section_heading: Nova tri trenera
paragraph_text: 150px|mini|[[Jürgen Klinsmann, kratkotrajno trener Bayerna]] U 2008./09. sezoni, Bayern je doveo novog trenera, klupsku i njemačku nogometnu legendu, te bivšeg Njemačkog izbornika, Jürgena Klinsmanna, koji je nasljedio Hitzfelda. Tijekom prve polovice sezone, Bayern je imao samo dvije pobjede u šest utakmica, ali je kasnije stizao bodove. U kupu Bayer Leverkusen je eliminirao Bayern München u četvrtfinalu. U UEFA Ligi prvaka, Bayern je također ispao u četvrtfinalu, izgubivši od Barcelone. 27. travnja 2009., dva dana nakon poraza od Schalkea kod kuće, što je Bayern "spustilo" na treće mjesto, Klinsmann je otpušten. Otkaz je usljedio zbog velikog ukupnog poraza od Barcelone (5:1) u Ligi prvaka, i zbog poraza od također 5:1 od VfL Wolfsburga. Bivši trener Jupp Heynckes je imenovan trenerom do kraja sezone. Bayern je ipak zasjeo na drugo mjesto Bundeslige 2008./09., i izravno se kvalificirao za UEFA Ligu prvaka 2009./10.