Κατά τον επόμενο αιώνα , οι ενετούς ενίσχυσαν σημαντικά τις οχυρώσεις , αλλά τα Χανιά και ο Ρεθύμνου έπεσαν το 1645 .
Οι ενετούς βελτίωσαν τους τοίχους της πόλης τους , αλλά αυτό δεν ταίριαζε με τις νέες τεχνικές του εχθρού .