section_heading: Drugi svjetski rat
paragraph_text: Nakon što je uspostavljena NDH zauzimao se za aktivniju ulogu HSS-a te se protivio Mačekovoj politici čekanja. U ratu je formirana frakcija Hrvatske seljačke stranke, Hrvatska (republikanska) seljačka stranka, H(R)SS, koja se pozivala na program HSS-a. U rujnu 1942. godine Magovac se povezao s partizanima a 31. svibnja 1943. godine s obitelji odlazi iz Zagreba na partizanski teritorij.[http://bib.irb.hr/prikazi-rad?&rad=41910 Hrvatska znanstvena bibliografija: Pregled bibliografske jedinice broj: 41910. Knjiga. Autori: Radelić, Zdenko. Naslov: Božidar Magovac s Radićem između Mačeka i Hebranga], preuzeto 25. svibnja 2013. Došavši tamo dao je izjavu o uvjetima suradnje s partizanskim pokretom. Iste godine izabran je u Tajništvo ZAVNOH-a, Predsjedništvo AVNOJ-a i za dopredsjednika Nacionalnog komiteta oslobođenja Jugoslavije (NKOJ). Na pripremama 2. zasjedanja AVNOJ-a predlaže konfederalno uređenje Jugoslavije. Potpisao je izjavu ZAVNOH-a u kojom se utvrđuju uvjeti suradnje pristaša HSS-a s partizanima. Komunistička Partija nastojala je učiniti sve kako bi iz borbe za vlast poslije rata eliminirala najjačeg protivnika, neupitnog predratnog hrvatskog vođu, predsjednika HSS-a Vladka Mačeka te je od Magovca i ostalih haesesovaca koji su im prišli zahtijevala da se Mačeka javno odreknu.Zorislav Lukić, [http://www.matica.hr/vijenac/492/u-raljama-totalitarizma-21579/ ''Nekomunisti u hrvatskom pokretu otpora: Hrvatska seljačka stranka (III. dio). U raljama totalitarizma], Vijenac'', broj 492, 10. siječnja 2013., preuzeto 25. svibnja 2013. Nakon dolaska u partizane Magovac zahtijeva pokretanje glasila Slobodni dom i osnivanje "Izvršnog Odbora hrvatskog seljačkog pokreta". Komunisti mu daju potporu za osnivanje časopisa - držali su da je to način da se umanji utjecaj Vladka Mačeka u narodu - te već od 15. srpnja 1943. godine počinje izlaziti Slobodni dom – glavno glasilo hrvatske seljačke politike. Magovac je bio glavni urednik glasila i autor većine članaka u prvim brojevima. U vrijeme rata objavljeno je čak 49 brojeva, od kojih su neki tiskani u nakladi od više desetaka tisuća primjeraka. Njegovi su politički ciljevi zabilježeni već u prvom broju: „U NOB-u pristaše HSS-a ostaju na svom programu, kao što i pristaše drugih stranaka u borbi ostaju na njihovom.“