Feodor Lynen Almanya'nın Münih şehrinde doğdu. 1930'da Münih Üniversitesi'nde kimya okumaya başladı ve Heinrich Wieland yönetiminde yaptığı "Amanita'nın zehirli bileşenleri" başlıklı çalışması ile 1937'de mezun oldu. Aynı kuruluşta birkaç yıl ders verdikten sonra 1947'de Münih Üniversitesi'nde profesör oldu. 1954'ten sonra Münih'teki Max-Planck Hücresel Kimya Enstitüsü'nün direktörü oldu, bu enstitü 1972'de o zamanlar yeni kurulmuş olan Max Planck Biyokimya Ensitüsü ile birleşti.