section_heading: Povijest
paragraph_text: Tijekom japanske invazije, dio njegove zbirke prebačen je u jugozapadnu Kinu, a na kraju je premješten u Nacionalni muzej palače u Taipeiu kad je Kuomintang izgubio kineski građanski rat. Povjesničar Fu Sinian i antropolog/arheolog Li Ji nekad su bili predsjednici/kustosi, a arheolog i muzeolog Zeng Zhaoyu bila je prva žena predsjednica, a ujedno i osnivačica Muzeja Nanjinga. Od 1999. do 2009. godini muzej je znatno proširen. Zapadno od glavne zgrade, dodana je Umjetnička galerija u stilu kineske arhitekture prve polovice 20. stoljeća.