公诉机关指控：2012年6月19日，被告人陈某申请办理了卡号为×××的交通银行信用卡一张，于2012年6月26日激活使用，后于2015年9月7日开始逾期，共计透支本金人民币108780.01元。期间经交通银行多次催收后仍未归还。案发后，2016年4月15日，被告人陈某已还清该信用卡内全部款息。针对上述指控，公诉机关当庭提供了被告人供述与辩解、被害人陈述、书证等证据。据此，公诉机关认为，被告人陈某恶意透支信用卡，数额巨大，其行为已触犯《中华人民共和国刑法》××××第四项之规定，犯罪事实清楚，证据确实充分，应当以××罪追究其刑事责任。被告人陈某系自首，适用《中华人民共和国刑法》××××，可以从轻或者减轻处罚。故依据《中华人民共和国刑事诉讼法》××之规定，提起公诉，请依法判处。