Mahkemesi ise Şahin'in kamu yararı için genel açıklamalarda bulunulduğunu belirtip davayı reddetmişti. Dava temyiz üzerine Yargıtay 4. Hukuk Dairesi'ne gitti.
Daire 6 Temmuz'da kararını verdi ve tazminat davasının kabul edilmesi gerektiğine hükmetti. Karar 'oyçokluğu'yla alındı. Daire başkanı ve dört üye hâkim davanın kabul edilmesiyle ilgili gerekçelerini sıralarken, bakanın konuştuğu dönemde Ergenekon soruşturmasının henüz davaya dönüşmediğini vurguladı, yayın yasağının sürdüğünü anımsattı. Kararda, "Davalının (bakanın) bu beyanlarıyla Ergenekon soruşturması ve bu soruşturmayı yürüten Cumhuriyet savcıları şüpheli duruma düşürülmüştür" denildi ve şu görüşlere yer verildi:
"Hukuk devleti ilkelerini benimsemiş hiçbir ülkede Adalet Bakanı hükümetin yargı mensuplarının arkasında olduğunu, hiçbir mağduriyete uğramayacakları teminatını vermek durumunda olduğunu, yakalanan kişilerin suç örgütü kurduklarını, herşeyin üstüne gidilmesi gerektiğini, çekinilmemesini yargı mensuplarına atfen söyleyemez. Kuvvetler ayrılığı prensibinin uygulandığı anayasa hükmüne aykırı davranmıştır."
Karşı oyda Susurluk uyarısı
Karara üye hâkim Sadık Demircioğlu 'şerh koydu'. Demircioğlu 'karşı oy' yazısında Susurluk davasını anımsatarak, "Kamuoyumuz bu tür suç örgütlerinin tamamen ortaya çıkarılmasını beklemektedir. Eski bakan da bu bağlamda beyanda bulunmuştur. Başka anlam yüklemek zorlama olur. Türkiye dışında hiçbir ülkede 'Suç örgütleri hakkında gereği yapılsın' diyen Adalet Bakanı'nın sorumluluğu yönüne gidildiği duyulmamıştır" dedi.