Η ειδική μεθοδολογία ανάλυσης κινδύνου που χρησιμοποιείται μπορεί να διαφέρει από τον οργανισμό λόγω των διαφορών στις αποστολές των οργανισμών και της δυσκολίας σε ποιοτικά και ποσοτικά την επίπεδα κινδύνου .
Η μέθοδος ανάλυσης κινδύνου που χρησιμοποιείται είναι η ίδια για κάθε οργανισμό .