Çölyak hastalığı, glüten isimli proteine vücut savunma sisteminin göstermiş olduğu hassasiyet olarak özetlenebilir. Günlük hayat içerisinde kullandığımız havlunun girinti ve çıkıntılarına benzer bir iç yapıya sahip olan ince bağırsak yüzeyinde düzleşme gelişir. Hastalıkla ilgili şikayetlerin bir kısmı, bu düzleşme sonrasında gerekli besin maddelerinin emilimindeki azalmaya bağlı olarak diğer kısmı da aktif hale geçen savunma sistemimizin ince bağırsak dışı organlarda yaptığı zarardır.
Buğday içerisinde bulunan glüten proteinine karşı oluşan bir reaksiyon sonrası gelişen çölyak bulgularını, basitçe buğday alerjisi gibi düşünmemek gerekir.