Soon after India attained independence, Husain agreed to be the Vice chancellor of the Aligarh Muslim University which was facing trying times in post partition India because of active involvement of a section of its teachers and students in the movement for creation of Pakistan
भारत स्वातंत्र्यानंतर लवकरच, हुसेन अलीगढ मुस्लिम विद्यापीठाचे कुलगुरू म्हणून सहमत झाले जे पाकिस्तानच्या निर्मितीच्या चळवळीतील शिक्षक आणि विद्यार्थ्यांचा एक विभाग सक्रियपणे सक्रिय झाल्यामुळे भारत विभागीय काळात प्रयत्न करण्याचा सामना करीत होता.