section_heading: Životopis
paragraph_text: U prvoj velikoj bitci u ratu Johnston je zaustavio prodor Sjevernjaka prema Richmondu, Virginia u prvoj bitci kod Bull Runa, 21. srpnja 1861. Nakon toga je unaprijeđen u čin generala. Kada je general Unije George McClellan započeo Poluotočnu kampanju u travnju 1862., Johnston se povukao ponovo prema Richmondu. U velikoj bitci kod Seven Pinesa između McClellana i Johnstona, 31. svibnja-1. lipnja 1862., koja je završila neodlučno, Johnston je ranjen pa ga je zamijenio Robert Edward Lee. Krajem godine Johnston je preuzeo zapovjedništvo Konfederacijske vojske u Mississippiju. Unionisti su, pod zapovjedništvom Ulyssesa Granta, napredovali prema Vicksburgu. Johnston je upozorio generala Johna Clifforda Pembertona da grad treba evakuirati, ali je konfederacijski predsjednik Jefferson Davis dao zapovijed da se grad brani pod svaku cijenu. S malom vojskom Johnston nije uspio probiti Grantovu blokadu i Pemberton se predao 4. srpnja 1863.