section_heading: Ponovno u prvoj ligi
paragraph_text: Nakon poraza u prvom kolu od Rijeke, prvu pobjedu u sezoni Istra ostvaruje u trećem kolu na gostovanju kod Hrvatskog dragovoljca. Dobrim nastupima pri kraju polusezone, Istra završava na 6. mjestu, s jednom odigranom utakmicom manje jer je susret 17. kola protiv Dinama odgođen za proljeće zbog natopljenog travnjaka na stadionu Aldo Drosina. Istrin golman Antonijo Ježina debitirao je za reprezentaciju Hrvatske u prijateljskom susretu protiv Južne Koreje. Ušao je s klupe u 93. minuti te iste minute primio gol, doduše ne svojom krivicom.<ref>24 sata: 'Pala' J. Koreja: Ježina primio gol u 5 sekundi, prvijenac Vide Pristupljeno: 21. prosinca 2013. Istra se u kupu plasirala u polufinale, porazivši Zagreb nakon izvođenja jedanaesteraca u osmini finala, te Zadar u četvrtfinalu. Krajem godine Sandi Križman, najbolji Istrin strijelac uz Petra Franjića, te najbolji asistent lige uz Hajdukovog Jeana Kouassija napušta klub te prelazi u redove južnokorejskog Chunnam Dragonsa. Uz njega, Istru napušta i Ježina koji prelazi u Dinamo, te umjesto njega novi golman postaje Igor Lovrić koji se vratio u klub iz Lokomotive. U nastavku sezone, Istra je ispala u polufinalu kupa od Rijeke, ukupnim rezultatom 3:1, te je time propustila izboriti nastup u Europskoj ligi, jer bi im protivnik u finalu bio Dinamo, koji je već ranije osigurao igranje u Europi. Potom je uslijedio niz od gotovo dva mjeseca bez pobjede, međutim pobjedama u 34. i 35. kolu protiv Hajduka i Dinama, Istra je osigurala šestu poziciju. S devet postignutih pogodaka, Dejan Radonjić je bio najbolji Istrin strijelac sezone, a najbolji igrač Slavko Blagojević, kojeg je Joško Jeličić u emisiji RTL liga uvrstio među najbolju momčad sezone.<ref>RTL liga - Momčad sezone po izboru Joška Jeličića Pristupljeno: 26. svibnja 2014. Nakon što je preko četiri i pol godine vodio Istru, većinski vlasnik i predsjednik Michael Glover odlučio je smijeniti trenera Igora Pamića. Smjena je uslijedila nakon poraza od Hajduka u Splitu od 0:3. Prema neslužbenim informacijama, Igor Pamić bio je u sukobu s vlasnikom od početka suradnje. Najveći kandidat za novog trenera je Igor Štimac.<ref>Hrvatska reprezentacija Ida Serdarević: Pamić smijenjen, Štimac vodeći kandidat, 5. listopada 2015. (pristupljeno 5. listopada 2015.) Do konačnog izbora, na trenersko mjesto privremeno je imenovan športski direktor Robert Rubčić.<ref>iPress Smijenjen trener NK Istre 1961 Igor Pamić, privremeno imenovan Robert Rubčić, 5. listopada 2015. (pristupljeno 5. listopada 2015.) Novi trener Andrej Panadić je podnio ostavku poslije šest mjeseci od imenovanja, nakon ligaškog poraza u prvom kolu od NK Osijeka na domaćem terenu.<ref>