Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nden mezun olduktan sonra devlet bursu ile Birleşik Krallık'da Hull Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde doktora eğitimini tamamladı.
Polis Akademisi'nde öğretim üyeliğinin yanı sıra dekan yardımcılığı görevlerini yaptı. Gazi Üniversitesi'nde öğretim üyeliği görevi yapmakta ve Türkiye Cumhuriyeti Kültür ve Turizm Bakanlığı'nda da bakan danışmanlığı görevini gerçekleştirmektedir.
Yayımlanmış 6 kitabı ve 100 kadar makalesi vardır.
The New Anatolian gazetesinde köşe yazarlığı yaptıktan sonra, Taraf gazetesinde Emniyet Genel Müdürlüğü Terörle Mücadele Daire Başkanlığı'nda Emniyet amiri olan Emre Uslu ile birlikte Apoletika adlı köşede köşe yazarlığı yaptı. Daha sonra devlet büyüklerine hakaret suçundan memuriyetten ihraç edilmiştir.Zirve Üniversitesi'nde Misafir Öğretim üyesi olarak Siyasal İletişim dersi verdi.
Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan'a hakaretten yargılandığı davaya gelmediği gerekçesiyle hakkında yakalama kararı çıkarılan eski polis Önder Aytaç'ın 17 Kasım 2014'te İstanbul'dan yurtdışına kaçtığı ortaya çıktı.
Aralık 2016’da ABD’ye gitmek üzere Nijerya’dan Mısır’a gelen Önder Aytaç, Mısır polisince Kahire havaalanında gözaltına alındı. Ancak Mısır Aytaç’ı Türkiye’ye iade etmek yerine Nijerya’ya gönderdi.