section_heading: Uloga u raspadu SFRJ
paragraph_text: Tijekom rata u Bosni i Hercegovini, Amfilohije je bio blizak prijatelj Radovana Karadžića, optuženog za ratne zločine. Radović je Karadžića često posjećivao na Palama i obilazio njegove borce po bosanskohercegovačkim ratištima da ih osokoli za borbu. Kada su čelnici Republike Srpske odbacili Vance-Owenov mirovni plan 1993. godine, Amfilohije je izjavio da su oni te noći "krenuli svetolazarevskim putem". Zbog odbacivanja mirovnog sporazuma, Amfilohije je Biljanu Plavšić proglašavao kosovkom djevojkom.<ref> Vajmarska republika  Amfilohije je izjavljivao da se u BiH bije bitka za "slobodu zlatnu i obraz časni čitavog pravoslavlja, za pravdu i dušu čitavoga svijeta, za svetinju bogolikog ljudskog dostojanstva".