paragraph_text: 230px|mini|lijevo|[[Jezero Tondano]] 230px|mini|desno|[[Nacionalni park Bernak]] Pet glavnih otoka su: Sumatra, Java, Borneo (poznat kao Kalimantan u Indoneziji), Sulawesi i Nova Gvineja; dvije glavne otočne skupine su Mali sundski otoci i Molučki otoci te ima šezdeset manjih otočnih skupina. Četiri otoka dijele se s drugim zemljama: Borneo se dijeli s Malezijom i Brunejem; Sebatik, smješten na sjeveroistočnoj obali Kalimantana, dijeli se s Malezijom; Timor se dijeli s Istočnim Timorom; a Nova Gvineja dijeli se s Papuom Novom Gvinejom.