公诉机关指控：2012年，被告人王某某在奉节县地方税务局平某税务所担任收税员，主要负责收税款的相关工作。收税员在开具税收通用完税证征收税款时，要通过3.0征管系统开具制式的税收通用完税证，同时在该系统中会形成电子记录，后由收税员从该系统中将收取的税款汇总后形成税收通用缴款书到银行缴款入库。2012年1月至12月，被告人王某某采用在3.0征管系统中作废部分税收通用完税证的电子记录，使该电子记录对应的税收通用完税证的税款不形成税收通用缴款书从而不入库的方式，截留税款共计人民币290640.69元归个人使用。2013年8月23日，被告人王某某的亲属退赔了人民币270000元到奉节县地方税务局。公诉机关认为，被告人王某某在担任奉节县地方税务局平某税务所收税员期间，利用职务上的便利，截留税款共计人民币290640.69元，情节严重，其行为已触犯《中华人民共和国刑法》××××之规定，犯罪事实清楚，证据确实、充分，应当以××罪追究其刑事责任。被告人王某某归案后如实供述自己的罪行，应适用《中华人民共和国刑法》××××之规定。请依法判决。