section_heading: Renesansno-barokne obnove
paragraph_text: Nakon požara u ožujku 1645. godine izgorio je drveni krov crkve, svodovi su bili ili oštećeni ili porušeni, te je djelomično stradao i zvonik. Obnova crkve je jednim dijelom započela nedugo nakon požara, no obnova zvonika započela je tek 1659. godine. Te je godine sklopljen ugovor s klesarom Dionizijem Philippijem, a iduće s graditeljem Antunom Macettom, kojega su nakon smrti naslijedili sin Bartol i graditelj Silvestar Donati.<ref>Puhmajer, Petar, ''Izgradnja zvonika i obnove crkve od 17. do početka 19. stoljeća'', Crkva sv. Marka u Zagrebu – arhitektura, povijest, obnova, Hrvatski restauratorski zavod, 2013., str. 38.  Po završetku radova na crkvi izbio je još jedan požar u lipnju 1674. godine, prilikom kojega se zvonik crkve srušio do polovice, a jako je stradao i ostatak crkve. Osamdesetih godina 17. stoljeća pristupilo se obnovi pročelja crkve, tijekom koje su oni oštećeni šiljato zaključeni prozori zamijenjeni prozorima sa segmentnim zaključcima. Tada su i skulpture južnoga portala iznova obojene, a vjerojatno je obnovljeno i krovište crkve. Obnova zvonika započela je 1690.-ih, a završena je u prvom desetljeću 18. stoljeća. Za nju je opet bio zadužen Bartol Macetto. Godine 1725. na vrh zvonika postavljena je lukovičasta kapa. Crkva je tada vjerojatno dobila i novi krov od crijepa.