Enstitü, 2547 Sayılı Kanun’un 19. Maddesi gereğince kurulmuş olup, 03.03.1983 tarihli ve 17976 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan Lisansüstü Eğitim-Öğretim Teşkilat ve İşleyiş Yönetmelik gereklerine bağlıdır.
2547 sayılı Kanun’un 65. maddesi gereğince Üniversitelerarası Kurul tarafından hazırlanan ve 01.07.1996 tarihli ve 22683 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği hükümlerince lisansüstü eğitim-öğretimi yürütür.
Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü, lisansüstü eğitim-öğretim ile ilgili tüm işlemleri ile lisansüstü eğitime ilişkin ek ders ödeme işlemlerini düzenler ve yürütür.Bu işlemleri Anabilim Dalı Başkanlıkları, Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı ve Rektörlük Makamı ile eşgüdümlü çalışarak gerçekleştirir. Enstitünün idari yapısını oluşturan birimlerde görev alanların yetki ve sorumlulukları aşağıda sunulmaktadır;