Takvim yaprakları 1907 yılını göstermekteyken II. Abdülhamit devrinin son günleri yaşanmaktadır. Saltanatının son zamanlarını yaşayan II. Abdülhamit’in rejimi her alanda etkisini yitirmeye başlamıştır. Bu azalma futbola da yansımış, artık Türk gençleri de futbol oynamaya başlamıştır.
Bu durumdan yararlanan Kadıköylü gençlerden, Hariciye Nazırı Asım ve Server Paşa’ların torunu Londra Sefareti Başkatibi Nuri Bey’in oğlu Ziya Bey ile Harekat Ordusu Feriki Şevki Paşa’nın oğlu Ayetullah Bey ve de ünlü edebiyatçı Sami Paşazade Sezai Bey’in yeğeni Enver Necip (Okaner) Bey, Necip Bey’in Moda Başpınar Sokak 3 numaralı evde yaptıkları görüşme neticesinde kuracakları takım hakkında kimi kararlar almışlardır. Görüşmeler sonucunda maddi destek sağlayan devrin zenginlerinden Saint Joseph mezunu Mühendis Nurizade Ziya Bey’e kulübün kurucu başkanlığı, Osmanlı Bankası memurlarından Ayetullah Bey’e katiplik görevi, Bahriye Subayı Necip Bey’e de kaptanlık ve veznedarlık görevi verilmiştir.[2] Yine görüşmede varılan fikir birliği ile de; kuracakları kulübün adını oturdukları semtten esinlenerek Fenerbahçe yapılması, armalarının Fenerbahçe Burnu’ndaki ışık saçan fenerden, formalarındaki renkleri ise Fener bahçesindeki papatyaların kıskançlık ve temizlik sembolü olan renklerinden, yani sarı ile beyazdan oluşması kararlaştırılmıştır.
Kulübün kadrosu semtteki gençlerden oluşturulmuştur. 1908 yılında İkinci Meşrutiyet’in ilanı ile tanınan dernek kurma serbestliği İstanbul’da birçok Türk kulübünün kurulmasına vesile olmuştur. Kulüp sayısındaki artış İstanbul’da yeni bir ligin kurulması ihtiyacını doğurmuş, bu nedenle de o dönemlerde ülkede resmi tatil günü olan Cuma günleri oynanacak bir lig olan, Cuma Ligi adıyla yeni bir lig kurulmuştur.
Kulüp kuruluşunda sarı-beyaz olan renklerini 1909 sonbaharında sarı-laciverte çevirmiştir. 1909-10 sezonuyla birlikte de İstanbul Futbol Ligi’ne katılmıştır.
Fenerbahçe Kulübü’nün ilk arması Fenerbahçe Burnu’ndaki ışık saçan beyaz deniz feneri, renkleri ise sarı ile beyaz olmuştur. Ancak kulüp yöneticileri, bunu tatminkar bulmadıklarından ve içinde bulundukları monarşi rejimini tehdit edici sayılacağı endişesi ile kısa zamanda bu armayı iptal etmiştir. 1910 yılında futbolcu Solaçık Hikmet’in çizdiği arma herkesin beğenisini kazanmış ve kabul edilmiştir.
1910 yılında Kuşdili Kulübü’nün kulüp bünyesine katılımıyla Fenerbahçe kürek, avcılık, kriket ve tenis sporlarına sahip olmuştur.
Kadrosunu gençlerle güçlendiren bu Fenerbahçe 1911-12 sezonunda hiç yenilmeden şampiyon olmuştur. Bu şampiyonluğun en önemli yanı ise, Fenerbahçe’nin bu şampiyonluğu ile İngiliz ve Rum takımlarının şampiyonluklarının tamamen sona erdirmesi ve bu tarihten itibaren de Türk futbolunda şampiyonlukların artık Türk takımlarının olmasıdır. Bu şampiyonluk, kulübün itibarını bir anda yükseltmiş, imkanlarını arttırmıştır. Altıyol’da bir kulüp lokali kiralanmış, lokalin açılışı ile üye sayısı çoğalmıştır. Bu arada futbol dışında diğer spor dallarında da faaliyet gösterilmesine başlandığından, aynı yıl Fenerbahçe Futbol Kulübü adı, Fenerbahçe Spor Kulübü’ne dönüştürülmüştür.
Kulübün kuruluş günü olarak Gazi Mustafa Kemal Paşa’nın kulübü ziyaret tarihi olan 3 Mayıs kabul edilir.