Like any single-chain nucleotide sequence, 16S rRNA folds and acquires a secondary structure, with alternating double-chain and single-chain segments forming approximately 50 helices.
Como cualquier secuencia nucleotídica de cadena sencilla, el ARNr 16S se pliega y adquiere una estructura secundaria que se caracteriza por tener segmentos de doble cadena que permiten la formación de asas y hélices.