A classificação biológica proposta por Whittaker permite distinguir cinco grandes linhas evolutivas utilizando, como critérios de classificação, a organização celular e o modo de nutrição. Woese e seus colaboradores, com base na comparação das sequências que codificam o RNA ribossômico dos seres vivos, estabeleceram relações de ancestralidade entre os grupos e concluíram que os procariontes do reino Monera não eram um grupo coeso do ponto de vista evolutivo.   
A diferença básica nas classificações citadas é que a mais recente se baseia fundamentalmente em
tipos de células.
aspectos ecológicos.
relações filogenéticas.
propriedades fisiológicas.
características morfológicas.