Pamukkale Ege bölgesinde bulunduğu ve iç bölgelere yakın olduğu için Akdeniz iklimi ve Karasal iklim gözlenmektedir.Bu iklim tiplerinin farklı özellikleri bulunmaktadır Akdeniz ikliminde yaz ayları sıcak ve kurak geçerken kış aylrı ılıman ve yağışlıdır.
Karasal İklimde ise yaz ayları sıcak olmasına rağmen kış ayları oldukça soğuk ve yağışlıdır.
Bölgede bu iki iklim tipinin karışımı görülmektedir.Yaz aylarında sıcak olan Pamukkale kış aylarında soğuk ve bazı zamanlar kar yağışlıdır.
Pamukkale turistik bir yer olduğu için bu bölgede iklim önemlidir.Fakat turizmin nedeni deniz olmadığı için diğer bölgelere oranla iklimin etkisi burada daha azdır.
Bu yüzden iklim faktörü Pamukkale’de çok etkili değildir.
Pamukkale’de yaz ayları sıcak ve kurak kış ayları ise soğuk ve yağışlıdır.
Pamukkale’ye iklim açısından bakacak olursak en iyi ziyaret edilecek zaman yaz aylarıdır.Yaz aylarında bölge sıcaktır ve yağışlı değildir.Bu yüzden bölgedeki sularada girebilirsiniz.
Fakat her kişiye göre değişen bir özelliktir bu yüzden kış aylarındada kaplıcaların tadını çıkarmak ayrı bir keyifli olur.