section_heading: Rat u Bosni i Hercegovini
paragraph_text: Halilović je bio jedan od glavnih organizatora i vođa Patriotske lige, paravojne organizacije povezane sa Strankom demokratske akcije. Iz Patriotske lige kasnije će se razviti i Armija RBiH. Tako je Halilović postao prvi vojni zapovjednik Armije RBiH. U vrijeme priprema za rat, Halilović zahtijeva identifikaciju i kartiranje pojedinih područja na temelju narodnosne pripadnosti tamošnjeg pučanstva.<ref>Ančić, 2003., str. 293. - 294. Kao osnovni zadatak Patriotske lige, u svojoj Direktivi za obranu suvereniteta i integriteta BiH napisanoj 25. veljače 1992., Halilović je odredio "zaštitu muslimanskog naroda" i "očuvanje integriteta i cjelovitosti BiH" kao glavne dužnosti Patriotske lige. Među neprijateljske snage uvrstio je "snage SDS-a" i "ekstremne snage HDZ-a", a stvaranje Velike Srbije i Velike Hrvatske pretpostavio je kao njihov krajnji cilj.<ref>Sefer Halilović: Direktiva Glavnog štaba Patriotske lige BiH za odbranu suvereniteta Republike Bosne i Hercegovine, 25. veljače 1992. Preuzeto 24. studenog 2013.