section_heading: Kolonijalno doba
paragraph_text: mini|270px|Utvrda Santiago u [[Manila|Manili sagrađena 1570.]] Portugalac Ferdinand Magellan pristao je u ožujku 1521. na otok Samar ploveći pod španjolskom zastavom od rta Horn prema Molučkim otocima. Zahvaljujući njemu, osobito imajući na umu da je istražio i ostale otoke ovoga otočja pokrštavajući usput domorodce, zapadni svijet je doznao za postojanje ove otočne skupine. U razdoblju vladavine kralja Filipa II., Miguelu Lópezu de Legazpiju pošlo je za rukom da uime španjolskog kralja zaposjedne otoke Visayas. Istodobno je otočju nadjenuo ime Las Islas Felipinas, Filipinski otoci, čime je označen službeni početak španjolske kolonijalne vladavine koja će potrajati 333 godine. Za vrijeme kolonijalne vladavine Manila se razvila u pokretača jugoistične Azije. Između 1604. i 1815. odatle su do Acapulca u Meksiku, jedanput do dvaput godišnje, plovili slavni manilski galeoni natovareni porculanom, svilom, parfemima i začinima. Na povratku su se na brod ukrcavali novi doseljenici, misionari i državni službenici. Misionarstvo se odvijalo uspješno i brzo. U provincijskim gradovima vladali su alkaldi, mjesni suci, koji su se doseljavali na Filipine bez ikakve imovine. Urođenike se prisiljavalo da alkaldima prodaju svoje proizvode i od njih kupuju njihove po cijenama koje bi ovi odredili. Posljedice ovakva načina gospodarenja na dobrobit samo jedne strane osjećaju se još i danas, naime korupcija i nepotizam među birokracijom su jako rašireni. Francuska revolucija 1789. utrla je put društvenim promjenama i na Filipinima, no istinski napredak nastupa tek u 19. stoljeću usporednu s buđenjem nacionalne svijesti i pozivom na slobodu.