Bu sistem, pilotun kumandaları her zaman tutmasına gerek kalmadan uçağın belirlendiği rotada uçmasını temin eder. Tahmin edileceği gibi, günümüz yolcu uçakları, çok gelişmiş yazılımların kullanıldığı bilgisayarlar ile donatılmıştır.
Pilotlar, kalkıştan önce FMS (Flight Management System) adı verilen sisteme uçuş rotası, hızı, seviyesi gibi bilgileri girerler. Bu ve uçağın diğer bütün sistemlerinden (rüzgar, iniş takımları, sensörler) gelen bilgiler, FCC ya da FGS (Flight Control/Guidance) System) denen uçuş kontrol sisteminde toplanır ve sistem, hidrolik basınçla çalışan kumanda yüzeylerine bağlı valflere ve gaz kollarına elektrik sinyalleri göndererek hassas ve kusursuz denebilecek bir uçuş gerçekleştirir.
Pilotlar ortada, göz hizalarında bulunan paneldeki (Mode Control Panel-MCP) küçük düğmelerle, otopilotu programlayabilir, kötü hava şartlarına veya hava trafik talimatlarına göre, irtifa ve yön bilgilerini değiştirerek uçağa alçalma, tırmanma veya dönüş yaptırabilirler. Sistem herhangi bir nedenle devre dışı kaldığında pilotu ışık ve ses ikazı ile uyarır. Otopilot genelde kalkıştan bir süre sonra devreye sokulur, inişten bir süre önce devre dışı bırakılır.
Ancak, görüşün çok düşük olduğu durumlarda, inilecek meydanda ILS (instrument landing system – aletle iniş sistemi) sistemi mevcut ise, Autoland (otopilotla iniş) uygulanır, yani radyo-altimetreden (yerden yüksekliği ölçen teçhizat) alınan bilgiler yardımı ile uçak pilotların gözetiminde kendisi, yani otopilot ile iner. Çünkü kalın sis tabakası nedeniyle görüşün 100 metreden az olduğu bir durumda, sadece insan becerileri ile güvenli bir iniş yapılması mümkün değildir.
Günümüz uçaklarının bu kadar güvenli olmalarında bilgisayar teknolojisinin rolü büyüktür. Uçaktaki sistemler, pilotların üzerinden çok büyük bir yükü alırken, oluşabilecek bir hatanın önüne geçmek için pilotlara her türlü ikazı yaparlar. Aynı şekilde pilotlar da, beceri ve deneyimleri ile sistemi yönetir, denetler, sistem arızası veya gerekli hallerde kumandalara müdahale ederler. İnsan ve makinenin bu harika uyumu, yolcuları güvenli ve konforlu bir uçuş yapmasını sağlar.