公诉机关指控：2014年3月初开始，被告人吴某甲在本市杨村桥镇十里埠村苏村自然村经营一家螺丝刀头发黑加工点。期间，被告人吴某甲将酸洗过程中产生的废水未经任何处理，通过加工点内的雨水沟直接排入周围山体中，2014年5月13日被建德市环境保护局执法人员当场查获。经检测，被告人吴某甲所排废水中六价铬浓度分别超过最高允许排放浓度的47.8倍、124.8倍。被告人吴某甲归案后如实供述了自己的犯罪事实。上述事实有相关书证、证人证言、被告人的供述与辩解等证据予以证实。认为被告人吴某甲的行为已构成××罪。被告人吴某甲归案后能如实供述自己的犯罪事实，可以从轻处罚。提请本院依法惩处。