The thermal profile used in the PCRs were as follows: 92°C initial denaturation step for 5 minutes; followed by 35 one minute denaturation cycles at 92°C; followed by a one minute annealing step designed by Yamaoka and associates at the temperatures listed in Table 1 for each pair of primers 27; followed by a one minute elongation step at 72°C; and finally followed by a seven minute extension step at 72°C. The size expected for each region depends on the number of repeat units in EPIYA and FPLKRHDKVDDLSKV amino acids present in the 3′ end region of the cagA gene.
El perfil térmico usado en las PCRs fue el siguiente: denaturación inicial a 92°C por 5 min, seguido por 35 ciclos con una temperatura de denaturación a 92°C por 1 min, anillaje por 1 min a la temperatura indicada en la tabla 1 para cada pareja de iniciadores diseñados por Yamaoka y colaboradores 27 y una elongación a 72°C por 1 min y, finalmente, una extensión a 72°C por 7 min. El tamaño esperado para cada región depende del número de unidades de repetición en aminoácidos EPIYA y FPLKRHDKVDDLSKV presentes en el extremo 3' del gen cagA.