paragraph_text: Tijekom rada na trećem albumu Extraordinary Machine (iz 2005.) Apple je ponovno surađivala s Brionom, a sam je album počela snimati 2002. Međutim, navodno joj se nije svidjela produkcija i odlučila je da ga neće objaviti, a njezini su obožavatelji potom slali prigovore Epic Recordsu jer su vjerovali da ta diskografska kuća nije odlučila objaviti album. Na uratku su na kraju radili drugi producenti bez Briona, a objavljen je u listopadu 2005. Postigao je zlatnu nakladu i bio je nominiran za Grammy u kategoriji najboljeg pop-vokalnog albuma. Godine 2012. objavila je četvrti studijski album The Idler Wheel..., koji su recenzenti pohvalili i nakon čije je objave počela turneja po Sjedinjenim Državama. Godine 2013. nominiran je za Grammy u kategoriji najboljeg albuma alternativne glazbe. Njezin peti studijski album Fetch the Bolt Cutters objavljen je 2020. i također stekao pohvale kritičara. Za taj je album osvojila Grammy u kategoriji najboljeg albuma alternativne glazbe, a singl "Shameika" s tog uratka osvojio je nagradu za najbolju rock-izvedbu.