Το 1561 η 18 χρονη Μαίρη επέστρεψε σε μια σκωτία υπό την ηγεσία της μεταρρύθμισης , καθώς οι προτεστάντες ηγέτες είχαν πάρει τον έλεγχο του κοινοβουλίου της Σκωτίας και καταργηθεί την εξουσία του Πάπα .
Η Μαίρη επέστρεψε στη σκωτία το μήνα Μάιο το 1561 .