Peptidlerin Yeniden Oluşturulması Nasıldır?
Liyofilize Peptidler
Peptidler genelde liyofilize (dondurularak kurutulmuş) bir toz halinde tedarik edilir. Liyofilizasyon, buzun bir sıvı fazdan geçmeden katıdan buhar haline doğrudan doğruya değişmesine izin vererek, bir bileşiğin dondurulması ve bir vakuma bırakılmasından sonra bir bileşenden uzaklaştırıldığı bir işlemdir. Liyofilize peptidler genellikle kabarık veya daha granüler bir görünüme sahip olabilen küçük bir “pakete” benzemektedir. Farklı liyofilizasyon teknikleri daha hacimli (kabarık) veya daha sıkıştırılmış (granüler) liyofilize bir peptid verebilir.
Peptid lerin Yeniden Hazırlanması
Laboratuarda liyofilize peptid ler kullanılmadan önce yeniden oluşturulması gerekir; Yani sıvı çözeltide çözülmelidir. Maalesef, peptid bütünlüğünü ve biyolojik tahlillerle uyumluluğu koruyarak tüm peptid’leri çözecek olan “hepsi bir arada” çözücü yoktur. Steril, damıtılmış su ilk tercih olsa da, bu tüm peptidleri çözmez. Sonuç olarak, araştırmacı deneme yanılma yaklaşımını üstlenmek zorunda kalabilir ve peptidi giderek daha güçlü çözücülerle çözmeye çalışabilir.
Bir peptid’in polaritesi, çözünürlüğünün belirlendiği ana faktördür. Temel peptid’ler asidik çözeltilerde çözülebilir ve tersine asitli peptid ler bazik çözeltilerde yeniden oluşturulabilir. Buna ek olarak, hidrofobik peptidlerin yanı sıra sayısız hidrofobik veya polar yüklenmemiş amino asit içeren nötr peptidler organik çözücüler içerisinde çözülmelidir. Örnekler arasında asetik asit, propanol, izopropanol ve DMSO bulunur. Bununla birlikte, kullanılan organik çözücü miktarı küçük olmalıdır. Peptid çözeltide çözündükten sonra steril su ile seyreltilmelidir. Önemlisi, metioninli veya serbest sisteinli peptidler DMSO’da çözünmemelidir. Yan zincir oksidasyonu meydana gelebilir, bu da peptidi laboratuvar deneyleri için uygunhale getirir.
Peptid Yeniden Kullanım İlkeleri
Genellikle, lizofilizasyonla çıkarılması kolay olan çözücüler içerisinde peptidlerin eritilmesi için birincil girişimde bulunulması önerilir. Bu bir önlemdir: ilk çözücünün etkili olmaması durumunda, liyofilizasyon işlemi ile tekrar uzaklaştırılabilir. Genellikle araştırmacı, peptidi steril damıtılmış suda veya steril seyreltik asetik asit (% 0.1) solüsyonunda eritmeye çalışmalıdır. Genel bir kılavuz olarak, tüm peptidi eritmeye çalışmadan önce, seçilen çözücüye çözünürlük için peptidin küçük bir kısmının denenmesi önerilir.
Önemli olan, steril suyun (veya seyreltik asetik asitin) ilk kullanımı, araştırmacıya, peptidin erimeyeceği ihtimaline karşı herhangi bir istenmeyen kalıntı olmadan kurutmasını sağlar. İlk etkisiz solvent ortadan kaldırıldıktan sonra araştırmacı peptidi çözerek giderek daha güçlü solventler üretmeye çalışabilir.
Ayrıca, araştırmacılar, peptidi steril bir çözücü içerisinde çözerek, tahlil için gerekli olandan daha yüksek konsantrasyonda bir stok solüsyonu sağlamalıdır. Tahlil tamponu önce kullanılırsa ve peptid çözülmezse, saf olmayan peptidin geri kazanılması çok zor olabilir. Bununla birlikte, peptid her zaman analiz tamponu ile daha da seyreltilebilir.
Konunun İçeriği
Sonikasyon
Laboratuarda, sonikasyon, çözeltideki görünür parçacıklar halinde peptid devam etmeye devam ederse çözücüdeki peptid çözünme oranını artırmak için bir yöntem olarak denenebilir. Sonikasyon, belirli bir çözücüde peptidin çözünürlük özelliklerini değiştirmez; Sonikasyon işlemi yalnızca katı peptid parçalanması ve çözeltinin hızlıca karıştırılması ile yardımcı olur. Sonikasyon işleminden sonra, araştırmacı solüsyonun bulutlu, jel haline getirilmiş veya herhangi bir yüzey pisliğinin olup olmadığına bakması için incelemelidir. Eğer öyleyse, peptid in çözünmüş halde çözeltide asılı kalacağı muhtemeldir; Bu nedenle muhtemelen daha kuvvetli bir solvent gerekecektir.
Laboratuarda Uygulamalı Uygulama
Yukarıda tartışıldığı gibi, bazı peptid lerin bir çözeltide tamamen çözülmesi için daha güçlü bir çözücüye ihtiyaç duymasına rağmen steril damıtılmış su pek çok durumda etkilidir ve bir peptid i yeniden yapılandırmak için en yaygın çözücü veya seyreltici maddedir. Aşağıda, bir laboratuar ortamında basit, tipik bir peptid yeniden oluşturulması örneği verilmektedir. Bu sadece ortak laboratuvar prosedürünün genel bir örneğidir ve herhangi bir peptid için spesifik değildir.
* Önemli: kabını açmadan önce oda sıcaklığına gelmesini sağlayın. Araştırma peptidlerinin stabilitesini ve bütünlüğünü korumak hakkında daha fazla bilgi için, peptid depolama sayfamızı okuyun.
Bakteriyel kontaminasyon söz konusuysa peptid solüsyonunuzu 0,2 um’lik bir filtreden geçirmeyi de seçebilirsiniz.
Seyreltici olarak steril su kullanan örnek:
Adım 1 – Kauçuk tıpasını ortaya çıkarmak için peptid şişenin plastik kapağını çıkartın.
Adım 2 – Lastik tıpayı açmak için steril su şişesinin plastik kapağını çıkartın.
Adım 3 – Bakteriyel kontaminasyonu önlemek için lastik tıkaçları alkolle sürün.
Adım 4 – Steril su şişesinden 2mL (mililitre) su alın.
Adım 5 – 2 mL (mililitre) steril suyun peptid şişesine yerleştirilmesi,ve suyun yavaşça şişeye girmesine izin verilir.
Adım 6 – Çözeltiyi tüm peptid çözünene kadar hafifçe döndürünüz – şişeyi sallamayın.