Το 1561 η 18 χρονη Μαίρη επέστρεψε σε μια σκωτία υπό την ηγεσία της μεταρρύθμισης , καθώς οι προτεστάντες ηγέτες είχαν πάρει τον έλεγχο του κοινοβουλίου της Σκωτίας και καταργηθεί την εξουσία του Πάπα .
Όταν η Μαίρη επέστρεψε στη Σκωτία , ήταν απλά μια έφηβη .