section_heading: Usporedba s biološkim procesima
paragraph_text: Moguće ograničenje mnogih evolucijskih algoritama je to što u njima nedostaje jasna razlika između genotipa i fenotipa. U prirodi, oplođena jajna stanica prolazi kroz složeni proces poznat kao embriogeneza kako bi poprimila oblik odraslog fenotipa. Vjeruje se da ovo neizravno kodiranje genetsku pretragu čini robusnijom (npr. smanjuje vjerojatnost fatalnih mutacija), a također može poboljšati evolubilnost organizma.<ref>G.S. Hornby and J.B. Pollack. "Creating high-level components with a generative representation for body-brain evolution". Artificial Life, 8(3):223–246, 2002. Takvo neizravno (tj. generativno ili razvojno) kodiranje također omogućava procesu evolucije iskorištavanje regularnosti u okolišu.<ref>J. Clune, C. Ofria, and R. T. Pennock, "How a generative encoding fares as problem-regularity decreases", in PPSN (G. Rudolph, T. Jansen, S. M. Lucas, C. Poloni, and N. Beume, eds.), vol. 5199 of Lecture Notes in Computer Science, pp. 358–367, Springer, 2008. Nedavni radovi na polju umjetne embriogeneze tj. proučavanja umjetnih razvojnih sustava nastoje riješiti ove probleme. I programiranje putem ekspresije gena uspješno istražuje vezu genotip-fenotip, gdje se genotip sastoji od linearnih multigenih kromosoma fiksne duljine, a fenotip se sastoji od više stabala ekspresije ili računalnih programa različitih veličina i oblika.<ref>Ferreira, C., 2001. "Gene Expression Programming: A New Adaptive Algorithm for Solving Problems". Complex Systems, Vol. 13, issue 2: 87–129.