公诉机关指控的犯罪事实是：2014年6月，被告人李某在太谷县程某村旧砖厂私建小电镀锌厂，于2014年6月29日开始生产，7月1日将生产的工业废水未经处理，采用渗坑排放，并被太谷县环境保护局工作人员当场查获。经检测，废水中含有严重超标的重金属锌71.0mg/L，超出国家排放标准≤1.5mg/L的46.3倍。对于上述犯罪事实，公诉机关提供了相关证据予以证明。据此，公诉机关认为被告人李某违反国家规定，在生产过程中非法排放含重金属污染物超过国家污染排放标准的三倍以上，严重××，其行为已触犯《中华人民共和国刑法》××之规定，应以××罪追究其刑事责任。