公诉机关指控：2012年3月至11月期间，吴某某在明知镇江市镇村规划管理职能由市建设局统一调整到市规划局行使、原由建设主管部门对村镇建设进行行政审批、核发的《江苏省村镇工程建设许可证》也停止使用的情况下，违反《中华人民共和国城乡规划法》、《江苏省城乡规划条例》、《江苏省村镇规划建设管理条例》等相关规定，为蔡某某、吴某甲及镇江和信生态农业有限公司、镇江市丹徒区碧某梅花鹿专业合作社等个人和单位核发了在镇江市丹徒区谷阳镇莱村地域内的《江苏省村镇工程建设许可证》（临时）13份，批准建设面积15059.01m2，其中12000m2在基本农田保护区范围内。2013年2月6日至7日《镇江日报》连续两天对莱村违建乱象进行跟踪报道。原市委书记亲赴违建现场，督促查违、拆违进程，引起社会广泛关注。2013年9月，丹徒区碧某梅花鹿专业合作社负责人汤某某因怀疑丹徒区上党镇东贪村副书记吴某甲举报其梅花鹿建设项目违法，汤某某则认为其持有的谷阳镇建管所等政府部门核发的临时村镇工程建设许可证合法，双方矛盾爆发后汤某某将吴某甲捅成重伤。汤某某因犯故意伤害罪，被判处××。为证实指控的事实，公诉人当庭宣读和出示了被告人吴某某在侦查阶段的供述和辩解、证人证言、书证等证据。据此认为，被告人吴某某身为国家机关工作人员，超越职权，违反规定处理公务，造成恶劣社会影响，其行为已触犯《刑法》三百九十七条××，构成××罪。被告人吴某某犯罪以后如实供述罪行，根据《中华人民共和国刑法》××××，可以从轻处罚。