公诉机关指控：2014年2月至2016年4月，被告人余某某在实际经营被告单位上海某某有限公司期间，在无真实货物交易的情况下，以支付开票费的方式，收受上海满惠贸易有限公司虚开的增值税专用发票13份，价税合计人民币956，838.10元，涉及税款人民币139，027.76元，均已向税务机关申报抵扣。2017年4月6日，被告人余某某经民警电话通知后至公安机关投案，并如实供述了上述犯罪事实。案发后，被告单位上海某某有限公司已向税务机关补缴了税款。公诉机关认为被告单位上海某某有限公司、被告人余某某犯虚开增值税专用发票罪，且有自首情节，建议判处被告单位上海某某有限公司罚金人民币××元，被告人余某某××，并适用××。