section_heading: Renesansno-barokne obnove
paragraph_text: Unutrašnjost crkve obnavljana je više puta tijekom 17. i 18. stoljeća, pa je tako, osim obijeljenjih zidova i stupova, crkva dobila i zidanu propovjedaonicu, kor, novo popločenje, a višekratno su se mijenjali i oltari te ostali crkveni namještaj. Barokni inventar izbačen je iz crkve tijekom obnove Schmidta i Bolléa. Dijelovi nekih oltara iz 18. stoljeća danas su izloženi u Muzeju grada Zagreba, a jedini u potpunosti sačuvan oltar, oltar Obraćenja sv. Pavla, čuva se u Hrvatskom povijesnom muzeju.<ref>Puhmajer, Petar, ''Izgradnja zvonika i obnove crkve od 17. do početka 19. stoljeća'', Crkva sv. Marka u Zagrebu – arhitektura, povijest, obnova, Hrvatski restauratorski zavod, 2013., str. 46-49.  Kripte unutar crkve prvi se put spominju 1700. godine, a tijekom godina rastao je njihov broj. Zadnji ukopi u crkvi zabilježeni su u prvoj polovici 19. stoljeća.