section_heading: Drugi svjetski rat i emigracija
paragraph_text: Drugi svjetski rat zatekao ga je u Zagrebu. Nekoliko mjeseci nakon uspostave NDH Kljakovića ustaše zatvaraju u Zagrebu. Uhićen je 11. studenoga 1941. godine i bio je optužen da je, zajedno s Ivanom Meštrovićem, želio pobjeći prvo u Italiju a zatim u Španjolsku odakle bi otišao u Švicarsku, te ondje djelovao protiv NDH i sila Osovine. Jedno vrijeme proveo je u zatvoru na Savskoj cesti gdje je bio zatvoren zajedno s Ivanom Meštrovićem, a zatim je bio u kućnom pritvoru. Iz zatvora je pušten u veljači 1942. godine na intervenciju brojnih osoba iz javnoga i političkog života. Njegova slika Bičevanje uvrštena je u hrvatsku selekciju za XXIII. Biennale u Veneciji 1942. godine, ali otputovati iz zemlje i napustiti kućni pritvor bilo mu je omogućeno tek početkom 1943. godine, i to uz dopuštenje samoga poglavnika NDH, dr. Ante Pavelića.Jelena Mandić Mušćet, [https://web.archive.org/web/20121209072758/http://www.min-kulture.hr/default.aspx?id=5361 Vraćen dug desetljećima prešućivanom umjetniku. Retrospektiva Joze Kljakovića otvorena u četvrtak u Galeriji Klovićevi dvori], Vjesnik, 27. studenoga 2009., min-kulture.hr, (u međumrežnoj pismohrani archive.org 9. prosinca 2012.), pristupljeno 6. siječnja 2016. Nakon dolaska u Rim u proljeće 1943. godine ostao je u političkoj emigraciji. U Rimu je bio dopredsjednik Bratovštine sv. Jeronima za pomoć hrvatskim izbjeglicama. Boravio je u Papinskom hrvatskom zavodu svetog Jeronima.<ref>Studia croatica. Andrija Lukinović, ''Bratovština sv. Jeronima za pomoć hrvatskim izbjeglicama'', preuzeto 21. srpnja 2012.