Emil Hermann Ficher 9 Ekim 1852 yılında Almanya’nın Euskirchen şehrinde doğmuştur. Babası başarılı bir iş adamı olan Ficher, öğrenimine 2 yıllık bir özel eğitimle başlamış devamında ise Wetzlar şehrinde bir devlet okuluna devam etmiştir. Bonn şehrindeki iki yıllık eğitmini, 1869’da üstün başarı ile bitirmiştir.
Babası Fischer’ın aile şirketinde çalışmasını istemiş fakat Fischer her zaman pozitif bilimler üzerine çalışmak istemiştir. Babasının yanındaki başarısız iş deneyiminden sonra, babası Fischer’ın bu işte istediği başarıyı elde edemeyeceğini görmüş, isteksizliğini anlamış ve eğitim hayatına devam etmesinin en faydalısı olacağını düşünmüştür. Bu kararla beraber Hermann Emil Fischer 1871’de Bonn Üniversitesi Kimya Bölümü’nde eğitim görmeye başlamış, burada Kekulé, Engelbach ve Zincke’den kimya, August Kundt’dan fizik ve Paul Groth’dan mineroloji dersi almıştır.
Emil Hermann Fischer fizik okumak istemesine rağmen kuzeni Otto Fischer’ın ikna etmesi sonucu, yeni kurulan, profesör Rose’un Bonson methodu üzerine çalıştığı Strasburg Üniversitesi’ne başlamıştır(1872). Burada Augus Von Bauyer ile tanışması kendisinin kimya üzerine görüşlerinin değişmesinde ve bu alanda ilgisinin artmasında etkili olmuştur.1874’de flor-esans ve orcin-fitalin üzerine yazdığı tez ile doktorasını almış ve aynı yıl araştırma görevlisi olarak Strasburg üniversitesi’nde göreve başlamıştır. Buradaki araştırmaları sonucunda hidrazin bazı(N2H4) ve fenilhidrazin’i(C6H8N2) bulmuş, hidrazobenzen ve sülfonik asit(RS03H) arasında Strecker ve Römer olarak tanımladığı temel ilişki üzerine bir çalışma yapmıştır. Kaza sonucu bulduğu fenilbenzen ilerdeki çalışmalarıyla yakından bağlantılı olacaktır.
Emil Hermann Fischer 1878’de Münih’te doçent olarak başladığı göreve 1879’da Analitik Kimya Bölümü Profesörü olarak devam etmiş, aynı yıl Aix-La Chapelle’de kimya şefi olması teklif edilmiş, fakat bu teklifi reddetmiştir. Ardından 1881’de kimya profesörü olarak Erlangen Üniversitesi’ne atanmıştır. 1883’de Badische Anilin ve Soda Fabrikası’ndan iş teklifi almış fakat Fischer çalışma hayatına onu bağımsız kılan akademik çalışma hayatında devam etmeyi tercih ederek bu teklifi de reddetmiştir. 1888 yılında Wüzburg Üniversitesi’nden Kimya Profesörü olarak çalışması için iş teklifi almış, bu görevi kabul ederek Wüzburg Üniversitesi’nde göreve başlamıştır ve 1892 yılına kadar buradaki görevine devam etmiştir. Son görev yeri olan Berlin Üniversitesi’ne üniversitenin bölüm başkanı olan A.W.Hofmann’ın teklifi üzerine başlayan Fischer, hayatını kaybettiği 1919 yılına kadar burada çalışmıştır.
Emil Hermann Fischer bilinen bir bilim adamı olmasının temelini 1882-1906 yılları arasında şekerler ve pürinler üzerine yaptığı çalışmalar ile atmıştır. Bu dönemde adenin, guanin, ürik asit, kafein ve ksantin gibi maddelerin aynı homojen aileden geldiği ve birbirlerinden türedikleri bilinmiyordu. Fischer yaptığı çalışmalar sonucu bu maddelerin aynı aileden türetilerek oluşturulduklarını ve azotlu temel bir sistemin farklı hidroksil ve amino türevlerine ait olduklarını açıklamıştır.
Bir süre bu temel yapılar varsayım olarak adlandırılmış; 1882-1896 yılları arasında yaptığı çalışmalarda bu temel yapılardan birçok türev sentezleyen Fischer, bu temel yapıları “Pürin” olarak adlandırmıştır.
1875’de Fenilhidrazin(C6H8N2) bileşiğini bulan Fischer, bu buluşunun ardından şekerler üzerine çalışmaya başlamış, fenilhidrazin’i kullanarak organik bileşiklerin türevlerini oluştururken, şekerlerin çeşitli türevler verdiğini görmüştür. Çalışmalarını şeker ve izomerleri üzerinde yoğunlaştırması sonucu ise şeker bileşikleinde C=O ile gösterilen karbonil grubunun varlığını kanıtlamıştır. Bilinen tüm şeker ve şeker türevlerinin sterokonfigürasyonunu kurmuş ve izomerlerini bulmuştur. En yaygın şeker türünün altı karbonlu olduğunu ve bu türün 16 izomeri olduğunu göstermiştir. Heksozlar üzerine yaptığı izomerizasyon çalışmaları sırasında pentozlar, heksozlar ve heptanlar ile gerçekleştirdiği bozunma serbest reaksiyonları ve sentezleri sonucunda elde ettiği sonuçlar çalışmalarının değerini ispatlar nitelikte olmuştur. Bu çalışmalardan aldığı ilk önemli sonuç gliserol sentezi olmuştur. Daha sonra glikoz ve fruktoz sentezi ile başarılarına yenilerini ekleyerek çalışmalarına devam etmiş, aldığı bu sonuçların ışığında Fischer glukozitler üzerinde çalışmaya başlamıştır.
Emil Hermann Fischer’ın bir başka çalışma alanı ise proteinler olmuştur. Aminoasitleri ayırmak ve tanımlamak üzerine çalışan Fischer, geliştirdiği bir protein hidroliz yöntemi ile on üç aminoasit elde etmeyi başarmış, bu yapıları tanımladıktan sonra yeni aminoasitler sentezlemek üzerine çalışmalarına devam etmiştir. Aminoasitlerin birbirlerine nasıl bağlandıklarını incelediği sırada “peptit bağı”nı gözlemlemeyi başarmıştır. Daha sonra tripeptit ve polipeptitleri sentezlemiş, bu araştırmaların sonucunda polipeptitlerde COHN yapısının protein zinciri boyunca yinelendiği sonucunu ortaya koymuştur. Çalışmaları sırasında yüze yakın polipeptit’i incelemiş, doğada bulunan aminoasitleri laboratuar ortamında sentezlemiş ve yenilerini keşfetmiştir. Fischer’ın bu çalışmaları modern biyokimyaya öncülük etmiş ve organik kimyanın gelişmesine katkıda bulunmuştur.
Bütün çalışmalarının yanı sıra Fischer likenlerdeki enzimleri ve kimyasal maddeleri, bronzlaşmayı sağlayan yapıları ve kullanıldıkları maddeleri incelemiştir.
Akademik hayatı ve çalışmalarının yanı sıra Hermann Emil Fischer bir süre Alman Kimyacılar Derneği’nin başkanlığını yapmış, Kaiser Wilhelm Kimya Enstitüsü’nün kurucularından olmuş ve Almanya’nın önde gelen kimyacılarından biri olarak 1.Dünya Savaşı sırasında Almanya’nın kimyasal madde ve gıda üretimini düzenlemekle görevlendirilmiştir.
Saf şekerler ve pürin üzerine yaptığı araştırmalar Emil Hermann Fischer Nobel Kimya Ödülü’ne layık görülmüştür.
Çalışmalarından arta kalan zamanlarında doğa yürüyüşleri yapan ve kara ormanda gezinmeyi seven Fischer, tam anlamıyla olmasa da mutlu bir insan olarak nitelendirilirdi. 1888 yılında anatomi profesörü olan J.Van Gerlach’ın kızı Agnes Gerlach ile evlenen Fischer’ın bu evlilikten üç çocuğu olduğu biliniyor. Talihsiz bir şekilde evlendikten 7 yıl sonra eşini kaybeden Hermann Emil Fischer iki çocuğunu savaş sırasında kaybetmiştir. Hayatta kalan çocuğu Hermann otto Laurent Fischer ise Kalifornia Üniversitesi’nde biyokimya profesörü olarak çalışmıştır.
Bilimsel deneyleri, bilim dünyasına kazandırdıkları ve yönetim konusundaki becerileri ile büyük bir bilim insanı olduğunu gösteren Hermann Emil Fischer savaşın bitiminden bir süre sonra 1919’da intihar ederek yaşamına son vermiştir.
Emil Hermann Fischer’ın ölümünden sonra Alman Kimya Topluluğu “Emil Fischer Anma Nişanı”nı oluşturarak Fischer’ın anısını yaşatmışlardır.