Ο Μόργκαν πέθανε το 1588 πριν ολοκληρωθεί η αποστολή του , αλλά η φύση τελείωσε αυτό που είχε στην τζαμάικα υπέστη έναν ισχυρό σεισμό το 1692 , και το πορτ ρόγιαλ βυθίστηκε στη θάλασσα , παίρνοντας μαζί του πολλούς από τους θησαυρούς που κλάπηκαν από τους Ισπανούς .
Πέθανε πριν ολοκληρώσει την αποστολή του .