1999'da, Nissan Motors tarafından, Yokohama Marinos ile Yokohama Flügels kulüplerinin birleşmesiyle kuruldu. 1982'den beri Japonya'nın en üst seviye futbol liglerinde mücadele eden ve bu sayede ligde en uzun süre oynayan kulüp konumunda olan Marinos, üç kez şampiyon, iki kez ise ikinci olma başarısını göstermiştir. Kulübün adındaki Marinos kelimesi, İspanyolca'da "denizciler" anlamına gelmektedir.
1972'de, Yokohama'da, Nissan Motors FC adıyla kuruldu. 1976'da 2. Lig'te mücadele etmeye hak kazandı. Bu sıralarda yerel lise ve üniversitelerle yakın ilişkilerde bulunarak kulüp için bir altyapı oluşturuldu. İlk profesyonel teknik direktör Shu Kamo yönetiminde; 1988 ve 1989 yıllarında lig, Lig Kupası ve İmparatorluk Kupası kazanıldı.
1991 yılında yeniden yapılanan ligin kurucuları arasında yer aldı. 1998'de ana sponsorlarından birinin desteğini kesmesi üzerine, aynı şehrin diğer bir takımı Yokohama Flügels ile birleşme kararı alındı. İki kulübün birleşmesinin ardından, Flügels'i temsilen, kulüp adına F harfi eklendi. Birleşmeye karşı çıkan Flügels taraftarları ise, 1999'da Yokohama FC adında yeni bir kulüp kurdular.