经审理查明，被告单位义乌市甲公司系自然人独资有限责任公司，被告人李某系公司法定代表人。2014年3月24日，被告人李某通过电话、网络等方式与“小某”（身份不明）联系，让“小某”为被告单位义乌市甲公司虚开增值税专用发票，并约定开票费为5%。后被告人李某在无真实货物交易的情况下，从“小某”处取得开票单位为“xx（上海）贸易有限公司”的增值税专用发票两份，价税合计金额为110335元，其中税额为16031.58元，并向“小某”支付了开票费5500元。2014年3月26日，被告人李某将上述虚开的增值税专用发票拿到义乌市国税局认证并通过。后义乌市国税局发现上述发票系虚开，对被告单位义乌市甲公司罚款人民币50000元；2014年11月13日，被告单位缴纳了该罚款。2015年1月5日，被告人李某主动至义乌市公安局投案并如实供述自己的罪行。上述事实，被告单位义乌市甲公司与被告人李某在庭审过程中亦无异议，且有企业法人营业执照，qq聊天记录，发票联，抵扣联，银行账单明细，税收完税证明，义乌市国税局执法材料，自首表现认定意见书，户籍证明，抓获经过，证人买某的证言以及被告人李某的供述等证据证实，足以认定。