paragraph_text: Nikonov odnos s carem Aleksejem I. znatno se pogoršao nakon šest godina mandata.<ref>Hosking, Geoffrey (2001). Russia and the Russians. From Earliest Times to 2001, p. 168. Penguin Books, ISBN 978-0-14-029788 Nikon se tada povukao iz javnog života i živio u manastiru Novi Jeruzalem koji je osnovao. Godine 1666. službeno je lišen patrijarhalnog i biskupskog dostojanstva i osuđen na progonstvo u dosta teškim uvjetima u Ferapontov manastir, zatim u Ćirilo-Belozijerski manastir, oba u okolici Vologde. Nakon smrti Alekseja I., njegov nasljednik sin Fjodor III. Romanov dopustio je Nikonu da se vrati u Moskvu i planirao ga je ponovno imenovati na patrijarhalno prijestolje Ruske pravoslavne crkve. Međutim, od bolesti je umro na putu.