Kent merkezinde yer alır. 1925 yılında Sultan II. Bayezit Külliyesi'ne ait medrese binasının iki odasında toplanan az sayıda arkeolojik eser ile İslami devir mumyaları bir araya getirilerek bir "Müze Deposu" oluşturulmuştur. Daha sonra eserlerin çoğalması ve yeni sergileme mekânlarına ihtiyaç duyulması neticesinde müze, 1961 yılında Selçuklu döneminin anıtsal eserlerinden olan Gökmedrese Camii'ne, 22 Mart 1977 yılında ise yeni yapılan bugünkü modern binasına taşınmış, yeniden düzenlenerek tüm eserler kronolojik sıraya göre hizmete açılmıştır.
Üç katlı olan müzenin bodrum katında deposu, laboratuarı ve diğer hizmet birimleri, alt katında bir sergileme salonu, üst katta ise arkeolojik ve etnografik eserlerin sergilendiği iki büyük salon yer almaktadır. Özellikle, taş eserler ile Sultan I. Mesut Türbesi içinde bulunan İlhanlı dönemine ait 6 adet mumya ilgi çekmektedir.
Fırtına Tanrısı Teşup (M.Ö. 1400-1200)
1962 yılında Doğantepe yakınlarında bulunan ve Arkeoloji Literatürüne Hitit Fırtına Tanrısı Teşup olarak geçen Hitit Tanrı Heykelciği. Bronzdan döküm tekniği ile yapılmış olan heykelcik, 21.5 cm boyunda ve 1340 gr. ağırlığındadır. Hitit imparatorluk dönemi kaya kabartmalarında yer alan tanrı tasvirleri ile, özellikle de Boğazköy Yazılıkaya Açıkhava Tapınağındaki tanrı kabartmalarıyla benzerlik gösterir.
İlhanlı Dönemi Mumyalar (14 yy)
Amasya 1258-1341 tarihleri arasında İlhanlıların idaresi altına girmişti. Büyüklerine çok değer verdikleri bilinen İlhanlılar, bazı yöneticilerini ve onların ailelerini mumyalamak suretiyle cesetlerinin bozulmalarını engellemişlerdir. Amasya müzesinde sergilenmekte olan Mumyaların, bu dönemde devleti idare eden emirlere, ve onların ailelerine ait olduğu düşünülmektedir. 2002 Haziran'ında National Geographic Kanalı, bu konuyla ilgili bir belgeselhazırlamıştır.
Roma Dönemi Mezar Lahiti
Bu Roma dönemine ait yüksek kabartma mezar lahiti, Merzifon'da bulunmuştur. Lahit üzerindeki kitabede, Saygı ve Merhamet duygularıyla yaklaşanlar Tanrı'dan iyilik görsünler. Ancak kötü niyetle yaklaşanlar ve mezarı ele geçirmeye çalışanlar veya başka bir kötülük yapanlar için, bu dünya basılmaz, denizler aşılmaz olsun. Çocuklarının ve karısının hayrını görmesin, rızkı azalsın cümlelerine yer almaktadır.