SLE hastalığı çok sık olmamakla beraber beyni tutabilir. SLE’ye bağlı beyin sorunları çok çeşitlidir. En sık görülen sorun baş ağrısıdır. Ancak nedensiz ya da stres altında görülen baş ağrıları genel toplumda da sık görülür. Bu ağrıların tedavisinde baş ağrısını gidermeye yönelik genel tedaviler uygulanır. SLE’de daha nadir olarak sara nöbetleri (epilepsi) ya da ağır ruhsal bozukluklar, yani psikoz, tanımlanmıştır. Bu tür sorunların tedavisi epilepsi ve psikoza yönelik ilaçlar ile yapılır. Yine SLE’de beyinde damar tıkanıklığı ve buna bağlı inme görülebilir. Özellikle ailede kalp-damar hastalıklarına eğilim olması, kollesterol yüksekliği, hipertansiyon, sigara ve şeker hastalığı gibi ek faktörler inme ihtimalini arttırır. Bu amaçla sigaradan uzak durulması, şeker, hipertansiyon kontrolü yanında kollesterol-düşürücü ilaçlar ile tedavi önemlidir. Gerektiğinde inmenin tekrarını önleme amaçlı olarak kan-sulandırıcı tedaviler de gerekebilir. Çok nadir olarak da SLE’de genel şuur bozukluğu ve koma bildirilmiştir. Bu tür durumlarda da kortizonlu tedaviler kullanılır.