section_heading: U Odjelu za žrtve
paragraph_text: Cragen je 1999. otišao iz Anti-korupcijskog odjela u novi biro, „Odjel za žrtve“ koji istražuje seksualne zločine. Novi posao bio je način da se nosi s Marginom smrću. Cragen nastupa kao jedan strog, ali razumljiv, očinski tip detektivima koji rade u njegovom Odjelu, iako je na početku imao naviku da im prigovara zbog slabosti njihove istrage. Također je održao prijateljstvo s Loganom i detektivom Briscoeom, njegov bivši partner iz Homocida. Kada je Briscoe umro, Cragen mu je bio na sprovodu. U 9. sezoni Odjela za žrtve Cragen je privremeno premješten, a zamijenio ga je John Munch. Cragen se u Odjel vraća već na kraju iste epizode.