固始县人民检察院指控，1996年以来，被告人刘某甲在未取得《医疗机构执业许可证》的情况下，擅自在固始县段集镇街道开设诊所，从事医疗活动，分别于2011年4月11日、2012年5月10日、2013年7月8日三次受到固始县卫生行政部门的行政处罚，后仍然××。刘某甲被公安机关立案侦查后，于2015年5月14日到公安机关投案，并退出非法所得20000元。针对上诉指控，公诉机关提供有书证、被告人供述与辩解等证据。公诉机关认为被告人刘某甲未取得《医疗机构执业许可证》，擅自开设个体诊所，从事医疗活动，被卫生行政部门行政处罚两次以后，仍然××，其行为触犯《中华人民共和国刑法》××××的规定，应当以××罪追究刑事责任。被告人刘某甲主动向公安机关案并如实供述犯罪事实，具有自首情节。诉请依法判处。